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[其他] nco安装——初学者的历程

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新浪微博达人勋

发表于 2014-7-24 19:09:00 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 夏夜 于 2014-7-24 21:15 编辑

终于把nco安装成功。
对初学者,至少对我来说,Building NCO is not so easy.
用时四天,安装了nco和ncview,
尝试了n种方法问了n个人都不成功,在第四天将要放弃时,找到了最终的解决方案。其他痛苦的经历不多说,进入主题:

机器:
服务器(Linux red hat )

安装内容:
antlr-2.7.7
zlib-1.2.5
hdf5-1.8.6
udunits-2.1.20
netcdf-4.1.1
nco-4.0.6

安装过程:
INSTALL_PATH=/usr/local
mkdir -p $INSTALL_PATH/src
# ANTLR2
APP=antlr-2.7.7
ANTLR_PATH=$INSTALL_PATH/$APP
rm -rf $ANTLR_PATH
cd $INSTALL_PATH/src
rm -rf antlr-2.7.7*
wgethttp://www.antlr2.org/download/antlr-2.7.7.tar.gz
tar xzf antlr-2.7.7.tar.gz ; cd antlr-2.7.7
CC=gcc CXX='' ./configure \
--prefix=$ANTLR_PATH \
--disable-csharp \
--disable-java \
--disable-python 2>&1 | tee$APP.config
make 2>&1 | tee $APP.make
make install 2>&1 | tee $APP.install
# UDUNITS
APP=udunits-2.1.20
UDUNITS_PATH=$INSTALL_PATH/$APP
rm -rf $UDUNITS_PATH
cd $INSTALL_PATH/src
rm -rf udunits-2.1.20*
wgetftp://ftp.unidata.ucar.edu/pub/udunits/udunits-2.1.20.tar.gz
tar xzf udunits-2.1.20.tar.gz ; cdudunits-2.1.20
CC=gcc CXX='' F77=gfortran ./configure \
--prefix=$UDUNITS_PATH 2>&1 | tee$APP.config
make 2>&1 | tee $APP.make
make install 2>&1 | tee $APP.install
# ZLIB
APP=zlib-1.2.5
ZLIB_PATH=$INSTALL_PATH/$APP
rm -rf $ZLIB_PATH
cd $INSTALL_PATH/src
rm -rf zlib-1.2.5*
wget http://zlib.net/zlib-1.2.5.tar.gz
tar zxf zlib-1.2.5.tar.gz ; cd zlib-1.2.5
CC=gcc FC=gfortran CXX='' ./configure \
--prefix=$ZLIB_PATH | tee $APP.config
make 2>&1 | tee $APP.make
make install 2>&1 | tee $APP.install
# HDF5
APP=hdf5-1.8.6
HDF5_PATH=$INSTALL_PATH/$APP
rm -rf $HDF5_PATH
cd $INSTALL_PATH/src
rm -rf hdf5-1.8.6*
wgethttp://www.hdfgroup.org/ftp/HDF5/hdf5-1.8.6/src/hdf5-1.8.6.tar.gz
tar xzf hdf5-1.8.6.tar.gz ; cd hdf5-1.8.6
CC=gcc FC=gfortran CXX='' ./configure \
--prefix=$HDF5_PATH \
--enable-fortran \
--with-zlib=$ZLIB_PATH \
--with-pic 2>&1 | tee $APP.config
make 2>&1 | tee $APP.make
make install 2>&1 | tee $APP.install
# NetCDF4
APP=netcdf-4.1.1
NETCDF4_PATH=$INSTALL_PATH/$APP
rm -rf $NETCDF4_PATH
cd $INSTALL_PATH/src
rm -rf netcdf-4.1.1*
wgethttp://www.unidata.ucar.edu/downloads/netcdf/ftp/netcdf-4.1.1.tar.gz
tar xzf netcdf-4.1.1.tar.gz ; cdnetcdf-4.1.1
CC=gcc FC=gfortran F77=gfortran CXX=''./configure \
--prefix=$NETCDF4_PATH \
--enable-fortran \
--enable-static \
--enable-shared\
--enable-f77 \
--disable-cxx \
--enable-netcdf4 \
--with-hdf5=$HDF5_PATH \
--with-zlib=$ZLIB_PATH \
--with-pic 2>&1 | tee $APP.config
make 2>&1 | tee $APP.make
make install 2>&1 | tee $APP.install
# NCO
APP=nco-4.0.6
NCO_PATH=$INSTALL_PATH/$APP
rm -rf $NCO_PATH
cd $INSTALL_PATH/src
rm -rf nco-4.0.6*
wgethttp://nco.sourceforge.net/src/nco-4.0.6.tar.gz
tar xzf nco-4.0.6.tar.gz ; cd nco-4.0.6
exportLD_LIBRARY_PATH=$HDF5_PATH/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=$HDF5_PATH/bin:$PATH
exportLD_LIBRARY_PATH=$NETCDF4_PATH/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=$NETCDF4_PATH/bin:$PATH
exportLD_LIBRARY_PATH=$ANTLR_PATH/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=$ANTLR_PATH/bin:$PATH
exportLD_LIBRARY_PATH=$UDUNITS_PATH/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=$UDUNITS_PATH/bin:$PATH
exportLD_LIBRARY_PATH=$ZLIB_PATH/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=$ZLIB_PATH/bin:$PATH
CC=gcc CXX='' \
NETCDF_INC=$NETCDF4_PATH/include \
NETCDF_LIB=$NETCDF4_PATH/lib \
NETCDF4_ROOT=$NETCDF4_PATH \
HDF5_LIB_DIR=$HDF5_PATH/lib \
UDUNITS2_PATH=$UDUNITS_PATH \
LDFLAGS="-L$ANTLR_PATH -lantlr \
-lhdf5_hl -lhdf5 -L$NETCDF4_PATH/lib-lnetcdf" \
CFLAGS="-I$HDF5_PATH/include \
-L$HDF5_PATH/lib \
-I$ANTLR_PATH/include \
-L$ANTLR_PATH/lib" \
CPPFLAGS="-I$HDF5_PATH/include \
-L$HDF5_PATH/lib \
-I$ANTLR_PATH/include \
-L$ANTLR_PATH/lib" \
./configure \
--prefix=$NCO_PATH \
--disable-shared \
--enable-netcdf-4 2>&1 | tee$APP.config
make 2>&1 | tee $APP.make
make install 2>&1 | tee $APP.install

