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求助各位大佬,WRF安装时候遇到问题netcdf.inc找不到

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新浪微博达人勋

发表于 2020-8-24 21:39:42 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 9914200 于 2020-8-25 15:11 编辑

在安装WRF4.1.2的时候,./configure之后,选择了33,按1开始,结果出现了错误代码


root@MM-202006241838:/mnt/d/linux_file/new_WRF/Build_WRF/WRF-4.1.2# ./configure
checking for perl5... no
checking for perl... found /usr/bin/perl (perl)
Will use NETCDF in dir: path_to_directory/Build_WRF/LIBRARIES/netcdf
HDF5 not set in environment. Will configure WRF for use without.
PHDF5 not set in environment. Will configure WRF for use without.
Will use 'time' to report timing information
$JASPERLIB or $JASPERINC not found in environment, configuring to build without grib2 I/O...
------------------------------------------------------------------------
Please select from among the following Linux x86_64 options:

  1. (serial)   2. (smpar)   3. (dmpar)   4. (dm+sm)   PGI (pgf90/gcc)
  5. (serial)   6. (smpar)   7. (dmpar)   8. (dm+sm)   PGI (pgf90/pgcc): SGI MPT
  9. (serial)  10. (smpar)  11. (dmpar)  12. (dm+sm)   PGI (pgf90/gcc): PGI accelerator
13. (serial)  14. (smpar)  15. (dmpar)  16. (dm+sm)   INTEL (ifort/icc)
                                         17. (dm+sm)   INTEL (ifort/icc): Xeon Phi (MIC architecture)
18. (serial)  19. (smpar)  20. (dmpar)  21. (dm+sm)   INTEL (ifort/icc): Xeon (SNB with AVX mods)
22. (serial)  23. (smpar)  24. (dmpar)  25. (dm+sm)   INTEL (ifort/icc): SGI MPT
26. (serial)  27. (smpar)  28. (dmpar)  29. (dm+sm)   INTEL (ifort/icc): IBM POE
30. (serial)               31. (dmpar)                PATHSCALE (pathf90/pathcc)
32. (serial)  33. (smpar)  34. (dmpar)  35. (dm+sm)   GNU (gfortran/gcc)
36. (serial)  37. (smpar)  38. (dmpar)  39. (dm+sm)   IBM (xlf90_r/cc_r)
40. (serial)  41. (smpar)  42. (dmpar)  43. (dm+sm)   PGI (ftn/gcc): Cray XC CLE
44. (serial)  45. (smpar)  46. (dmpar)  47. (dm+sm)   CRAY CCE (ftn $(NOOMP)/cc): Cray XE and XC
48. (serial)  49. (smpar)  50. (dmpar)  51. (dm+sm)   INTEL (ftn/icc): Cray XC
52. (serial)  53. (smpar)  54. (dmpar)  55. (dm+sm)   PGI (pgf90/pgcc)
56. (serial)  57. (smpar)  58. (dmpar)  59. (dm+sm)   PGI (pgf90/gcc): -f90=pgf90
60. (serial)  61. (smpar)  62. (dmpar)  63. (dm+sm)   PGI (pgf90/pgcc): -f90=pgf90
64. (serial)  65. (smpar)  66. (dmpar)  67. (dm+sm)   INTEL (ifort/icc): HSW/BDW
68. (serial)  69. (smpar)  70. (dmpar)  71. (dm+sm)   INTEL (ifort/icc): KNL MIC
72. (serial)  73. (smpar)  74. (dmpar)  75. (dm+sm)   FUJITSU (frtpx/fccpx): FX10/FX100 SPARC64 IXfx/Xlfx

Enter selection [1-75] : 33
------------------------------------------------------------------------
Compile for nesting? (0=no nesting, 1=basic, 2=preset moves, 3=vortex following) [default 0]: 1

