MeteoInfoLab脚本示例：创建netCDF文件（合并文件）

MeteoInfo

在MeteoInfoLab中增加了创建netCDF文件并写入数据的功能，这里利用合并多个netCDF文件为一个新的netCDF文件为例。
示例程序中的数据文件： 201508020000.CHRTOUT_DOMAIN2 (1.29 MB, 下载次数: 47)

2015-10-4 13:10 上传

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1、创建一个可写入的netCDF文件对象（下面用ncfile表示），用addfile函数，第一个参数是文件名，第二次参数'c'表示创建新的netCDF文件。
ncfile = addfile(outfn, 'c')

2、添加维（Dimensions），用ncfile的adddim函数，两个参数分别是维名称和维长度。
stn = 26564
stdim = ncfile.adddim('station', stn)

3、添加全局属性，用ncfile的addgroupattr函数，两个参数分别是属性名称和属性值。
ncfile.addgroupattr('Conventions', 'Unidata Observation Dataset v1.0')

4、添加变量，用ncfile的addvar函数，三个参数分别是变量名称、变量数据类型和变量维列表。并给变量添加一些属性用变量对象的addattr函数。
var = ncfile.addvar('streamflow', 'float', [tdim, stdim])
var.addattr('long_name', 'River Flow')
var.addattr('units', 'meter^3 / sec')


5、创建netCDF文件，上面的步骤都是对netCDF文件的设置，完成之后需要create函数表示设置已完成，可以开始写数据了。
ncfile.create()

6、写数据，用ncfile的write函数，参数分别是变量和要写入的数组，origin是各维起点的列表，可以控制写入某个变量的部分数据。如果要写入的数组的维数和变量的维数不一致，需要用reshape函数来确保二者有相同的维数。
ncfile.write(variables[3], flow, origin=origin)

7、关闭netCDF文件，数据写完之后需要关闭netCDF文件。
ncfile.flush()
ncfile.close()


示例脚本程序（合并4个不同时次的netCDF文件为一个新的netCDF文件）：

1. datadir = 'D:/Temp/nc'
   
2. outfn = os.path.join(datadir, 'join_file.nc')
   
3. #New netCDF file
   
4. ncfile = addfile(outfn, 'c')
   
5. #Add dimensions
   
6. stn = 26564
   
7. recdim = ncfile.adddim('recNum', stn)
   
8. stdim = ncfile.adddim('station', stn)
   
9. iddim = ncfile.adddim('id_len', 11)
   
10. tdim = ncfile.adddim('time', 4)
    
11. #Add global attributes
    
12. ncfile.addgroupattr('Conventions', 'Unidata Observation Dataset v1.0')
    
13. ncfile.addgroupattr('cdm_datatype', 'Station')
    
14. ncfile.addgroupattr('geospatial_lat_max', '90.0')
    
15. ncfile.addgroupattr('geospatial_lat_min', '-90.0')
    
16. ncfile.addgroupattr('geospatial_lon_max', '180.0')
    
17. ncfile.addgroupattr('geospatial_lon_min', '-180.0')
    
18. ncfile.addgroupattr('stationDimension', 'station')
    
19. ncfile.addgroupattr('missing_value', -8.9999998E15)
    
20. ncfile.addgroupattr('stream_order_output', 1)
    
21. #Add variables
    
22. variables = []
    
23. var = ncfile.addvar('latitude', 'float', [stdim])    #Latitude
    
24. var.addattr('long_name', 'station latitude')
    
25. var.addattr('units', 'degrees_north')
    
26. variables.append(var)
    
27. var = ncfile.addvar('longitude', 'float', [stdim])    #Longitude
    
28. var.addattr('long_name', 'station longitude')
    
29. var.addattr('units', 'degrees_east')
    
30. variables.append(var)
    
31. var = ncfile.addvar('altitude', 'float', [stdim])    #Altitude
    
32. var.addattr('long_name', 'station altitude')
    
33. var.addattr('units', 'meters')
    
34. variables.append(var)
    
35. var = ncfile.addvar('streamflow', 'float', [tdim, stdim])    #Stream flow - Add time dimension
    
36. var.addattr('long_name', 'River Flow')
    
37. var.addattr('units', 'meter^3 / sec')
    
38. variables.append(var)
    
39. tvar = ncfile.addvar('time', 'int', [tdim])
    
40. tvar.addattr('long_name', 'time')
    
41. tvar.addattr('units', 'hours since 1900-01-01 00:00:0.0')
    
42. #Creat netCDF file
    
43. ncfile.create()
    
44. #Write data
    
45. stime = datetime.datetime(2015,8,2,0)
    
46. etime = datetime.datetime(2015,8,2,3)
    
