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教程:ubuntu14.10下安装最新版本WRF+WPS+ARWpost+GrADS等软件

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发表于 2015-3-24 16:13:07 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 ljh110011 于 2018-9-3 11:57 编辑

本教程用图文对照方式,介绍Ubuntu14.10系统下,安装最新版本WRF;WPS;GrADS;ARWpost;netcdf等系列最新软件的安装指导方法。希望给苦苦挣扎在安装WRF模式系统的同学一些指导吧。
由于本人也在学习,如有错误和不足之处,请多多指出,共同学习。
好,下面开始放教程(帖子不放图,但是安装方法绝对不缩水!!需要的图文对照安装版本就下载PDF附件吧)。


2018年9月3日更新:NCL多个版本下载地址,安装办法:
http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=68108&page=1&extra=#pid941842
更新一下依赖包的下载地址:
libjpeg库:http://www.ijg.org/files/jpegsrc.v9c.tar.gz
zlib库:1. http://www.zlib.net/zlib-1.2.11.tar.gz
          2. https://sourceforge.net/projects/libpng/files/zlib/1.2.11/zlib-1.2.11.tar.gz/download?use_mirror=nchc&download=
libpng库:1.https://sourceforge.net/projects/libpng/files/libpng16/1.6.35/libpng-1.6.35.tar.gz/download?use_mirror=nchc&download=
              2.https://sourceforge.net/projects/libpng/files/libpng16/1.6.35/libpng-1.6.35.tar.gz/download?use_mirror=nchc
JasPer库:http://www.ece.uvic.ca/~frodo/jasper/software/jasper-1.900.1.zip
              其他JasPer版本:http://www.ece.uvic.ca/~frodo/jasper/#download
HDF5库(1.10.3):总的https://www.hdfgroup.org/downloads/hdf5/source-code/
              https://www.hdfgroup.org/package/source-gzip-3/?wpdmdl=12596&refresh=5b8cacd019f161535945936
NETCDF库:总的各个版本(根据自己的系统环境下载)的下载页面:https://www.baidu.com/link?url=9s6YirstfFe1coRN7ZFuxUctg7y2qnBYYTDcq5UlKuq8GLWy1LcMF_1FW3nx7MjMFFLojrjQaKYM_lHHBDHGYK&wd=&eqid=8526a9470001f9f7000000035b8caa2a
分开:
NETCDF-C-4.6.1库:ftp://ftp.unidata.ucar.edu/pub/netcdf/netcdf-4.6.1.tar.gz
                  https://www.unidata.ucar.edu/downloads/netcdf/ftp/netcdf-4.6.1.tar.gz
NETCDF-Fortran-4.4.4库:
           ftp://ftp.unidata.ucar.edu/pub/netcdf/netcdf-fortran-4.4.4.tar.gz
           https://www.unidata.ucar.edu/downloads/netcdf/ftp/netcdf-fortran-4.4.4.tar.gz
NETCDF-CXX-4.3.0库:
           ftp://ftp.unidata.ucar.edu/pub/netcdf/netcdf-cxx4-4.3.0.tar.gz
           https://www.unidata.ucar.edu/downloads/netcdf/ftp/netcdf-cxx4-4.3.0.tar.gz


2015年4月28日修改:
谢谢很多网友的帮忙,改正了教程里面很多错误。现在上传最新的PDF教程(V2.0冲击版)。

更新NCL6.3.0安装和测试办法。
更新grib2库函数安装问题。
修正WPS运行错误。
修正netcdf-C编译错误。

2015年5月10日新增:
Vtable.GFS文件更新,以支持2015年1月后的数据。
提供最新版WRF V3.7和WPS V3.7版本安装参考。
详见附件:WRF模式必要内容更新提示.pdf


