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GSI同化运行问题

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新浪微博达人勋

发表于 2019-8-13 17:52:34 | 显示全部楼层 |阅读模式

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在安装好GSI后按照官网给出的教程运行,碰到了下面的问题,请问该如何解决??

* . * . * . * . * . * . * . * . * . * . * . * . * . * . * . * . * . * . * . * .
     PROGRAM GSI_ANL HAS BEGUN. COMPILED 1999232.55     ORG: NP23
     STARTING DATE-TIME  AUG 13,2019  17:48:23.065  225  TUE   2458709


state_vectors*init_anasv:  2D-STATE VARIABLES
state_vectors*init_anasv:  3D-STATE VARIABLES
state_vectors*init_anasv: ALL STATE VARIABLES
control_vectors*init_anacv: 2D-CONTROL VARIABLES ARE
control_vectors*init_anacv: 3D-CONTROL VARIABLES ARE
control_vectors*init_anacv: MOTLEY CONTROL VARIABLES
control_vectors*init_anacv: ALL CONTROL VARIABLES   
radiance_mode_init: icloud_fwd= F  iallsky= F  cw_cv= F  iaerosol_fwd= F  iaerosol= F
radiance_mode_init: n_actual_clouds=           0
radiance_mode_init: n_clouds_fwd=           0
radiance_mode_init: n_clouds_jac=           0
radiance_mode_init: n_actual_aerosols=           0
radiance_mode_init: n_aerosols_fwd=           0
radiance_mode_init: n_aerosols_jac=           0
INIT_IO:  reserve units lendian_in=          15  and lendian_out=          66  for little endian i/o
INIT_IO:  set IO server task to mype_io=           0
NST_INIT_NML_: Initializing default NST namelist variables
  at 0 in gsimod, use_gfs_stratosphere,nems_nmmb_regional =  F F
[000]gsimod.gsimain_initialize(): >>> ERROR <<< read(setup) -1
[000]gsimod.gsimain_initialize(): >>> ERROR <<< read(setup) -1
[000]dropdead(): at 20190813:174823.065(z+080000)
[000]dropdead(): at 20190813:174823.065(z+080000)
--------------------------------------------------------------------------
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD
with errorcode 2.


NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.
You may or may not see output from other processes, depending on
exactly when Open MPI kills them.
--------------------------------------------------------------------------




下面是我设置的.ksh
set -x
#
# GSIPROC = processor number used for GSI analysis
#------------------------------------------------
  GSIPROC=1
  ARCH='LINUX'
  ANAL_TIME=2018081212
  JOB_DIR=/home/models/comGSIv3.7_EnKFv1.3/build/run
  RUN_NAME=case01-oneobs-glb
  OBS_ROOT=./case_data/2018081212/obs
  BK_ROOT=./case_data/2018081212/bkg
  GSI_ROOT=/home/models/comGSIv3.7_EnKFv1.3
  CRTM_ROOT=/home/models/comGSIv3.7_EnKFv1.3/CRTM_v2.3.0
  ENS_ROOT=./case_data/2018081212/gfsens
  HH=`echo $ANAL_TIME | cut -c9-10`
  GSI_EXE=/home/models/comGSIv3.7_EnKFv1.3/build/bin/gsi.x  
  WORK_ROOT=${JOB_DIR}/${RUN_NAME}
  FIX_ROOT=${GSI_ROOT}/fix
  GSI_NAMELIST=${GSI_ROOT}/ush/comgsi_namelist.sh
  PREPBUFR=${OBS_ROOT}/rap.t${HH}z.prepbufr.tm00
  BK_FILE=${BK_ROOT}/wrfout_d01_2018-08-12_12:00:00
  if_hybrid=No     # Yes, or, No -- case sensitive !
  if_4DEnVar=No    # Yes, or, No -- case sensitive (set if_hybrid=Yes first)!
  if_observer=No   # Yes, or, No -- case sensitive !
  if_nemsio=No     # Yes, or, No -- case sensitive !
  if_oneob=Yes      # Yes, or, No -- case sensitive !

  bk_core=ARW
  bkcv_option=NAW
  if_clean=clean
#

密码修改失败请联系微信:mofangbao

新浪微博达人勋

 楼主| 发表于 2019-8-14 10:12:34 | 显示全部楼层
有查到说“mpi报错是所有用mpirun运行后非正常退出都会给出的报错”,但是我也没用mpirun并行运行,
密码修改失败请联系微信:mofangbao
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新浪微博达人勋

发表于 2019-8-14 14:50:20 | 显示全部楼层
运行脚本没啥问题,可以看看3.7手册里面需要安装的那些依赖库是不是没装好。
密码修改失败请联系微信:mofangbao
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新浪微博达人勋

 楼主| 发表于 2019-8-14 21:37:26 | 显示全部楼层
现在可以继续运行了,但是在后面又出现了其它的错误(最后标红的地方)。
* . * . * . * . * . * . * . * . * . * . * . * . * . * . * . * . * . * . * . * .
     PROGRAM GSI_ANL HAS BEGUN. COMPILED 1999232.55     ORG: NP23
     STARTING DATE-TIME  AUG 14,2019  21:20:38.381  226  WEN   2458710


state_vectors*init_anasv:  2D-STATE VARIABLES
state_vectors*init_anasv:  3D-STATE VARIABLES
state_vectors*init_anasv: ALL STATE VARIABLES
control_vectors*init_anacv: 2D-CONTROL VARIABLES ARE
control_vectors*init_anacv: 3D-CONTROL VARIABLES ARE
control_vectors*init_anacv: MOTLEY CONTROL VARIABLES
control_vectors*init_anacv: ALL CONTROL VARIABLES   
radiance_mode_init: icloud_fwd= F  iallsky= F  cw_cv= F  iaerosol_fwd= F  iaerosol= F
radiance_mode_init: n_actual_clouds=           0
radiance_mode_init: n_clouds_fwd=           0
radiance_mode_init: n_clouds_jac=           0
radiance_mode_init: n_actual_aerosols=           0
radiance_mode_init: n_aerosols_fwd=           0
radiance_mode_init: n_aerosols_jac=           0
INIT_IO:  reserve units lendian_in=          15  and lendian_out=          66  for little endian i/o
INIT_IO:  set IO server task to mype_io=           0
NST_INIT_NML_: Initializing default NST namelist variables
  at 0 in gsimod, use_gfs_stratosphere,nems_nmmb_regional =  F F
GSI_4DVAR:  nobs_bins =            3
SETUP_4DVAR: nobs_bins =    3, ntlevs_ens =    1
SETUP_4DVAR: allocate array containing time levels for ensemble
SETUP_4DVAR: timelevel =     1 , ens_fhrlevs =     6
SETUP_4DVAR: l4dvar= F
SETUP_4DVAR: l4densvar= F
SETUP_4DVAR: winlen=   2.0000000000000000     
SETUP_4DVAR: winoff=   1.0000000000000000     
SETUP_4DVAR: hr_obsbin=   1.0000000000000000     
SETUP_4DVAR: nobs_bins=           1
SETUP_4DVAR: ntlevs_ens=           1
SETUP_4DVAR: nsubwin,nhr_subwin=           1           2
SETUP_4DVAR: lsqrtb= F
SETUP_4DVAR: lbicg= F
SETUP_4DVAR: lcongrad= F
SETUP_4DVAR: lbfgsmin= F
SETUP_4DVAR: ltlint= F
SETUP_4DVAR: ladtest,ladtest_obs,lgrtest= F F F
SETUP_4DVAR: iwrtinc=          -1
SETUP_4DVAR: lanczosave= F
SETUP_4DVAR: ltcost= F
SETUP_4DVAR: jsiga=          -1
SETUP_4DVAR: nwrvecs=          -1
SETUP_4DVAR: iorthomax=           0
SETUP_4DVAR: liauon= F
SETUP_4DVAR: ljc4tlevs= F
SETUP_4DVAR: ibin_anl=           1
in gsimod: use_gfs_stratosphere,nems_nmmb_regional,wrf_nmm_regional=  F F F
GSIMOD:  ***WARNING*** set l_cloud_analysis=false
INIT_OBSMOD_VARS: reset time window for one or more OBS_INPUT entries to    1.5000000000000000     
INIT_OBSMOD_VARS: ndat_times,ndat_types,ndat=           1          82          82
INIT_OBSMOD_VARS: nhr_assimilation=           2
GSIMOD:  ***WARNING*** reset oberrflg= T
calling gsisub with following input parameters:


&SETUP
GENCODE=  78.000000000000000     ,
FACTQMIN=  0.0000000000000000     ,
FACTQMAX=  0.0000000000000000     ,
CLIP_SUPERSATURATION=F,
FACTV=  0.0000000000000000     ,
FACTL=  0.0000000000000000     ,
FACTP=  0.0000000000000000     ,
FACTG=  0.0000000000000000     ,
FACTW10M=  0.0000000000000000     ,
FACTHOWV=  0.0000000000000000     ,
FACTCLDCH=  0.0000000000000000     ,
R_OPTION=F,
DELTIM=  1200.0000000000000     ,
DTPHYS=  3600.0000000000000     ,
BIASCOR= 0.97999999999999998     , 0.10000000000000001     ,
BCOPTION=          0,
DIURNALBC=  0.0000000000000000     ,
NITER=          0, 2*50         , 48*0          ,
NITER_NO_QC= 51*1000000    ,
MITER=          1,
QOPTION=          2,
CWOPTION=          0,
NHR_ASSIMILATION=          2,
MIN_OFFSET=         60,
PSEUDO_Q2=F,
IOUT_ITER=        220,
NPREDP=          6,
RETRIEVAL=F,
TZR_QC=          1,
TZR_BUFRSAVE=F,
DIAG_RAD=T,
DIAG_PCP=T,
DIAG_CONV=T,
DIAG_OZONE=T,
DIAG_AERO=T,
DIAG_CO=F,
DIAG_LIGHT=T,
IGUESS=         -1,
WRITE_DIAG=F,T,F,T, 47*F,

