wrfout读取时RuntimeError: NetCDF: HDF error

一大碗年糕

晚上提取wrfout的一个变量的时候突然遇到报错，困扰了好久，restart内核之后相同代码现在又突然自己好了，奇怪了先记录下，不知道有没有人碰到过类似的问题？
Output exceeds the size limit. Open the full output data in a text editor
---------------------------------------------------------------------------
RuntimeError                              Traceback (most recent call last)
<ipython-input-7-a82cf04319b8> in <module>
     34     for t in np.arange(xr.open_dataset(fname).Time.values.shape[0]):
     35         wrfout = xr.open_dataset(fname).sel(Time=t)
---> 36         qu, qv, wrf_ivt = calculate_ivt(wrfout)
     37         ivt4km_l[idx] = wrf_ivt
     38         qu4km_l[idx] = qu

<ipython-input-4-e4ed2ada174a> in calculate_ivt(data)
     59     vwind = data.V
     60     # full pressure in hpa (base state pressure + perturbation pressure)
---> 61     pressure = (data.P +data.PB ) / 100 主要是这个P提取的问题导致
     62     qvapor = data.QVAPOR # + data.QCLOUD to include cloud water
     63

~/miniconda3/envs/python3.8/lib/python3.8/site-packages/xarray/core/_typed_ops.py in __add__(self, other)
    204
    205     def __add__(self, other):
--> 206         return self._binary_op(other, operator.add)
    207
    208     def __sub__(self, other):

~/miniconda3/envs/python3.8/lib/python3.8/site-packages/xarray/core/dataarray.py in _binary_op(self, other, f, reflexive)
   3086
...
src/netCDF4/_netCDF4.pyx in netCDF4._netCDF4.Variable._get()

src/netCDF4/_netCDF4.pyx in netCDF4._netCDF4._ensure_nc_success()

RuntimeError: NetCDF: HDF error

931404656

因为默认的pip或conda安装xarray或者netcdf-python都不支持hdf的netcdf format，只能手动安装

一大碗年糕

931404656 发表于 2022-12-13 10:53
因为默认的pip或conda安装xarray或者netcdf-python都不支持hdf的netcdf format，只能手动安装

感谢意见，就是不知道为什么其他wrfout文件都可以，就这个单独文件不行不知道为什么，后来又出现这个错误，然后restart之后又好了

931404656

用ncdump -k wrfoutfile看看netcdf4还是netcdf3

一大碗年糕

931404656 发表于 2022-12-13 15:08
用ncdump -k wrfoutfile看看netcdf4还是netcdf3

是的看都是hdf5的，格式是对的就很奇怪哈哈

lss19980205

一大碗年糕 发表于 2022-12-13 14:42
感谢意见，就是不知道为什么其他wrfout文件都可以，就这个单独文件不行不知道为什么，后来又出现这个错误 ...

窒息，我遇到了一样的，不知道怎么恢复

qqqin

很神奇，同一批产生的文件，前后时刻都没问题，就中间这个时刻出现无法读取的问题，nudump 也无法读取