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请问各位大佬,CMAQ编译CCTM的时候报的这个错误,是什么原因啊

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发表于 2021-11-10 17:39:30 | 显示全部楼层 |阅读模式
500金钱
\_ID=\"./FILES_CTM.EXT\" -DSUBST_EMISPRM=\"./EMISPRM.EXT\" -DSUBST_MPI=\"mpif.h\" subhfile.F
mpiifort  se_bndy_copy_info_ext.o se_pe_info_ext.o se_comm_info_ext.o se_data_send_module.o se_domain_info_ex_util_module.o se_data_recv_module.o se_disp_info_ext.o se_subgrid_info_ext.o se_global_sum_module.o se_globase_global_min_module.o se_slice_module.o se_init_module.o se_bndy_copy_module.o se_comm_module.o se_reconfig_ se_reconfig_grid_module.o se_gather_module.o se_data_copy_module.o se_term_module.o se_twoway_comm_module.o o se_modules.o swap_sandia.o swap_sandia_routines.o alloc_data_mod.o pinterpb_mod.o parutilio.o piomaps_mod.o_write_map.o growbuf.o gtndxhdv.o interpol.o pinterpb.o pio_init.o pm3err.o pm3exit.o pm3warn.o pshut3.o ptrw.o pwrite3.o readbndy.o subdmap.o wrsubdmap.o UTILIO_DEFN.o HGRD_DEFN.o VGRD_DEFN.o GRID_CONF.o CGRID_SPCS.o D_DEFN.o AVG_CONC.o DEPVVARS.o BIDI_MOD.o LSM_MOD.o ASX_DATA_MOD.o HGSIM.o MOSAIC_MOD.o RXNS_DATA_MODULE.o BIDEFN.o LUS_DEFN.o LTNG_DEFN.o AEROMET_DATA.o AERO_DATA.o UDTYPES.o STK_EMIS.o STK_PRMS.o PTMAP.o PTBILIN.o SSo PTMET.o DEPV_DEFN.o STD_CONC.o CSQY_DATA.o CLOUD_OPTICS.o PHOT_MET_DATA.o DUST_EMIS.o RXNS_FUNC_MODULE.o PRMGEMIS.o PT3D_DEFN.o SOA_DEFN.o AERO_EMIS.o AEROSOL_CHEMISTRY.o PAGRD_DEFN.o EMIS_DEFN.o WVEL_DEFN.o distr_en.o advstep.o driver.o hveloc.o sciproc.o wr_aconc.o wr_cgrid.o wr_conc.o wr_init.o diffmsg.o flcheck.o grdche load_cgrid.o opaconc.o opconc.o couplewrf.o advbc_map.o hadvyppm.o hcontvel.o hppm.o rdbcon.o x_ppm.o x_yamomo.o zfdbc.o vppm.o zadvppmwrf.o deform.o hcdiff3d.o hdiff.o rho_j.o VDIFF_DIAG.o VDIFF_MAP.o SEDIMENTATION.onv_cgrid.o eddyx.o matrix1.o opddep.o opddep_fst.o opddep_mos.o rddepv.o tri.o vdiffacmx.o vdiffproc.o ABFLUXpv.o gas_depv_map.o m3dry.o opdepv_diag.o opdepv_fst.o opdepv_mos.o cropcal.o opemis.o tfabove.o tfbelow.o beo chkgrid.o czangle.o getfline.o getparb.o hrno.o parsline.o tmpbeis.o wrdaymsg.o delta_zs.o fire_plmris.o op3d_diag.o plmris.o plsprd.o preplm.o ungridb2.o write3_distr.o complex_number_module.o twoway_rrtmg_aero_optiATA.o PHOT_MOD.o SEAS_STRAT_O3_MIN.o PHOTOLYSIS_ALBEDO.o o3totcol.o opphot.o phot.o DEGRADE_SETUP_TOX.o hrdat_data.o degrade.o final_degrade.o find_degraded.o hrdriver.o hrg1.o hrg2.o hrg3.o hrg4.o hrinit.o hrprodloss.olver.o init_degrade.o AOD_DEFN.o PMDIAG_DATA.o aero_depv.o aero_driver.o aero_subs.o coags.o getpar.o isocomrev.o opapmdiag.o opavis.o oppmdiag.o opvis.o AQ_DATA.o acmcld.o aqchem.o aq_map.o cldproc_acm.o convcld_acm.const.o indexn.o opwdep.o rescld.o scavwdep.o PA_GLOBAL.o PA_IPRDEF.o PA_VARS.o PA_PARSE.o PA_IPRVARS.o pa_coagen.o pa_errcheck.o pa_getcoef.o pa_getcycle.o pa_getdesc.o pa_getfamily.o pa_getiprout.o pa_getirrout.o pa_trxnsum.o pa_init.o pa_irr_ctl.o pa_irr.o pa_mkhdr.o pa_molcloss.o pa_molcprod.o pa_output.o pa_read.o pa_repipr.o pa_setup_irr.o pa_update.o pa_wrtpadefn.o cksummer.o findex.o get_envlist.o lstepf.o setup_logdev.o subile.o -L/home/test/CMAQ5/CMAQ/lib/ioapi/lib -lioapi -lpthread -liomp5 -L/home/test/CMAQ5/CMAQ/lib/netcdf/lib cdf -L/home/test/CMAQ5/CMAQ/lib/mpi/lib -lmpi -o CCTM_v52.exe
/home/test/CMAQ5/CMAQ/lib/netcdf/lib/libnetcdff.so:对‘nc_set_log_level’未定义的引用
make: *** [CCTM_v52.exe] 错误 1
**ERROR** while running make command