REDUCE_DIAG=F,
ONEOBTEST=T,
SFCMODEL=F,
DTBDUV_ON=T,
IFACT10=          0,
L_FOTO=F,
OFFTIME_DATA=F,
USE_PBL=F,
USE_COMPRESS=F,
NSIG_EXT=         13,
GPSTOP=  30.000000000000000     ,
PERTURB_OBS=F,
PERTURB_FACT=  1.0000000000000000     ,
OBERROR_TUNE=F,
PRESERVE_RESTART_DATE=F,
CRTM_COEFFS_PATH="./                                                                                                                                                                                                                                                              ",
BERROR_STATS="berror_stats                                                                                                                                                                                                                                                    ",
NEWPC4PRED=T,
ADP_ANGLEBC=T,
ANGORD=          4,
PASSIVE_BC=T,
USE_EDGES=F,
EMISS_BC=T,
UPD_PRED= 20*1.0000000000000000       ,
SSMIS_METHOD=          1,
SSMIS_PRECOND=  1.0000000000000000E-002,
GMI_METHOD=          0,
AMSR2_METHOD=          0,
BIAS_ZERO_START=T,
LOBSDIAGSAVE=F,
LOBSDIAG_FORENKF=F,
L4DVAR=F,
LBICG=F,
LSQRTB=F,
LCONGRAD=F,
LBFGSMIN=F,
LTLINT=F,
NHR_OBSBIN=          1,
NHR_SUBWIN=          2,
MPES_OBSERVER=          0,
OBSDIAGS_ALWAYSLOCAL=F,
NWRVECS=         -1,
IORTHOMAX=          0,
LADTEST=F,
LADTEST_OBS=F,
LGRTEST=F,
LOBSKEEP=F,
LSENSRECOMPUTE=F,
JSIGA=         -1,
LTCOST=F,
LOBSENSFC=F,
LOBSENSJB=F,
LOBSENSINCR=F,
LOBSENSADJ=F,
LOBSENSMIN=F,
IOBSCONV=          0,
IDMODEL=T,
IWRTINC=         -1,
LWRITE4DANL=F,
JITERSTART=          1,
JITEREND=          1,
LOBSERVER=F,
LANCZOSAVE=F,
LLANCDONE=F,
LFERRSCALE=F,
PRINT_DIAG_PCG=F,
TSENSIBLE=F,
LGSCHMIDT=F,
LREAD_OBS_SAVE=F,
LREAD_OBS_SKIP=F,
USE_GFS_OZONE=F,
CHECK_GFS_OZONE_DATE=F,
REGIONAL_OZONE=F,
LWRITE_PREDTERMS=F,
LWRITE_PEAKWT=F,
USE_GFS_NEMSIO=F,
SFCNST_COMB=F,
LIAUON=F,
USE_PREPB_SATWND=F,
L4DENSVAR=F,
ENS_NSTARTHR=          6,
USE_GFS_STRATOSPHERE=F,
PBLEND0=  152.00000000000000     ,
PBLEND1=  79.000000000000000     ,
STEP_START=  1.0000000000000000E-003,
DIAG_PRECON=T,
LRUN_SUBDIRS=F,
USE_SP_EQSPACE=F,
LNESTED_LOOPS=F,
LSINGLERADOB=F,
THIN4D=F,
USE_READIN_ANL_SFCMASK=F,
LUSE_OBSDIAG=F,
ID_DRIFTER=F,
VERBOSE=T,
LSINGLERADAR=F,
SINGLERADAR="KOUN",
LNOBALANCE=F,
IMP_PHYSICS=         99,
LUPP=F,
NETCDF_DIAG=F,
BINARY_DIAG=T,
L_WCP_CWM=F,
/
&GRIDOPTS
JCAP=         62,
JCAP_B=         62,
NSIG=         60,
NLAT=         60,
NLON=         60,
NLAT_REGIONAL=          0,
NLON_REGIONAL=          0,
DIAGNOSTIC_REG=F,
UPDATE_REGSFC=F,
NETCDF=T,
REGIONAL=T,
WRF_NMM_REGIONAL=F,
NEMS_NMMB_REGIONAL=F,
FV3_REGIONAL=F,
WRF_MASS_REGIONAL=T,
TWODVAR_REGIONAL=F,
FILLED_GRID=F,
HALF_GRID=T,
NVEGE_TYPE=         20,
NLAYERS= 200*1          ,
CMAQ_REGIONAL=F,
NMMB_REFERENCE_GRID="H",
GRID_RATIO_NMMB=  1.4142135623730951     ,
GRID_RATIO_FV3_REGIONAL=  1.0000000000000000     ,
GRID_RATIO_WRFMASS=  1.0000000000000000     ,
JCAP_GFS=       1534,
JCAP_CUT=        600,
WRF_MASS_HYBRIDCORD=F,
/
&BKGERR
VS= 0.69999999999999996     ,
NHSCRF=          3,
HZSCL=  1.7000000000000000     , 0.80000000000000004     , 0.50000000000000000     ,
HSWGT= 3*0.33333333333333331      ,
NORH=          2,
NDEG=          4,
NOQ=          3,
BW=  0.0000000000000000     ,
NORSP=          0,
FSTAT=T,
PERT_BERR=F,
PERT_BERR_FCT=  0.0000000000000000     ,
BKGV_FLOWDEP=F,
BKGV_REWGTFCT=  0.0000000000000000     ,
BKGV_WRITE=F,
FPSPROJ=T,
ADJUSTOZVAR=F,
FUT2PS=F,
CWCOVEQQCOV=T,
/
&ANBKGERR
ANISOTROPIC=F,
ANCOVMDL=          0,
TRIAD4=T,
IFILT_ORD=          4,
NPASS=          1,
NORMAL=       -200,
BINOM=T,
NGAUSS=          3,
RGAUSS= 0.50000000000000000     ,  1.0000000000000000     ,  2.0000000000000000     , 17*0.0000000000000000       ,
ANHSWGT= 20*1.0000000000000000       ,
AN_VS=  1.0000000000000000     ,
GRID_RATIO=  2.0000000000000000     ,
GRID_RATIO_P=  0.0000000000000000     ,
NORD_F2A=          4,
AN_FLEN_U= -1.0000000000000000     ,
AN_FLEN_T= -1.0000000000000000     ,
AN_FLEN_Z= -1.0000000000000000     ,
RTMA_SUBDOMAIN_OPTION=F,
RTMA_BKERR_SUB2SLAB=F,
LREADNORM=F,
NSMOOTH=          0,
NSMOOTH_SHAPIRO=          0,
AFACT0=
COVMAP=F,
/
&JCOPTS
LJCDFI=F,
ALPHAJC=  10.000000000000000     ,
SWITCH_ON_DERIVATIVES=F,
TENDSFLAG=F,
LJCPDRY=F,
BAMP_JCPDRY=  0.0000000000000000     ,
EPS_EER= -1.0000000000000000     ,
LJC4TLEVS=F,
/
&STRONGOPTS
REG_TLNMC_TYPE=          1,
TLNMC_OPTION=          0,
NSTRONG=          0,
PERIOD_MAX=  1000000.0000000000     ,
PERIOD_WIDTH= 0.10000000000000001     ,
NVMODES_KEEP=          0,
BALDIAG_FULL=F,
BALDIAG_INC=F,
/
&OBSQC
DFACT= 0.75000000000000000     ,
DFACT1=  3.0000000000000000     ,
ERRADAR_INFLATE=  1.0000000000000000     ,
TDRERR_INFLATE=F,
OBERRFLG=T,
VADFILE="prepbufr  ",
NOIQC=F,
C_VARQC=  2.0000000000000000E-002,
BLACKLST=F,
USE_POQ7=F,
HILBERT_CURVE=F,
TCP_REFPS=  1000.0000000000000     ,
TCP_WIDTH=  50.000000000000000     ,
TCP_ERMIN= 0.75000000000000000     ,
TCP_ERMAX=  5.0000000000000000     ,
QC_NOIRJACO3=F,
QC_NOIRJACO3_POLE=F,
QC_SATWNDS=T,
NJQC=F,
VQC=F,
AIRCRAFT_T_BC_POF=F,
AIRCRAFT_T_BC=F,
AIRCRAFT_T_BC_EXT=F,
BIASPREDT=  1.0000000000000000     ,
UPD_AIRCRAFT=T,
CLEANUP_TAIL=F,
HDIST_AIRCRAFT=  60000.000000000000     ,
BUDDYCHECK_T=F,
BUDDYDIAG_SAVE=F,
VADWND_L2RW_QC=T,
PVIS=  1.0000000000000000     ,
PCLDCH=  1.0000000000000000     ,
SCALE_CV=  1.0000000000000000     ,
ESTVISOE=  1.0000000000000000     ,
ESTCLDCHOE=  1.0000000000000000     ,
VIS_THRES=  16000.000000000000     ,
CLDCH_THRES=  16000.000000000000     ,
/
EXT_SONDE on type 120 = T
  ngroup =            1  dmesh =    1.0000000000000000     
prepqc               t          oneob      t                          1.00   1   0       3.00
prepbufr             t          oneob      t                          1.00   1   0       1.50
prepbufr             q          oneob      q                          1.00   1   0       1.50
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L2SUPEROB_ONLY=F,
/
&LAG_DATA
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INFILE_LAG="inistate_lag.dat                                                                                                                                                                                                                                               ",
LAG_STEPDURATION=  900.00000000000000     ,
LAG_NMAX_BAL=       1000,
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/
&HYBRID_ENSEMBLE
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I_EN_PERTS_IO=          0,
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ENSEMBLE_PATH="                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ",
ENS_FAST_READ=F,
/
&RAPIDREFRESH_CLDSURF
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/
&CHEM
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IN_FNAME="cmaq_input.bin                                                                                                                                                                                                                                                  ",
OUT_FNAME="cmaq_output.bin                                                                                                                                                                                                                                                 ",
INCR_FNAME="chem_increment.bin                                                                                                                                                                                                                                              ",
LAEROANA_GOCART=F,
L_AODERR_TABLE=F,
AOD_QA_LIMIT=          3,
LUSE_DEEPBLUE=F,
AERO_RATIOS=F,
WRF_PM2_5=F,
/
&SINGLEOB_TEST
MAGINNOV=  1.0000000000000000     ,
MAGOBERR= 0.80000000000000004     ,
ONEOB_TYPE="t         ",
OBLAT=  38.000000000000000     ,
OBLON=  279.00000000000000     ,
OBPRES=  500.00000000000000     ,
OBDATTIM= 2018081212,
OBHOURSET=  0.0000000000000000     ,
PCTSWITCH=F,
OBCHAN=          0,
ANEL_RW=  0.0000000000000000     ,
ANAZ_RW=  0.0000000000000000     ,
RANGE_RW=  1000.0000000000000     ,
SSTN="KOUN",
LEARTHREL_RW=F,
/
&NST
NST_GSI=          0,
NSTINFO=          0,
ZSEA1=          0,
ZSEA2=          0,
FAC_DTL=          1,
FAC_TSL=          1,
/
  NetCDF error: No such file or directory
  NetCDF error: No such file or directory
  NetCDF error in wrf_io.F90, line        1078
  NetCDF error in wrf_io.F90, line        1078
CONVERT_NETCDF_MASS:  problem with flnm1 = wrf_inou1, Status =        -1021
  NetCDF error: No such file or directory
  NetCDF error: No such file or directory
  NetCDF error in wrf_io.F90, line        1078
  NetCDF error in wrf_io.F90, line        1078
CONVERT_NETCDF_MASS:  problem with flnm1 = wrf_inout, Status =        -1021
****STOP2****  ABORTING EXECUTION w/code=          74
****STOP2****  ABORTING EXECUTION w/code=          74
--------------------------------------------------------------------------
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD
with errorcode 74.

NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.
You may or may not see output from other processes, depending on
exactly when Open MPI kills them.

--------------------------------------------------------------------------
官网手册上说:
对于某些变量,当它们不在后台字段中时,可能会显示以下NETCDF错误信息。这些错误不会影响GSI运行,因此您可以忽略它们。
rmse_var = QSNOW ndim1=           3
WrfType =          104  WRF_REAL=         104 ierr  =        -1021
ordering = XYZ staggering =  N/A
start_index =            1           1           1           0
end_index =         332         215          50           0
NetCDF error: NetCDF: Variable not found
NetCDF error: NetCDF: Variable not found
NetCDF error in wrf_io.F90, line        2842 Varname QSNOW
NetCDF error in wrf_io.F90, line        2842 Varname QSNOW
但是我上面的结果最终还是出问题了,
密码修改失败请联系微信:mofangbao
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 楼主| 发表于 2019-8-20 09:56:44 | 显示全部楼层
请问上面的错误有哪位碰到过或者知道原因吗?
密码修改失败请联系微信:mofangbao
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新浪微博达人勋

 楼主| 发表于 2019-9-2 11:26:09 | 显示全部楼层
comgsi_run_regional.ksh 是按照教程修改的,namelist没有修改

comgsi_run_regional.ksh

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log

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comgsi_namelist.sh

8.11 KB, 下载次数: 4, 下载积分: 金钱 -5

密码修改失败请联系微信:mofangbao
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新浪微博达人勋

 楼主| 发表于 2019-9-2 11:28:24 | 显示全部楼层
#!/bin/ksh
#####################################################
# machine set up (users should change this part)
#####################################################

set -x
#
# GSIPROC = processor number used for GSI analysis
#------------------------------------------------
  GSIPROC=1
  ARCH='LINUX'

# Supported configurations:
            # IBM_LSF,
            # LINUX, LINUX_LSF, LINUX_PBS,
            # DARWIN_PGI
#
#####################################################
# case set up (users should change this part)
#####################################################
#
# ANAL_TIME= analysis time  (YYYYMMDDHH)
# WORK_ROOT= working directory, where GSI runs
# PREPBURF = path of PreBUFR conventional obs
# BK_FILE  = path and name of background file
# OBS_ROOT = path of observations files
# FIX_ROOT = path of fix files
# GSI_EXE  = path and name of the gsi executable
# ENS_ROOT = path where ensemble background files exist
  ANAL_TIME=2018081212
  JOB_DIR=/home/models/GSI/comGSIv3.7_EnKFv1.3/build/run
     #normally you put run scripts here and submit jobs form here, require a copy of gsi.x at this directory
  RUN_NAME=case01
  OBS_ROOT=./case_data/2018081212/obs
  BK_ROOT=./case_data/2018081212/bkg
  GSI_ROOT=/home/models/GSI/comGSIv3.7_EnKFv1.3
  CRTM_ROOT=/home/models/GSI/comGSIv3.7_EnKFv1.3/CRTM_v2.3.0
  ENS_ROOT=./case_data/2018081212/gfsens
      #ENS_ROOT is not required if not running hybrid EnVAR
  HH=`echo $ANAL_TIME | cut -c9-10`
  GSI_EXE=/home/models/GSI/comGSIv3.7_EnKFv1.3/build/bin/gsi.x  #assume you have a copy of gsi.x here
  WORK_ROOT=${JOB_DIR}/${RUN_NAME}
  FIX_ROOT=${GSI_ROOT}/fix
  GSI_NAMELIST=${GSI_ROOT}/ush/comgsi_namelist.sh
  PREPBUFR=${OBS_ROOT}/rap.t12z.prepbufr.tm00
  BK_FILE=${BK_ROOT}/wrfout_d01_2018-08-12_12:00:00
#
#------------------------------------------------
# bk_core= which WRF core is used as background (NMM or ARW or NMMB)
# bkcv_option= which background error covariance and parameter will be used
#              (GLOBAL or NAM)
# if_clean = clean  : delete temperal files in working directory (default)
#            no     : leave running directory as is (this is for debug only)
# if_observer = Yes  : only used as observation operater for enkf
# if_hybrid   = Yes  : Run GSI as 3D/4D EnVar
# if_4DEnVar  = Yes  : Run GSI as 4D EnVar
# if_nemsio = Yes    : The GFS background files are in NEMSIO format
# if_oneob  = Yes    : Do single observation test
  if_hybrid=No     # Yes, or, No -- case sensitive !
  if_4DEnVar=No    # Yes, or, No -- case sensitive (set if_hybrid=Yes first)!
  if_observer=No   # Yes, or, No -- case sensitive !
  if_nemsio=No     # Yes, or, No -- case sensitive !
  if_oneob=Yes      # Yes, or, No -- case sensitive !

  bk_core=ARW
  bkcv_option=GLOBAL
  if_clean=clean
#
# setup whether to do single obs test
  if [ ${if_oneob} = Yes ]; then
    if_oneobtest='.true.'
  else
    if_oneobtest='.false.'
  fi
#
# setup for GSI 3D/4D EnVar hybrid
  if [ ${if_hybrid} = Yes ] ; then
    PDYa=`echo $ANAL_TIME | cut -c1-8`
    cyca=`echo $ANAL_TIME | cut -c9-10`
    gdate=`date -u -d "$PDYa $cyca -6 hour" +%Y%m%d%H` #guess date is 6hr ago
    gHH=`echo $gdate |cut -c9-10`
    datem1=`date -u -d "$PDYa $cyca -1 hour" +%Y-%m-%d_%H:%M:%S` #1hr ago
    datep1=`date -u -d "$PDYa $cyca 1 hour"  +%Y-%m-%d_%H:%M:%S`  #1hr later
    if [ ${if_nemsio} = Yes ]; then
      if_gfs_nemsio='.true.'
      ENSEMBLE_FILE_mem=${ENS_ROOT}/gdas.t${gHH}z.atmf006s.mem
    else
      if_gfs_nemsio='.false.'
      ENSEMBLE_FILE_mem=${ENS_ROOT}/sfg_${gdate}_fhr06s_mem
    fi

    if [ ${if_4DEnVar} = Yes ] ; then
      BK_FILE_P1=${BK_ROOT}/wrfout_d01_${datep1}
      BK_FILE_M1=${BK_ROOT}/wrfout_d01_${datem1}

      if [ ${if_nemsio} = Yes ]; then
        ENSEMBLE_FILE_mem_p1=${ENS_ROOT}/gdas.t${gHH}z.atmf009s.mem
        ENSEMBLE_FILE_mem_m1=${ENS_ROOT}/gdas.t${gHH}z.atmf003s.mem
      else
        ENSEMBLE_FILE_mem_p1=${ENS_ROOT}/sfg_${gdate}_fhr09s_mem
        ENSEMBLE_FILE_mem_m1=${ENS_ROOT}/sfg_${gdate}_fhr03s_mem
      fi
    fi
  fi

# The following two only apply when if_observer = Yes, i.e. run observation operator for EnKF
# no_member     number of ensemble members
# BK_FILE_mem   path and base for ensemble members
  no_member=20
  BK_FILE_mem=${BK_ROOT}/wrfarw.mem
#
#
#####################################################
# Users should NOT make changes after this point
#####################################################
#
BYTE_ORDER=Big_Endian
# BYTE_ORDER=Little_Endian

case $ARCH in
   'IBM_LSF')
      ###### IBM LSF (Load Sharing Facility)
      RUN_COMMAND="mpirun.lsf " ;;

   'LINUX')
      if [ $GSIPROC = 1 ]; then
         #### Linux workstation - single processor
         RUN_COMMAND=""
      else
         ###### Linux workstation -  mpi run
        RUN_COMMAND="/usr/local/openmpi/2.1.6/bin/mpirun -np ${GSIPROC} "
      fi ;;

   'LINUX_LSF')
      ###### LINUX LSF (Load Sharing Facility)
      RUN_COMMAND="mpirun.lsf " ;;

   'LINUX_PBS')
      #### Linux cluster PBS (Portable Batch System)
      RUN_COMMAND="mpirun -np ${GSIPROC} " ;;

   'DARWIN_PGI')
      ### Mac - mpi run
      if [ $GSIPROC = 1 ]; then
         #### Mac workstation - single processor
         RUN_COMMAND=""
      else
         ###### Mac workstation -  mpi run
         RUN_COMMAND="mpirun -np ${GSIPROC} -machinefile ~/mach "
      fi ;;

   * )
     print "error: $ARCH is not a supported platform configuration."
     exit 1 ;;
esac


##################################################################################
# Check GSI needed environment variables are defined and exist
#

# Make sure ANAL_TIME is defined and in the correct format
if [ ! "${ANAL_TIME}" ]; then
  echo "ERROR: \$ANAL_TIME is not defined!"
  exit 1
fi

# Make sure WORK_ROOT is defined and exists
if [ ! "${WORK_ROOT}" ]; then
  echo "ERROR: \$WORK_ROOT is not defined!"
  exit 1
fi

# Make sure the background file exists
if [ ! -r "${BK_FILE}" ]; then
  echo "ERROR: ${BK_FILE} does not exist!"
  exit 1
fi

# Make sure OBS_ROOT is defined and exists
if [ ! "${OBS_ROOT}" ]; then
  echo "ERROR: \$OBS_ROOT is not defined!"
  exit 1
fi
if [ ! -d "${OBS_ROOT}" ]; then
  echo "ERROR: OBS_ROOT directory '${OBS_ROOT}' does not exist!"
  exit 1
fi

