WRF-chem运行过程中“堆栈溢出”错误（forrtl: severe (174): SIGSEGV)

西宁天天

如图报错堆栈溢出，求问大佬可能是什么原因造成的啊，应该怎么解决呢

AllenLu

可能时间步长设置大了，调小试试，运行前先ulimit -s unlimited试试

西宁天天

AllenLu 发表于 2021-8-6 11:05
可能时间步长设置大了，调小试试，运行前先ulimit -s unlimited试试

我试过了，但都没有成功，我在下面贴一下我的namelist

西宁天天

        modified: no
         user name: zhangcz   host name: mgt
        process ID: 36340
&time_control
run_days                            = 29,
run_hours = 0,
run_minutes                         = 0,
run_seconds                         = 0,
start_year    =2016, 2016,
start_month    =6, 6,
start_day    =1, 1,
start_hour    =00, 00,
start_minute    =00, 00,
start_second                        = 00, 00,
end_year    =2016, 2016,
end_month    =6, 6,
end_day    =30, 30,
end_hour    =00 ,00 ,
end_minute    =00, 00,
end_second                          = 00, 00,
interval_seconds                    = 21600
input_from_file                     = .true.,.true.,
history_interval                    = 60, 60,
frames_per_outfile                  = 1,  1,
restart                             = .false.,
restart_interval                    = 1440,
io_form_history                     = 2
io_form_restart                     = 2
io_form_input                       = 2
io_form_boundary                    = 2
debug_level                         = 200
io_form_auxinput2                   = 2,


auxinput5_inname                    = 'wrfchemi_d<domain>_<date>',
auxinput6_inname                    = 'wrfbiochemi_d<domain>',
auxinput7_inname                    = 'wrffirechemi_d<domain>',
auxinput5_interval_m                = 60, 60, 60,
auxinput7_interval_m                = 60, 60, 60,
io_form_auxinput5                   = 2,
io_form_auxinput6                   = 2,
io_form_auxinput7                   = 2,

auxinput1_inname                    = "met_em.d<domain>.<date>",
/

&domains
time_step                           = 60,
time_step_fract_num                 = 0,
time_step_fract_den                 = 1,
max_dom                             = 2
e_we                                = 65, 37,
e_sn                                = 70, 46,
e_vert                              = 48,   48,
sfcp_to_sfcp                         = .true.
dx                                  = 30000,   10000,
dy                                  = 30000,   10000,
grid_id                             = 1,   2,
parent_id                           = 0,   1,
i_parent_start                      = 1,   26,
j_parent_start                      = 1,   24,
parent_grid_ratio                   = 1,   3,
parent_time_step_ratio              = 1,   3,
feedback                            = 0,
smooth_option                       = 0,
num_metgrid_levels                  = 32,
num_metgrid_soil_levels             = 4,
interp_type                         = 2,
lagrange_order                      = 2,
zap_close_levels                    = 500,
lowest_lev_from_sfc                 = .false.,
force_sfc_in_vinterp                = 1,
p_top_requested                     = 10001,
eta_levels                          = 1.000,0.997,0.994,0.991,0.988,0.985,0.980,0.975,0.970,0.960,0.950,
                                       0.940,0.930,0.920,0.910,0.895,0.880,
                                       0.865,0.850,0.825,0.800,0.775,0.750,
                                       0.720,0.690,0.660,0.630,0.600,0.570,
                                       0.540,0.510,0.475,0.440,0.405,0.370,
                                       0.330,0.290,0.250,0.210,0.175,0.145,
                                       0.115,0.090,0.065,0.045,0.025,0.010,
                                       0.000,

smooth_option                       = 0
vortex_interval                     = 15
max_vortex_speed                    = 80
corral_dist                         = 125
/