else if ( 0 ) then
endif
mv Makefile Makefile.intel
mv: "Makefile" 与"Makefile.intel" 为同一文件
if ( -e Makefile.intel && -e Makefile ) rm Makefile
rm Makefile
ln -s Makefile.intel Makefile
if ( 0 != 0 ) then
if ( -e /home/test/CMAQ5/CMAQ/CCTM/scripts/BLD_CCTM_v52_intel/CCTM_v52.cfg ) then
echo    >>> previous CCTM_v52.cfg exists, re-naming to CCTM_v52.cfg.old <<<
   >>> previous CCTM_v52.cfg exists, re-naming to CCTM_v52.cfg.old <<<
mv /home/test/CMAQ5/CMAQ/CCTM/scripts/BLD_CCTM_v52_intel/CCTM_v52.cfg /home/test/CMAQ5/CMAQ/CCTM/scripts/BLD_CCTM_v52.cfg.old
endif
mv CCTM_v52.cfg.bld /home/test/CMAQ5/CMAQ/CCTM/scripts/BLD_CCTM_v52_intel/CCTM_v52.cfg
exit
[test@localhost scripts]$


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估计还是ncf编译问题,你重编译下c库,加上 enable那个,重新 source config编译cctm,估计会报其他的错,再看看吧。 我有看了一眼你的截图,里面怎么还有nco的库。。 建议你把ncf单独在一个地方重编一下,引用的包无所谓,该dis dis掉,不用编c++,改配置文件nc目录,source,重弄一下cctm应该就好了。
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发表于 2021-11-10 17:39:31 | 显示全部楼层
本帖最后由 weilin421 于 2021-11-15 23:59 编辑

估计还是ncf编译问题,你重编译下c库,加上
enable那个,重新
source config编译cctm,估计会报其他的错,再看看吧。
我有看了一眼你的截图,里面怎么还有nco的库。。
建议你把ncf单独在一个地方重编一下,引用的包无所谓,该dis dis掉,不用编c++,改配置文件nc目录,source,重弄一下cctm应该就好了。
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 楼主| 发表于 2021-11-10 17:42:04 | 显示全部楼层
用的intel编译器,netcdf-c-4.7.2,netcdf-cxx-4.3.0,netcdf-f-4.5.2,ioapi-3.2版本
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发表于 2021-11-15 11:44:18 | 显示全部楼层
贴出来config设置
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发表于 2021-11-15 12:34:43 | 显示全部楼层
本帖最后由 weilin421 于 2021-11-15 12:37 编辑