47. st = datetime.datetime(1900,1,1)
    
48. fi = 0
    
49. while stime <= etime:
    
50.     print stime
    
51.     fn = os.path.join(datadir, stime.strftime('%Y%m%d%H') + '00.CHRTOUT_DOMAIN2')
    
52.     if os.path.exists(fn):
    
53.         print '\t' + fn
    
54.         f = addfile(fn)
    
55.         hours = (stime - st).total_seconds() // 3600
    
56.         origin = [fi]
    
57.         ncfile.write(tvar, array([hours]), origin=origin)
    
58.         if fi == 0:
    
59.             lat = f['latitude'][:]
    
60.             ncfile.write(variables[0], lat)
    
61.             lon = f['longitude'][:]
    
62.             ncfile.write(variables[1], lon)
    
63.             alt = f['altitude'][:]
    
64.             ncfile.write(variables[2], alt)
    
65.         flow = f['streamflow'][:]
    
66.         origin = [fi, 0]
    
67.         shape = [1, stn]
    
68.         flow = flow.reshape(shape)
    
69.         ncfile.write(variables[3], flow, origin=origin)
    
70.         fi += 1
    
71.     stime = stime + datetime.timedelta(hours=1)
    
72. 
    
73. #close netCDF file
    
74. ncfile.flush()
    
75. ncfile.close()
    
76. 
    
77. print 'Finished!'

datadir = 'D:/Temp/nc'<br /> outfn = os.path.join(datadir, 'join_file.nc') <br /> #New netCDF file<br /> ncfile = addfile(outfn, 'c')<br /> #Add dimensions<br /> stn = 26564<br /> recdim = ncfile.adddim('recNum', stn)<br /> stdim = ncfile.adddim('station', stn)<br /> iddim = ncfile.adddim('id_len', 11)<br /> tdim = ncfile.adddim('time', 4)<br /> #Add global attributes<br /> ncfile.addgroupattr('Conventions', 'Unidata Observation Dataset v1.0')<br /> ncfile.addgroupattr('cdm_datatype', 'Station')<br /> ncfile.addgroupattr('geospatial_lat_max', '90.0')<br /> ncfile.addgroupattr('geospatial_lat_min', '-90.0')<br /> ncfile.addgroupattr('geospatial_lon_max', '180.0')<br /> ncfile.addgroupattr('geospatial_lon_min', '-180.0')<br /> ncfile.addgroupattr('stationDimension', 'station')<br /> ncfile.addgroupattr('missing_value', -8.9999998E15)<br /> ncfile.addgroupattr('stream_order_output', 1)<br /> #Add variables<br /> variables = []<br /> var = ncfile.addvar('latitude', 'float', [stdim])    #Latitude<br /> var.addattr('long_name', 'station latitude')<br /> var.addattr('units', 'degrees_north')<br /> variables.append(var)<br /> var = ncfile.addvar('longitude', 'float', [stdim])    #Longitude<br /> var.addattr('long_name', 'station longitude')<br /> var.addattr('units', 'degrees_east')<br /> variables.append(var)<br /> var = ncfile.addvar('altitude', 'float', [stdim])    #Altitude<br /> var.addattr('long_name', 'station altitude')<br /> var.addattr('units', 'meters')<br /> variables.append(var)<br /> var = ncfile.addvar('streamflow', 'float', [tdim, stdim])    #Stream flow - Add time dimension<br /> var.addattr('long_name', 'River Flow')<br /> var.addattr('units', 'meter^3 / sec')<br /> variables.append(var)<br /> tvar = ncfile.addvar('time', 'int', [tdim])<br /> tvar.addattr('long_name', 'time')<br /> tvar.addattr('units', 'hours since 1900-01-01 00:00:0.0')<br /> #Creat netCDF file<br /> ncfile.create()<br /> #Write data<br /> stime = datetime.datetime(2015,8,2,0)<br /> etime = datetime.datetime(2015,8,2,3)<br /> st = datetime.datetime(1900,1,1)<br /> fi = 0<br /> while stime <= etime:<br />     print stime<br />     fn = os.path.join(datadir, stime.strftime('%Y%m%d%H') + '00.CHRTOUT_DOMAIN2')<br />     if os.path.exists(fn):<br />         print '\t' + fn<br />         f = addfile(fn)<br />         hours = (stime - st).total_seconds() // 3600<br />         origin = [fi]<br />         ncfile.write(tvar, array([hours]), origin=origin)<br />         if fi == 0:<br />             lat = f['latitude'][:]<br />             ncfile.write(variables[0], lat)<br />             lon = f['longitude'][:]<br />             ncfile.write(variables[1], lon)<br />             alt = f['altitude'][:]<br />             ncfile.write(variables[2], alt)<br />         flow = f['streamflow'][:]<br />         origin = [fi, 0]<br />         shape = [1, stn]<br />         flow = flow.reshape(shape)<br />         ncfile.write(variables[3], flow, origin=origin)<br />         fi += 1<br />     stime = stime + datetime.timedelta(hours=1)<br /> <br /> #close netCDF file<br /> ncfile.flush()<br /> ncfile.close()<br /> <br /> print 'Finished!'

