Ubuntu12.4.4下安装netcdf4.2报错

龙行天下

我的机子上装的fortran和c编译器都是intel 2013xe版的，netcdf的安装使用了@andrewsoong的方法，http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=15197，我用了这个帖子中介绍的哈佛大学GEOS_CHEM研究小组的安装方法，命令运行后报错，求知情人告知原因，不胜感激。
zll@zll-ThinkPad-E420:~$ cd ~/GEOS-Chem-Libraries
zll@zll-ThinkPad-E420:~/GEOS-Chem-Libraries$ make PREFIX=/home/zll/lib
make[1]: 正在进入目录 `/home/zll/GEOS-Chem-Libraries/src'
if [ -f zlib-1.2.6/zlib-1.2.6.install ] ; then                    \
           echo '====> ZLIB has already been installed!';                     \
        else                                                                  \
           cd zlib-1.2.6                                                  &&\
           ./configure --prefix=/home/zll/lib --static --64                &&\
           touch zlib-1.2.6.config                                        &&\
           make check                                                    &&\
           make install                                                  &&\
           touch zlib-1.2.6.install                                       &&\
           echo '====> ZLIB was installed successfully!';                     \
        fi                                                                  
Checking for gcc...
Building static library libz.a version 1.2.6 with gcc.
Checking for off64_t... Yes.
Checking for fseeko... Yes.
Checking for unistd.h... Yes.
Checking for stdarg.h... Yes.
Checking whether to use vs[n]printf() or s[n]printf()... using vs[n]printf().
Checking for vsnprintf() in stdio.h... Yes.
Checking for return value of vsnprintf()... Yes.
Checking for attribute(visibility) support... Yes.
make[2]: 正在进入目录 `/home/zll/GEOS-Chem-Libraries/src/zlib-1.2.6'
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -I. -c -o example.o test/example.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o adler32.o adler32.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o crc32.o crc32.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o deflate.o deflate.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o infback.o infback.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o inffast.o inffast.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o inflate.o inflate.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o inftrees.o inftrees.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o trees.o trees.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o zutil.o zutil.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o compress.o compress.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o uncompr.o uncompr.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o gzclose.o gzclose.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o gzlib.o gzlib.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o gzread.o gzread.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o gzwrite.o gzwrite.c
ar rc libz.a adler32.o crc32.o deflate.o infback.o inffast.o inflate.o inftrees.o trees.o zutil.o compress.o uncompr.o gzclose.o gzlib.o gzread.o gzwrite.o
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -o example example.o -L. libz.a
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -I. -c -o minigzip.o test/minigzip.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -o minigzip minigzip.o -L. libz.a
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -I. -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -c -o example64.o test/example.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -o example64 example64.o -L. libz.a
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -I. -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -c -o minigzip64.o test/minigzip.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -o minigzip64 minigzip64.o -L. libz.a
./minigzip: 1: ./minigzip: ./minigzip: 1: ./minigzip: Syntax error: "(" unexpected
Syntax error: "(" unexpected
                *** zlib test FAILED ***
make[2]: *** [teststatic] 错误 1
make[2]:正在离开目录 `/home/zll/GEOS-Chem-Libraries/src/zlib-1.2.6'
make[1]: *** [zlib] 错误 2
make[1]:正在离开目录 `/home/zll/GEOS-Chem-Libraries/src'
make: *** [all] 错误 2

andrewsoong

GEOS-Chem-Libraries安装步骤
进入GEOS-Chem-Libraries
make PREFIX=root_library_dir GCC=yes（默认使用ifort编译器，GNU C/C++ compilers (gcc, g++)）
安装成功后设置环境变量（在.bashrc中添加以下语句）
ROOT_LIBRARY_DIR=root_library_dir
GC_BIN=$ROOT_LIBRARY_DIR/bin
GC_INCLUDE=$ROOT_LIBRARY_DIR/include
GC_LIB=$ROOT_LIBRARY_DIR/lib
export GC_BIN
export GC_INCLUDE
export GC_LIB
我为我的帖子来的~~~希望能帮到你，PS：我的机器是红帽的内核。

xo2001

*** zlib test FAILED ***
ZLIB没装好？

longlivehj

sudo dpkg-reconfigure dash
选择no，再试！

龙行天下

longlivehj 发表于 2014-3-11 00:18

                               
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sudo dpkg-reconfigure dash
选择no，再试！