参照:http://sourceforge.net/p/nco/discussion/9830/thread/8e006deb
这是找到的最终解决方案的完整步骤,第一次安装之后在nco的bin目录下已经生成ncks等nco命令,但是不能使用。
以为没有安装成功,又安装一次,结果还是那样。
原来此时需要在该用户下的.bashrc文件后面添加PATH路径。

具体:
cd ~
vi .bashrc
添加:PATH=$PATH:/root/sw/nco-4.0.6/bin
. .bashrc
服务器不联网,wget那项是下载后上传至服务器的。
在第一步INSTALL_PATH=/usr/local,在这步指定了其他路径,事后证明这是个错误的决定。
因为我是用root用户登录的,/usr/local本身就是默认路径(自己未验证,请教老师得知),指定路径安装成功后,
会导致其他用户没有权限使用nco中的命令。

这个时候解决方法有两个:

1) 重装至默认路径下(没尝试)。
2) 在每个用户的.bashrc中添加上文所说的PATH。(已尝试,成功)
至此,nco已安装成功,并且每个用户都可以使用nco中的命令。




失败经验之一:
曾参考此贴:http://bbs.06climate.com/forum.p ... 5197&extra=&page=10
安装了zlib hdf5 netcdf4.2
这个安装过程是比较简便,一个命令就搞定了。
但是可能是我环境变量设置有误,在安装nco的时候提示找不到netcdf library...
具体出现的问题在我另一个帖子中  http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=26996


后记:
对大牛们来说,安装这些软件都是小菜,
但是对我这样的对Linux系统了解仅限于cd ls等几个命令的渣渣来说简直太难了。
虽然耗时4天,但对linux的了解又多了一些。
多谢给我提供信息和帮助的大牛们。
最想说的是,坚持到不能再坚持的时候,再坚持一下下,可能就会有转机~











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新浪微博达人勋

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发表于 2014-7-24 19:55:13 | 显示全部楼层
感谢楼主来分享自己的心得体会!
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新浪微博达人勋

 楼主| 发表于 2014-7-24 21:02:21 | 显示全部楼层
mofangbao 发表于 2014-7-24 19:55
感谢楼主来分享自己的心得体会!

有来有去,相互学习。
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新浪微博达人勋

发表于 2014-7-24 23:38:44 | 显示全部楼层
可以考虑写个安装脚本了啊!
自己也有过这段经历,感同身受!
若能把格式再编辑一下,补齐缺少的空格啥的,就更好了!
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新浪微博达人勋

发表于 2014-7-25 08:10:31 | 显示全部楼层
能分享的人会进步多多的!
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 楼主| 发表于 2014-7-25 08:20:00 | 显示全部楼层
longlivehj 发表于 2014-7-24 23:38
可以考虑写个安装脚本了啊!
自己也有过这段经历,感同身受!
若能把格式再编辑一下,补齐缺少的空格啥的 ...

直接从原帖copy过来的,有需要的去原帖看看吧。。
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新浪微博达人勋

 楼主| 发表于 2014-7-25 08:20:55 | 显示全部楼层
letsdo8 发表于 2014-7-25 08:10
能分享的人会进步多多的!

{:5_213:}
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 楼主| 发表于 2014-7-25 08:28:47 | 显示全部楼层
longlivehj 发表于 2014-7-24 23:38
可以考虑写个安装脚本了啊!
自己也有过这段经历,感同身受!
若能把格式再编辑一下,补齐缺少的空格啥的 ...

安装脚本不错,只是我还不知道怎么写。。。
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新浪微博达人勋

发表于 2014-9-8 19:40:49 | 显示全部楼层
antlr-2.7.7,udunits-2.1.20这两个软件是干啥用的啊,与NCO有啥关联啊?
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新浪微博达人勋

 楼主| 发表于 2014-9-8 20:19:24 | 显示全部楼层
金玉姻缘 发表于 2014-9-8 19:40
antlr-2.7.7,udunits-2.1.20这两个软件是干啥用的啊,与NCO有啥关联啊?

我也不太清楚,好像是需要用到的一些库文件
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