Configuration successful!
------------------------------------------------------------------------
testing for fseeko and fseeko64
fseeko64 is supported
------------------------------------------------------------------------

# Settings for    Linux x86_64 ppc64le, gfortran compiler with gcc   (smpar)
#
DESCRIPTION     =       GNU ($SFC/$SCC)
DMPARALLEL      =        1
OMPCPP          =        -D_OPENMP
OMP             =        -fopenmp
OMPCC           =        -fopenmp
SFC             =       gfortran
SCC             =       gcc
CCOMP           =       gcc
DM_FC           =       mpif90 -f90=$(SFC)
DM_CC           =       mpicc -cc=$(SCC)
FC              =       time $(SFC)
CC              =       $(SCC) -DFSEEKO64_OK
LD              =       $(FC)
RWORDSIZE       =       $(NATIVE_RWORDSIZE)
PROMOTION       =       #-fdefault-real-8
ARCH_LOCAL      =       -DNONSTANDARD_SYSTEM_SUBR  -DWRF_USE_CLM
CFLAGS_LOCAL    =       -w -O3 -c
LDFLAGS_LOCAL   =
CPLUSPLUSLIB    =
ESMF_LDFLAG     =       $(CPLUSPLUSLIB)
FCOPTIM         =       -O2 -ftree-vectorize -funroll-loops
FCREDUCEDOPT    =       $(FCOPTIM)
FCNOOPT         =       -O0
FCDEBUG         =       # -g $(FCNOOPT) # -ggdb -fbacktrace -fcheck=bounds,do,mem,pointer -ffpe-trap=invalid,zero,overflow
FORMAT_FIXED    =       -ffixed-form
FORMAT_FREE     =       -ffree-form -ffree-line-length-none
FCSUFFIX        =
BYTESWAPIO      =       -fconvert=big-endian -frecord-marker=4
FCBASEOPTS_NO_G =       -w $(FORMAT_FREE) $(BYTESWAPIO)
FCBASEOPTS      =       $(FCBASEOPTS_NO_G) $(FCDEBUG)
MODULE_SRCH_FLAG =
TRADFLAG        =      -traditional-cpp
CPP             =      /lib/cpp -P -nostdinc
AR              =      ar
ARFLAGS         =      ru
M4              =      m4 -G
RANLIB          =      ranlib
RLFLAGS         =
CC_TOOLS        =      $(SCC)

###########################################################
######################
# POSTAMBLE

FGREP = fgrep -iq

ARCHFLAGS       =    $(COREDEFS) -DIWORDSIZE=$(IWORDSIZE) -DDWORDSIZE=$(DWORDSIZE) -DRWORDSIZE=$(RWORDSIZE) -DLWORDSIZE=$(LWORDSIZE) \
                     $(ARCH_LOCAL) \
                     $(DA_ARCHFLAGS) \
                      -DDM_PARALLEL \
                      -DSTUBMPI \
                      -DNETCDF \
                       \
                       \
                       \
                       \
                       \
                       \
                       \
                       \
                       -DLANDREAD_STUB=1 \
                       \
                       \
                      -DUSE_ALLOCATABLES \
                      -Dwrfmodel \
                      -DGRIB1 \
                      -DINTIO \
                      -DKEEP_INT_AROUND \
                      -DLIMIT_ARGS \
                      -DBUILD_RRTMG_FAST=1 \
                      -DSHOW_ALL_VARS_USED=0 \
                      -DCONFIG_BUF_LEN=$(CONFIG_BUF_LEN) \
                      -DMAX_DOMAINS_F=$(MAX_DOMAINS) \
                      -DMAX_HISTORY=$(MAX_HISTORY) \
                      -DNMM_NEST=$(WRF_NMM_NEST)
CFLAGS          =    $(CFLAGS_LOCAL) -DDM_PARALLEL -DSTUBMPI \
                      -DLANDREAD_STUB=1 \
                      -DMAX_HISTORY=$(MAX_HISTORY) -DNMM_CORE=$(WRF_NMM_CORE)
FCFLAGS         =    $(FCOPTIM) $(FCBASEOPTS)
ESMF_LIB_FLAGS  =
# ESMF 5 -- these are defined in esmf.mk, included above
ESMF_IO_LIB     =    -L$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/external/esmf_time_f90 -lesmf_time
ESMF_IO_LIB_EXT =    -L$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/external/esmf_time_f90 -lesmf_time
INCLUDE_MODULES =    $(MODULE_SRCH_FLAG) \
                     $(ESMF_MOD_INC) $(ESMF_LIB_FLAGS) \
                      -I$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/main \
                      -I$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/external/io_netcdf \
                      -I$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/external/io_int \
                      -I$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/frame \
                      -I$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/share \
                      -I$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/phys \
                      -I$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/wrftladj \
                      -I$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/chem -I$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/inc \
                      -I$(NETCDFPATH)/include \