2015年11月01日重要修改内容提示:
                               注意:PDF教程中旧的网盘链接将失效
                               注意:PDF教程中旧的网盘链接将失效
                               注意:PDF教程中旧的网盘链接将失效
由于某些软件的安装包官网上有更新,所以将所需的安装包重新整合如下:
geog地形数据包:http://yunpan.cn/cLsaHCwdHDpYV  访问密码 5f0d
NCL6.30版本:http://yunpan.cn/cLsaLBVg4YHsB  访问密码 cbbb
WRF和WPS3.7版本安装包:http://yunpan.cn/cLsaxM3i95w2x  访问密码 94b9
其他所需组件总合包:http://yunpan.cn/cLsaq43IMnFyf  访问密码 9029
另外,3.7版本WRF的地形数据,官网也有更新的,有需要可自行前往下载:
http://www2.mmm.ucar.edu/wrf/users/download/get_sources_wps_geog.html
选择第三列:Download New Static Data Released With v3.7 下载即可


Ubuntu kylin14.10版本下
安装WRF流程攻略教程
陈美女科研团队诚意作品
Made by ljh110011
2015.03.24




本教程所用系统下载地址http://www.ubuntukylin.com/downloads/
本教程所需的软件包和geog地形数据网盘分享http://yunpan.cn/cZ2vxmxSjsx5T 访问密码 8e39


教程介绍
本教程通过图文方式介绍,尽量详细讲解ubuntu kylin 14.10版本下,最新版本WRF模式系统、GrADS等一些气象数值模拟系统的安装方法(软件列表)。
如果教程哪里有误,请指出,共同学习嘛!
系统版本:
Ubuntu kylin 14.10,是国人自己优化过的ubuntu版本,比较符合国人的使用习惯,相当多插件和库函数已经经过整合,相比原生Ubuntu和Fedora等系统有一定优势。个人比较推荐。下载:http://www.ubuntukylin.com/downloads/
软件列表(均为当前最新版本):
1)gcc-4.9.1  、 g++-4.9.1  、 gfortran-4.9.1
2)库函数libjpeg.v9a 、zlib-1.2.8、libpng-1.6.16 、jasper-1.900.1
3)hdf5-1.8.14 、netcdf-4.3.3.1 、netcdf-fortran-4.4.2
4)WRFV3.6.1
5)WPSV3.6.1
6)WRFDA_V3.6.1
7)ARWpost-2.2  ARWpost-3.1
8)WRFDomainWizard
9)GrADS

软件整合包下载地址:
详见版头更新下载链接








ubuntukylin 14.10下安装WRF WPS ARWpost GrADS等系列最新版 教程 .pdf

6.09 MB, 下载次数: 1447, 下载积分: 金钱 -5

WRF安装教程V2.0冲击版.pdf

9.85 MB, 下载次数: 1914, 下载积分: 金钱 -5

WRF模式必要内容更新提示.pdf

531.63 KB, 下载次数: 722, 下载积分: 金钱 -5

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 楼主| 发表于 2015-3-24 16:20:43 | 显示全部楼层
十二、安装ARWpost
此程序用于对 WRF 运行后的文件转化成 GrADS 可读的.ctl和.dat 文件
1.首先安装库函数,把 lapack-3.5.0.tgz 解压在 /usr/local目录下。然后:
cd /usr/local/lapack-3.5.0
cp make.inc.example make.inc
修改 lapack-3.5.0下的 Makefile 文件,打开,做如下修改:
lib: blaslib lapacklib tmglib
如图:

保存后退出。终端输入:
make
我在这儿出现了一些错误,这些错误个人估计是兼容问题导致的,可以忽略,所以此处出错的,继续make,一直make,make到最后(估计要make至少5次)就会看到如图所示,最后出来error项是没有错误提示的。成功。