很明显是libnetcdf这个库编译的有问题,或者没ln过来。导致编译时候没找到so。
这个目录/home/test/CMAQ5/CMAQ/lib/netcdf/lib
ll一下这个


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 楼主| 发表于 2021-11-15 15:57:50 | 显示全部楼层

兄弟,下面是整个config的设置
#!/bin/csh -f

# ================== CMAQ5.2 Configuration Script =================== #
# Requirements: I/O API & netCDF libraries                            #
#               PGI, Intel, or Gnu Fortran compiler                   #
#               MPICH for multiprocessor computing                    #
# Optional:     Git for GitHub source code repository                 #
#                                                                     #
# Note that this script was configured/tested on Red Hat Linux O/S    #
#                                                                     #
# To report problems or request help with this script/program:        #
#             http://www.cmascenter.org/help-desk.cfm                 #
# =================================================================== #

#> Critical Folder Locations
# CMAQ_HOME - this is where the config_cmaq.csh script is located. It
# is also the root directory for all the executables. It may include
# the repository if the user is building CMAQ inside the repository. It
# may, on the other hand, be outside the repository if the user has
# created a separate project directory where they wish to put build-
# and run-scripts as well as executables.
setenv CMAQ_HOME $cwd

# CMAQ_REPO - this is always the location of the CMAQ repository that
# the user will pull from to create exectuables. If the user is building
# CMAQ inside the repository then it will be equal to CMAQ_HOME. If not,
# the user must supply an alternative folder locaiton.
setenv CMAQ_REPO /home/test/CMAQ5/CMAQ

# CMAQ_DATA - this may be where the input data are located. It may be a
# symbolic link to another location on the system, but it should be
# provided here
setenv CMAQ_DATA $CMAQ_HOME/data
if ( ! -d $CMAQ_DATA ) mkdir -p $CMAQ_DATA

cd $CMAQ_HOME

#===============================================================================
#> architecture & compiler specific settings
#===============================================================================

#> Set the compiler option
if ( $#argv == 1 ) then
    #> Use the user's input to set the compiler parameter
    setenv compiler $1
    setenv compilerVrsn Empty
else if ( $#argv == 2 ) then
    #> Compiler Name and Version have been provided
    setenv compiler $1
    setenv compilerVrsn $2
else if ( $#argv == 0 ) then
    #> If config.cmaq is called from Bldit.cctm or run.cctm, then this
    #> variable is already defined
    if ( ! $?compiler ) then
      echo "Error: 'compiler' should be set either in the"
      echo "       environment or as input to config.cmaq"
      echo "       Example:> ./config.cmaq [compiler]"
      echo "       Options: intel | gcc | pgi"
      exit
    else if ( ! $?compilerVrsn ) then
      setenv compilerVrsn Empty
    endif
else
    #> More than two inputs were given. Exit this script just to
    #> be on the safe side.
    echo "Error: Too many inputs to config.cmaq. This script"
    echo "       is expecting one input (the name of the"
    echo "       desired compiler. In some installations, you "
    echo "       may also be able to specify the compiler version "
    echo "       as the second input, but this is not by default."
    exit
endif
echo "Compiler is set to $compiler"


#> Compiler flags and settings
switch ( $compiler )

#>  Intel fortran compiler......................................................
    case intel:
   
        #> I/O API, netCDF, and MPI library locations
        setenv IOAPI_MOD_DIR   /apps/src/ioapi-3.2/Linux2  #> I/O API precompiled modules
        setenv IOAPI_INCL_DIR  /apps/src/ioapi-3.2/ioapi/fixed_src/  #> I/O API include header files
        setenv IOAPI_LIB_DIR   /apps/src/ioapi-3.2/Linux2  #> I/O API libraries
        setenv NETCDF_LIB_DIR  /apps/lib #> netCDF directory path
        setenv NETCDF_INCL_DIR /apps/include #> netCDF directory path
        setenv MPI_LIB_DIR     /apps/intel/compilers_and_libraries_2019.0.117/linux/mpi/intel64    #> MPI directory path
   
