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楼主: andrewsoong

netcdf4.2及以上版本的安装:For C and Fortran

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发表于 2014-3-7 21:37:33 | 显示全部楼层

前辈你好,我按照你提供的哈佛大学的这个方法安装结果有两个报错,我用的是ubuntu12.04,ifort和icc都是装的2013xe版,您能帮我看看错在哪里了吗?
zll@zll-ThinkPad-E420:~$ cd ~/GEOS-Chem-Libraries/src
zll@zll-ThinkPad-E420:~/GEOS-Chem-Libraries/src$ make PREFIX=/home/zll/lib
if [ -f zlib-1.2.6/zlib-1.2.6.install ] ; then                    \
       echo '====> ZLIB has already been installed!';                     \
    else                                                                  \
       cd zlib-1.2.6                                                  &&\
       ./configure --prefix=/home/zll/lib --static --64                &&\
       touch zlib-1.2.6.config                                        &&\
       make check                                                    &&\
       make install                                                  &&\
       touch zlib-1.2.6.install                                       &&\
       echo '====> ZLIB was installed successfully!';                     \
    fi                                                                  
Checking for gcc...
Building static library libz.a version 1.2.6 with gcc.
Checking for off64_t... Yes.
Checking for fseeko... Yes.
Checking for unistd.h... Yes.
Checking for stdarg.h... Yes.
Checking whether to use vs[n]printf() or s[n]printf()... using vs[n]printf().
Checking for vsnprintf() in stdio.h... Yes.
Checking for return value of vsnprintf()... Yes.
Checking for attribute(visibility) support... Yes.
make[1]: 正在进入目录 `/home/zll/GEOS-Chem-Libraries/src/zlib-1.2.6'
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -I. -c -o example.o test/example.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o adler32.o adler32.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o crc32.o crc32.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o deflate.o deflate.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o infback.o infback.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o inffast.o inffast.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o inflate.o inflate.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o inftrees.o inftrees.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o trees.o trees.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o zutil.o zutil.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o compress.o compress.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o uncompr.o uncompr.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o gzclose.o gzclose.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o gzlib.o gzlib.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o gzread.o gzread.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o gzwrite.o gzwrite.c
ar rc libz.a adler32.o crc32.o deflate.o infback.o inffast.o inflate.o inftrees.o trees.o zutil.o compress.o uncompr.o gzclose.o gzlib.o gzread.o gzwrite.o
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -o example example.o -L. libz.a
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -I. -c -o minigzip.o test/minigzip.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -o minigzip minigzip.o -L. libz.a
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -I. -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -c -o example64.o test/example.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -o example64 example64.o -L. libz.a
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -I. -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -c -o minigzip64.o test/minigzip.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -o minigzip64 minigzip64.o -L. libz.a
./minigzip: 1: ./minigzip: Syntax error: "(" unexpected
./minigzip: 1: ./minigzip: Syntax error: "(" unexpected
        *** zlib test FAILED ***
make[1]: *** [teststatic] 错误 1
make[1]:正在离开目录 `/home/zll/GEOS-Chem-Libraries/src/zlib-1.2.6'
make: *** [zlib] 错误 2

密码修改失败请联系微信:mofangbao
发表于 2014-3-10 16:46:33 | 显示全部楼层
你用的是gcc,没有用icc,在比较高的版本的ubuntu中,icc貌似被限制了,我自己在用13.04时同样是这个问题!
密码修改失败请联系微信:mofangbao
发表于 2014-3-10 16:49:18 | 显示全部楼层
建议:用ubuntu10.04,所选用的函数库,请参阅:冷冰霜的netcdf安装!
密码修改失败请联系微信:mofangbao
发表于 2014-3-10 17:22:32 | 显示全部楼层
fascism 发表于 2013-10-14 00:57
对了,如何查询自己机器上面的netcdf lib 是C还是fortran的?

FORTRAN和C分开后,lib/目录下,
libnetcdf.a是C的库包,
libnetcdff.a是FORTRAN的库包(相应include/目录下有netcdf.mod)。
密码修改失败请联系微信:mofangbao
 楼主| 发表于 2014-3-10 21:20:58 | 显示全部楼层
龙行天下 发表于 2014-3-7 21:37
前辈你好,我按照你提供的哈佛大学的这个方法安装结果有两个报错,我用的是ubuntu12.04,ifort和icc都是装 ...

我不确定你的机器是否已经安装全了所需的各种库。
GEOS-Chem-Libraries安装步骤
进入GEOS-Chem-Libraries
make PREFIX=root_library_dir GCC=yes(默认使用ifort编译器,GNU C/C++ compilers (gcc, g++))
安装成功后设置环境变量(在.bashrc中添加以下语句)
ROOT_LIBRARY_DIR=root_library_dir
GC_BIN=$ROOT_LIBRARY_DIR/bin
GC_INCLUDE=$ROOT_LIBRARY_DIR/include
GC_LIB=$ROOT_LIBRARY_DIR/lib
export GC_BIN
export GC_INCLUDE
export GC_LIB
这是我安装的步骤。没出现问题。
PS:天道酬勤也安装了,按照我的方法,没问题。
密码修改失败请联系微信:mofangbao
发表于 2014-3-12 16:26:14 | 显示全部楼层
刚看完就又编辑升级了,赞
密码修改失败请联系微信:mofangbao
发表于 2014-3-13 15:17:05 | 显示全部楼层
昨天我都还行看的到,今天怎么还要参与和回复
密码修改失败请联系微信:mofangbao
发表于 2014-3-13 15:29:39 | 显示全部楼层
高人啊!!学习了!
密码修改失败请联系微信:mofangbao
发表于 2014-3-17 19:23:18 | 显示全部楼层
果然是因为我系统的问题,我在64为Ubuntu上按照你的方法果然安装成功了。感谢前辈啊!!!
密码修改失败请联系微信:mofangbao
发表于 2014-3-17 19:24:18 | 显示全部楼层
易易猪 发表于 2014-3-10 16:49
建议:用ubuntu10.04,所选用的函数库,请参阅:冷冰霜的netcdf安装!

还是因为是32位的ubuntu,我在64位ubuntu13.04上安装成功了
密码修改失败请联系微信:mofangbao
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