接着设置环境变量
cd
gedit ~/.bashrc
在最后添加下列语句:
# set LAPACK
export LAPACK=/usr/local/lapack
保存后退出。
source ~/.bashrc
库函数安装完毕。
2.开始安装ARWpost
这里ARWpost分2.2版本和3.1版本,我都试过安装,现在分别讲解安装方法。
自己选择版本安装,个人推荐安装ARWpost 3.1版本的。
1)ARWpost 2.2版本讲解:
解压ARWpost.tar.gz在 /home/mode目录下,进入ARWpost目录
cd /home/mode/ARWpost
./configure
出现如图,选择
    5. PC Linux i486 i586 i686 x86_64, gfortran compiler (no vis5d)
输入:5,回车

Ps:为什么要选5呢,我查了一下vis5d,原来时一款作图软件,因为我们用grads作图,所以就不用vis5d了。
以下修改是非常非常必须的,否则生成不了万恶的ARWpost.exe,会显示
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: [ARWpost.exe] Error 1 (ignored)
这样的错误!!

首先修改wrf路径和gfortran编译器参数:
gedit configure.arwp
做如下修改:
WRF_DIR  =  /home/mode/WRFV3
FFLAGS = -ffree-form -cpp -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4
F77FLAGS = -ffixed-form -cpp -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian

保存后退出。接着:
将/arch/config.pl 中的
-lnetcdf 替换为-lnetcdff -lnetcdf(-lhdf5_hl -lhdf5 –lz)

将/arch/ preamble 中的(可以不改)
-lnetcdf 替换为-lnetcdff –lnetcdf

将/src 中的makefile的
-lnetcdf 替换为-lnetcdff -lnetcdf



然后开始编译:
./compile >&checkarwpost.log
等待。。。
查看checkarwpost.log文件里有没有“错误”
gedit checkarwpost.log
再查看一下/home/mode/ARWpost目录下是否有可执行的ARWpost.exe生成。如果都符合,那么安装成功。

2)ARWpost 3.1版本讲解
解压ARWpost_V3.tar.gz在 /home/mode目录下,进入ARWpost目录
cd /home/mode/ARWpost
./configure
出现如图,选择
    3.  PC Linux i486 i586 i686 x86_64, gfortran compiler
输入:3,回车

以下修改是非常非常必须的,否则生成不了万恶的ARWpost.exe,会显示
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: [ARWpost.exe] Error 1 (ignored)
这样的错误!!
首先修改gfortran编译器参数:
gedit configure.arwp
做如下修改:
FFLAGS = -ffree-form -cpp -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian -frecord-marker=4
F77FLAGS = -ffixed-form -cpp -O -fno-second-underscore -fconvert=big-endian
保存后退出。(这里不用设定WRFV3路径)

接着:
将/arch/config.pl 中的
-lnetcdf 替换为-lnetcdff -lnetcdf(-lhdf5_hl -lhdf5 -lz)

将/arch/ preamble 中的(可以不改)
-lnetcdf 替换为-lnetcdff -lnetcdf

将/src 中的makefile的
-lnetcdf 替换为-lnetcdff -lnetcdf



开始编译:
./compile >&checkarwpost.log
等待。。。


查看checkarwpost.log文件里有没有“错误”
gedit checkarwpost.log
再查看一下 /home/mode/ARWpost目录下是否有可执行的ARWpost.exe生成。如果都符合,那么安装成功。
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 楼主| 发表于 2015-3-24 16:17:40 | 显示全部楼层
本帖最后由 ljh110011 于 2015-3-29 19:38 编辑

八、NCL6.3.0和GRIB2
NCL6.3.0和GRIB2数据包下载地址:
http://yunpan.cn/cZD4UUkQk5BPy 访问密码 3aa4
1.NCL6.3.0安装(如果安装失败也没事,NCL用来确认预选区域的)
PS.如果系统自己预装了NCL,需要打开 新立得包管理器,搜索ncl,然后把已经安装的ncl标记删除,然后再接着安装下面版本。否则NCL6.3.0不能成功导入,版本信息显示会有错。
解压下载好的 NCL 6.3.0压缩包,放置于/usr/local,并重新命名为 ncarg
设置环境变量
gedit ~/.bashrc
在最后添加下列语句:
#for ncarg
export NCARG_ROOT=/usr/local/ncarg
export PATH=$NCARG_ROOT/bin:$PATH
export MANPATH=$NCARG_ROOT/man:$MANPATH
export DISPLAY=:0.0
保存后退出
source ~/.bashrc
检验NCL是否成功安装,新终端输入:
Ncargversion
如果出现如图,安装成功:

另外,在用NCL检查预选区域的时候,会遇到版本太新,提示使用低版本运行的问题。
如图:

可以选择使用ncl读取***_new.ncl的那个文件。终端也会有提示。
注意:
ncl读取结束后要使用exit退出,不能直接关闭终端,否则下次使用会报错,如图:


2.安装GRIB2(必须安装,WPS运行要用)
打开新立得包管理器,搜索grib2,一共有3个,有1个没有安装,标记它,应用。
把下载好的wgrib2压缩包解压,并放置于/usr/local 下,接着:
cd /usr/local
tar –zxvf wgrib2.tgz
cd grib2
export CC=gcc
export FC=gfortran
make
出现如图,安装成功。

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 楼主| 发表于 2015-3-24 16:18:18 | 显示全部楼层
本帖最后由 ljh110011 于 2015-3-25 15:40 编辑

九、WRF编译安装
在 /home目录下新建文件夹 mode,把wrf主系统里面一共5个压缩包复制到/mode目录下。进入/mode目录下,然后开始安装:
cd/home/mode
tar-zxvf/home/mode/WRFV3.6.1.TAR.gz
这时/mode目录下出现WRFV3文件夹,进去WRFV3里面的arch 文件夹,找到 Config_new.pl 文件,打开后,找到这句并做如下修改:
$I_really_want_to_output_grib2_from_WRF= "TRUE" ;
对应下面几行,找到并修改:
$sw_jasperlib_path= "/usr/local/JASPER/lib";
$sw_jasperinc_path= "/usr/local/JASPER/include";
保存后退出(如图)。

设置环境变量 NETCDF 到刚刚安装好的netcdf目录
cdWRFV3
exportNETCDF=/usr/local/NETCDF/
./configure
然后会出现很多选项,选择
32.  x86_64 Linux, gfortran compiler with gcc   (serial)
输入:32,回车

选择完编译选项后,会出现提示选择嵌套选项,一般就选 basic 选项即可
输入:1,回车
在 arch 文件夹里面找到 configure_new.defaults,打开,找
到这一部分
#ARCH x86_64Linux, gfortran compiler with gcc
#serial smpardmpar dm+sm
找到下面几行,做如下修改:
FORMAT_FIXED =-ffixed-form -cpp
FORMAT_FREE =-ffree-form -cpp -ffree-line-length-none
保存后退出。
在 WRFV3目录下找到 configure.wrf 文件并打开,做如下修
改:(同上)
FORMAT_FIXED =-ffixed-form -cpp
FORMAT_FREE =-ffree-form -cpp -ffree-line-length-none
保存后退出。
接着输入:
./compileem_real >&checkwrf.log
运行后,然后等,极其漫长。。。
运行结束后,检查 checkwrf.log 里面是否有“错误”!
终端输入:
cdmain
ls*.exe
显示5个绿色可执行exe文件(如图):
ndown.exe  nup.exe real.exe  tc.exe  wrf.exe

那么,WRF主程序安装成功。
如果出现下面错误:
start_em.f90:209.60:
     ALLOCATE( clat_glob(ids:ide,jds:jde),STAT=alloc_status, ERRMSG=alloc_err_
                                                           1
Error:Syntax error in DEALLOCATE statement at (1)
可能是因为使用的fortran编译器不支持ALLOCATE函数的ERRMSG参数,修改源代码文件中的start_em.F中的代码,去掉
,ERRMSG=alloc_err_message
再重新编译。
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 楼主| 发表于 2015-3-24 16:13:25 | 显示全部楼层
一、Ubuntu kylin系统安装
1.        制作Ubuntu的U盘启动安装盘,使用ULtraISO软件(方法自己百度)
2.        安装Ubuntu系统,具体挂载点容量需要自行分配,分配如图:

配置好之后,一直选择继续,然后等待安装完毕。

系统安装完毕后,会提示重新启动计算机,yes。
Ps:安装过程(如图)中可能出现窗口显示不全的问题
解决办法:先退出安装,系统会自动进入临时Ubuntu的系统中,先修改屏幕分辨率,再进行安装。(虚拟机安装办法不提供,虽然我用的虚拟机。。。)
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 楼主| 发表于 2015-3-24 16:13:45 | 显示全部楼层
二、获取Ubuntu系统最高的root权限
为什么要获取最高权限呢,因为后续各种操作都需要最高权限,为了不再麻烦一次次验证,以后就直接使用root用户登录。
1.打开终端,输入命令,启用root账户:
sudo passwd root
根据提示设定root账户的密码。(光标不会动,蒙头输完就好)

2.接着终端执行:
sudo gedit /usr/share/lightdm/lightdm.conf.d/50-unity-greeter.conf
然后该输入密码,弹出一个文本编辑器。
补全以下命令(哪项没有就添加哪项):
[SeatDefaults]
greeter-session=unity-greeter
user-session=ubuntu
greeter-show-manual-login=true
allow-guest=false
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 楼主| 发表于 2015-3-24 16:14:43 | 显示全部楼层

系统安装完毕后,会提示重新启动计算机,yes。
Ps:安装过程(如图)中可能出现窗口显示不全的问题
解决办法:先退出安装,系统会自动进入临时Ubuntu的系统中,先修改屏幕分辨率,再进行安装。(虚拟机安装办法不提供,虽然我用的虚拟机。。。)


二、获取Ubuntu系统最高的root权限
为什么要获取最高权限呢,因为后续各种操作都需要最高权限,为了不再麻烦一次次验证,以后就直接使用root用户登录。
1.打开终端,输入命令,启用root账户:
sudo passwd root
根据提示设定root账户的密码。(光标不会动,蒙头输完就好)

2.接着终端执行:
sudo gedit /usr/share/lightdm/lightdm.conf.d/50-unity-greeter.conf
然后该输入密码,弹出一个文本编辑器。
补全以下命令(哪项没有就添加哪项):
[SeatDefaults]
greeter-session=unity-greeter
user-session=ubuntu
greeter-show-manual-login=true
allow-guest=false

如图中的文本编辑器中,然后保存退出。
3.重启计算机,然后在用户名处输入root(如图),接着输入密码,root用户登陆完成。警告:root模式下不要轻易修改计算机各种参数,机器变板砖就怪不得我了。

三、配置系统插件
Ps.在此之前,先科普一下 新立得软件包管理器  的安装使用
打开左侧ubuntu软件中心,右上角查找 新立得软件包管理器,点击安装,然后等待自行完成。


安装好之后,右边就会多出这个程序,然后打开就可以使用了。用法下面介绍。
接着需要安装的插件有glibc,tcsh,samba,cpp,m4,quota等
使用的命令是:apt-get install
1.在root用户登录后,终端输入:
apt-get install tcsh samba cpp m4 quota
如图:


然后会自动搞定。
检查是否安装:
tcsh --version
samba --version
cpp --version
m4 --version

出现这样的显示,安装成功。
2.接着分析一下glibc的安装
1)不晓得什么回事,glibc包不能直接apt-get install安装
查看了一下系统是否自带glibc包,输入:
ldd --version
发现ubuntu系统果然有glibc包,所以我们只需要将其更新就好了。


2)打开 新立得包管理器,点击搜索,输入glibc,然后就会看到结果有三个红点的glibc选项,前面没有打钩的。双击打钩标记,标记后会变绿色,点击应用,然后等待。