        #> Compiler Aliases and Flags
        setenv myFC mpiifort
        setenv myCC mpiicc      
        setenv myFSTD "-O3 -fno-alias -mp1 -fp-model source"
        setenv myDBG  "-O0 -g -check bounds -check uninit -fpe0 -fno-alias -ftrapuv -traceback"
        setenv myLINK_FLAG ""
        setenv myFFLAGS "-fixed -132"
        setenv myFRFLAGS "-free"
        setenv myCFLAGS "-O2"
        setenv extra_lib ""
        setenv mpi_lib "-lmpi"    #> No Library specification needed for mpiifort
                             #> -lmpich for mvapich
                             #> -lmpi for openmpi
   
        breaksw
   
#>  Portland Group fortran compiler.............................................
    case pgi:

        #> I/O API, netCDF, and MPI library locations
        setenv IOAPI_MOD_DIR   ioapi_mod_pgi  #> I/O API precompiled modules
        setenv IOAPI_INCL_DIR  iopai_inc_pgi  #> I/O API include header files
        setenv IOAPI_LIB_DIR   ioapi_lib_pgi  #> I/O API libraries
        setenv NETCDF_LIB_DIR  netcdf_lib_pgi #> netCDF directory path
        setenv NETCDF_INCL_DIR netcdf_inc_pgi #> netCDF directory path
        setenv MPI_LIB_DIR     mpi_lib_pgi    #> MPI directory path
   
        #> Compiler Aliases and Flags
        setenv myFC mpiifort
        setenv myCC icc      
        setenv myFSTD "-O3 -fno-alias -mp1 -fp-model source"
        setenv myDBG  "-O0 -g -check bounds -check uninit -fpe0 -fno-alias -ftrapuv -traceback"
        setenv myLINK_FLAG ""
        setenv myFFLAGS "-fixed -132"
        setenv myFRFLAGS "-free"
        setenv myCFLAGS "-O2"
        setenv extra_lib ""
        setenv mpi_lib ""    #> No Library specification needed for mpiifort
                             #> -lmpich for mvapich
                             #> -lmpi for openmpi
   
        breaksw
   
#>  gfortran compiler............................................................
    case gcc:
  
        #> I/O API, netCDF, and MPI library locations
        setenv IOAPI_MOD_DIR   ioapi_mod_gcc  #> I/O API precompiled modules
        setenv IOAPI_INCL_DIR  iopai_inc_gcc  #> I/O API include header files
        setenv IOAPI_LIB_DIR   ioapi_lib_gcc  #> I/O API libraries
        setenv NETCDF_LIB_DIR  netcdf_lib_gcc #> netCDF directory path
        setenv NETCDF_INCL_DIR netcdf_inc_gcc #> netCDF directory path
        setenv MPI_LIB_DIR     mpi_lib_gcc    #> MPI directory path
   
        #> Compiler Aliases and Flags
        setenv myFC mpif90
        #setenv myFC mpifort
        setenv myCC gcc
        setenv myFSTD "-O3 -funroll-loops -finit-character=32 -Wtabs -Wsurprising"
        setenv myDBG  "-Wall -O0 -g -fcheck=all -ffpe-trap=invalid,zero,overflow -fbacktrace"
        #setenv myDBG  "$myDBG -fimplicit-none"
        setenv myFFLAGS "-ffixed-form -ffixed-line-length-132 -funroll-loops -finit-character=32"
        setenv myFRFLAGS "-ffree-form -ffree-line-length-none -funroll-loops -finit-character=32"
        setenv myCFLAGS "-O2"
        setenv myLINK_FLAG "-openmp"
        setenv extra_lib ""
        #setenv mpi_lib "-lmpi_mpifh"   #> -lmpich for mvapich or -lmpi for openmpi
        setenv mpi_lib ""   #> -lmpich for mvapich or -lmpi for openmpi
   
        breaksw

    default:
        echo "*** Compiler $compiler not found"
        exit(2)
        breaksw

endsw

#> Apply Specific Module and Library Location Settings for those working inside EPA
#source /work/MOD3DEV/cmaq_common/cmaq_env.csh  #>>> Comment out if not at EPA