# Set the path to the GSI static files
if [ ! "${FIX_ROOT}" ]; then
  echo "ERROR: \$FIX_ROOT is not defined!"
  exit 1
fi
if [ ! -d "${FIX_ROOT}" ]; then
  echo "ERROR: fix directory '${FIX_ROOT}' does not exist!"
  exit 1
fi

# Set the path to the CRTM coefficients
if [ ! "${CRTM_ROOT}" ]; then
  echo "ERROR: \$CRTM_ROOT is not defined!"
  exit 1
fi
if [ ! -d "${CRTM_ROOT}" ]; then
  echo "ERROR: fix directory '${CRTM_ROOT}' does not exist!"
  exit 1
fi


# Make sure the GSI executable exists
if [ ! -x "${GSI_EXE}" ]; then
  echo "ERROR: ${GSI_EXE} does not exist!"
  exit 1
fi

# Check to make sure the number of processors for running GSI was specified
if [ -z "${GSIPROC}" ]; then
  echo "ERROR: The variable $GSIPROC must be set to contain the number of processors to run GSI"
  exit 1
fi

#
##################################################################################
# Create the ram work directory and cd into it

workdir=${WORK_ROOT}
echo " Create working directory:" ${workdir}

if [ -d "${workdir}" ]; then
  rm -rf ${workdir}
fi
mkdir -p ${workdir}
cd ${workdir}

#
##################################################################################

echo " Copy GSI executable, background file, and link observation bufr to working directory"

# Save a copy of the GSI executable in the workdir
cp ${GSI_EXE} gsi.x

# Bring over background field (it's modified by GSI so we can't link to it)
cp ${BK_FILE} ./wrf_inout
if [ ${if_4DEnVar} = Yes ] ; then
  cp ${BK_FILE_P1} ./wrf_inou3
  cp ${BK_FILE_M1} ./wrf_inou1
fi


# Link to the prepbufr data
ln -s ${PREPBUFR} ./prepbufr

# ln -s ${OBS_ROOT}/gdas1.t${HH}z.sptrmm.tm00.bufr_d tmirrbufr
# Link to the radiance data
srcobsfile[1]=${OBS_ROOT}/gdas1.t${HH}z.satwnd.tm00.bufr_d
gsiobsfile[1]=satwnd
srcobsfile[2]=${OBS_ROOT}/gdas1.t${HH}z.1bamua.tm00.bufr_d
gsiobsfile[2]=amsuabufr
srcobsfile[3]=${OBS_ROOT}/gdas1.t${HH}z.1bhrs4.tm00.bufr_d
gsiobsfile[3]=hirs4bufr
srcobsfile[4]=${OBS_ROOT}/gdas1.t${HH}z.1bmhs.tm00.bufr_d
gsiobsfile[4]=mhsbufr
srcobsfile[5]=${OBS_ROOT}/gdas1.t${HH}z.1bamub.tm00.bufr_d
gsiobsfile[5]=amsubbufr
srcobsfile[6]=${OBS_ROOT}/gdas1.t${HH}z.ssmisu.tm00.bufr_d
gsiobsfile[6]=ssmirrbufr
# srcobsfile[7]=${OBS_ROOT}/gdas1.t${HH}z.airsev.tm00.bufr_d
gsiobsfile[7]=airsbufr
srcobsfile[8]=${OBS_ROOT}/gdas1.t${HH}z.sevcsr.tm00.bufr_d
gsiobsfile[8]=seviribufr
srcobsfile[9]=${OBS_ROOT}/gdas1.t${HH}z.iasidb.tm00.bufr_d
gsiobsfile[9]=iasibufr
srcobsfile[10]=${OBS_ROOT}/gdas1.t${HH}z.gpsro.tm00.bufr_d
gsiobsfile[10]=gpsrobufr
srcobsfile[11]=${OBS_ROOT}/gdas1.t${HH}z.amsr2.tm00.bufr_d
gsiobsfile[11]=amsrebufr
srcobsfile[12]=${OBS_ROOT}/gdas1.t${HH}z.atms.tm00.bufr_d
gsiobsfile[12]=atmsbufr
srcobsfile[13]=${OBS_ROOT}/gdas1.t${HH}z.geoimr.tm00.bufr_d
gsiobsfile[13]=gimgrbufr
srcobsfile[14]=${OBS_ROOT}/gdas1.t${HH}z.gome.tm00.bufr_d
gsiobsfile[14]=gomebufr
srcobsfile[15]=${OBS_ROOT}/gdas1.t${HH}z.omi.tm00.bufr_d
gsiobsfile[15]=omibufr
srcobsfile[16]=${OBS_ROOT}/gdas1.t${HH}z.osbuv8.tm00.bufr_d
gsiobsfile[16]=sbuvbufr
srcobsfile[17]=${OBS_ROOT}/gdas1.t${HH}z.eshrs3.tm00.bufr_d
gsiobsfile[17]=hirs3bufrears
srcobsfile[18]=${OBS_ROOT}/gdas1.t${HH}z.esamua.tm00.bufr_d
gsiobsfile[18]=amsuabufrears
srcobsfile[19]=${OBS_ROOT}/gdas1.t${HH}z.esmhs.tm00.bufr_d
gsiobsfile[19]=mhsbufrears
srcobsfile[20]=${OBS_ROOT}/rap.t${HH}z.nexrad.tm00.bufr_d
gsiobsfile[20]=l2rwbufr
srcobsfile[21]=${OBS_ROOT}/rap.t${HH}z.lgycld.tm00.bufr_d
gsiobsfile[21]=larcglb
srcobsfile[22]=${OBS_ROOT}/gdas1.t${HH}z.glm.tm00.bufr_d
gsiobsfile[22]=
ii=1
while [[ $ii -le 21 ]]; do
   if [ -r "${srcobsfile[$ii]}" ]; then
#      ln -s ${srcobsfile[$ii]}  ${gsiobsfile[$ii]}
      echo "link source obs file ${srcobsfile[$ii]}"
   fi
   (( ii = $ii + 1 ))
done

#
##################################################################################

ifhyb=.false.
if [ ${if_hybrid} = Yes ] ; then
  ls ${ENSEMBLE_FILE_mem}* > filelist02
  if [ ${if_4DEnVar} = Yes ] ; then
    ls ${ENSEMBLE_FILE_mem_p1}* > filelist03
    ls ${ENSEMBLE_FILE_mem_m1}* > filelist01
  fi
  
  nummem=`more filelist02 | wc -l`
  nummem=$((nummem -3 ))

  if [[ ${nummem} -ge 5 ]]; then
    ifhyb=.true.
    ${ECHO} " GSI hybrid uses ${ENSEMBLE_FILE_mem} with n_ens=${nummem}"
  fi
fi
if4d=.false.
if [[ ${ifhyb} = .true. && ${if_4DEnVar} = Yes ]] ; then
  if4d=.true.
fi
#
##################################################################################

echo " Copy fixed files and link CRTM coefficient files to working directory"

# Set fixed files
#   berror   = forecast model background error statistics
#   specoef  = CRTM spectral coefficients
#   trncoef  = CRTM transmittance coefficients
#   emiscoef = CRTM coefficients for IR sea surface emissivity model
#   aerocoef = CRTM coefficients for aerosol effects
#   cldcoef  = CRTM coefficients for cloud effects
#   satinfo  = text file with information about assimilation of brightness temperatures
#   satangl  = angle dependent bias correction file (fixed in time)
#   pcpinfo  = text file with information about assimilation of prepcipitation rates
#   ozinfo   = text file with information about assimilation of ozone data
#   errtable = text file with obs error for conventional data (regional only)
#   convinfo = text file with information about assimilation of conventional data
#   lightinfo= text file with information about assimilation of GLM lightning data
#   bufrtable= text file ONLY needed for single obs test (oneobstest=.true.)
#   bftab_sst= bufr table for sst ONLY needed for sst retrieval (retrieval=.true.)

if [ ${bkcv_option} = GLOBAL ] ; then
  echo ' Use global background error covariance'
  BERROR=${FIX_ROOT}/${BYTE_ORDER}/nam_glb_berror.f77.gcv
  OBERROR=${FIX_ROOT}/prepobs_errtable.global
  if [ ${bk_core} = NMM ] ; then
     ANAVINFO=${FIX_ROOT}/anavinfo_ndas_netcdf_glbe
  fi
  if [ ${bk_core} = ARW ] ; then
    ANAVINFO=${FIX_ROOT}/anavinfo_arw_netcdf_glbe
  fi
  if [ ${bk_core} = NMMB ] ; then
    ANAVINFO=${FIX_ROOT}/anavinfo_nems_nmmb_glb
  fi
else
  echo ' Use NAM background error covariance'
  BERROR=${FIX_ROOT}/${BYTE_ORDER}/nam_nmmstat_na.gcv
  OBERROR=${FIX_ROOT}/nam_errtable.r3dv
  if [ ${bk_core} = NMM ] ; then
     ANAVINFO=${FIX_ROOT}/anavinfo_ndas_netcdf
  fi
  if [ ${bk_core} = ARW ] ; then
     ANAVINFO=${FIX_ROOT}/anavinfo_arw_netcdf
  fi
  if [ ${bk_core} = NMMB ] ; then
     ANAVINFO=${FIX_ROOT}/anavinfo_nems_nmmb
  fi
fi

SATANGL=${FIX_ROOT}/global_satangbias.txt
SATINFO=${FIX_ROOT}/global_satinfo.txt
CONVINFO=${FIX_ROOT}/global_convinfo.txt
OZINFO=${FIX_ROOT}/global_ozinfo.txt
PCPINFO=${FIX_ROOT}/global_pcpinfo.txt
LIGHTINFO=${FIX_ROOT}/global_lightinfo.txt