&physics
mp_physics                          = 2,2,10,6,
gsfcgce_hail                        = 0,
gsfcgce_2ice                        = 0,
ra_lw_physics                       = 4,     4,     4,     4,
ra_sw_physics                       = 4,     4,     4,     4,
radt                                = 10,    10,    10,   15,
sf_sfclay_physics                   = 7,  7,  7,
sf_surface_physics                  = 2,     2,     2,     2,
bl_pbl_physics                      = 7,  7, 7,
bldt                                = 0,     0,     0,     0,
cu_physics                          = 5,     5,     5,     0,
cudt                                = 0,     0,     0,     0,
sf_urban_physics                    = 1,     1,     1,
isfflx                              = 1,
ifsnow                              = 0,
icloud                              = 1,
surface_input_source                = 1,
num_soil_layers                     = 4,
num_land_cat                        = 20,
maxiens                             = 1,
maxens                              = 3,
maxens2                             = 3,
maxens3                             = 16,
ensdim                              = 144,
progn                               = 1, 1, 1,
cu_rad_feedback                     = .true., .true., .false.,
cu_diag                             = 1, 1, 0,
topo_wind                           = 1, 1, 1,
/

&fdda
grid_fdda                           = 1,1,1,
gfdda_inname                        = "wrffdda_d<domain>"
gfdda_interval_m                    = 360,360,
gfdda_end_h                         = 696,696,
io_form_gfdda                       = 2,
fgdt                                = 0,
guv                                 = 0.0003,0.0003,0.0003,
gt                                  = 0.0003,0.0003,0.0003,
gq                                  = 0.0003,0.0003,0.0003,
if_ramping                          = 0,
dtramp_min                          = 60.0,
/


&dynamics
w_damping                           = 0,
diff_opt                            = 1,
km_opt                              = 4,
diff_6th_opt                        = 0,
diff_6th_factor                     = 0.12,
damp_opt                            = 0,
base_temp                           = 290.
zdamp                               = 5000.,  5000.,  5000.,  5000.,
dampcoef                            = 0.2,    0.2,    0.2,    0.2,
khdif                               = 0,      0,      0,      0,
kvdif                               = 0,      0,      0,      0,
smdiv                               = 0.1,    0.1,    0.1,    0.1,
emdiv                               = 0.01,   0.01,   0.01,   0.01,
epssm                               = 0.1,    0.1,    0.1     0.1,
non_hydrostatic                     = .true., .true., .true., .true.,
time_step_sound                     = 4,      4,      4,      4,
h_mom_adv_order                     = 5,      5,      5,      5,
v_mom_adv_order                     = 3,      3,      3,      3,
h_sca_adv_order                     = 5,      5,      5,      5,
v_sca_adv_order                     = 3,      3,      3,      3,
chem_adv_opt                        = 2,      2,      2,
moist_adv_opt                       = 2,      2,      2,
scalar_adv_opt                      = 2,      2,      2,
tke_adv_opt                         = 2,      2,      2,
use_baseparam_fr_nml = .t.
/

&bdy_control
spec_bdy_width                      = 5,
spec_zone                           = 1,
relax_zone                          = 4,
specified                           = .true., .false.,.false.,.false.,
periodic_x                          = .false.,.false.,.false.,.false.,
symmetric_xs                        = .false.,.false.,.false.,.false.,
symmetric_xe                        = .false.,.false.,.false.,.false.,
open_xs                             = .false.,.false.,.false.,.false.,
open_xe                             = .false.,.false.,.false.,.false.,
periodic_y                          = .false.,.false.,.false.,.false.,
symmetric_ys                        = .false.,.false.,.false.,.false.,
symmetric_ye                        = .false.,.false.,.false.,.false.,
open_ys                             = .false.,.false.,.false.,.false.,
open_ye                             = .false.,.false.,.false.,.false.,

