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楼主: 360768761

CCTM运行报错

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 楼主| 发表于 2023-8-17 15:41:16 | 显示全部楼层
360768761 发表于 2023-8-17 15:35
您好我试了一下换串行计算,然后在我的CTM文件最后显示如下警告和error:
"BNDY_CONC_1" opened as OLD ...

我在脚本中把OCEAN文件的开关关掉了,然后目前在用串行计算方式计算,好像是进入了计算的过程了,谢谢您啦,不过不知道串行成功的话是否并行计算也能成功,毕竟WRF部分我是串行计算的,而且我的编译器以及CMAQ中一些编译过程选的是mpi
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发表于 2023-8-17 17:54:58 | 显示全部楼层
ocean1是一个海洋相关的地形文件,没数据需要做一个和模拟区域网格匹配的空nc文件,你可以搜搜论坛里可能有现成的脚本,IOAPI m3tools里我记得好像也能生成这类空文件,把GRIDDESC弄成你模拟区域一样的,就是MCIP生成的结果那个GRIDDESC里的信息。
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 楼主| 发表于 2023-8-17 21:05:22 | 显示全部楼层
weilin421 发表于 2023-8-17 17:54
ocean1是一个海洋相关的地形文件,没数据需要做一个和模拟区域网格匹配的空nc文件,你可以搜搜论坛里可能有 ...

我是直接给关了看看能不能跑通,您说的这个我后续试试。谢谢您啦
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 楼主| 发表于 2023-8-20 20:40:30 | 显示全部楼层
您好,我找到了D02报错的具体原因,是因为我第一层的CCTM运行之后出现了SUCCESSFUL,但是后边还有一堆的报错,具体如下:
     ==============================================
     |>---   PROGRAM COMPLETED SUCCESSFULLY   ---<|
     ==============================================
     Date and time 0:00:00   June 2, 2023   (2023153:000000)

     The elapsed time for this simulation was    4900.2 seconds.

19297.260u 40.878s 1:21:40.61 394.6%        0+0k 31416+5999736io 14pf+0w
tail: 无法打开"buff_CCTM_v532.exe.txt" 读取数据: 没有那个文件或目录

CMAQ Processing of Day 20230601 Finished at 2023年 08月 20日 星期日 05:02:15 EDT

\\\\\=====\\\\\=====\\\\\=====\\\\\=====/////=====/////=====/////=====/////


Set up input and output files for Day 2023-06-02.

Existing Logs and Output Files for Day 2023-06-02 Will Be Deleted
/bin/rm: No match.

CMAQ Processing of Day 20230602 Began at 2023年 08月 20日 星期日 05:02:15 EDT

        CTM_APPL  |  v532_intel_case1_20230602
================================================================================         
|                                                                              |         
|               The Community Multiscale Air Quality (CMAQ) Model              |         
|                                   Version 5.3.2                              |         
|                                                                              |         
|                          Built and Maintained by the                         |         
|                        Office of Research and Development                    |         
|                   United States Environmental Protection Agency              |         
|                                                                              |         
|                            https://www.epa.gov/cmaq                          |         
|                                                                              |         
|       Source Code:   https://www.github.com/USEPA/cmaq/tree/master           |         
|       Documentation: https://www.github.com/USEPA/cmaq/tree/master/DOCS      |         
|                                                                              |         
|         The CMAQ Model is tested and released with cooperation from          |         
|         the Community Modeling and Analysis System (CMAS) Center via         |         
|         contract support. CMAS is managed by the Institute for the           |         
|         Environment, University of North Carolina at Chapel Hill.            |         
|         CMAS URL: (https://www.cmascenter.org)                               |         
|                                                                              |         
================================================================================         
                                                                     
