cesm1.2.2 在集群上运行速度过慢

Vincent · 发表于 2016-3-20 21:53:12

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请问，cesm运行过慢大概是什么问题？

我用的是cesm1.2.2版本，编译器是intel和openmpi，服务器上128个核运行 E1850C5CN 的实验，平均一天只能跑1年左右，跟正常情况比起来差了8倍上下。找了好久也没找到问题所在，所以不知道版上是否有人知道？

（每个节点16个核，总共128个核，PE layout都是 128x1，0的配置，节点内存64g，2.6GHz频率）

非常感谢！

andrewsoong · 发表于 2016-3-20 23:13:27

是不是数据交换遇到瓶颈了？

Vincent · 发表于 2016-3-21 09:27:14

我觉得应该是这样因为我看timing里面，cam每天只能运行不到1年，基本上限制了整个模式的速度，我查了路南，cam需要大量数据传输，所以我觉得应该是数据交换的问题，但是我们的平台是支持infiniband的，我不知道为什么会出现这个问题？

zpxie · 发表于 2016-3-21 09:52:20

使用的CPU越多，越可能会出现这种情况。建议你减小一半的CPU再试试速度是不是有所改善

Vincent · 发表于 2016-3-21 09:55:11

请问你的意思是如果我同时用很多个节点每个节点只用一部分核吗？这个方法我试过好像没有改善我比较过别人的结果在同样的配置下速度大概是我的8倍左右我也

优优蓝 · 发表于 2016-3-21 11:22:01

来学习一下

lixingyuhihi · 发表于 2016-11-16 16:53:24

Vincent 发表于 2016-3-21 09:27
我觉得应该是这样因为我看timing里面，cam每天只能运行不到1年，基本上限制了整个模式的速度，我查了路南 ...

楼主我在天河上运行cesm也遇到了类似的问题，我跑1.9x2.5分辨率的，（每个节点24个核，我用了256个核），我设置NTASKS=128，NTHRDS=2.然后atm_in文件中，npr_yz=32，4,4,32。在提交作业yhbatch之后，它显示分区之后就卡住了，一直不往下写，等了2天也是这样。不知道是什么原因。请问楼主最后解决了么？

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