#  copy Fixed fields to working directory
cp $ANAVINFO anavinfo
cp $BERROR   berror_stats
cp $SATANGL  satbias_angle
cp $SATINFO  satinfo
cp $CONVINFO convinfo
cp $OZINFO   ozinfo
cp $PCPINFO  pcpinfo
cp $LIGHTINFO lightinfo
cp $OBERROR  errtable
#
#    # CRTM Spectral and Transmittance coefficients
CRTM_ROOT_ORDER=${CRTM_ROOT}/${BYTE_ORDER}
emiscoef_IRwater=${CRTM_ROOT_ORDER}/Nalli.IRwater.EmisCoeff.bin
emiscoef_IRice=${CRTM_ROOT_ORDER}/NPOESS.IRice.EmisCoeff.bin
emiscoef_IRland=${CRTM_ROOT_ORDER}/NPOESS.IRland.EmisCoeff.bin
emiscoef_IRsnow=${CRTM_ROOT_ORDER}/NPOESS.IRsnow.EmisCoeff.bin
emiscoef_VISice=${CRTM_ROOT_ORDER}/NPOESS.VISice.EmisCoeff.bin
emiscoef_VISland=${CRTM_ROOT_ORDER}/NPOESS.VISland.EmisCoeff.bin
emiscoef_VISsnow=${CRTM_ROOT_ORDER}/NPOESS.VISsnow.EmisCoeff.bin
emiscoef_VISwater=${CRTM_ROOT_ORDER}/NPOESS.VISwater.EmisCoeff.bin
emiscoef_MWwater=${CRTM_ROOT_ORDER}/FASTEM6.MWwater.EmisCoeff.bin
aercoef=${CRTM_ROOT_ORDER}/AerosolCoeff.bin
cldcoef=${CRTM_ROOT_ORDER}/CloudCoeff.bin

ln -s $emiscoef_IRwater ./Nalli.IRwater.EmisCoeff.bin
ln -s $emiscoef_IRice ./NPOESS.IRice.EmisCoeff.bin
ln -s $emiscoef_IRsnow ./NPOESS.IRsnow.EmisCoeff.bin
ln -s $emiscoef_IRland ./NPOESS.IRland.EmisCoeff.bin
ln -s $emiscoef_VISice ./NPOESS.VISice.EmisCoeff.bin
ln -s $emiscoef_VISland ./NPOESS.VISland.EmisCoeff.bin
ln -s $emiscoef_VISsnow ./NPOESS.VISsnow.EmisCoeff.bin
ln -s $emiscoef_VISwater ./NPOESS.VISwater.EmisCoeff.bin
ln -s $emiscoef_MWwater ./FASTEM6.MWwater.EmisCoeff.bin
ln -s $aercoef  ./AerosolCoeff.bin
ln -s $cldcoef  ./CloudCoeff.bin
# Copy CRTM coefficient files based on entries in satinfo file
for file in `awk '{if($1!~"!"){print $1}}' ./satinfo | sort | uniq` ;do
   ln -s ${CRTM_ROOT_ORDER}/${file}.SpcCoeff.bin ./
   ln -s ${CRTM_ROOT_ORDER}/${file}.TauCoeff.bin ./
done

# Only need this file for single obs test
bufrtable=${FIX_ROOT}/prepobs_prep.bufrtable
cp $bufrtable ./prepobs_prep.bufrtable

# for satellite bias correction
# Users may need to use their own satbias files for correct bias correction
cp ${GSI_ROOT}/fix/comgsi_satbias_in ./satbias_in
cp ${GSI_ROOT}/fix/comgsi_satbias_pc_in ./satbias_pc_in

#
##################################################################################
# Set some parameters for use by the GSI executable and to build the namelist
echo " Build the namelist "

# default is NAM
#   as_op='1.0,1.0,0.5 ,0.7,0.7,0.5,1.0,1.0,'
vs_op='1.0,'
hzscl_op='0.373,0.746,1.50,'
if [ ${bkcv_option} = GLOBAL ] ; then
#   as_op='0.6,0.6,0.75,0.75,0.75,0.75,1.0,1.0'
   vs_op='0.7,'
   hzscl_op='1.7,0.8,0.5,'
fi
if [ ${bk_core} = NMMB ] ; then
   vs_op='0.6,'
fi

# default is NMM
   bk_core_arw='.false.'
   bk_core_nmm='.true.'
   bk_core_nmmb='.false.'
   bk_if_netcdf='.true.'
if [ ${bk_core} = ARW ] ; then
   bk_core_arw='.true.'
   bk_core_nmm='.false.'
   bk_core_nmmb='.false.'
   bk_if_netcdf='.true.'
fi
if [ ${bk_core} = NMMB ] ; then
   bk_core_arw='.false.'
   bk_core_nmm='.false.'
   bk_core_nmmb='.true.'
   bk_if_netcdf='.false.'
fi

if [ ${if_observer} = Yes ] ; then
  nummiter=0
  if_read_obs_save='.true.'
  if_read_obs_skip='.false.'
else
  nummiter=2
  if_read_obs_save='.false.'
  if_read_obs_skip='.false.'
fi

# Build the GSI namelist on-the-fly
. $GSI_NAMELIST

# modify the anavinfo vertical levels based on wrf_inout for WRF ARW and NMM
if [ ${bk_core} = ARW ] || [ ${bk_core} = NMM ] ; then
bklevels=`ncdump -h wrf_inout | grep "bottom_top =" | awk '{print $3}' `
bklevels_stag=`ncdump -h wrf_inout | grep "bottom_top_stag =" | awk '{print $3}' `
anavlevels=`cat anavinfo | grep ' sf ' | tail -1 | awk '{print $2}' `  # levels of sf, vp, u, v, t, etc
anavlevels_stag=`cat anavinfo | grep ' prse ' | tail -1 | awk '{print $2}' `  # levels of prse
sed -i 's/ '$anavlevels'/ '$bklevels'/g' anavinfo
sed -i 's/ '$anavlevels_stag'/ '$bklevels_stag'/g' anavinfo
fi

#
###################################################
#  run  GSI
###################################################
echo ' Run GSI with' ${bk_core} 'background'

case $ARCH in
   'IBM_LSF')
      ${RUN_COMMAND} ./gsi.x < gsiparm.anl > stdout 2>&1  ;;

   * )
      ${RUN_COMMAND} ./gsi.x > stdout 2>&1  ;;
esac

##################################################################
#  run time error check
##################################################################
error=$?

if [ ${error} -ne 0 ]; then
  echo "ERROR: ${GSI} crashed  Exit status=${error}"
  exit ${error}
fi

#
##################################################################
#
#   GSI updating satbias_in
#
# GSI updating satbias_in (only for cycling assimilation)

# Copy the output to more understandable names
ln -s stdout      stdout.anl.${ANAL_TIME}
ln -s wrf_inout   wrfanl.${ANAL_TIME}
ln -s fort.201    fit_p1.${ANAL_TIME}
ln -s fort.202    fit_w1.${ANAL_TIME}
ln -s fort.203    fit_t1.${ANAL_TIME}
ln -s fort.204    fit_q1.${ANAL_TIME}
ln -s fort.207    fit_rad1.${ANAL_TIME}

# Loop over first and last outer loops to generate innovation
# diagnostic files for indicated observation types (groups)
#
# NOTE:  Since we set miter=2 in GSI namelist SETUP, outer
#        loop 03 will contain innovations with respect to
#        the analysis.  Creation of o-a innovation files
#        is triggered by write_diag(3)=.true.  The setting
#        write_diag(1)=.true. turns on creation of o-g
#        innovation files.
#

loops="01 03"
for loop in $loops; do

case $loop in
  01) string=ges;;
  03) string=anl;;
   *) string=$loop;;
esac

#  Collect diagnostic files for obs types (groups) below
#   listall="conv amsua_metop-a mhs_metop-a hirs4_metop-a hirs2_n14 msu_n14 \
#          sndr_g08 sndr_g10 sndr_g12 sndr_g08_prep sndr_g10_prep sndr_g12_prep \
#          sndrd1_g08 sndrd2_g08 sndrd3_g08 sndrd4_g08 sndrd1_g10 sndrd2_g10 \
#          sndrd3_g10 sndrd4_g10 sndrd1_g12 sndrd2_g12 sndrd3_g12 sndrd4_g12 \
#          hirs3_n15 hirs3_n16 hirs3_n17 amsua_n15 amsua_n16 amsua_n17 \
#          amsub_n15 amsub_n16 amsub_n17 hsb_aqua airs_aqua amsua_aqua \
#          goes_img_g08 goes_img_g10 goes_img_g11 goes_img_g12 \
#          pcp_ssmi_dmsp pcp_tmi_trmm sbuv2_n16 sbuv2_n17 sbuv2_n18 \
#          omi_aura ssmi_f13 ssmi_f14 ssmi_f15 hirs4_n18 amsua_n18 mhs_n18 \
#          amsre_low_aqua amsre_mid_aqua amsre_hig_aqua ssmis_las_f16 \
#          ssmis_uas_f16 ssmis_img_f16 ssmis_env_f16 mhs_metop_b \
#          hirs4_metop_b hirs4_n19 amusa_n19 mhs_n19 goes_glm_16"
listall=`ls pe* | cut -f2 -d"." | awk '{print substr($0, 0, length($0)-3)}' | sort | uniq `

   for type in $listall; do
      count=`ls pe*${type}_${loop}* | wc -l`
      if [[ $count -gt 0 ]]; then
         cat pe*${type}_${loop}* > diag_${type}_${string}.${ANAL_TIME}
      fi
   done
done

#  Clean working directory to save only important files
ls -l * > list_run_directory
if [[ ${if_clean} = clean  &&  ${if_observer} != Yes ]]; then
  echo ' Clean working directory after GSI run'
  rm -f *Coeff.bin     # all CRTM coefficient files
  rm -f pe0*           # diag files on each processor
  rm -f obs_input.*    # observation middle files
  rm -f siganl sigf0?  # background middle files
  rm -f fsize_*        # delete temperal file for bufr size
fi
#
#
#################################################
# start to calculate diag files for each member
#################################################
#
if [ ${if_observer} = Yes ] ; then
  string=ges
  for type in $listall; do
    count=0
    if [[ -f diag_${type}_${string}.${ANAL_TIME} ]]; then
       mv diag_${type}_${string}.${ANAL_TIME} diag_${type}_${string}.ensmean
    fi
  done
  mv wrf_inout wrf_inout_ensmean

# Build the GSI namelist on-the-fly for each member
  nummiter=0
  if_read_obs_save='.false.'
  if_read_obs_skip='.true.'
. $GSI_NAMELIST

# Loop through each member
  loop="01"
  ensmem=1
  while [[ $ensmem -le $no_member ]];do

     rm pe0*

     print "\$ensmem is $ensmem"
     ensmemid=`printf %3.3i $ensmem`

# get new background for each member
     if [[ -f wrf_inout ]]; then
       rm wrf_inout
     fi

     BK_FILE=${BK_FILE_mem}${ensmemid}
     echo $BK_FILE
     ln -s $BK_FILE wrf_inout

#  run  GSI
     echo ' Run GSI with' ${bk_core} 'for member ', ${ensmemid}

     case $ARCH in
        'IBM_LSF')
           ${RUN_COMMAND} ./gsi.x < gsiparm.anl > stdout_mem${ensmemid} 2>&1  ;;