     This program uses the EPA-AREAL/MCNC-EnvPgms/BAMS Models-3      
     I/O Applications Programming Interface, [I/O API] which is      
     built on top of the netCDF I/O library (Copyright 1993, 1996   
     University Corporation for Atmospheric Research/Unidata         
     Program) and the PVM parallel-programming library (from         
     Oak Ridge National Laboratory).                                 
     Copyright (C) 1992-2002 MCNC,                                   
     (C) 1992-2013 Carlie J. Coats, Jr.,                             
     (C) 2003-2012 Baron Advanced Meteorological Systems, LLC, and   
     (C) 2014-2016 UNC Institute for the Environment.               
     Released under the GNU LGPL  License, version 2.1.  See URL     
                                                                     
         https://www.gnu.org/licenses/old-licenses/lgpl-2.1.html     
                                                                     
     for conditions of use.                                          
                                                                     
     ioapi-3.2: $Id: init3.F90 98 2018-04-05 14:35:07Z coats $
     netCDF version 4.7.4 of Jul 27 2023 04:57:17 $
      

     ===========================================
     |>---   ENVIRONMENT VARIABLE REPORT   ---<|
     ===========================================

     |> Grid and High-Level Model Parameters:
     +=========================================
      --Env Variable-- | --Value--
      --------------------------------------------------------------------------------
             BLD  |             (default)
          OUTDIR  |  /home/test/models/CMAQ/CMAQ-5.3.2/data/output_CCTM_v532_intel_case1
       NEW_START  |           F
  ISAM_NEW_START  |  Y (default)
       GRID_NAME  |  case1
       CTM_TSTEP  |       10000
      CTM_RUNLEN  |      230000
    CTM_PROGNAME  |  DRIVER (default)
      CTM_STDATE  |     2023153
      CTM_STTIME  |       10000
     NPCOL_NPROW  |  4 2
     CTM_MAXSYNC  |         300
     CTM_MINSYNC  |          60

     |> Multiprocess control, output and error checking:
     +====================================================
      --Env Variable-- | --Value--
      --------------------------------------------------------------------------------
PRINT_PROC_TIME  |           T
     FL_ERR_STOP  |           F
       CTM_CKSUM  |           F
AVG_FILE_ENDTIME  |           F
   AVG_CONC_SPCS  |  ALL
       CONC_SPCS  |             (default)
ACONC_BLEV_ELEV  |   1 30
  CONC_BLEV_ELEV  |             (default)
IOAPI_LOG_WRITE  |           F
         VERTEXT  |           F
VERTEXT_COORD_PA  |  /home/test/models/CMAQ/CMAQ-5.3.2/CCTM/scripts/lonlat.csv
   gc_matrix_nml  |  /home/test/models/CMAQ/CMAQ-5.3.2/CCTM/scripts/BLD_CCTM_v532_intel/GC_cb6r3_ae7_aq.nml
   ae_matrix_nml  |  /home/test/models/CMAQ/CMAQ-5.3.2/CCTM/scripts/BLD_CCTM_v532_intel/AE_cb6r3_ae7_aq.nml
   nr_matrix_nml  |  /home/test/models/CMAQ/CMAQ-5.3.2/CCTM/scripts/BLD_CCTM_v532_intel/NR_cb6r3_ae7_aq.nml
   tr_matrix_nml  |  /home/test/models/CMAQ/CMAQ-5.3.2/CCTM/scripts/BLD_CCTM_v532_intel/Species_Table_TR_0.nml

     |> Chemistry and Photolysis:
     +=============================
      --Env Variable-- | --Value--
      --------------------------------------------------------------------------------
    CTM_PHOTDIAG  |           F
CORE_SHELL_OPTIC  |           F (default)
OPTICS_MIE_CALC  |           F (default)
       GEAR_ATOL  |   0.100E-08 (default)
       GEAR_RTOL  |   0.100E-02 (default)
         RB_RTOL  |   0.100E-02 (default)
         RB_ATOL  |   0.100E-06 (default)

