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日志

Install NETCDF (C+FORTRAN)

已有 25 次阅读2021-1-11 07:10 |个人分类:linux install

Reference: 
1: https://blog.csdn.net/schumacher2016/article/details/80850240
2: https://blog.csdn.net/weixin_41890971/article/details/86763859
3: http://lolilukia.com/2017/03/16/CESM%E6%A8%A1%E5%BC%8F1-2-0%E7%8E%AF%E5%A2%83%E6%90%AD%E5%BB%BA%E6%8C%87%E5%8D%97/


注意:
1. 以下内容为上面三个参考文献的合并,版权归属他们。
2. 安装netcdf4需要zlib和hdf5,我们将把这些安装在同一个目录下,方便后面的环境变量配置。"/usr/local/netcdf4-needed"是你想要安装netcdf的路径,可自行修改。
3. 本人使用intel的编译器来编译,其他编译器(如PGI,GNU)需要做相应的修改。
4. 注意:重新make的话,要先运行make clean


Main:
(1) 编译环境的设置:
IMTEL COMPILER!!!!!!!!!!
终端中输入如下语句:
export CC=icc

export CXX=icpc

export FC=ifort

export F90=ifort

export F77=ifort


(2) 安装zlib(应该是用于数据压缩,szip安装同zlib)
1.下载地址:ftp://ftp.unidata.ucar.edu/pub/netcdf/netcdf-4/

2.解压 tar -zxvf zlib-1.2.8.tar.gz

3.配置安装信息. ./configure --prefix=/usr/local/netcdf4-needed

(其中可以使用 ./configure--help来查看可以使用那些选项。这里选择默认选项安装。)

4.编译. make

5. 检查. make check

6.安装. make install

安装完成之后会在/usr/local/netcdf4-needed这个目录下生成三个文件lib include share


(3) 安装hdf5
1.下载地址:ftp://ftp.unidata.ucar.edu/pub/netcdf/netcdf-4/

2.解压 tar -zxvf hdf5-1.8.13.tar.gz

3.配置安装信息. ./configure --prefix=/usr/local/netcdf4-needed --with-zlib=/usr/local/netcdf4-needed/

4.编译 make

5. 检查编译信息 make check

6. 安装 make install

安装完成后,会被安装进 /usr/local/netcdf4-needed目录下的四个文件lib include share bin 中.


(4) 安装netcdf-c
1. 下载地址 ftp://ftp.unidata.ucar.edu/pub/netcdf/old/

2. 解压 tar -zxvf netcdf-4.3.2.tar.gz

3.配置安装信息 CPPFLAGS=-I/usr/local/netcdf4-needed/include LDFLAGS=-L/usr/local/netcdf4-needed/lib ./configure --prefix=/usr/local/netcdf4-needed --disable-dap

关于CPPFLAGS和LDFLAGS的用法参考这篇文章:https://blog.csdn.net/tuhuolong/article/details/7843352

4.编译 make

5.编译信息检查 make check

6.安装 make install


(5) 安装netcdf-fortran
1.告知库文件位置.终端中输入 export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/netcdf4-needed/lib:$LD_LIBRARY_PATH

2. 解压tar -zxvf netcdf-fortran-4.4.0.tar.gz

3.配置安装信息. CPPFLAGS=-I/usr/local/netcdf4-needed/include LDFLAGS=-L/usr/local/netcdf4-needed/lib ./configure --prefix=/usr/local/netcdf4-needed

注意:此处如果没有输入 --disable-dap的话,要预先安装curl. dap应该是用于远程数据处理相关的,这里不安装也行。

4.编译 make

5.编译信息检查 make check

6.安装 make install


(6) 配置环境变量

1.终端中输入 vim ~/.bashrc或者 ./bash_profile 按i进入插入模式,输入如下信息

#netcdf4.4

export NETCDF=/usr/local/netcdf4-needed

export PATH=$NETCDF/bin:$PATH
#hpc上加后面三个会导致无法进入compute node,不加仍可以使用ncdump.
#export LD_LIBRARY_PATH=$NETCDF/lib:$LD_LIBRARY_PATH         

#export CPPFLAGS='-I/usr/local/netcdf4-needed/include'

#export LDFLAGS='-L/usr/local/netcdf4-needed/lib'

输入完成保存退出(先按esc键,然后输入:wq保存退出)

2.使环境变量生效

终端中输入 source ~/.bashrc

(7) 查看安装了那些组件

[hxz@hxz~]$ nc-config --all     # netcdf-c

[hxz@hxz~]$ nf-config --all     # netcdf-fortran








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