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clm5.0移植之后尝试创建案例出现错误expected one child

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新浪微博达人勋

发表于 2021-10-10 12:14:24 | 显示全部楼层 |阅读模式

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目前尝试在超算上移植clm5.0,修改了config_machines.xml,config_compilers.xml,config_batch.xml之后,在超算登录节点尝试创建测试案例,./create_newcase --case case4 --compset X --res f19_g16 --mach th-hpc2-ln0但是遇到了如下错误: 1E4I8_TV]}5~E31CM[%%ELH.jpg
不知道是config_machines.xml,config_compilers.xml,config_batch.xml的问题,还是config_pes.xml的问题,我尝试更改config_pes.xml为以下内容,还是同样的错误。
<?xml version="1.0"?>
<config_pes>
  <grid name="any">
   <mach name="th-ln0-hpc">  
      <pes pesize="any" compset="I1850Clm45Cn">
        <comment>none</comment>
        <MAX_TASKS_PER_NODE>32</MAX_TASKS_PER_NODE>
         <MAX_MPITASKS_PER_NODE>32</MAX_MPITASKS_PER_NODE>
          <ntasks>
          <ntasks_atm>-1</ntasks_atm>
          <ntasks_rof>-1</ntasks_rof>
          <ntasks_ocn>-1</ntasks_ocn>
          <ntasks_ice>-1</ntasks_ice>
          <ntasks_cpl>-1</ntasks_cpl>
          <ntasks_lnd>-1</ntasks_lnd>
          <ntasks_glc>-1</ntasks_glc>
          <ntasks_wav>-1</ntasks_wav>
          <ntasks_esp>-1</ntasks_esp>
        </ntasks>
        <nthrds>
          <nthrds_atm>1</nthrds_atm>
          <nthrds_lnd>1</nthrds_lnd>
           <nthrds_rof>1</nthrds_rof>
          <nthrds_ice>1</nthrds_ice>
          <nthrds_ocn>1</nthrds_ocn>
          <nthrds_glc>1</nthrds_glc>
          <nthrds_wav>1</nthrds_wav>
          <nthrds_esp>1</nthrds_esp>
          <nthrds_cpl>1</nthrds_cpl>
        </nthrds>
        <rootpe>
          <rootpe_atm>0</rootpe_atm>
          <rootpe_rof>0</rootpe_rof>
          <rootpe_ice>0</rootpe_ice>
          <rootpe_ocn>0</rootpe_ocn>
          <rootpe_cpl>0</rootpe_cpl>
          <rootpe_lnd>0</rootpe_lnd>
          <rootpe_glc>0</rootpe_glc>
          <rootpe_wav>0</rootpe_wav>
          <rootpe_esp>0</rootpe_esp>
        </rootpe>
      </pes>
    </mach>
  </grid>
</config_pes>

下面附上我config_machines.xml,config_compilers.xml,config_batch.xml的内容。希望能得到大家的帮助,给我提供一个解决思路也行,卡了好几天了

<?xml version="1.0"?>
<config_machines version="2.0">
  <machine MACH="th-hpc2-ln0">
  <DESC>Linux version 3.10.0-693.el7.x86_64, batch system is ---</DESC>
    <NODENAME_REGEX>th-hpc2-ln0</NODENAME_REGEX>
    <OS>LINUX</OS>
    <PROXY> https://howto.get.out </PROXY>
    <COMPILERS>intel</COMPILERS>
   <MPILIBS>intelmpi</MPILIBS>
    <PROJECT>couldbethis</PROJECT>
    <CHARGE_ACCOUNT>wzgktz</CHARGE_ACCOUNT>
    <SAVE_TIMING_DIR>/THL8/home/wzgktz/clm/clm5.0/timing</SAVE_TIMING_DIR>
   <SAVE_TIMING_DIR_PROJECTS>/THL8/home/wzgktz/clm/clm5.0/timing/project</SAVE_TIMING_DIR_PROJECTS>
    <CIME_OUTPUT_ROOT>/THL8/home/wzgktz/clm/clm5.0/output</CIME_OUTPUT_ROOT>
    <DIN_LOC_ROOT>/THL8/home/wzgktz/clm/clm5.0/output/inputdata</DIN_LOC_ROOT>
    <DIN_LOC_ROOT_CLMFORC>/THL8/home/wzgktz/clm/clm5.0/output/lmwg</DIN_LOC_ROOT_CLMFORC>
    <DOUT_S_ROOT>/THL8/home/wzgktz/clm/clm5.0/output/archive/$CASE</DOUT_S_ROOT>
    <BASELINE_ROOT>/THL8/home/wzgktz/clm/clm5.0/output/cesm_baselines</BASELINE_ROOT>
    <CCSM_CPRNC>/THL8/home/wzgktz/clm/clm5.0/output/cprnc</CCSM_CPRNC>
    <GMAKE>make</GMAKE>
    <GMAKE_J>8</GMAKE_J>
    <BATCH_SYSTEM>slurm</BATCH_SYSTEM>
    <SUPPORTED_BY>cseg</SUPPORTED_BY>
    <MAX_TASKS_PER_NODE>32</MAX_TASKS_PER_NODE>
    <MAX_MPITASKS_PER_NODE>32</MAX_MPITASKS_PER_NODE>
    <PROJECT_REQUIRED>TRUE</PROJECT_REQUIRED>
    <mpirun mpilib="default">
      <executable>mpirun</executable>
      <arguments>
        <arg name="labelstdout">-p "%g:"</arg>
        <arg name="threadplacement"> omplace </arg>
      </arguments>
      </mpirun>
<module_system type="none">
    </module_system>
    <environment_variables>
      <env name="OMP_STACKSIZE">256M</env>
      <env name="MPI_TYPE_DEPTH">16</env>
      <env name="NETCDF_PATH">/THL8/software/netcdf/4.4-icc16</env>
      <env name="HDF5_PATH">/THL8/software/hdf5/1.8.11-icc16-mvapich2</env>
      <env name="ZLIB_PATH">/THL8/software/zlib/1.2.11-icc16/lib</env>
      <env name="LAPACK_PATH">/THL8/home/wzgktz/clm/lapack-3.4.2</env>
      <env name="ESMF_PATH">/THL8/software/esmf/8.0.1-icc16-mvapich2</env>
    </environment_variables>
    <resource_limits>
      <resource name="RLIMIT_STACK">-1</resource>
    </resource_limits>
  </machine>
</config_machines>


