Windows下科研工作链的搭建

artmunich

工欲善其事，必先利其器。

——《论语·卫灵公》

    关于科研，一个简单的事实是光阅读文献是不够的。一定要提出问题，然后不停的“做”、“搞”，创新，另辟蹊径，最终归结于问题的解决，且能落脚于现实。在这个过程中，一些巧夺天工的软件的使用，对我们的工作可以说大有裨益。搭建一个完整且有效率的工作链，将使我们事半功倍。反之，如果在不同工具间来回折腾，时间白白浪费在这上面，科研没有进展，得不偿失，本末倒置。

    今天来说下在Windows下搭建一条完整的科研工作链的心得，算是给自己的一个阶段性总结，也为后来者造福，以使之少走弯路。其中不全之处会逐渐更新，欢迎多多交流。

    PS: 软件多为free 或 open source。当然，一些商业版本的软件功能可能会更强大，看个人选择。

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1.1.阅读文献

    从读文献开始。文献多为pdf格式，从知网下的有些是caj格式。后者必须要用知网的CAJViewr，前者可以有多种选择。我比较常用的是极速(Jisu)或福昕(Foxit)，这两个小巧强大且免费。现在Adobe Reader也开始免费了，只是体积较大，很多功能用不到。  

1.2.文献搜索

    相信很多人都分享过类似某某大牛如何搜索（我QQ空间中还转载过），其实不外乎到一些著名的数据库，如Web of Science(文摘数据库)、SpringerLink、ScienceDirect，或者Google Scholar。Google最近被封锁了，得fan，网上有讲）。还有一些小众的文献搜索方式就是找作者要、让别人下载（同学、小木虫，或者图书情报中心下载）。顺便提一句，百度最近上线了百度学术，那效果，啧啧，画面太美。
   

1.3.管理文献

    先前常用的一款是JabRef，只是它对中文文献的支持不太好。弃用后改为EndNote，它是大名鼎鼎的ThomsonCorporation下属的Thomson ResearchSoft 开发。SCI, Web ofScience都是它们的产品。EndNote功能十分强大，光这个软件就能专门讲了。我这儿有一个培训的PPT，提供给大家下载。其实EndNote也有Online Search Mode，不过效果不太好，不建议使用。另外还有来自企业Labtiva带有哈佛创新基因的软件ReadCube，页面非常简洁，还是免费软件，网上对此多有溢美之词，需要注册，看自己选择。我就截个图，个人还是挺喜欢的。

1.4.文献笔记

    这个有必要吗？Word不行吗？有人这样问。其实我感觉这个很有必要的，读那么多文章，如果不记录，以后写文章Introduction时还得重读。这里推荐大家用有道云笔记。做一个文献阅读的笔记本组，在其中分成不同的笔记本，最好用不同的研究问题划分，比如可预报性，数据同化等。在右侧的笔记中，摘录关键句，甚至精美的图像。有道云笔记还能保存gif格式动画，功能比印象笔记要强大。如果有必要，把文献加为附件，方便以后随时查阅。

    说到这里就提一下印象笔记。不像我们中国企业的财大气粗，印象笔记每月提供的上传量有限，免费用户也就区区60M，对中国企业动辄成G上T的空间来说太小气了。所以我基本上是收藏些经典文章或图像，主要来自Kindle推送，多看笔记，微博和微信。

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    下面会说一下绘图方面的东西。

2.1 连接服务器
    在这之前，你会考虑登录到服务器。从Windows登录到服务器端，功能最齐全的当然是Xmanager，但这个软件是商业软件，中国人使用起来只能是用你懂得的方式。但对开源党来说这怎么能忍。幸好，有个小巧、绿色的软件可供选择。它的名字叫PuTTY。我截了张图，分别是Xshell和PuTTY登录到服务器。背景字体都是自己调的，白色背景为Xshell，黑色背景的是PuTTY，二者的差别你们感受下。