前辈你好，我按照你的方法修改了，但是出现新的报错了，你能再帮我看看吗？
zll@zll-ThinkPad-E420:~/GEOS-Chem-Libraries$ make PREFIX=root_library_dir
make[1]: 正在进入目录 `/home/zll/GEOS-Chem-Libraries/src'
if [ -f zlib-1.2.6/zlib-1.2.6.install ] ; then                    \
           echo '====> ZLIB has already been installed!';                     \
        else                                                                  \
           cd zlib-1.2.6                                                  &&\
           ./configure --prefix=root_library_dir --static --64                &&\
           touch zlib-1.2.6.config                                        &&\
           make check                                                    &&\
           make install                                                  &&\
           touch zlib-1.2.6.install                                       &&\
           echo '====> ZLIB was installed successfully!';                     \
        fi                                                                  
Checking for gcc...
Building static library libz.a version 1.2.6 with gcc.
Checking for off64_t... Yes.
Checking for fseeko... Yes.
Checking for unistd.h... Yes.
Checking for stdarg.h... Yes.
Checking whether to use vs[n]printf() or s[n]printf()... using vs[n]printf().
Checking for vsnprintf() in stdio.h... Yes.
Checking for return value of vsnprintf()... Yes.
Checking for attribute(visibility) support... Yes.
make[2]: 正在进入目录 `/home/zll/GEOS-Chem-Libraries/src/zlib-1.2.6'
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -I. -c -o example.o test/example.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o adler32.o adler32.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o crc32.o crc32.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o deflate.o deflate.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o infback.o infback.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o inffast.o inffast.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o inflate.o inflate.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o inftrees.o inftrees.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o trees.o trees.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o zutil.o zutil.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o compress.o compress.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o uncompr.o uncompr.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o gzclose.o gzclose.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o gzlib.o gzlib.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o gzread.o gzread.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o gzwrite.o gzwrite.c
ar rc libz.a adler32.o crc32.o deflate.o infback.o inffast.o inflate.o inftrees.o trees.o zutil.o compress.o uncompr.o gzclose.o gzlib.o gzread.o gzwrite.o
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -o example example.o -L. libz.a
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -I. -c -o minigzip.o test/minigzip.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -o minigzip minigzip.o -L. libz.a
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -I. -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -c -o example64.o test/example.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -o example64 example64.o -L. libz.a
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -I. -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -c -o minigzip64.o test/minigzip.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -o minigzip64 minigzip64.o -L. libz.a
/bin/sh: ./minigzip: 无法执行二进制文件
/bin/sh: ./minigzip: 无法执行二进制文件
                *** zlib test FAILED ***
make[2]: *** [teststatic] 错误 1
make[2]:正在离开目录 `/home/zll/GEOS-Chem-Libraries/src/zlib-1.2.6'
make[1]: *** [zlib] 错误 2
make[1]:正在离开目录 `/home/zll/GEOS-Chem-Libraries/src'
make: *** [all] 错误 2
zll@zll-ThinkPad-E420:~/GEOS-Chem-Libraries$ make PREFIX=/home/zll/netcdfmake[1]: 正在进入目录 `/home/zll/GEOS-Chem-Libraries/src'
if [ -f zlib-1.2.6/zlib-1.2.6.install ] ; then                    \
           echo '====> ZLIB has already been installed!';                     \
        else                                                                  \
           cd zlib-1.2.6                                                  &&\
           ./configure --prefix=/home/zll/netcdf --static --64                &&\
           touch zlib-1.2.6.config                                        &&\
           make check                                                    &&\
           make install                                                  &&\
           touch zlib-1.2.6.install                                       &&\
           echo '====> ZLIB was installed successfully!';                     \
        fi                                                                  
Checking for gcc...
Building static library libz.a version 1.2.6 with gcc.
Checking for off64_t... Yes.
Checking for fseeko... Yes.
Checking for unistd.h... Yes.
Checking for stdarg.h... Yes.
Checking whether to use vs[n]printf() or s[n]printf()... using vs[n]printf().
Checking for vsnprintf() in stdio.h... Yes.
Checking for return value of vsnprintf()... Yes.
Checking for attribute(visibility) support... Yes.
make[2]: 正在进入目录 `/home/zll/GEOS-Chem-Libraries/src/zlib-1.2.6'
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -I. -c -o example.o test/example.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o adler32.o adler32.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o crc32.o crc32.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o deflate.o deflate.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o infback.o infback.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o inffast.o inffast.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o inflate.o inflate.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o inftrees.o inftrees.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o trees.o trees.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o zutil.o zutil.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o compress.o compress.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o uncompr.o uncompr.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o gzclose.o gzclose.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o gzlib.o gzlib.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o gzread.o gzread.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o gzwrite.o gzwrite.c
ar rc libz.a adler32.o crc32.o deflate.o infback.o inffast.o inflate.o inftrees.o trees.o zutil.o compress.o uncompr.o gzclose.o gzlib.o gzread.o gzwrite.o
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -o example example.o -L. libz.a
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -I. -c -o minigzip.o test/minigzip.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -o minigzip minigzip.o -L. libz.a
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -I. -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -c -o example64.o test/example.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -o example64 example64.o -L. libz.a
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -I. -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -c -o minigzip64.o test/minigzip.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -o minigzip64 minigzip64.o -L. libz.a
/bin/sh: ./minigzip: 无法执行二进制文件
/bin/sh: ./minigzip: 无法执行二进制文件
                *** zlib test FAILED ***
make[2]: *** [teststatic] 错误 1
make[2]:正在离开目录 `/home/zll/GEOS-Chem-Libraries/src/zlib-1.2.6'
make[1]: *** [zlib] 错误 2
make[1]:正在离开目录 `/home/zll/GEOS-Chem-Libraries/src'
make: *** [all] 错误 2