3)完成后退出。
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 楼主| 发表于 2015-3-24 16:15:24 | 显示全部楼层
四、配置gcc,g++,gfortran
我们采用gfortran编译WRF模式。
由于这个版本ubuntu系统自带gcc,g++的4.9.1版本,所以只需要安装gfortran-4.9.1版本就可以了。
注意:gcc,g++,gfortran版本必须相同。
查看gcc,g++,gfortran版本信息:
gcc --version
g++ --version
gfortran --version

出现如图,就是说只差安装gfortran了。
终端输入:
apt-get install gfortran
然后开始自己安装完毕,中途输入y,确认(如图)。

安装完成后,再次检验gcc,g++,gfortran版本信息:
gcc --version
g++ --version
gfortran --version
出现如图,显示版本均为4.9.1,那么gcc,g++,gfortran兼容性处理完毕。
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 楼主| 发表于 2015-3-24 16:16:16 | 显示全部楼层
五、安装运行WPS编译所需的库函数
cd进入/usr文件夹,把库函数文件夹下jpegsrc.v9a.tar.gz,zlib-1.2.8.tar.gz,libpng-1.6.16.tar.gz,jasper-1.900.1.zip四个压缩包解压到 /usr 文件夹下,用tar -zxvf解压。
如图,在/usr下有这样四个文件夹。
1.安装libjpeg库
1)打开 新立得包管理器,搜索libjpeg8文件,双击标记,然后点击应用。

2)进入jpeg-9a文件夹
cd /usr/jpeg-9a
./configure --prefix=/usr/local/libjpeg
make
make install

2.安装zlib-1.2.8库
cd /usr/zlib-1.2.8
./configure --prefix=/usr/local/zlib
make
make install
3.安装libpng-1.6.16库
cd /usr/libpng-1.6.16
export LDFLAGS=-L/usr/local/zlib/lib
export CPPFLAGS=-I/usr/local/zlib/include
./configure --prefix=/usr/local/libpng
make
make install
4.安装jasper-1.900.1库
cd /usr/jasper-1.900.1
./configure --prefix=/usr/local/jasper
make
make install


如图,在 /usr 目录下,要有这4个文件夹。
5.修改各种环境变量
gedit ~/.bashrc
在最后添加下面路径指向:
# for zlib
export ZLIB_HOME=/usr/local/zlib
export LD_LIBRARY_PATH=$ZLIB_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH
# for libpng
export ZLIB_HOME=/usr/local/libpng
export LIBPNGLIB=/usr/local/libpng/lib
export LIBPNGINC=/usr/local/libpng/include
保存后退出。
source ~/.bashrc
6.组建JASPER文件夹(JASPER为大写)
在目录/usr/local下JASPER文件夹不存在,需要自己建立。
在目录/usr/local/JASPER下lib和include文件夹也需要自行建立。
cp -r /usr/local/zlib/lib/* /usr/local/JASPER/lib
cp -r /usr/local/libpng/lib/* /usr/local/JASPER/lib
cp -r /usr/local/jasper/lib/* /usr/local/JASPER/lib
cp -r /usr/local/zlib/include/* /usr/local/JASPER/include
cp -r /usr/local/libpng/include/* /usr/local/JASPER/include
cp -r /usr/local/jasper/include/* /usr/local/JASPER/include
命令行作用:
把三个目录/usr/local/zlib/lib;/usr/local/libpng/lib;/usr/local/jasper/lib下的文件复制到/usr/local/JASPER/lib文件目录里面。
把三个目录/usr/local/zlib/include;/usr/local/libpng/include;/usr/local/jasper/include下的文件复制到/usr/local/JASPER/include文件目录里面。
如果命令行失效,可以手动完成此操作。
然后设置环境变量:
gedit ~/.bashrc
在最后添加下列语句:
# set JASPER
export JASPER=/usr/local/JASPER
export JASPERLIB=/usr/local/JASPER/lib
export JASPERINC=/usr/local/JASPER/include
保存后退出
source ~/.bashrc
在 /usr/local/JASPER目录,/usr/local/JASPER/lib目录,/usr/local/zlib/include目录下有如图的文件:
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 楼主| 发表于 2015-3-24 16:16:40 | 显示全部楼层
六、安装配置hdf5库
把hdf5-1.8.14.tar解压到 /usr文件夹下,然后进入/usr/hdf5-1.8.14文件目录下,终端运行:
cd /usr/hdf5-1.8.14
./configure --prefix=/usr/local/HDF5 --with-zlib=/usr/local/zlib
make
make check
make install
然后等,时间较漫长,可以先让电脑跑步,玩会手机。。。
完成后,接着设置环境变量:
我当时就是没设置这玩意,接着安装netcdf就一直出现
Error "Can't find or link to the hdf5 library"
这样的报错。