     |> Aerosols:
     +=============
      --Env Variable-- | --Value--
      --------------------------------------------------------------------------------
    CTM_AVISDIAG  |           F (default)
  CTM_ZERO_PCSOA  |           F (default)
         CTM_AOD  |           F (default)
      CTM_PMDIAG  |           F
     CTM_APMDIAG  |           T
APMDIAG_BLEV_ELE  |  1 10
AVG_PMDIAG_SPCS  |             (default)
    STM_SO4TRACK  |           F

     |> Cloud Processes:
     +====================
      --Env Variable-- | --Value--
      --------------------------------------------------------------------------------
        CLD_DIAG  |           F

     |> Air-Surface Exchange Processes:
     +===================================
      --Env Variable-- | --Value--
      --------------------------------------------------------------------------------
      PX_VERSION  |           F
      CTM_ABFLUX  |           F
      CTM_MOSAIC  |           F
    CTM_SFC_HONO  |           F
     CLM_VERSION  |           F
    NOAH_VERSION  |           T
       CTM_STAGE  |           F (default)
   CTM_DEPV_FILE  |           T
      CTM_HGBIDI  |           F
CTM_BIDI_FERT_NH  |           F
CTM_WBDUST_BELD  |  BELD3

     |> Transport Processes:
     +========================
      --Env Variable-- | --Value--
      --------------------------------------------------------------------------------
CTM_VDIFF_DIAG_F  |           F (default)
  SIGMA_SYNC_TOP  |   0.700E+00
    ADV_HDIV_LIM  |   0.900E+00 (default)
     CTM_ADV_CFL  |   0.950E+00
           KZMIN  |           T
        CTM_WVEL  |           T
   CTM_GRAV_SETL  |           T

     |> Emissions Parameters:
     +=========================
      --Env Variable-- | --Value--
      --------------------------------------------------------------------------------
   EMISSCTRL_NML  |  /home/test/models/CMAQ/CMAQ-5.3.2/CCTM/scripts/BLD_CCTM_v532_intel/EmissCtrl_cb6r3_ae7_aq.nml
      CTM_EMLAYS  |           0 (default)
       N_EMIS_GR  |           5
       N_EMIS_TR  |           0 (default)
     CTM_EMISCHK  |           F
    CTM_BIOGEMIS  |           F
       BIOG_SPRO  |  DEFAULT (default)
        BIOSW_YN  |           F (default)
       SUMMER_YN  |           T (default)
      B3GTS_DIAG  |           T
    CTM_MGEMDIAG  |           F (default)
  CTM_OCEAN_CHEM  |           F
     CTM_WB_DUST  |           F
CTM_DUSTEM_DIAG  |           F
    CTM_SSEMDIAG  |           F
     CTM_LTNG_NO  |           F
   LTNG_ASSIM_DT  |           0 (default)
          LTNGNO  |  InLine (default)
        USE_NLDN  |           F (default)
        LTNGDIAG  |           F
         MOLSNCG  |   0.350E+03 (default)
         MOLSNIC  |   0.350E+03 (default)
       N_EMIS_PT  |           0
          IPVERT  |           0 (default)
        EMISDIAG  |  F
   EMIS_SYM_DATE  |           F (default)

     |> Process Analysis Parameters:
     +================================
      --Env Variable-- | --Value--
      --------------------------------------------------------------------------------
      CTM_PROCAN  |           F
    PA_BCOL_ECOL  |             (default)
    PA_BROW_EROW  |             (default)
    PA_BLEV_ELEV  |             (default)
       MET_TSTEP  |       10000 (default)

     MET data determined based on WRF ARW version 4.2


          -=-  MPP Processor-to-Subdomain Map  -=-
                 Number of Processors =   8
    ____________________________________________________
    |                                                  |
    |  PE    #Cols    Col_Range     #Rows    Row_Range |
    |__________________________________________________|
    |                                                  |
    |  0       11      1:  11         18      1:  18   |
    |  1       11     12:  22         18      1:  18   |
    |  2       11     23:  33         18      1:  18   |
    |  3       11     34:  44         18      1:  18   |
    |  4       11      1:  11         18     19:  36   |
    |  5       11     12:  22         18     19:  36   |
    |  6       11     23:  33         18     19:  36   |
    |  7       11     34:  44         18     19:  36   |
    |__________________________________________________|