#> Add The Complier Version Number to the Compiler String if it's not empty
setenv compilerString ${compiler}
if ( $compilerVrsn != "Empty" ) then
    setenv compilerString ${compiler}${compilerVrsn}
endif

#===============================================================================

#> I/O API, netCDF, and MPI libraries
setenv netcdf_lib "-lnetcdf -lnetcdff" #> -lnetcdff -lnetcdf for netCDF v4.2.0 and later
setenv ioapi_lib "-lioapi -lpthread -liomp5 -lgomp"
setenv pnetcdf_lib "-lpnetcdf"

#> Query System Info and Current Working Directory
setenv system "`uname -m`"
setenv bld_os "`uname -s``uname -r | cut -d. -f1`"
setenv lib_basedir $CMAQ_HOME/lib

#> Generate Library Locations
setenv CMAQ_LIB    /home/test/CMAQ5/CMAQ/lib
setenv MPI_DIR     $CMAQ_LIB/mpi
setenv NETCDF_DIR  $CMAQ_LIB/netcdf
setenv PNETCDF_DIR $CMAQ_LIB/pnetcdf
setenv IOAPI_DIR   $CMAQ_LIB/ioapi

#> Create Symbolic Links to Libraries
if ( ! -d $CMAQ_LIB ) mkdir -p $CMAQ_LIB
if (   -e $MPI_DIR  ) rm -rf $MPI_DIR
     ln -s $MPI_LIB_DIR $MPI_DIR
if ( ! -d $NETCDF_DIR )  mkdir $NETCDF_DIR
if ( ! -e $NETCDF_DIR/lib ) ln -s $NETCDF_LIB_DIR $NETCDF_DIR/lib
if ( ! -e $NETCDF_DIR/include ) ln -s $NETCDF_INCL_DIR $NETCDF_DIR/include
if ( ! -d $IOAPI_DIR ) then
    mkdir $IOAPI_DIR
    ln -s $IOAPI_MOD_DIR  $IOAPI_DIR/modules
    ln -s $IOAPI_INCL_DIR $IOAPI_DIR/include_files
    ln -s $IOAPI_LIB_DIR  $IOAPI_DIR/lib
endif

#> Check for netcdf and I/O API libs/includes, error if they don't exist
if ( ! -e $NETCDF_DIR/lib/libnetcdf.a ) then
    echo "ERROR: $NETCDF_DIR/lib/libnetcdf.a does not exist in your CMAQ_LIB directory!!! Check your installation before proceeding with CMAQ build."
    exit
endif
if ( ! -e $IOAPI_DIR/lib/libioapi.a ) then
    echo "ERROR: $IOAPI_DIR/lib/libioapi.a does not exist in your CMAQ_LIB directory!!! Check your installation before proceeding with CMAQ build."
    exit
endif
if ( ! -e $IOAPI_DIR/modules/m3utilio.mod ) then
    echo "ERROR: $IOAPI_DIR/include/m3utilio.mod does not exist in your CMAQ_LIB directory!!! Check your installation before proceeding with CMAQ build."
    exit
endif

#> Set executable id
setenv EXEC_ID ${bld_os}_${system}${compilerString}
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 楼主| 发表于 2021-11-15 15:59:17 | 显示全部楼层
weilin421 发表于 2021-11-15 12:34
很明显是libnetcdf这个库编译的有问题,或者没ln过来。导致编译时候没找到so。
这个目录/home/test/CMAQ5/ ...

