【经验分享】论WRF-ARW中namelist陷阱

sfhstcn2

namelist中当嵌套没那么多的时候总想把那没用的那几列给删了的重度强迫症患者怎么破。而且每一列的逗号必须对齐

lhaikun@163.com

sfhstcn2 发表于 2015-8-22 15:26
namelist中当嵌套没那么多的时候总想把那没用的那几列给删了的重度强迫症患者怎么破。而且每一列的逗号必须 ...

{:5_260:}{:5_260:}

一人。

我最近做模拟，模拟区域的事情暂时不提，主要是在模拟的时候rsl.error.0000出现了这个报错。
[node6:08002] *** Process received signal ***
[node6:08002] Signal: Segmentation fault (11)
[node6:08002] Signal code: Address not mapped (1)
[node6:08002] Failing at address: 0xfffffffe0162e460
[node6:08002] *** End of error message ***
我找了几天的原因，还是没有任何头绪。麻烦大神看看。

lhaikun@163.com

一人。 发表于 2015-8-25 22:37
我最近做模拟，模拟区域的事情暂时不提，主要是在模拟的时候rsl.error.0000出现了这个报错。
[node6:08002 ...

说什么非法内存的事情，你并行调用了多少？之前有成功运行过例子吗？

一人。

lhaikun@163.com 发表于 2015-8-25 23:46
说什么非法内存的事情，你并行调用了多少？之前有成功运行过例子吗？

三个node，6个cpu，一直都是这么运行的，最近突然就这样了。有什么解决办法么？

lhaikun@163.com

一人。 发表于 2015-8-26 08:07
三个node，6个cpu，一直都是这么运行的，最近突然就这样了。有什么解决办法么？

每个node只有两个核？如果不是的话你试试把node上的核全部占用提交一次看看，而且你的rsl.out.0000输出的是什么啊

一人。

lhaikun@163.com 发表于 2015-8-26 08:25
每个node只有两个核？如果不是的话你试试把node上的核全部占用提交一次看看，而且你的rsl.out.0000输出的 ...

不是，每个节点用6个cpu。error显示如下。
Timing for main (dt= 43.98): time 2000-01-01_10:03:47 on domain   3:    0.80610
elapsed seconds
Timing for main (dt=131.93): time 2000-01-01_10:03:47 on domain   2:    3.11447
elapsed seconds
Timing for main (dt=131.93): time 2000-01-01_10:03:47 on domain   1:    3.41410
elapsed seconds
Timing for main (dt= 46.18): time 2000-01-01_10:04:33 on domain   3:    0.81103
elapsed seconds
Timing for main (dt= 46.18): time 2000-01-01_10:05:19 on domain   3:    0.81258
elapsed seconds
Timing for main (dt= 46.18): time 2000-01-01_10:06:05 on domain   3:    0.81294
elapsed seconds
Timing for main (dt=138.53): time 2000-01-01_10:06:05 on domain   2:    3.13116
elapsed seconds
Timing for main (dt=138.53): time 2000-01-01_10:06:05 on domain   1:    3.43037 elapsed seconds
Timing for main (dt= 48.49): time 2000-01-01_10:06:54 on domain   3:    0.81208
elapsed seconds
[node6:08002] *** Process received signal ***
[node6:08002] Signal: Segmentation fault (11)
[node6:08002] Signal code: Address not mapped (1)
[node6:08002] Failing at address: 0xfffffffe0162e460
[node6:08002] *** End of error message ***
"rsl.error.0000" 23687L, 2270160C  

lhaikun@163.com

一人。 发表于 2015-8-26 08:51
不是，每个节点用6个cpu。error显示如下。
Timing for main (dt= 43.98): time 2000-01-01_10:03:47 on  ...

你这个显示的是三层嵌套，但是你的运行时间上显示的貌似是namelist设置有问题，我三层没做过，两层的时候是1,2,2,2,1，如这样
Timing for main: time 2008-08-29_10:40:00 on domain   1:    0.27094 elapsed seconds
Timing for main: time 2008-08-29_10:42:40 on domain   2:    0.02805 elapsed seconds
Timing for main: time 2008-08-29_10:45:20 on domain   2:    0.02687 elapsed seconds
Timing for main: time 2008-08-29_10:48:00 on domain   2:    0.03759 elapsed seconds
Timing for main: time 2008-08-29_10:48:00 on domain   1:    0.38124 elapsed seconds
如果之前你成功run过实验的话，就排除了你的模式安装问题，那就是namelist问题了，可以对照着这个帖子仔细检查下

一人。

lhaikun@163.com 发表于 2015-8-26 09:19
你这个显示的是三层嵌套，但是你的运行时间上显示的貌似是namelist设置有问题，我三层没做过，两层的时候 ...

