CESM2.1.3 B1850 build出错

ssdemon

在服务器上移植CESM2.1.3，case X build并run成功，但是case B1850在build的时候报错

查看build log文件，提示
/xx/cesm2_1_3/cime/src/share/util/shr_vmath_mod.F90:44: undefined reference to `vdsqrt_'
../../intel/intelmpi/nodebug/nothreads/mct/noesmf/c1a1l1i1o1r1g1w1e1/lib/libcsm_share.a(shr_vmath_mod.o): In function `shr_vmath_mod_mp_shr_vmath_exp_':
/xx/cesm2_1_3/cime/src/share/util/shr_vmath_mod.F90:105: undefined reference to `vdexp_'
../../intel/intelmpi/nodebug/nothreads/mct/noesmf/c1a1l1i1o1r1g1w1e1/lib/libcsm_share.a(shr_vmath_mod.o): In function `shr_vmath_mod_mp_shr_vmath_div_':
/xx/cesm2_1_3/cime/src/share/util/shr_vmath_mod.F90:130: undefined reference to `vddiv_'
../../intel/intelmpi/nodebug/nothreads/mct/noesmf/c1a1l1i1o1r1g1w1e1/lib/libcsm_share.a(shr_vmath_mod.o): In function `shr_vmath_mod_mp_shr_vmath_log_':
/xxe/cesm2_1_3/cime/src/share/util/shr_vmath_mod.F90:164: undefined reference to `vdln_'
../../intel/intelmpi/nodebug/nothreads/mct/noesmf/c1a1l1i1o1r1g1w1e1/lib/libcsm_share.a(shr_vmath_mod.o): In function `shr_vmath_mod_mp_shr_vmath_sin_':
/xx/cesm2_1_3/cime/src/share/util/shr_vmath_mod.F90:194: undefined reference to `vdsin_'
../../intel/intelmpi/nodebug/nothreads/mct/noesmf/c1a1l1i1o1r1g1w1e1/lib/libcsm_share.a(shr_vmath_mod.o): In function `shr_vmath_mod_mp_shr_vmath_cos_':
/xx/cesm2_1_3/cime/src/share/util/shr_vmath_mod.F90:222: undefined reference to `vdcos_'
make: *** [/xx/cesm2_1_3/scratch/cesmB/bld/cesm.exe] Error 1

请问有人遇到过这个问题吗？

AllenLu

AllenLu 发表于 2023-10-5 21:00
楼主楼主，我也遇到这个问题了，可以看下您的config_compilers.xml和config_machines.xml嘛，我intel版本是 ...

我最后用intelmpi和mkl编译了ESMF，就没用lapack和blas，然后问题就解决了

Leyea斐

缺少库，需要找到服务器中的库，编译时链接到cesm里

ssdemon

Leyea斐 发表于 2021-7-2 10:01
缺少库，需要找到服务器中的库，编译时链接到cesm里

哇！谢谢回复 我重新装了lapack和blas,也链接了，你知道是哪个库吗？

ssdemon

Leyea斐 发表于 2021-7-2 10:01
缺少库，需要找到服务器中的库，编译时链接到cesm里

表述有些不清楚，之前也有类似的报错，重装lapack和blas之后少了很多很多，就剩下这几个，然后根据报错提示的../../intel/intelmpi/nodebug/nothreads/mct/noesmf/c1a1l1i1o1r1g1w1e1/lib/libcsm_share.a文件，我在cesm.bldlog的库连接里有找到-L../../intel/intelmpi/nodebug/nothreads/mct/noesmf/c1a1l1i1o1r1g1w1e1/lib -lcsm_share，说明这个是链接上了的，所以我不知道错在哪里

Leyea斐

可以试试换一下lapack和blas的链接顺序

ssdemon

Leyea斐 发表于 2021-7-2 15:34
可以试试换一下lapack和blas的链接顺序

好的，我试试

ssdemon

Leyea斐 发表于 2021-7-2 15:34
可以试试换一下lapack和blas的链接顺序

Amazing！换了之后更多了...之前是lapack在前，blas在后，看来不是这个原因

星星薇

没有遇到过，但是‘vdsqrt’是mkl的库，说明你的cesm配置文件没有写好，不是compiler就是machine的问题，你再检查一下吧，尤其是细节

ssdemon

星星薇 发表于 2021-7-2 16:42
没有遇到过，但是‘vdsqrt’是mkl的库，说明你的cesm配置文件没有写好，不是compiler就是machine的问题，你 ...

