求在大型机后台调用matlab的作业脚本

chenrong1236

本人在个人台式机上运行用于仿真的.m文件(matlab)，但是由于个人台式机的内存有限，CPU运算能力较低。最近，本人有幸申请到了学校的大型机账号，多次尝试通过提交.sh作业脚本至大型机后台运行.m文件(matlab)，但都遇到了问题。本人可以确定.m文件是正确的（因为减小仿真空间与时间之后，.m文件可以在个人电脑上运行；在大型机的前台也可以正确运行该.m文件，但是由于该.m文件运行时占用过大的计算资源，所以会被管理员kill掉）。希望论坛的各位网友能够提供一个可以在大型机后台调用matlab运行.m文件的.sh脚本，谢谢大家。

ljchen1989

据说matlab可以加一堆flag，比如-nosplash -nodesktop 之类的，加-r "xxx.m"运行脚本
后台可以用nohup，或者需要看监视输出之类的话，用screen开小宇宙~~
希望可以帮到楼楼

chenrong1236

ljchen1989 发表于 2016-7-12 09:34
据说matlab可以加一堆flag，比如-nosplash -nodesktop 之类的，加-r "xxx.m"运行脚本
后台可以用nohup，或 ...

直接在客户端的命令行使用nohup matlab -nosplash -nodesktop -r XXX.m可以在后台调用matlab运行XXX.m文件，但是这种命令行形式的后台运行也是会被管理员kill掉的。screen命令应该和nohup命令差不多，也属于命令行形式的后台吧？本校的大型机只允许以提交pbs作业的形式在后台调用matlab运行XXX.m文件，热心的网友可以提供一下.pbs或.sh文件吗？

ljchen1989

screen和nohup差很多~~
不过大型机交作业还是要用pbs的
直接在pbs里面运行matlab -nosplash -nodesktop -r XXX.m,XXX.m最后加exit退出matlab,不知道这样行不？

fhmny

给你一个PBS的脚本：
#!/bin/csh

#PBS -N matlab
#PBS -M 邮箱
#PBS -m abe
#PBS -q istanmat ---服务器节点名称
#PBS -l nodes=1:ppn=12

set matlab_script = main_read_basin_TS_0001

set rundir = 运行目录

cd $rundir

/usr/local/bin/matlab -nodisplay -r "addpath(genpath('加上需要的你自己的Matlab PATH')); parpool(12); $matlab_script; parpool('close'); exit"

fhmny

再给你个SBATCH 脚本：

#!/bin/bash -x
#SBATCH --partition=服务器节点名称
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=1 # 48 (no HT)
#SBATCH --ntasks-per-core=1 # 1 (no HT)
#SBATCH --output=job-out.%j
#SBATCH --error=job-err.%j
#SBATCH --job-name=mat_CHBu
#SBATCH --mail-user=邮箱
#SBATCH --mail-type=ALL

module load app/matlab/2015b

export rundir=$SLURM_SUBMIT_DIR
export script=运行的脚本

cd $rundir

matlab -nojvm -nosplash -nodesktop <$script> output1

fhmny

或者嫌麻烦的话，interactive login 到服务器节点上，跑程序就不影响前台资源。

wbh

fhmny 发表于 2016-7-22 22:36
再给你个SBATCH 脚本：

#!/bin/bash -x

你好，请问你的脚本中output1是什么？