Abort(845107026) on node 0 (rank 0 in comm 0): application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 845107026) - process 0
[cli_0]: readline failed
Abort(845107026) on node 1 (rank 1 in comm 0): application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 845107026) - process 1
Abort(845107026) on node 3 (rank 3 in comm 0): application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 845107026) - process 3
Abort(845107026) on node 4 (rank 4 in comm 0): application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 845107026) - process 4
Abort(845107026) on node 7 (rank 7 in comm 0): application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 845107026) - process 7
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)

Stack trace terminated abnormally.
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)

Stack trace terminated abnormally.
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image              PC                Routine            Line        Source            
CCTM_v532.exe      00000000008ACAB4  Unknown               Unknown  Unknown
libpthread-2.17.s  00002ACF0F722630  Unknown               Unknown  Unknown
libc-2.17.so       00002ACF12AF3E1F  Unknown               Unknown  Unknown
libnetcdf.so.18.0  00002ACF104AEB2A  nc_close              Unknown  Unknown
libnetcdff.so.7.0  00002ACF0FF48E8F  nf_close_             Unknown  Unknown
CCTM_v532.exe      000000000081EB3E  shut3_                    101  shut3.F90
CCTM_v532.exe      000000000045509B  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_v532.exe      0000000000498302  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_v532.exe      00000000004C0467  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_v532.exe      00000000005E6837  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_v532.exe      00000000005E6099  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_v532.exe      000000000040E0E2  Unknown               Unknown  Unknown
libc-2.17.so       00002ACF12A95555  __libc_start_main     Unknown  Unknown
CCTM_v532.exe      000000000040DFE9  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image              PC                Routine            Line        Source            
CCTM_v532.exe      00000000008ACAB4  Unknown               Unknown  Unknown
libpthread-2.17.s  00002AD350083630  Unknown               Unknown  Unknown
libpthread-2.17.s  00002AD35008275B  read                  Unknown  Unknown
libmpi.so.12.0.0   00002AD351DF885F  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.12.0.0   00002AD351DF7BF2  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.12.0.0   00002AD3517BB166  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.12.0.0   00002AD351550438  MPI_Abort             Unknown  Unknown
libmpifort.so.12.  00002AD3511E144D  mpi_abort             Unknown  Unknown
CCTM_v532.exe      0000000000455185  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_v532.exe      0000000000498302  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_v532.exe      00000000004C0467  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_v532.exe      00000000005E6837  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_v532.exe      00000000005E6099  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_v532.exe      000000000040E0E2  Unknown               Unknown  Unknown
libc-2.17.so       00002AD3533F6555  __libc_start_main     Unknown  Unknown
CCTM_v532.exe      000000000040DFE9  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image              PC                Routine            Line        Source            
CCTM_v532.exe      00000000008ACAB4  Unknown               Unknown  Unknown
libpthread-2.17.s  00002B71F187F630  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.12.0.0   00002B71F2FB6FFC  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.12.0.0   00002B71F2D4C438  MPI_Abort             Unknown  Unknown
libmpifort.so.12.  00002B71F29DD44D  mpi_abort             Unknown  Unknown
CCTM_v532.exe      0000000000455185  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_v532.exe      0000000000498302  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_v532.exe      00000000004C0467  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_v532.exe      00000000005E6837  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_v532.exe      00000000005E6099  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_v532.exe      000000000040E0E2  Unknown               Unknown  Unknown
libc-2.17.so       00002B71F4BF2555  __libc_start_main     Unknown  Unknown
CCTM_v532.exe      000000000040DFE9  Unknown               Unknown  Unknown
1.404u 0.888s 0:00.75 304.0%        0+0k 49464+384io 53pf+0w
tail: 无法打开"buff_CCTM_v532.exe.txt" 读取数据: 没有那个文件或目录