gedit ~/.bashrc
在最后添加下面:
# for hdf5
export CPPFLAGS=-I$PRO_PATH/usr/local/HDF5/include
export LDFLAGS=-L$PRO_PATH/usr/local/HDF5/lib
export LD_LIBRARY_PATH=$PRO_PATH/usr/local/HDF5/lib
保存后退出。
source ~/.bashrc


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 楼主| 发表于 2015-3-24 16:17:24 | 显示全部楼层
本帖最后由 ljh110011 于 2015-3-28 23:55 编辑

七、最新版netcdf安装
说明:由于最新版的netcdf 把c和fortran的代码拆分出来了,但是WRF的编译依赖于netcdf-fortran,而netcdf-fortran的安装依赖与netcdf-c,因此这两个库都需要安装。
在较老版本的WRF安装教程中,还是按老版本netcdf编译描述操作过程,这些操作在新版本的WRF编译中会出错,所以看教程时一定要注意教程里使用的WRF和netcdf版本。
1.安装netcdf-C
注意:此处安装过程可能出现下面两处错误,苦闷折腾了好久,各种修改,总算搞定:
错误:Error "Can't find or link to the z library"
这个错误不晓得怎么解决的,反正我在 新立得包管理器搜索zlibrary(如图),看到软件包描述里面有zlibrary提示的全勾上,应用后就好像好了。

不知道对不对,以后有大神有更好的方法麻烦指导一下。
错误:Error "Can't find or link to the hdf5 library"
这个错误在上面设置环境变量后,应该就不会出现了,如再出现,按下面步骤也能解决。
解压netcdf-4.3.3.1.tar.gz到/usr文件目录下,然后
cd /usr/netcdf-4.3.3.1
export CPPFLAGS=-I$PRO_PATH/usr/local/HDF5/include
export LDFLAGS=-L$PRO_PATH/usr/local/HDF5/lib
export LD_LIBRARY_PATH=$PRO_PATH/usr/local/HDF5/lib
以上为解决Error "Can't find or link to the hdf5 library"的方法。
接着继续安装:
./configure --prefix=/usr/local/NETCDF --disable-netcdf-4
make
make check
make install
然后安装好。
2.接着安装netcdf-fortran
解压netcdf-fortran-4.4.2.tar.gz到/usr文件目录下,然后
cd /usr/netcdf-fortran-4.4.2
export CPPFLAGS=-I/usr/local/NETCDF/include
export LDFLAGS=-L/usr/local/NETCDF/lib
以上两句是用来解决:
错误:error: netcdf.h could not be found. Please set CPPFLAGS.
报错问题。
./configure --prefix=/usr/local/NETCDF FC=gfortran
make
make check
make install
安装成功就是如图这样子的。

接着设置环境变量
gedit ~/.bashrc
在最后添加下列语句:
#for netcdf
export NETCDF=/usr/local/NETCDF
export PATH=.:$NETCDF/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$NETCDF/lib:$LD_LIBRARY_PATH
保存后退出
source ~/.bashrc

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