&time_control
run_days                            = 35,
run_hours                           = 18,
run_minutes                         = 0,
run_seconds                         = 0,
start_year                          = 1999, 1999, 1999,
start_month                         = 12,   12,   12,
start_day                           = 27,   27,   27,
start_hour                          = 00,   00,   00,
start_minute                        = 00,   00,   00,
start_second                        = 00,   00,   00,
end_year                            = 2000, 2000, 2000,
end_month                           = 01,   01,   01,
end_day                             = 31,   31,   31,
end_hour                            = 18,   18,   18,
end_minute                          = 00,   00,   00,
end_second                          = 00,   00,   00,
interval_seconds                    = 21600
input_from_file                     = .true.,.true.,.true.,
history_interval                    = 1440,  240,   120,
frames_per_outfile                  = 1000, 1000, 1000,
restart                             = .false.,
restart_interval                    = 5000,
io_form_history                     = 2
io_form_restart                     = 2
io_form_input                       = 2
io_form_boundary                    = 2
debug_level                         = 0
auxinput4_inname                    = "wrflowinp_d<domain>"
auxinput4_interval                  = 360
io_form_auxinput4                   = 2
output_diagnostics                  = 0
/

&domains
time_step                           = 108,
time_step_fract_num                 = 0,
time_step_fract_den                 = 1,
use_adaptive_time_step              = .true.,
step_to_output_time                 = .true.,
target_cfl                          = 1.2,   1.2,   1.2,
target_hcfl                         = 0.84, 0.84,  0.84,
max_step_increase_pct               = 5,      51,    51,
starting_time_step                  = -1,     -1,    -1,
max_time_step                       = -1,     -1,    -1,
min_time_step                       = -1,     -1,    -1,
adaptation_domain                   = 1,
max_dom                             = 3,
e_we                                = 67,    121,   184,
e_sn                                = 65,    109,   169,
e_vert                              = 30,    30,    30,
p_top_requested                     = 5000,
num_metgrid_levels                  = 27,
num_metgrid_soil_levels             = 2,
dx                                  = 27000, 9000,  3000,
dy                                  = 27000, 9000,  3000,
grid_id                             = 1,     2,     3,
parent_id                           = 1,     1,     2,
i_parent_start                      = 1,     14,    31,
j_parent_start                      = 1,     15,    27,
parent_grid_ratio                   = 1,     3,     3,
parent_time_step_ratio              = 1,     3,     3,
feedback                            = 1,
smooth_option                       = 0
/

&physics
mp_physics                          = 3,     3,     3,
ra_lw_physics                       = 1,     1,     1,
ra_sw_physics                       = 1,     1,     1,
radt                                = 27,    27,    27,
sf_sfclay_physics                   = 2,     2,     2,
sf_surface_physics                  = 2,     2,     2,
bl_pbl_physics                      = 2,     2,     2,
bldt                                = 0,     0,     0,
cu_physics                          = 0,     0,     0,
cudt                                = 5,     5,     5,
isfflx                              = 1,
ifsnow                              = 0,
icloud                              = 1,
surface_input_source                = 1,
num_soil_layers                     = 4,
sf_urban_physics                    = 0,     0,     1,
sst_update                          = 1
sst_skin                            = 1
tmn_update                          = 1
bucket_mm                           = 100.0
/

&fdda
/

&dynamics
w_damping                           = 0,
diff_opt                            = 1,
km_opt                              = 4,
diff_6th_opt                        = 0,      0,      0,
diff_6th_factor                     = 0.12,   0.12,   0.12,
base_temp                           = 290.
damp_opt                            = 0,
zdamp                               = 5000.,  5000.,  5000.,
dampcoef                            = 0.2,    0.2,    0.2
khdif                               = 0,      0,      0,
kvdif                               = 0,      0,      0,
non_hydrostatic                     = .true., .true., .true.,
moist_adv_opt                       = 1,      1,      1,     
scalar_adv_opt                      = 1,      1,      1,     
/

&bdy_control
spec_bdy_width                      = 10,
spec_zone                           = 1,
relax_zone                          = 9,

specified                           = .true., .false.,.false.,
nested                              = .false., .true., .true.,
/

&grib2
/

&namelist_quilt
nio_tasks_per_group = 0,
nio_groups = 1,
/


这是我的namelist，大神你帮着看看，大恩大德 ，没齿难忘。

lhaikun@163.com

一人。 发表于 2015-8-26 09:22
&time_control
run_days                            = 35,
run_hours                           = ...

亲 这些量你都懂吗
Namelist variables for controlling the adaptive time step option:
                   These options are only valid for the ARW core.
use_adaptive_time_step              = .false.  ; T/F use adaptive time stepping, ARW only
step_to_output_time                 = .true.   ; if adaptive time stepping, T/F modify the
                                                  time steps so that the exact history time is reached
target_cfl(max_dom)                 = 1.2,1.2  ; vertical and horizontal CFL <= to this value implies
                                                  no reason to reduce the time step, and to increase it
target_hcfl(max_dom)                = .84,.84  ; horizontal CFL <= to this value implies
max_step_increase_pct(max_dom)      = 5,51     ; percentage of previous time step to increase, if the
                                                  max(vert cfl, horiz cfl) <= target_cfl, then the time
                                                  will increase by max_step_increase_pct. Use something
                                                  large for nests (51% suggested)
starting_time_step(max_dom)         = -1,-1    ; flag = -1 implies use 6 * dx (defined in start_em),
                                                  starting_time_step = 100 means the starting time step
                                                  for the coarse grid is 100 s
max_time_step(max_dom)              = -1,-1    ; flag = -1 implies max time step is 3 * starting_time_step,
如果没搞明白的话建议去掉试试先，我也不太懂这些，在一开始系统给的namelist中应该没这么多东西吧