AREM安装调试手记

孤蓝et

     本人原创，2010年发表于动力论坛，现转载至此。
      在看论坛时认识了AREM，lasg上有2.3.1版本下载，看介绍文档很兴奋，想尝试下运行，可看了论坛后有点失望，论坛里面介绍使用AREM的很少哦，相关的讨论也不多，帖子都是2009年之前的，除去AREM中的Readme文件，再无其他可参考的，所以考虑写一些我安装的过程和遇到的问题，希望能对初次使用AREM的同学有所帮助。
    模式下载地址:http://www.lasg.ac.cn/AREM/
    在调试期间，也感谢c4rui@mail.iap.ac.cn的帮助，他对我的问题从来都是不厌其烦的回答，谢谢。

一、准备工作
1、操作系统：RedHat 企业版4
2、Fortran编译器：PGI Workstation 7.0.7
3、netcdf
4、Grads
5、资料：地面高空报文资料。

二、安装
1、Fortran编译器
（1）将文件pgilinux86-64-707.tar.gz下载到/root/pgi707目录下解压

1. [root@localhost pgi707]$ tar -zxf pgilinux86-64-707.tar.gz
   
2. [root@localhost pgi707]$ ls
   
3. common install INSTALL.txt linux86 linux86-64 pgilinux86-64-707.tar.gz postinstall
   

复制代码

（2）编译并安装

1. [root@localhost pgi707]# ./install
   
2. Do you accept these terms? [accept,decline]
   
3. accept
   
4. Install the ACML? [y/n]
   
5. n
   
6. Installation directory? [/usr/pgi]
   
7. /opt/pgi
   
8. Do you want the files in the install directory to be read-only? [y,n]
   
9. n
   

复制代码

（3）用root用户把license.dat（在使用期范围的其他版本的license.dat也可以用）复制(cp)到/opt/pgi下
（4）把以下几行放到/root/.bash_profile的最后

1. export PGI=/opt/pgi/linux86/7.0-7
   
2. export PATH=$PGI/bin:$PATH
   
3. export MANPATH=$PGI/man:$MANPATH
   
4. export LM_LICENSE_FILE=/opt/pgi/license.dat
   

复制代码

并执行：

1. [root@localhost pgi707]# source /root/.bash_profile
   

复制代码

（5）测试PGI:

1. [root@localhost pgi707]# pgf90
   
2. pgf90-Warning-No files to process
   

复制代码

以上说明PGI安装成功!

2、安装netcdf
（1）将文件netcdf-4.0.tar.gz下载到/root/netcdf下解压
[root@localhost netcdf-4.0]$ tar -zxf netcdf-4.0.tar.gz
（2）编译并安装,不管您的netcdf是什么版本，必须将netcdf安装在如下目录。因为AREM模式中默认配置的netcdf路径就是/usr/local/netcdf-3.5.0-linux，否则后续您可能需要修改模式中许多netcdf的路径。

1. [root@localhost netcdf-4.0]# mkdir /usr/local/netcdf-3.5.0-linux
   
2. [root@localhost netcdf-4.0]# mkdir /usr/local/netcdf-3.5.0-linux/lib
   
3. [root@localhost netcdf-4.0]# ./configure --prefix=/usr/local/netcdf-3.5.0-linux/lib FC=pgf90
   
4. [root@localhost netcdf-4.0]# make
   
5. [root@localhost netcdf-4.0]# make install
   

复制代码

（3）把以下几行放到/root/.bash_profile的最后

1. export NETCDF=/opt/netcdf
   
2. export PATH=$NETCDF/bin:$PATH
   

复制代码

并执行：

1. [root@localhost netcdf-4.0]# source /root/.bash_profile
   
2. [root@localhost netcdf-4.0]# ncdump
   
3. ncdump [-c|-h] [-v ...] [[-b|-f] [c|f]] [-l len] [-n name] [-p n[,n]] [-x] [-k] file
   