对合并后的文件绘图：

1. f = addfile('D:/Temp/nc/join_file.nc')
   
2. lon = f['longitude'][:]
   
3. lat = f['latitude'][:]
   
4. var = f['streamflow']
   
5. flow = var[1,:]
   
6. axesm()
   
7. mlayer = shaperead('D:/Temp/Map/bou2_4p.shp')
   
8. geoshow(mlayer)
   
9. levs = arange(0, 0.1, 0.005)
   
10. layer = scatterm(lon, lat, flow, levs, edge=False)
    
11. colorbar(layer)
    
12. t = f.gettime(1)
    
13. title('River Flow (' + t.strftime('%Y-%m-%d %Hh)'))

f = addfile('D:/Temp/nc/join_file.nc')<br /> lon = f['longitude'][:]<br /> lat = f['latitude'][:]<br /> var = f['streamflow']<br /> flow = var[1,:]<br /> axesm()<br /> mlayer = shaperead('D:/Temp/Map/bou2_4p.shp')<br /> geoshow(mlayer)<br /> levs = arange(0, 0.1, 0.005)<br /> layer = scatterm(lon, lat, flow, levs, edge=False)<br /> colorbar(layer)<br /> t = f.gettime(1)<br /> title('River Flow (' + t.strftime('%Y-%m-%d %Hh)'))

MeteoInfo

兰溪之水 发表于 2015-10-4 13:20
向NCL逼近

向NCL和MATLAB逼近，嘿嘿

又是那隻貓

王老师的软件功能越来越牛逼了

兰溪之水

向NCL逼近

兰溪之水

MeteoInfo 发表于 2015-10-4 14:36
向NCL和MATLAB逼近，嘿嘿

对，说漏了！

石破天惊

王老师你太强了，我用fortran折腾了几个礼拜都没磨叽出来，学习中，meteoinfo也是越来越好用了

风之精灵

metoinfo真的好强大

tobewealthy

王老师您好！
我在写程序的过程中
ncfile.write(variables[0],lat)
ncfile.write(variables[1],lon)
执行到这两行的时候报错：
Traceback (most recent call last):
  File "D:\OMI\OMI_py_run\extract data set_test.py", line 55, in <module>
    ncfile.write(variables[0],lat)
  File "D:\software\MeteoInfo\pylib\mipylib\dataset\dimdatafile.py", line 464, in write
    self.ncfile.write(ncvariable, value)
TypeError: write(): 2nd arg can't be coerced to ucar.ma2.Array
请问是什么原因呀

MeteoInfo

tobewealthy 发表于 2020-3-30 09:02
王老师您好！
我在写程序的过程中
ncfile.write(variables[0],lat)

如果你用的不是MeteoInfo的最新版本，建议你下载最新版本试试。

tobewealthy

MeteoInfo 发表于 2020-3-30 10:31
如果你用的不是MeteoInfo的最新版本，建议你下载最新版本试试。

王老师我下最新版本啦  在meteoinfo qq群里找的最新版本，有一个新的错误。。
这句报错：ncfile.write(variables[0],aaod_05_spr_mean)
Traceback (most recent call last):
  File "D:\OMI\OMI_py_run\extract data set_test.py", line 72, in <module>
    ncfile.write(variables[0],aaod_05_spr_mean)
  File "D:\software\MeteoInfo\pylib\mipylib\dataset\dimdatafile.py", line 464, in write
    self.ncfile.write(ncvariable, value)
        at ucar.ma2.Section.fill(Section.java:37)

        at ucar.nc2.iosp.IndexChunker.<init>(IndexChunker.java:72)

        at ucar.nc2.iosp.LayoutRegular.<init>(LayoutRegular.java:40)

        at ucar.nc2.iosp.netcdf3.N3iosp.writeData(N3iosp.java:725)

        at ucar.nc2.NetcdfFileWriter.write(NetcdfFileWriter.java:1066)

        at ucar.nc2.NetcdfFileWriter.write(NetcdfFileWriter.java:1046)

        at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method)

        at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source)

        at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source)

        at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source)

ucar.ma2.InvalidRangeException: ucar.ma2.InvalidRangeException: Number of ranges in section (2) must be = 1