**************************************************************
** Runscript Detected an Error: CGRID file was not written. **
**   This indicates that CMAQ was interrupted or an issue   **
**   exists with writing output. The runscript will now     **
**   abort rather than proceeding to subsequent days.       **
**************************************************************
(standard_in) 2: syntax error
(standard_in) 1: syntax error
(standard_in) 1: syntax error
(standard_in) 1: syntax error

==================================
  ***** CMAQ TIMING REPORT *****
==================================
Start Day: 2023-06-01
End Day:   2023-06-02
Number of Simulation Days: 2
Domain Name:               case1
Number of Grid Cells:        (ROW x COL x LAY)
Number of Layers:          35
Number of Processes:       8
   All times are in seconds.

Num  Day        Wall Time
01   2023-06-01   
02   2023-06-02   
     Total Time =
      Avg. Time =
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 楼主| 发表于 2023-8-20 20:43:56 | 显示全部楼层
360768761 发表于 2023-8-20 20:40
您好,我找到了D02报错的具体原因,是因为我第一层的CCTM运行之后出现了SUCCESSFUL,但是后边还有一堆的报 ...

然后具体日志文件中的错误为:
     CTM_OCEAN_CHEM set to FALSE. Open ocean and surf zone
     fractions will be set to 0. There will be no oceanic
     halogen-mediated loss of ozone or sea spray aerosol emissions.
     netCDF error number  -40

     >>--->> WARNING in subroutine RDTFLAG
     Error reading netCDF time step flag for MET_CRO_2D
     M3WARN:  DTBUF 1:00:00   June 2, 2023  (2023153:010000)

     >>--->> WARNING in subroutine XTRACT3
     Time step not available for file:  MET_CRO_2D
     M3WARN:  DTBUF 1:00:00   June 2, 2023  (2023153:010000)


     *** ERROR ABORT in subroutine retrieve_time_de on PE 000
      Error interpolating variable SLTYP from MET_CRO_2D
PM3EXIT:  date&time specified as 0
     Date&time specified as 0
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发表于 2023-8-21 23:22:22 | 显示全部楼层
360768761 发表于 2023-8-20 20:43
然后具体日志文件中的错误为:
     CTM_OCEAN_CHEM set to FALSE. Open ocean and surf zone
     fra ...

这个报错说的是那个文件里没有你cctm跑的这一天的数据,你可以ncdump看下表头或者tflag有没有这个时刻的数据
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 楼主| 发表于 2023-8-22 09:03:03 | 显示全部楼层
weilin421 发表于 2023-8-21 23:22
这个报错说的是那个文件里没有你cctm跑的这一天的数据,你可以ncdump看下表头或者tflag有没有这个时刻的 ...

确实是没有,因为我的WRF用的时间段为2023年6月1日0点到2日0点,但我的mcip和cctm等用的是2023年6月1日3点到2023年6月2日0点,其中的mcip时间间隔为180min,所以cctm跑的时候跑冒了,但是我在cctm中规定了总的运行时间为21h.如果这样有错的话那岂不是我这个mcip时间短于wrf是取错了嘛。
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发表于 2023-8-22 12:23:16 | 显示全部楼层
360768761 发表于 2023-8-22 09:03
确实是没有,因为我的WRF用的时间段为2023年6月1日0点到2日0点,但我的mcip和cctm等用的是2023年6月1日3 ...

我印象里cctm需要的是wrf生成的逐小时数据,3小时的时间分辨率应该是不行,一般cctm基本单位是按天跑,一天出一个文件。
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 楼主| 发表于 2023-8-22 13:19:32 | 显示全部楼层
weilin421 发表于 2023-8-22 12:23
我印象里cctm需要的是wrf生成的逐小时数据,3小时的时间分辨率应该是不行,一般cctm基本单位是按天跑,一 ...

好的,我再试着从wrf开始更改一下时间间隔。
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新浪微博达人勋

发表于 2023-8-22 20:36:14 | 显示全部楼层
楼主,请问一下你是怎么跑的嵌套,我没研究明白
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