4.   [-c]             Coordinate variable data and header information
   
5.   [-h]             Header information only, no data
   
6.   [-v var1[,...]]  Data for variable(s) <var1>,... only
   

复制代码

这样NetCDF安装成功！

3、Grads安装
（1）下载Grads，http://www.iges.org/grads/downloads.html

（2）解压缩，进入目录：

1. [root@localhost ~]# cd grads
   
2. [root@localhost grads]# ls
   
3. acinclude.m4  config.log     configure.in  doc      lib          Makefile.in
   
4. aclocal.m4    config.status  COPYRIGHT     etc      Makefile     src
   
5. bootstrap     configure      data          INSTALL  Makefile.am
   
6. [root@localhost grads]# ./configure
   
7. [root@localhost grads]# make && make install
   

复制代码

（3）把以下几行放到/root/.bash_profile的最后

1. PATH=$PATH:/root/grads/src
   

复制代码

并执行：

1. [root@localhost netcdf-3.6.2]# source /root/.bash_profile
   

复制代码

（4）安装完成，输入grads验证安装成功：

1. [root@localhost ~]# grads
   
2. Grid Analysis and Display System (GrADS) Version 2.0.a2
   
3. Copyright (c) 1988-2008 by Brian Doty and the
   
4. Institute for Global Environment and Society (IGES)
   
5. GrADS comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY
   
6. See file COPYRIGHT for more information
   
7. Config: v2.0.a2 little-endian
   
8. Issue 'q config' command for more information.
   
9. Landscape mode? ('n' for portrait):
   
10. GX Package Initialization: Size = 11 8.5
    
11. ga>
    

复制代码

4、/root/.bash_profile文件完整版：

1. 
   
2. PATH=$PATH:/root/AREM2.3.1.USER/Running/src
   
3. PATH=$PATH:./
   
4. PATH=$PATH:/root/grads/src
   
5. export PATH
   
6. unset USERNAME
   
7. export PGI=/opt/pgi/linux86/7.0-7
   
8. export PATH=$PGI/bin/PATH
   
9. export MANPATH=$PGI/man/MANPATH
   
10. export LM_LICENSE_FILE=/opt/pgi/license.dat
    
11. 
    
12. export NETCDF=/opt/netcdf
    
13. export PATH=$NETCDF/bin/PATH
    

复制代码

注：PATH=$PATH:./这一行必须要有！要不会出现mkdep命令无法找到的错误。

三、AREM解压缩和编译
以下是AREM2.3.1中自带的ReadME中所列的说明：我是按照如下步骤运行：

1. * 1st,
   
2.       You must start by going to AREM root directory "AREM2.3.1". And
   
3. then change to sub-directories "control" and "initial/control" respectively.
   
4.       The compilation and linking options are in the file named Macros.#Platform.
   
5.       #Platform can be SGI-Altix, SGI-O3K, and LINUX and should be modified
   
6. in the "Makefile" according to the platform at which the model AREM is going
   
7. to be run.
   
8. @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
   
9. *2nd,
   
10.       Change to the upper sub-direcotry "EXEC" and edit the Shell Script file
    
11. "AREM.CSH". The follwings need to be modified to run a case of your selection:
    
12. [color=red]* set initialization time, e.g.
    
13.           set year = 2006  !Four digits
    
14.           set mon = 06     !Two digits
    
15.           set day = 27     !Two digits
    
16.           set hour = 00    !Two digits[/color]
    
17. * set initial data type, e.g.
    
18. [color=red]          setenv INITYPE  NCP_DAT[/color]
    
19. * set running type, e.g.
    
20. [color=red]          setenv RUNTYPE    -1[/color]
    
21. * set model domain, e.g.
    
22.           setenv NWPLN    75.0        ! the longitude of fcst_domain west boundary
    
23.           setenv NWPLT    55.0        ! the latitude of fcst_domain north boundary
    
24.           setenv SWPLT     5.0        ! the latitude of fcst_domain south boundary
    
25. * select physics packages, the default settings,
    
26.           setenv CLD_D  CLD_BIAMW     ! BIAMW,BIAMC,REM0
    
27.           setenv PBL_D  PBL_CCM3      ! CCM3, REM0
    
28.           setenv FLX_D  FLX_BIAM      ! BIAM, CCM3, REM0, MM5
    
29.           setenv RAD_D  RAD_MM5       ! CCM3, REM0, MM5
    
30. * modify the model root path, e.g.
    
31.           setenv REMROOT  /home/arem/AREM2.3.1
    
32. * set the hisotry dumping path, e.g.
    
33.           setenv OUTDATA  /sgidsk3/arem_res/AREM2.3.1/$DATEY$DATEM$DATED/
    
34. * set the 3D model grid points in the file "def_und.h", e.g.
    
35.           #define XLON 351
    
36.           #define YLAT 501
    
37.           #define ZETA 32
    
38. * set the 3D grid points of background fields, e.g.
    
39.           #define XNCP 360
    
40.           #define YNCP 181
    
41.           #define ZNCP 17
    
42.           #define NCPLEV 17
    
43. * set the station observation path in the file "rem.inp", e.g.
    
44.           stn_path='/sgidsk3/lib4data/stn/dt$DATEY/='
    
45.          
    
46. * set the starting point, resolution and data path of background fields, e.g.
    