        * )
           ${RUN_COMMAND} ./gsi.x > stdout_mem${ensmemid} 2>&1 ;;
     esac

#  run time error check and save run time file status
     error=$?

     if [ ${error} -ne 0 ]; then
       echo "ERROR: ${GSI} crashed for member ${ensmemid} Exit status=${error}"
       exit ${error}
     fi

     ls -l * > list_run_directory_mem${ensmemid}

# generate diag files

     for type in $listall; do
           count=`ls pe*${type}_${loop}* | wc -l`
        if [[ $count -gt 0 ]]; then
           cat pe*${type}_${loop}* > diag_${type}_${string}.mem${ensmemid}
        fi
     done

# next member
     (( ensmem += 1 ))
      
  done

fi

exit 0
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 楼主| 发表于 2019-9-2 11:30:25 | 显示全部楼层

cat <<EOF > gsiparm.anl

&SETUP
   miter=${nummiter},niter(1)=50,niter(2)=50,
   write_diag(1)=.true.,write_diag(2)=.false.,write_diag(3)=.true.,
   gencode=78,qoption=2,
   factqmin=0.0,factqmax=0.0,
   iguess=-1,
   oneobtest=${if_oneobtest},retrieval=.false.,
   nhr_assimilation=2,l_foto=.false.,
   use_pbl=.false.,verbose=.true.,
   lread_obs_save=${if_read_obs_save},lread_obs_skip=${if_read_obs_skip},
   newpc4pred=.true.,adp_anglebc=.true.,angord=4,
   passive_bc=.true.,use_edges=.false.,emiss_bc=.true.,
   diag_precon=.true.,step_start=1.e-3,
   l4densvar=${if4d},nhr_obsbin=1,min_offset=60,
   use_gfs_nemsio=${if_gfs_nemsio},
/
&GRIDOPTS
   JCAP=62,JCAP_B=62,NLAT=60,NLON=60,nsig=60,regional=.true.,
   wrf_nmm_regional=${bk_core_nmm},wrf_mass_regional=${bk_core_arw},
   nems_nmmb_regional=${bk_core_nmmb},nmmb_reference_grid='H',diagnostic_reg=.false.,
   filled_grid=.false.,half_grid=.true.,netcdf=${bk_if_netcdf},
/
&BKGERR
   vs=${vs_op}
   hzscl=${hzscl_op}
   bw=0.,fstat=.true.,
/
&ANBKGERR
/
&JCOPTS
/
&STRONGOPTS
/
&OBSQC
   dfact=0.75,dfact1=3.0,noiqc=.false.,c_varqc=0.02,vadfile='prepbufr',
/
&OBS_INPUT
   dmesh(1)=120.0,dmesh(2)=60.0,dmesh(3)=30,time_window_max=1.5,ext_sonde=.true.,
/
OBS_INPUT::
!  dfile          dtype       dplat     dsis                 dval    dthin dsfcalc
   prepbufr       ps          null      ps                   1.0     0     0
   prepbufr       t           null      t                    1.0     0     0
   prepbufr       q           null      q                    1.0     0     0
   prepbufr       pw          null      pw                   1.0     0     0
   satwndbufr     uv          null      uv                   1.0     0     0
   prepbufr       uv          null      uv                   1.0     0     0
   prepbufr       spd         null      spd                  1.0     0     0
   prepbufr       dw          null      dw                   1.0     0     0
   l2rwbufr       rw          null      rw                   1.0     0     0
   prepbufr       sst         null      sst                  1.0     0     0
   gpsrobufr      gps_ref     null      gps                  1.0     0     0
   ssmirrbufr     pcp_ssmi    dmsp      pcp_ssmi             1.0    -1     0
   tmirrbufr      pcp_tmi     trmm      pcp_tmi              1.0    -1     0
   sbuvbufr       sbuv2       n16       sbuv8_n16            1.0     0     0
   sbuvbufr       sbuv2       n17       sbuv8_n17            1.0     0     0
   sbuvbufr       sbuv2       n18       sbuv8_n18            1.0     0     0
   hirs3bufr      hirs3       n16       hirs3_n16            0.0     1     0
   hirs3bufr      hirs3       n17       hirs3_n17            6.0     1     0
   hirs4bufr      hirs4       metop-a   hirs4_metop-a        6.0     2     0
   hirs4bufr      hirs4       n18       hirs4_n18            0.0     1     0
   hirs4bufr      hirs4       n19       hirs4_n19            1.0     2     0
   hirs4bufr      hirs4       metop-b   hirs4_metop-b        1.0     1     0
   gimgrbufr      goes_img    g11       imgr_g11             0.0     1     0
   gimgrbufr      goes_img    g12       imgr_g12             0.0     1     0
   airsbufr       airs        aqua      airs281SUBSET_aqua  20.0     2     0
   amsuabufr      amsua       n15       amsua_n15           10.0     2     0
   amsuabufr      amsua       n18       amsua_n18           10.0     2     0
   amsuabufr      amsua       n19       amsua_n19           10.0     2     0
   amsuabufr      amsua       metop-a   amsua_metop-a       10.0     2     0
   amsuabufr      amsua       metop-b   amsua_metop-b       10.0     2     0
   airsbufr       amsua       aqua      amsua_aqua           5.0     2     0
   amsubbufr      amsub       n17       amsub_n17            1.0     1     0
   mhsbufr        mhs         n18       mhs_n18              3.0     2     0
   mhsbufr        mhs         n19       mhs_n19              3.0     2     0
   mhsbufr        mhs         metop-a   mhs_metop-a          3.0     2     0
   mhsbufr        mhs         metop-b   mhs_metop-b          3.0     2     0
   ssmitbufr      ssmi        f13       ssmi_f13             0.0     2     0
   ssmitbufr      ssmi        f14       ssmi_f14             0.0     2     0
   ssmitbufr      ssmi        f15       ssmi_f15             0.0     2     0
   amsrebufr      amsre_low   aqua      amsre_aqua           0.0     2     0
   amsrebufr      amsre_mid   aqua      amsre_aqua           0.0     2     0
   amsrebufr      amsre_hig   aqua      amsre_aqua           0.0     2     0
   ssmisbufr      ssmis_las   f16       ssmis_f16            0.0     2     0
   ssmisbufr      ssmis_uas   f16       ssmis_f16            0.0     2     0
   ssmisbufr      ssmis_img   f16       ssmis_f16            0.0     2     0
   ssmisbufr      ssmis_env   f16       ssmis_f16            0.0     2     0
   gsnd1bufr      sndrd1      g12       sndrD1_g12           1.5     1     0
   gsnd1bufr      sndrd2      g12       sndrD2_g12           1.5     1     0
   gsnd1bufr      sndrd3      g12       sndrD3_g12           1.5     1     0
   gsnd1bufr      sndrd4      g12       sndrD4_g12           1.5     1     0
   gsnd1bufr      sndrd1      g11       sndrD1_g11           1.5     1     0
   gsnd1bufr      sndrd2      g11       sndrD2_g11           1.5     1     0
   gsnd1bufr      sndrd3      g11       sndrD3_g11           1.5     1     0
   gsnd1bufr      sndrd4      g11       sndrD4_g11           1.5     1     0
   gsnd1bufr      sndrd1      g13       sndrD1_g13           1.5     1     0
   gsnd1bufr      sndrd2      g13       sndrD2_g13           1.5     1     0
   gsnd1bufr      sndrd3      g13       sndrD3_g13           1.5     1     0
   gsnd1bufr      sndrd4      g13       sndrD4_g13           1.5     1     0
   gsnd1bufr      sndrd1      g15       sndrD1_g15           1.5     2     0
   gsnd1bufr      sndrd2      g15       sndrD2_g15           1.5     2     0
   gsnd1bufr      sndrd3      g15       sndrD3_g15           1.5     2     0
   gsnd1bufr      sndrd4      g15       sndrD4_g15           1.5     2     0
   iasibufr       iasi        metop-a   iasi616_metop-a     20.0     1     0
   gomebufr       gome        metop-a   gome_metop-a         1.0     2     0
   omibufr        omi         aura      omi_aura             1.0     2     0
   sbuvbufr       sbuv2       n19       sbuv8_n19            1.0     0     0
   tcvitl         tcp         null      tcp                  1.0     0     0
   seviribufr     seviri      m08       seviri_m08           1.0     1     0
   seviribufr     seviri      m09       seviri_m09           1.0     1     0
   seviribufr     seviri      m10       seviri_m10           1.0     1     0
   iasibufr       iasi        metop-b   iasi616_metop-b      0.0     1     0
   gomebufr       gome        metop-b   gome_metop-b         0.0     2     0
   atmsbufr       atms        npp       atms_npp             0.0     1     0
   crisbufr       cris        npp       cris_npp             0.0     1     0
   mlsbufr        mls30       aura      mls30_aura           0.0     0     0
   oscatbufr      uv          null      uv                   0.0     0     0
   prepbufr       mta_cld     null      mta_cld              1.0     0     0
   prepbufr       gos_ctp     null      gos_ctp              1.0     0     0
   refInGSI       rad_ref     null      rad_ref              1.0     0     0
   lghtInGSI      lghtn       null      lghtn                1.0     0     0
   larcglb        larcglb     null      larcglb              1.0     0     0
   glmbufr        light       g16         light              0.0     0     0
::
&SUPEROB_RADAR
   del_azimuth=5.,del_elev=.25,del_range=5000.,del_time=.5,elev_angle_max=5.,minnum=50,range_max=100000.,
   l2superob_only=.false.,
/
&LAG_DATA
/
&HYBRID_ENSEMBLE
   l_hyb_ens=${ifhyb},
   uv_hyb_ens=.true.,
   aniso_a_en=.false.,generate_ens=.false.,
   n_ens=${nummem},
   beta_s0=0.5,s_ens_h=110,s_ens_v=3,
   regional_ensemble_option=1,
   pseudo_hybens = .false.,
   grid_ratio_ens = 1,
   l_ens_in_diff_time=.true.,
   ensemble_path='',
/
&RAPIDREFRESH_CLDSURF
/
&CHEM
/
&NST
/
&SINGLEOB_TEST
   maginnov=1.0,magoberr=0.8,oneob_type='t',
   oblat=38.,oblon=279.,obpres=500.,obdattim=${ANAL_TIME},
   obhourset=0.,
/
EOF
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 楼主| 发表于 2019-9-2 11:32:26 | 显示全部楼层