<?xml version="1.0"?>
<config_compilers version="2.0">
   <compiler COMPILER="intel" MACH="th-hpc2-ln0">
      <CFLAGS>
    <base>  -qno-opt-dynamic-align -fp-model precise -std=gnu99 </base>
    <append compile_threaded="true"> -qopenmp </append>
    <append DEBUG="FALSE"> -O2 -debug minimal </append>
    <append DEBUG="TRUE"> -O0 -g </append>
  </CFLAGS>
  <CPPDEFS>
    <append> -DFORTRANUNDERSCORE -DCPRINTEL</append>
  </CPPDEFS>
  <CXX_LDFLAGS>
    <base> -cxxlib </base>
  </CXX_LDFLAGS>
  <CXX_LINKER>FORTRAN</CXX_LINKER>
  <FC_AUTO_R8>
    <base> -r8 </base>
  </FC_AUTO_R8>
<FFLAGS>
    <base> -qno-opt-dynamic-align  -convert big_endian -assume byterecl -ftz -traceback -assume realloc_lhs -fp-model source  </base>
    <append compile_threaded="true"> -qopenmp </append>
    <append DEBUG="TRUE"> -O0 -g -check uninit -check bounds -check pointers -fpe0 -check noarg_temp_created </append>
    <append DEBUG="FALSE"> -O2 -debug minimal </append>
  </FFLAGS>
  <FFLAGS_NOOPT>
    <base> -O0 </base>
    <append compile_threaded="true"> -qopenmp </append>
  </FFLAGS_NOOPT>
  <FIXEDFLAGS>
    <base> -fixed -132 </base>
  </FIXEDFLAGS>
  <FREEFLAGS>
    <base> -free </base>
  </FREEFLAGS>
  <LDFLAGS>
    <append compile_threaded="true"> -qopenmp </append>
  </LDFLAGS>
  <MPICC> mpiicc  </MPICC>
  <MPICXX> mpiicxx </MPICXX>
  <MPIFC> mpiifort </MPIFC>
  <SCC> icc </SCC>
  <SCXX> icpc </SCXX>
  <SFC> ifort </SFC>
<ESMF_LIBDIR>/THL8/software/esmf/8.0.1-icc16-mvapich2/lib/libO/Linux.intel.x86_64_medium.mvapich2.default</ESMF_LIBDIR>
  <MPI_PATH>/THL8/software/mvapich2-2.2-intel2016u3</MPI_PATH>
  <NETCDF_PATH>/THL8/software/netcdf/4.4-icc16</NETCDF_PATH>
  <PNETCDF_PATH>/THL8/software/pnetcdf/1.8.0-icc16-mvapich2</PNETCDF_PATH>
  <SLIBS>
    <append> -L/THL8/software/netcdf/4.4-icc16/lib -lnetcdf -lnetcdff -L/THL8/software/hdf5/1.8.11-icc16-mvapich2/lib -lhdf5 -lhdf5_hl -L/THL8/software/zlib/1.2.11-icc16/lib -lz -L/THL8/home/wzgktz/clm/lapack-3.4.2 -llapack -L/THL8/home/wzgktz/clm/BLAS-3.10.0 -LBLAS </append>
  </SLIBS>
  <SUPPORTS_CXX>TRUE</SUPPORTS_CXX>
</compiler>
</config_compilers>


<?xml version="1.0"?>
<config_batch version="2.1">
<batch_system MACH="th-hpc2-ln0" type="slurm" >
    <batch_submit>yhbatch</batch_submit>
    <submit_args>
      <arg flag="--time" name="$JOB_WALLCLOCK_TIME"/>
      <arg flag="-q" name="$JOB_QUEUE"/>
      <arg flag="--account" name="$PROJECT"/>
    </submit_args>
    <queues>
      <queue walltimemax="36:00:00" nodemin="1" nodemax="288" >regular</queue>
     </queues>
   </batch_system>
</config_batch>




密码修改失败请联系微信:mofangbao

新浪微博达人勋

 楼主| 发表于 2021-10-11 12:13:56 | 显示全部楼层
我解决了,是因为config_machines被我删掉了部分东西。
密码修改失败请联系微信:mofangbao
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