47.           xwnc0   = 0.0  !initial latitude
    
48.           ynnc0   = 90.0 !initial longitude
    
49.           dlen_nc = 1.0  !horizontal resolution
    
50.           fintnc  ='/sgidsk3/lib4data/ncep/dt$DATEY/ncp$DATEY$DATEM$DATED.$DATEH'
    
51. * set the integral time in hour, e.g.
    
52.           mend   = 24   ! 24h modeling
    
53. * set history dumping frequency in hour, e.g.
    
54.    mout   = 1  ! results saved per hour
    
55. * if lateral boundary is time-dependent, "V_BOUNDARY" should be defined
    
56. in the file "def_und.h",
    
57.           #define  V_BOUNDARY
    
58. and before that, the creation of time-dependent boundary as the followings,
    
59. - change to the folder "BOUND/csh";
    
60. - edit the file "LB4AREM.RUN";
    
61. - modify the modeling date, root path,
    
62.                            initialized data and its configuration,
    
63.       boundary update frequency,etc;
    
64. - execute this file "LB4AREM.RUN";
    
65. then, the lateral boundary files will be in the folder, "BOUND/vbdat"
    
66. *Note, the above settings must have the same model domain and resolution
    
67. as in the "EXEC/AREM.CSH"!
    
68. @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
    
69. * 3rd,
    
70. * Save your modification to "AREM.CSH" and quit, then run the file by typing,
    
71.                       AREM.CSH
    
72. * Ok, the computation will be being performed if your settings are correct.
    
73. * note, all the source files, head files and input files will be copied into
    
74. the temporary directory named by, "Running". Also, the complilation , linkage and
    
75. the model integral will be performed in this directory.
    
76. * So, you can check the model printed information in the file "Dumping" in the
    
77. the path "Running".
    
78. 
    

复制代码

按照如上步骤：即可编译得到AREM2.3.1：

1. [root@localhost ~]# cd AREM2.3.1.USER/
   
2. [root@localhost AREM2.3.1.USER]# ls
   
3. BOUND   control  EXEC  initial  pbl  ReadmE   TOOLS
   
4. cld_pr  dyn      His   lnd_flx  rad  Running  wt4rem
   
5. [root@localhost AREM2.3.1.USER]# cd Running
   
6. [root@localhost Running]# ls
   
7. AREM2.3.1 Dumping  obj          output.ext  src
   
8. def_und.h  fort.55  ocean_1.dat  rem.inp     step_terr
   

复制代码

1. 
   
2. @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
   
3. * 4th,
   
4. * Go into the hisotry dumping sub-direcotry and check results by GrADS-Display,
   
5. * type the command (the software "GrADS" should be installed),
   
6.                   gradsnc
   
7. and you can display the saved fields in the GrADS-Environment, e.g.
   
8.                   d geoheight  !geopotential height to be displayed;
   
9.                   d tem  !temperature to be displayed;
   
10.                   d qq   !mixing ratio of water vapor to be displayed;
    
11.     d uu  !zonal velocity to be displayed;
    
12.                   d vv  !meridional velocity to be displayed;
    
13.                   d surfprep    !accumulated surface rainfall to be displayed.
    

复制代码

注意：
1 修改runv2的权限。
2 修改 cp /puser/lib4data/stn/b*$DATEY$DATEM$DATED.$DATEH obj/. 为
           cp /home/blueet/stn/*$DATEY$DATEM$DATED.$DATEH obj/.

帖子结束。在运算得到结果后，0小时的预报部分变量是没有结果的。大家使用时需要注意下。

mofangbao

楼主的经验很丰富啊，一定是善于动手的人

风行浪尖

孤蓝et ，我顶你哟，

topmad

孤蓝很给力的说啊  动手才是王道啊

孤蓝et

mofangbao 发表于 2011-12-21 12:31

                               
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楼主的经验很丰富啊，一定是善于动手的人

都是闲暇时候瞎折腾。唉，折腾那么多还是报不准天气啊。

孤蓝et

topmad 发表于 2011-12-21 13:05

                               
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孤蓝很给力的说啊  动手才是王道啊

呵呵。只有肯下决心动手，啥事都能搞定的。

Forcast

这个模式武汉暴雨所有几个同学在弄

孤蓝et

Forcast 发表于 2011-12-21 14:18

                               
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这个模式武汉暴雨所有几个同学在弄

应该是吧？
之前看过基本都是暴雨所的文章，暴雨灾害中经常能看到AREM。
他们的LAPS搞得应该很成熟吧？

冬日情愫+

楼主好厉害哦！

天目神眉

楼主好厉害，希望经常来论坛，