* . * . * . * . * . * . * . * . * . * . * . * . * . * . * . * . * . * . * . * .
     PROGRAM GSI_ANL HAS BEGUN. COMPILED 1999232.55     ORG: NP23
     STARTING DATE-TIME  SEP 02,2019  09:08:51.873  245  MON   2458729


gsi_metguess_mod*init_:  2D-MET STATE VARIABLES:
ps
z
gsi_metguess_mod*init_:  3D-MET STATE VARIABLES:
u
v
div
vor
tv
q
oz
cw
gsi_metguess_mod*init_: ALL MET STATE VARIABLES:
u
v
div
vor
tv
q
oz
cw
ps
z
state_vectors*init_anasv:  2D-STATE VARIABLES ps                              sst                             
state_vectors*init_anasv:  3D-STATE VARIABLES u                               v                               tv                              tsen                            q                               oz                              cw                              prse                           
state_vectors*init_anasv: ALL STATE VARIABLES u                               v                               tv                              tsen                            q                               oz                              cw                              prse                            ps                              sst                             
control_vectors*init_anacv: 2D-CONTROL VARIABLES ARE ps                              sst                             
control_vectors*init_anacv: 3D-CONTROL VARIABLES ARE sf                              vp                              t                               q                               oz                              cw                              
control_vectors*init_anacv: MOTLEY CONTROL VARIABLES stl                             sti                             
control_vectors*init_anacv: ALL CONTROL VARIABLES    sf                              vp                              ps                              t                               q                               oz                              sst                             cw                              stl                             sti                             
radiance_mode_init: icloud_fwd= F  iallsky= F  cw_cv= T  iaerosol_fwd= F  iaerosol= F
radiance_mode_init: n_actual_clouds=           1
radiance_mode_init: cloud_names=cw                  
radiance_mode_init: n_clouds_fwd=           0
radiance_mode_init: n_clouds_jac=           0
radiance_mode_init: n_actual_aerosols=           0
radiance_mode_init: n_aerosols_fwd=           0
radiance_mode_init: n_aerosols_jac=           0
INIT_IO:  reserve units lendian_in=          15  and lendian_out=          66  for little endian i/o
INIT_IO:  set IO server task to mype_io=           0
NST_INIT_NML_: Initializing default NST namelist variables
  at 0 in gsimod, use_gfs_stratosphere,nems_nmmb_regional =  F F
GSI_4DVAR:  nobs_bins =            3
SETUP_4DVAR: nobs_bins =    3, ntlevs_ens =    1
SETUP_4DVAR: allocate array containing time levels for ensemble
SETUP_4DVAR: timelevel =     1 , ens_fhrlevs =     6
SETUP_4DVAR: l4dvar= F
SETUP_4DVAR: l4densvar= F
SETUP_4DVAR: winlen=   2.0000000000000000     
SETUP_4DVAR: winoff=   1.0000000000000000     
SETUP_4DVAR: hr_obsbin=   1.0000000000000000     
SETUP_4DVAR: nobs_bins=           1
SETUP_4DVAR: ntlevs_ens=           1
SETUP_4DVAR: nsubwin,nhr_subwin=           1           2
SETUP_4DVAR: lsqrtb= F
SETUP_4DVAR: lbicg= F
SETUP_4DVAR: lcongrad= F
SETUP_4DVAR: lbfgsmin= F
SETUP_4DVAR: ltlint= F
SETUP_4DVAR: ladtest,ladtest_obs,lgrtest= F F F
SETUP_4DVAR: iwrtinc=          -1
SETUP_4DVAR: lanczosave= F
SETUP_4DVAR: ltcost= F
SETUP_4DVAR: jsiga=          -1
SETUP_4DVAR: nwrvecs=          -1
SETUP_4DVAR: iorthomax=           0
SETUP_4DVAR: liauon= F
SETUP_4DVAR: ljc4tlevs= F
SETUP_4DVAR: ibin_anl=           1
in gsimod: use_gfs_stratosphere,nems_nmmb_regional,wrf_nmm_regional=  F F F
GSIMOD:  ***WARNING*** set l_cloud_analysis=false
INIT_OBSMOD_VARS: reset time window for one or more OBS_INPUT entries to    1.5000000000000000     
INIT_OBSMOD_VARS: ndat_times,ndat_types,ndat=           1          82          82
INIT_OBSMOD_VARS: nhr_assimilation=           2
GSIMOD:  ***WARNING*** reset oberrflg= T
calling gsisub with following input parameters:


&SETUP
GENCODE=  78.000000000000000     ,
FACTQMIN=  0.0000000000000000     ,
FACTQMAX=  0.0000000000000000     ,
CLIP_SUPERSATURATION=F,
FACTV=  0.0000000000000000     ,
FACTL=  0.0000000000000000     ,
FACTP=  0.0000000000000000     ,
FACTG=  0.0000000000000000     ,
FACTW10M=  0.0000000000000000     ,
FACTHOWV=  0.0000000000000000     ,
FACTCLDCH=  0.0000000000000000     ,
R_OPTION=F,
DELTIM=  1200.0000000000000     ,
DTPHYS=  3600.0000000000000     ,
BIASCOR= 0.97999999999999998     , 0.10000000000000001     ,
BCOPTION=          0,
DIURNALBC=  0.0000000000000000     ,
NITER=          0, 2*50         , 48*0          ,
NITER_NO_QC= 51*1000000    ,
MITER=          1,
QOPTION=          2,
CWOPTION=          0,
NHR_ASSIMILATION=          2,
MIN_OFFSET=         60,
PSEUDO_Q2=F,
IOUT_ITER=        220,
NPREDP=          6,
RETRIEVAL=F,
TZR_QC=          1,
TZR_BUFRSAVE=F,
DIAG_RAD=T,
DIAG_PCP=T,
DIAG_CONV=T,
DIAG_OZONE=T,
DIAG_AERO=T,
DIAG_CO=F,
DIAG_LIGHT=T,
IGUESS=         -1,
WRITE_DIAG=F,T,F,T, 47*F,