REGISTRY        =    Registry
CC_TOOLS_CFLAGS = -DNMM_CORE=$(WRF_NMM_CORE)

LIB_BUNDLED     = \
                      $(WRF_SRC_ROOT_DIR)/external/fftpack/fftpack5/libfftpack.a \
                      $(WRF_SRC_ROOT_DIR)/external/io_grib1/libio_grib1.a \
                      $(WRF_SRC_ROOT_DIR)/external/io_grib_share/libio_grib_share.a \
                      $(WRF_SRC_ROOT_DIR)/external/io_int/libwrfio_int.a \
                      $(ESMF_IO_LIB) \
                      $(WRF_SRC_ROOT_DIR)/external/RSL_LITE/librsl_lite.a \
                      $(WRF_SRC_ROOT_DIR)/frame/module_internal_header_util.o \
                      $(WRF_SRC_ROOT_DIR)/frame/pack_utils.o

LIB_EXTERNAL    = \
                      -L$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/external/io_netcdf -lwrfio_nf -Lpath_to_directory/Build_WRF/LIBRARIES/netcdf/lib

LIB             =    $(LIB_BUNDLED) $(LIB_EXTERNAL) $(LIB_LOCAL) $(LIB_WRF_HYDRO)
LDFLAGS         =    $(OMP) $(FCFLAGS) $(LDFLAGS_LOCAL)
ENVCOMPDEFS     =
WRF_CHEM        =       0
CPPFLAGS        =    $(ARCHFLAGS) $(ENVCOMPDEFS) -I$(LIBINCLUDE) $(TRADFLAG)
NETCDFPATH      =    path_to_directory/Build_WRF/LIBRARIES/netcdf
HDF5PATH        =
WRFPLUSPATH     =
RTTOVPATH       =
PNETCDFPATH     =

bundled:  io_only
external: io_only $(WRF_SRC_ROOT_DIR)/external/RSL_LITE/librsl_lite.a gen_comms_rsllite module_dm_rsllite $(ESMF_TARGET)
io_only:  esmf_time wrfio_nf   \
          wrf_ioapi_includes wrfio_grib_share wrfio_grib1 wrfio_int fftpack


######################
------------------------------------------------------------------------
Settings listed above are written to configure.wrf.
If you wish to change settings, please edit that file.
If you wish to change the default options, edit the file:
     arch/configure.defaults

Error : Not found path_to_directory/Build_WRF/LIBRARIES/netcdf/include/netcdf.inc
        Please check this installation of NetCDF and re-run this configure script
./configure: 637: exit: Illegal number: -1




查找之后我发现,在netcdf4.1.3文件夹中,有两个include文件夹,一个是在D:\linux_file\new_WRF\Build_WRF\LIBRARIES\netcdf-4.1.3\include,另一个是在D:\linux_file\new_WRF\Build_WRF\LIBRARIES\netcdf-4.1.3\netcdf\include;此外,而nercdf.inc文件也有两个,一个是在D:\linux_file\new_WRF\Build_WRF\LIBRARIES\netcdf-4.1.3\netcdf\include,另一个是在D:\linux_file\new_WRF\Build_WRF\LIBRARIES\netcdf-4.1.3\fortran


我试图将nercdf.inc复制到了include文件夹中,但是配置后依旧报出这个错误,我所使用的netcdf版本是4.1.3,

请教各位大佬,我这种问题如何解决呢?