龙行天下

xo2001 发表于 2014-3-10 22:42

                               
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*** zlib test FAILED ***
ZLIB没装好？

zlib提示安装成功了，但是就是在测试过程中报错了

longlivehj

龙行天下 发表于 2014-3-11 09:22

                               
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前辈你好，我按照你的方法修改了，但是出现新的报错了，你能再帮我看看吗？
zll@zll-ThinkPad-E420:~/GE ...

你依次执行下面几个命令：
cd /home/zll/GEOS-Chem-Libraries/src/zlib-1.2.6
make clean
./configure --prefix=/home/zll/netcdf --static --64

然后，打开/home/zll/GEOS-Chem-Libraries/src/zlib-1.2.6下的Makefile文件，找到SHELL=/bin/sh所在行，改为SHELL=/bin/bash

接下来执行如下命令（在刚刚的终端里执行，目录不要变）：
make check install

看看还有没有问题！

longlivehj

龙行天下 发表于 2014-3-11 09:29

                               
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zlib提示安装成功了，但是就是在测试过程中报错了

是的，是make check出错了。编译完了没问题，最好还是再运行一次sudo dpkg-reconfigure dash，改回ubuntu默认的dash。

龙行天下

longlivehj 发表于 2014-3-11 09:50

                               
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你依次执行下面几个命令：
cd /home/zll/GEOS-Chem-Libraries/src/zlib-1.2.6
make clean

前辈你好，我按照你的办法修改了一下，又报错了，提示无法执行二进制文件，详细报错如下：
zll@zll-ThinkPad-E420:~/GEOS-Chem-Libraries/src/zlib-1.2.6$ make check install
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -I. -c -o example.o test/example.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o adler32.o adler32.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o crc32.o crc32.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o deflate.o deflate.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o infback.o infback.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o inffast.o inffast.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o inflate.o inflate.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o inftrees.o inftrees.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o trees.o trees.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o zutil.o zutil.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o compress.o compress.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o uncompr.o uncompr.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o gzclose.o gzclose.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o gzlib.o gzlib.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o gzread.o gzread.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o gzwrite.o gzwrite.c
ar rc libz.a adler32.o crc32.o deflate.o infback.o inffast.o inflate.o inftrees.o trees.o zutil.o compress.o uncompr.o gzclose.o gzlib.o gzread.o gzwrite.o
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -o example example.o -L. libz.a
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -I. -c -o minigzip.o test/minigzip.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -o minigzip minigzip.o -L. libz.a
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -I. -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -c -o example64.o test/example.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -o example64 example64.o -L. libz.a
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -I. -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -c -o minigzip64.o test/minigzip.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -o minigzip64 minigzip64.o -L. libz.a
/bin/bash: ./minigzip: 无法执行二进制文件
/bin/bash: ./minigzip: 无法执行二进制文件
                *** zlib test FAILED ***
make: *** [teststatic] 错误 1

龙行天下

longlivehj 发表于 2014-3-11 09:54

                               
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是的，是make check出错了。编译完了没问题，最好还是再运行一次sudo dpkg-reconfigure dash，改回ubuntu ...

改成默认设置后报错跟最初始的报错一样的
zll@zll-ThinkPad-E420:~/GEOS-Chem-Libraries/src/zlib-1.2.6$ make check installgcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -I. -c -o example.o test/example.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o adler32.o adler32.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o crc32.o crc32.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o deflate.o deflate.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o infback.o infback.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o inffast.o inffast.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o inflate.o inflate.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o inftrees.o inftrees.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o trees.o trees.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o zutil.o zutil.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o compress.o compress.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o uncompr.o uncompr.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o gzclose.o gzclose.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o gzlib.o gzlib.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o gzread.o gzread.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o gzwrite.o gzwrite.c
ar rc libz.a adler32.o crc32.o deflate.o infback.o inffast.o inflate.o inftrees.o trees.o zutil.o compress.o uncompr.o gzclose.o gzlib.o gzread.o gzwrite.o
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -o example example.o -L. libz.a
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -I. -c -o minigzip.o test/minigzip.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -o minigzip minigzip.o -L. libz.a
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -I. -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -c -o example64.o test/example.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -o example64 example64.o -L. libz.a
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -I. -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -c -o minigzip64.o test/minigzip.c
gcc -O3  -m64 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -o minigzip64 minigzip64.o -L. libz.a
./minigzip: 1: ./minigzip: Syntax error: "(" unexpected
./minigzip: 1: ./minigzip: Syntax error: "(" unexpected
                *** zlib test FAILED ***
make: *** [teststatic] 错误 1