REDUCE_DIAG=F,
ONEOBTEST=T,
SFCMODEL=F,
DTBDUV_ON=T,
IFACT10=          0,
L_FOTO=F,
OFFTIME_DATA=F,
USE_PBL=F,
USE_COMPRESS=F,
NSIG_EXT=         13,
GPSTOP=  30.000000000000000     ,
PERTURB_OBS=F,
PERTURB_FACT=  1.0000000000000000     ,
OBERROR_TUNE=F,
PRESERVE_RESTART_DATE=F,
CRTM_COEFFS_PATH="./                                                                                                                                                                                                                                                              ",
BERROR_STATS="berror_stats                                                                                                                                                                                                                                                    ",
NEWPC4PRED=T,
ADP_ANGLEBC=T,
ANGORD=          4,
PASSIVE_BC=T,
USE_EDGES=F,
EMISS_BC=T,
UPD_PRED= 20*1.0000000000000000       ,
SSMIS_METHOD=          1,
SSMIS_PRECOND=  1.0000000000000000E-002,
GMI_METHOD=          0,
AMSR2_METHOD=          0,
BIAS_ZERO_START=T,
LOBSDIAGSAVE=F,
LOBSDIAG_FORENKF=F,
L4DVAR=F,
LBICG=F,
LSQRTB=F,
LCONGRAD=F,
LBFGSMIN=F,
LTLINT=F,
NHR_OBSBIN=          1,
NHR_SUBWIN=          2,
MPES_OBSERVER=          0,
OBSDIAGS_ALWAYSLOCAL=F,
NWRVECS=         -1,
IORTHOMAX=          0,
LADTEST=F,
LADTEST_OBS=F,
LGRTEST=F,
LOBSKEEP=F,
LSENSRECOMPUTE=F,
JSIGA=         -1,
LTCOST=F,
LOBSENSFC=F,
LOBSENSJB=F,
LOBSENSINCR=F,
LOBSENSADJ=F,
LOBSENSMIN=F,
IOBSCONV=          0,
IDMODEL=T,
IWRTINC=         -1,
LWRITE4DANL=F,
JITERSTART=          1,
JITEREND=          1,
LOBSERVER=F,
LANCZOSAVE=F,
LLANCDONE=F,
LFERRSCALE=F,
PRINT_DIAG_PCG=F,
TSENSIBLE=F,
LGSCHMIDT=F,
LREAD_OBS_SAVE=F,
LREAD_OBS_SKIP=F,
USE_GFS_OZONE=F,
CHECK_GFS_OZONE_DATE=F,
REGIONAL_OZONE=F,
LWRITE_PREDTERMS=F,
LWRITE_PEAKWT=F,
USE_GFS_NEMSIO=F,
SFCNST_COMB=F,
LIAUON=F,
USE_PREPB_SATWND=F,
L4DENSVAR=F,
ENS_NSTARTHR=          6,
USE_GFS_STRATOSPHERE=F,
PBLEND0=  152.00000000000000     ,
PBLEND1=  79.000000000000000     ,
STEP_START=  1.0000000000000000E-003,
DIAG_PRECON=T,
LRUN_SUBDIRS=F,
USE_SP_EQSPACE=F,
LNESTED_LOOPS=F,
LSINGLERADOB=F,
THIN4D=F,
USE_READIN_ANL_SFCMASK=F,
LUSE_OBSDIAG=F,
ID_DRIFTER=F,
VERBOSE=T,
LSINGLERADAR=F,
SINGLERADAR="KOUN",
LNOBALANCE=F,
IMP_PHYSICS=         99,
LUPP=F,
NETCDF_DIAG=F,
BINARY_DIAG=T,
L_WCP_CWM=F,
/
&GRIDOPTS
JCAP=         62,
JCAP_B=         62,
NSIG=         60,
NLAT=         60,
NLON=         60,
NLAT_REGIONAL=          0,
NLON_REGIONAL=          0,
DIAGNOSTIC_REG=F,
UPDATE_REGSFC=F,
NETCDF=T,
REGIONAL=T,
WRF_NMM_REGIONAL=F,
NEMS_NMMB_REGIONAL=F,
FV3_REGIONAL=F,
WRF_MASS_REGIONAL=T,
TWODVAR_REGIONAL=F,
FILLED_GRID=F,
HALF_GRID=T,
NVEGE_TYPE=         20,
NLAYERS= 200*1          ,
CMAQ_REGIONAL=F,
NMMB_REFERENCE_GRID="H",
GRID_RATIO_NMMB=  1.4142135623730951     ,
GRID_RATIO_FV3_REGIONAL=  1.0000000000000000     ,
GRID_RATIO_WRFMASS=  1.0000000000000000     ,
JCAP_GFS=       1534,
JCAP_CUT=        600,
WRF_MASS_HYBRIDCORD=F,
/
&BKGERR
VS= 0.69999999999999996     ,
NHSCRF=          3,
HZSCL=  1.7000000000000000     , 0.80000000000000004     , 0.50000000000000000     ,
HSWGT= 3*0.33333333333333331      ,
NORH=          2,
NDEG=          4,
NOQ=          3,
BW=  0.0000000000000000     ,
NORSP=          0,
FSTAT=T,
PERT_BERR=F,
PERT_BERR_FCT=  0.0000000000000000     ,
BKGV_FLOWDEP=F,
BKGV_REWGTFCT=  0.0000000000000000     ,
BKGV_WRITE=F,
FPSPROJ=T,
ADJUSTOZVAR=F,
FUT2PS=F,
CWCOVEQQCOV=T,
/
&ANBKGERR
ANISOTROPIC=F,
ANCOVMDL=          0,
TRIAD4=T,
IFILT_ORD=          4,
NPASS=          1,
NORMAL=       -200,
BINOM=T,
NGAUSS=          3,
RGAUSS= 0.50000000000000000     ,  1.0000000000000000     ,  2.0000000000000000     , 17*0.0000000000000000       ,
ANHSWGT= 20*1.0000000000000000       ,
AN_VS=  1.0000000000000000     ,
GRID_RATIO=  2.0000000000000000     ,
GRID_RATIO_P=  0.0000000000000000     ,
NORD_F2A=          4,
AN_FLEN_U= -1.0000000000000000     ,
AN_FLEN_T= -1.0000000000000000     ,
AN_FLEN_Z= -1.0000000000000000     ,
RTMA_SUBDOMAIN_OPTION=F,
RTMA_BKERR_SUB2SLAB=F,
LREADNORM=F,
NSMOOTH=          0,
NSMOOTH_SHAPIRO=          0,
AFACT0= 10*0.0000000000000000       ,
COVMAP=F,
/
&JCOPTS
LJCDFI=F,
ALPHAJC=  10.000000000000000     ,
SWITCH_ON_DERIVATIVES=F,
TENDSFLAG=F,
LJCPDRY=F,
BAMP_JCPDRY=  0.0000000000000000     ,
EPS_EER= -1.0000000000000000     ,
LJC4TLEVS=F,
/
&STRONGOPTS
REG_TLNMC_TYPE=          1,
TLNMC_OPTION=          0,
NSTRONG=          0,
PERIOD_MAX=  1000000.0000000000     ,
PERIOD_WIDTH= 0.10000000000000001     ,
NVMODES_KEEP=          0,
BALDIAG_FULL=F,
BALDIAG_INC=F,
/
&OBSQC
DFACT= 0.75000000000000000     ,
DFACT1=  3.0000000000000000     ,
ERRADAR_INFLATE=  1.0000000000000000     ,
TDRERR_INFLATE=F,
OBERRFLG=T,
VADFILE="prepbufr  ",
NOIQC=F,
C_VARQC=  2.0000000000000000E-002,
BLACKLST=F,
USE_POQ7=F,
HILBERT_CURVE=F,
TCP_REFPS=  1000.0000000000000     ,
TCP_WIDTH=  50.000000000000000     ,
TCP_ERMIN= 0.75000000000000000     ,
TCP_ERMAX=  5.0000000000000000     ,
QC_NOIRJACO3=F,
QC_NOIRJACO3_POLE=F,
QC_SATWNDS=T,
NJQC=F,
VQC=F,
AIRCRAFT_T_BC_POF=F,
AIRCRAFT_T_BC=F,
AIRCRAFT_T_BC_EXT=F,
BIASPREDT=  1.0000000000000000     ,
UPD_AIRCRAFT=T,
CLEANUP_TAIL=F,
HDIST_AIRCRAFT=  60000.000000000000     ,
BUDDYCHECK_T=F,
BUDDYDIAG_SAVE=F,
VADWND_L2RW_QC=T,
PVIS=  1.0000000000000000     ,
PCLDCH=  1.0000000000000000     ,
SCALE_CV=  1.0000000000000000     ,
ESTVISOE=  1.0000000000000000     ,
ESTCLDCHOE=  1.0000000000000000     ,
VIS_THRES=  16000.000000000000     ,
CLDCH_THRES=  16000.000000000000     ,
/
EXT_SONDE on type 120 = T
  ngroup =            1  dmesh =    1.0000000000000000     
prepqc               t          oneob      t                          1.00   1   0       3.00
prepbufr             t          oneob      t                          1.00   1   0       1.50
prepbufr             q          oneob      q                          1.00   1   0       1.50
prepbufr             pw         oneob      pw                         1.00   1   0       1.50
satwndbufr           uv         oneob      uv                         1.00   1   0       1.50
prepbufr             uv         oneob      uv                         1.00   1   0       1.50
prepbufr             spd        oneob      spd                        1.00   1   0       1.50
prepbufr             dw         oneob      dw                         1.00   1   0       1.50
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prepbufr             sst        oneob      sst                        1.00   1   0       1.50
gpsrobufr            gps_ref    oneob      gps                        1.00   1   0       1.50
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sbuvbufr             sbuv2      oneob      sbuv8_n16                  1.00   1   0       1.50
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gimgrbufr            goes_img   oneob      imgr_g12                   1.00   1   0       1.50
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amsuabufr            amsua      oneob      amsua_n15                  1.00   1   0       1.50
amsuabufr            amsua      oneob      amsua_n18                  1.00   1   0       1.50
amsuabufr            amsua      oneob      amsua_n19                  1.00   1   0       1.50
amsuabufr            amsua      oneob      amsua_metop-a              1.00   1   0       1.50
amsuabufr            amsua      oneob      amsua_metop-b              1.00   1   0       1.50
airsbufr             amsua      oneob      amsua_aqua                 1.00   1   0       1.50
amsubbufr            amsub      oneob      amsub_n17                  1.00   1   0       1.50
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gsnd1bufr            sndrd2     oneob      sndrD2_g12                 1.00   1   0       1.50
gsnd1bufr            sndrd3     oneob      sndrD3_g12                 1.00   1   0       1.50
gsnd1bufr            sndrd4     oneob      sndrD4_g12                 1.00   1   0       1.50
gsnd1bufr            sndrd1     oneob      sndrD1_g11                 1.00   1   0       1.50
gsnd1bufr            sndrd2     oneob      sndrD2_g11                 1.00   1   0       1.50
gsnd1bufr            sndrd3     oneob      sndrD3_g11                 1.00   1   0       1.50
gsnd1bufr            sndrd4     oneob      sndrD4_g11                 1.00   1   0       1.50
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gsnd1bufr            sndrd2     oneob      sndrD2_g13                 1.00   1   0       1.50
gsnd1bufr            sndrd3     oneob      sndrD3_g13                 1.00   1   0       1.50
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gsnd1bufr            sndrd1     oneob      sndrD1_g15                 1.00   1   0       1.50
gsnd1bufr            sndrd2     oneob      sndrD2_g15                 1.00   1   0       1.50
gsnd1bufr            sndrd3     oneob      sndrD3_g15                 1.00   1   0       1.50
gsnd1bufr            sndrd4     oneob      sndrD4_g15                 1.00   1   0       1.50
iasibufr             iasi       oneob      iasi_metop-a               1.00   1   0       1.50
gomebufr             gome       oneob      gome_metop-a               1.00   1   0       1.50
omibufr              omi        oneob      omi_aura                   1.00   1   0       1.50
sbuvbufr             sbuv2      oneob      sbuv8_n19                  1.00   1   0       1.50
tcvitl               tcp        oneob      tcp                        1.00   1   0       1.50
seviribufr           seviri     oneob      seviri_m08                 1.00   1   0       1.50
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seviribufr           seviri     oneob      seviri_m10                 1.00   1   0       1.50
iasibufr             iasi       oneob      iasi_metop-b               1.00   1   0       1.50
gomebufr             gome       oneob      gome_metop-b               1.00   1   0       1.50
atmsbufr             atms       oneob      atms_npp                   1.00   1   0       1.50
crisbufr             cris       oneob      cris_npp                   1.00   1   0       1.50
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oscatbufr            uv         oneob      uv                         1.00   1   0       1.50
prepbufr             mta_cld    oneob      mta_cld                    1.00   1   0       1.50
prepbufr             gos_ctp    oneob      gos_ctp                    1.00   1   0       1.50
refInGSI             rad_ref    oneob      rad_ref                    1.00   1   0       1.50
lghtInGSI            lghtn      oneob      lghtn                      1.00   1   0       1.50
larcglb              larcglb    oneob      larcglb                    1.00   1   0       1.50
glmbufr              light      oneob      light                      1.00   1   0       1.50
&SUPEROB_RADAR
DEL_AZIMUTH=  5.0000000000000000     ,
DEL_ELEV= 0.25000000000000000     ,
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DEL_TIME= 0.50000000000000000     ,
ELEV_ANGLE_MAX=  5.0000000000000000     ,
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L2SUPEROB_ONLY=F,
/
&LAG_DATA
LAG_ACCUR=  9.9999999999999995E-007,
INFILE_LAG="inistate_lag.dat                                                                                                                                                                                                                                               ",
LAG_STEPDURATION=  900.00000000000000     ,
LAG_NMAX_BAL=       1000,
LAG_VORCORE_STDERR_A=  2000.0000000000000     ,
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/
&HYBRID_ENSEMBLE
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OZ_UNIV_STATIC=F,
WRITE_ENS_SPRD=F,
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USE_GFS_ENS=T,
I_EN_PERTS_IO=          0,
L_ENS_IN_DIFF_TIME=T,
ENSEMBLE_PATH="                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ",
ENS_FAST_READ=F,
/
--------------------------------------------------------------------------
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD
with errorcode 74.

NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.
You may or may not see output from other processes, depending on
exactly when Open MPI kills them.
--------------------------------------------------------------------------
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新浪微博达人勋

发表于 2019-12-1 21:39:28 | 显示全部楼层
xyzasd 发表于 2019-8-14 21:37
现在可以继续运行了,但是在后面又出现了其它的错误(最后标红的地方)。
* . * . * . * . * . * . * . *  ...

您好,我也遇到了一样的问题,请问您解决了吗?可以分享一下解决方法吗?非常感谢!
密码修改失败请联系微信:mofangbao
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