nested                              = .false., .true., .true., .true.,
/

&namelist_quilt
nio_tasks_per_group = 0,
nio_groups = 1,
/


&chem
kemit                               = 1,
chem_opt                            = 9,       9,      9,
bioemdt                             = 15,      15,     15,
photdt                              = 15,      15,     15,
chemdt                              = 6,        6,      6,
io_style_emissions                  = 2,
emiss_opt                           = 4,      4,      4,
emiss_inpt_opt                      = 101,       101,     101,
emiss_opt_vol                       = 0,          0,0,
emiss_ash_hgt                       = 20000.,
chem_in_opt                         = 1,          1,1,
phot_opt                            = 2,          2,2,
gas_drydep_opt                      = 1,          1,1,
aer_drydep_opt                      = 1,          1,1,
bio_emiss_opt                       = 3,          3,3,
ne_area                             = 500,
dust_opt                            = 3,
dmsemis_opt                         = 0,
seas_opt                            = 0,
depo_fact                           = 0.25,
gas_bc_opt                          = 1,          1,1,
gas_ic_opt                          = 1,          1,1,
aer_bc_opt                          = 1,          1,1,
aer_ic_opt                          = 1,          1,1,
gaschem_onoff                       = 1,          1,1,
aerchem_onoff                       = 1,          1,1,
wetscav_onoff                       = 1,          1,1,
chemdiag                            = 1,          1,1,
/

AllenLu

西宁天天 发表于 2021-8-7 07:09
modified: no
         user name: zhangcz   host name: mgt
        process ID: 36340

哎呀，这我就不知道了，我今天也碰到这个问题了，调时间步长也没有用，还没解决，请问你解决了嘛

AllenLu

我好像解决了，是我d03设置的不对，有点太靠边了，改到中间就好了
我还找到:
What is the most common reason for a segmentation fault?
Post by kwerner &#187; Thu Aug 30, 2018 12:04 am

Segmentation faults can be difficult to track down. As there isn't usually a clear error message, it can take some trial and error to figure out the problem.

1) A segmentation fault is often the result of using too many or too few processors, or a bad decomposition. Take a look at this FAQ regarding choosing the appropriate number of processors, based on the size of your domain.

2) Sometimes it can be the result of a lack of disk space. Check how much space you have left available for the files to be written. If your domain is large or very high resolution, the output files will be much larger (sometimes a few GB).

3) If the model seg-faults right at the beginning of the run, it can often mean there is something wrong with the input data. Make sure to check your met_em* files to see if you notice anything odd in various variables. Check all variables and all levels.

4) Many times a seg-fault can mean there is a CFL error, which means the model has become unstable, typically due to steep terrain or very strong convection. If this occurs, first try to reduce the timestep. The standard recommendation for time_step is 6xDX (e.g., if your DX = 30000, then you should not set time_step to anything larger than 180). However, if you are still getting CFL errors, you can try to reduce to something more like 4xDX or 3xDX. Sometimes this works, but not always. Another thing you could try is to add smooth_cg_topo = .true. in the &domains section of the namelist, prior to running real if CFL errors happen along boundary zones. This option smoothes the outer rows/columns of the coarse model grid to match the low resolution topography that comes with the driving data. If CFL errors occur near complex terrain, you may try to set epssm = 0.2 (up to 0.5) to see if that makes a difference. This option is used to slightly forward the centering of the vertical pressure gradient (or sound waves) in an effort to damp 3-d divergence. You can also try to set w_damping = 1.

5) A segmentation fault error could be due to a memory issue. Try typing one of the following to see if it helps:
a. setenv MP_STACK_SIZE 64000000 (OMP_STACKSIZE)
b. If you are using csh or tcsh, try this: limit stacksize unlimited
c. If you are using sh or bash, use this command: ulimit -s unlimited
This may not solve your problem, but the default stack size is often quite small and may result in segmentation faults due to insufficient memory.
NCAR/MMM

西宁天天

我的问题解决了，好像是服务器节点的问题，换了个节点就能够正常运行了，虽然完全不知道为什么，，，