新人第一次接触linux和WRF,还望老师们不吝赐教,非常感谢大家
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新浪微博达人勋

发表于 2020-8-25 17:00:51 | 显示全部楼层
netcdf 路径不对的嘛,config的NETCDFPATH      =    path_to_directory/Build_WRF/LIBRARIES/netcdf。是不是netcdf环境变量没写。
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新浪微博达人勋

发表于 2020-8-25 22:03:41 | 显示全部楼层
我也是这个一模一样的情况,要不要加个微信互相帮助下,我觉得应该是环境变量配置的问题。不过我配置了还是出错了,可能还是路径问题吧。。。还有你版本4以上要下载zlib和HDF5
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新浪微博达人勋

 楼主| 发表于 2020-8-26 08:42:18 | 显示全部楼层
AaronLee 发表于 2020-8-25 22:03
我也是这个一模一样的情况,要不要加个微信互相帮助下,我觉得应该是环境变量配置的问题。不过我配置了还是 ...

好阿,我的微信是solo047,互帮互助呀
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新浪微博达人勋

 楼主| 发表于 2020-8-26 09:50:27 | 显示全部楼层
llwang 发表于 2020-8-25 17:00
netcdf 路径不对的嘛,config的NETCDFPATH      =    path_to_directory/Build_WRF/LIBRARIES/netcdf。是不 ...

感谢大佬的回复,我这个环境变量也写了,是不是我写的不对呢?

export DIR=/mnt/d/linux_file/new_WRF/Build_WRF/LIBRARIES
export CC=gcc
export CXX=g++
export FC=gfortran
export FCFLAGS=-m64
export F77=gfortran
export FFLAGS=-m64
export CPPFLAGS=' -DUDEBUG -DgFortran'
export FFLAGS='-0-w'

export PATH=$DIR/netcdf/bin:$PATH
export NETCDF=$DIR/netcdf
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$DIR/netcdf/lib/


#mpich
export PATH=$DIR/mpich/bin:$PATH

#zlib
export LDFLAGS=-L$DIR/grib2/lib
export CPPFLAGS=-I$DIR/grib2/include

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新浪微博达人勋

 楼主| 发表于 2020-8-26 10:19:45 | 显示全部楼层
本帖最后由 9914200 于 2020-8-26 10:20 编辑
9914200 发表于 2020-8-26 09:50
感谢大佬的回复,我这个环境变量也写了,是不是我写的不对呢?

export DIR=/mnt/d/linux_file/new_WRF ...

微信截图_20200826101923.png
我在这个路劲找到了这个文件,为什么还一直报错说找不到呢
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新浪微博达人勋

 楼主| 发表于 2020-8-26 10:23:22 | 显示全部楼层
AaronLee 发表于 2020-8-25 22:03
我也是这个一模一样的情况,要不要加个微信互相帮助下,我觉得应该是环境变量配置的问题。不过我配置了还是 ...

我是跟着一个B站视频装的,zlib是有的,HDF5我好像没装,难道是这个问题
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新浪微博达人勋

发表于 2020-12-6 10:50:06 | 显示全部楼层

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试试重新安装一下NETCDF和WRF?
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新浪微博达人勋

发表于 2024-7-16 20:17:29 | 显示全部楼层
9914200 发表于 2020-8-26 10:23
我是跟着一个B站视频装的,zlib是有的,HDF5我好像没装,难道是这个问题

您好问题解决了吗,我也是这个问题
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