谢谢回复 我在官网论坛上看到说如果有mkl就不需要lapack和blas，反过来是不是有后两个就不需要mkl了，所以这个库怎么会出来~~
这是我的compilers.xml，对比安装教程还有例子写的
<compiler COMPILER="intel" MACH="xx">
  <CFLAGS>
    <base>  -qno-opt-dynamic-align -fp-model precise -std=gnu99 </base>
    <append compile_threaded="true"> -qopenmp </append>
    <append DEBUG="FALSE"> -O2 -debug minimal </append>
    <append DEBUG="TRUE"> -O0 -g </append>
  </CFLAGS>
  <CPPDEFS>
    <append> -DFORTRANUNDERSCORE -DCPRINTEL</append>
  </CPPDEFS>
  <CXX_LDFLAGS>
    <base> -cxxlib </base>
  </CXX_LDFLAGS>
  <CXX_LINKER>FORTRAN</CXX_LINKER>
  <FC_AUTO_R8>
    <base> -r8 </base>
  </FC_AUTO_R8>
  <FFLAGS>
    <base> -qno-opt-dynamic-align  -convert big_endian -assume byterecl -ftz -traceback -assume realloc_lhs -fp-model source  </base>
    <append compile_threaded="true"> -qopenmp </append>
    <append DEBUG="TRUE"> -O0 -g -check uninit -check bounds -check pointers -fpe0 -check noarg_temp_created </append>
    <append DEBUG="FALSE"> -O2 -debug minimal </append>
  </FFLAGS>
  <FFLAGS_NOOPT>
    <base> -O0 </base>
    <append compile_threaded="true"> -qopenmp </append>
  </FFLAGS_NOOPT>
  <FIXEDFLAGS>
    <base> -fixed </base>
  </FIXEDFLAGS>
  <FREEFLAGS>
    <base> -free </base>
  </FREEFLAGS>
  <LDFLAGS>
    <append compile_threaded="true"> -qopenmp </append>
  </LDFLAGS>
  <MPICC> mpiicc  </MPICC>
  <MPICXX> mpicpc </MPICXX>
  <MPIFC> mpiifort </MPIFC>
  <SCC> icc </SCC>
  <SCXX> icpc </SCXX>
  <SFC> ifort </SFC>
  <SLIBS>
    <append> -L/xx/lapack-3.10.0/lib/ -llapack -L/xx/lapack-3.10.0/BLAS/SRC/ -lblas </append>
    <append> -L/g1/app/mathlib/netcdf/4.4.0/intel/lib -lnetcdff -lnetcdf </append>
    <append MPILIB="mpich"> -mkl=cluster </append>
    <append MPILIB="mpich2"> -mkl=cluster </append>
    <append MPILIB="mvapich"> -mkl=cluster </append>
    <append MPILIB="mvapich2"> -mkl=cluster </append>
    <append MPILIB="mpt"> -mkl=cluster </append>
    <append MPILIB="openmpi"> -mkl=cluster </append>
    <append MPILIB="impi"> -mkl=cluster </append>
    <append MPILIB="mpi-serial"> -mkl </append>
  </SLIBS>
  <SUPPORTS_CXX>TRUE</SUPPORTS_CXX>
</compiler>
因为编译器用的是intel，mpi是intelmpi，在<CFLAGS>里<base>  -qno-opt-dynamic-align -fp-model precise -std=gnu99 </base>最后的-std=gnu99,这一点会不会有影响

星星薇

ssdemon 发表于 2021-7-2 17:00
谢谢回复 我在官网论坛上看到说如果有mkl就不需要lapack和blas，反过来是不是有后两个就不需要mkl了，所 ...

这是我的仅供参考哈~还有就是注意到你一个小细节，mpiicpc少了一个i。

1.    <compiler COMPILER="intel" MACH="cube">
   
2.      <MPI_LIB_NAME MPILIB="mpich">mpich</MPI_LIB_NAME>
   
3.      <CFLAGS>
   
4.        <base> -qno-opt-dynamic-align -fp-model precise -std=gnu99 </base>
   
5.        <append compile_threaded="TRUE"> -qopenmp </append>
   
6.        <append DEBUG="FALSE"> -O2 -debug minimal </append>
   
7.        <append DEBUG="TRUE"> -O0 -g </append>
   
8.      </CFLAGS>
   
9.      <CPPDEFS>
   
10.        <!-- http://software.intel.com/en-us/articles/intel-composer-xe/ -->
    
11.        <append> -DFORTRANUNDERSCORE -DCPRINTEL</append>
    
12.      </CPPDEFS>
    
13.      <CXX_LDFLAGS>
    
14.        <base> -cxxlib </base>
    
15.      </CXX_LDFLAGS>
    
16.      <CXX_LINKER>FORTRAN</CXX_LINKER>
    
17.      <FC_AUTO_R8>
    
18.        <base> -r8 </base>
    
19.      </FC_AUTO_R8>
    
20.      <FFLAGS>
    
21.        <base> -qno-opt-dynamic-align -convert big_endian -assume byterecl -ftz -traceback -assume realloc_lhs -fp-model source  </base>
    
22.        <append compile_threaded="TRUE"> -qopenmp </append>
    
23.        <append DEBUG="TRUE"> -O0 -g -check uninit -check bounds -check pointers -fpe0 -check noarg_temp_created </append>
    
24.        <append DEBUG="FALSE"> -O2 -debug minimal </append>
    
25.      </FFLAGS>
    
26.      <FFLAGS_NOOPT>
    
27.        <base> -O0 </base>
    
28.        <append compile_threaded="TRUE"> -qopenmp </append>
    
29.      </FFLAGS_NOOPT>
    
30.      <FIXEDFLAGS>
    
31.        <base> -fixed  </base>
    
32.      </FIXEDFLAGS>
    
33.      <FREEFLAGS>
    
34.        <base> -free </base>
    
35.      </FREEFLAGS>
    
36.      <LDFLAGS>
    
37.        <append compile_threaded="TRUE"> -qopenmp </append>
    
38.      </LDFLAGS>
    
39.      <MPICC> mpiicc  </MPICC>
    
40.      <MPICXX> mpiicpc </MPICXX>
    
41.      <MPIFC> mpiifort </MPIFC>
    
42.      <SCC> icc </SCC>
    
43.      <SCXX> icpc </SCXX>
    
44.      <SFC> ifort </SFC>
    
45.      <MPI_PATH>/public/software/mpi/intelmpi/5.0.2.044/intel64/</MPI_PATH>
    
46.      <SLIBS>
    
47.        <append> -L$ENV{NETCDF_PATH}/lib -lnetcdff -lnetcdf </append>
    
48.        <append> -L$ENV{LAPACK_PATH}/lib -llapack -lblas </append>
    
49.        <append> -L$ENV{PNETCDF_PATH}/lib -lpnetcdf </append>
    
50.       </SLIBS>
    
51.      <SUPPORTS_CXX>TRUE</SUPPORTS_CXX>
    
52.    </compiler>

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