2.2 绘图软件

    目前气象界最常用的应该还是GrADS吧，使用气象家园整合版当然是极其方便的。不过我目前比较习惯的是从DOS下启动，在开始里输入cmd，出现命令行窗口，在输入opengrads，即可启动opengrads。当然，这是要修改环境变量的，装opengrads时会默认添加到PATH中的。如果你习惯了VIM的工作环境，可以选择在你的PC上装一个gVim，这样就能用vim编辑ctl和gs文件了，只用在命令行窗口输入vim file.ctl或者vim file.gs。那酸爽，难以置信。

    更新了一下图。在gVim下，左侧放着ctl文件，右侧写gs脚本，多方便啊，只需要简简单单的vsp命令。这就是命令行的优美之处。用习惯之后真会爱不释手。

    对于选择NCL的同学来说，在Windows下编辑脚本文件可以考虑下NetBeans IDE，which is FREE , open source, and has a worldwide community of users and developers。只要在其中加一个NCL的插件即可，附件中有，如图所示。看到了没，languageNCL.nbm那个就是。

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下面还会说一下看图，改图软件，文本编辑（Windows使用LaTeX），程序和文档的版本控制，等等。包括R, Ivf, Irfanview, Inkscape, GIMP, Sublime Text, Git, MiKTeX, Python。

不定时更新。

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提供的下载包括(打包下载及选择下载两种选择)：

EndNote功能及使用说明（培训教程）
Everything——一个能搜索本地文件的绿色小软件
PuTTY——小巧绿色的登录服务器软件
NCL的NetBeans插件
能使用Google的hosts文件
ReadCube

某FQ软件 下载已删除

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二爷名声在外

artmunich 发表于 2014-6-16 07:52
哈哈，百度推出百度学术后正式加入谷歌微软阵营了

平心而论，百度学术依托的就是CNKI、万方和维普三大数据库，Google学术的数据库比百度多很多，从这个角度来讲，Google学术的确不知道比百度学术高到哪里去了。但是那些国外数据库并不愿意为百度提供接口，他们固执的认为我国的知识产权重视度极其低下（虽然实际情况就是这样）。其实基本技术大家都差不多，如果那些数据库愿意为百度提供接口，相信也不会比Google差到哪里去。Google和微软之所以有恃无恐，也正是因为这些势力和已经对传统软件产生依赖的民众对他们的依赖。我们许多国产的软件并不差，很可以继续发展壮大的。码农们开发出来软件希望人们来用，但是大家不喜欢用，这样就缺少反馈，于是码农们只能继续闭门造车，软件质量自然就下去了。真心希望国产软件有一天可以得到大家的认可，等到几年之后再有人推荐科研工作的软件的时候，是在国产操作系统上使用一系列国产软件来搞科研…期待着这一天我可以看到…

artmunich

zdhai 发表于 2014-6-16 08:32
很有用啊，谢谢楼主分享

thx

二爷名声在外

膜拜早起的大A…PS：Google学术能用了…http://scholar.google.com.cn/

topmad

昨晚讨论的东西 还有点没有写上来吧....
比如R的package等等  ggplot2  你要好好学哦  回来教我


PS 我等屌丝 管理文献都用noteexpress  你懂得

artmunich

二爷名声在外 发表于 2014-6-16 07:34
膜拜早起的大A…PS：Google学术能用了…http://scholar.google.com.cn/

哈哈，百度推出百度学术后正式加入谷歌微软阵营了

artmunich

topmad 发表于 2014-6-16 07:49
昨晚讨论的东西 还有点没有写上来吧....
比如R的package等等  ggplot2  你要好好学哦  回来教我

下面写了，还会更新的，算上部这个

topmad

artmunich 发表于 2014-6-16 07:53
下面写了，还会更新的，算上部这个

致科研狗

zdhai

很有用啊，谢谢楼主分享

artmunich

二爷名声在外 发表于 2014-6-16 08:14
平心而论，百度学术依托的就是CNKI、万方和维普三大数据库，Google学术的数据库比百度多很多，从这个角度 ...

国产软件一统日，家祭无忘告乃翁。
现在百度文库也是一个极大的数据库啊