哥,当时装WRF的时候将所有的库都装在apps这个根目录下了
[test@localhost CMAQ]$ ll /home/test/CMAQ5/CMAQ/lib/netcdf/lib
lrwxrwxrwx. 1 test test 9 11月  5 17:15 /home/test/CMAQ5/CMAQ/lib/netcdf/lib -> /apps/lib
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 楼主| 发表于 2021-11-15 16:00:09 | 显示全部楼层
weilin421 发表于 2021-11-15 12:34
很明显是libnetcdf这个库编译的有问题,或者没ln过来。导致编译时候没找到so。
这个目录/home/test/CMAQ5/ ...

这是我当时装的所有基础库
## 一、基础环境配置

### 1、其他基础库安装

#### (1)、zlib-1.2.11安装

```
./configure  --prefix=/apps
make
make check
make install
```



####  (2)、szip-2.1.1安装

```
./configure CC=icc FC=ifort CXX=icpc –enable-shared --prefix=/apps
make
make install
```



####  (3)、hdf5-1.10.5安装

```
./configure CC=icc FC=ifort CXX=icpc --with-zlib=/apps --with-szlib=/apps --enable-shared --enable-fortran --enable-cxx --prefix=/apps
make
make install
```



####  (4)、udunits-2.2.26安装

```
./configure CC=icc FC=ifort CXX=icpc --enable-shared  --prefix=/apps
make
make install
```



### 2、安装netcdf

安装netcdf时,要装上他的基础库hdf5,,一定要加上

```
--disable-netcdf4 --disable-dap
```

否则后续装ioapi时会报错

#### (1)、netcdf-c-4.7.2安装

```
./configure CC=icc FC=ifort CXX=icpc --with-zlib=/apps --with-szlib=/apps --enable-shared --enable-fortran --enable-cxx --enable-netcdf-4 CPPFLAGS=-I/apps/include LDFLAGS=-L/apps/lib --prefix=/apps
make
make install
```



#### (2)、netcdf-fortran-4.5.2安装

```
./configure CC=icc FC=ifort CXX=icpc --enable-shared  CPPFLAGS=-I/apps/include LDFLAGS=-L/apps/lib --prefix=/apps
make
make install
```



#### (3)、netcdf-cxx4-4.3.0安装

```
./configure CC=icc FC=ifort CXX=icpc --enable-shared  CPPFLAGS=-I/apps/include LDFLAGS=-L/apps/lib --prefix=/apps
make
make install
```



### 3、安装ioapi

进入ioapi-3.2的安装目录

```
$ cp ioapi/Makeinclude.Linux2_x86_64ifort ioapi/Makeinclude.Linux2
$ cp ioapi/Makefile.nocpl ioapi/Makefile
$ vim ioapi/Makefile.nocpl.sed
```

#### (1)、修改 BASEDIR、INSTALL 的路径为当前目录

```
BASEDIR    = /path/to/ioapi-3.2
INSTALL    = /path/to/你最终的安装路径
```

保存并退出 vim

```
$ cp m3tools/Makefile.nocpl m3tools/Makefile
$ vim m3tools/Makefile.nocpl.sed
```

#### (2)、为 LIBS 变量完善 NetCDF 路径,如:

```
LIBS = -L${OBJDIR} -lioapi -L/你的安装路径/netcdf/lib -lnetcdff -lnetcdf $(OMPLIBS) $(ARCHLIB) $(ARCHLIBS)
```

修改 BASEDIR 的路径为当前目录

```
BASEDIR =  /path/to/ioapi-3.2
```

保存并退出 vim。

```
$ cp Makefile.template Makefile
$ vim Makefile
```

#### (3)、修改BIN=Linux2

修改 NCFLIBS 环境变量,完善 HDF5 和 NetCDF 路径,如:

```
NCFLIBS = -L/path/to/netcdf/lib -lnetcdff -lnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz
```

去除 IOAPIDEFS 的注释,并确认其值,如:

IOAPIDEFS = "-DIOAPI_NCF4"

#### (4)、修改 BASEDIR、INSTALL 的路径为当前目录

```
BASEDIR = /path/to/ioapi-3.2
INSTALL = /path/to/你的安装路
```

保存并退出 vim

```
$ make BIN=Linux2
```

此处安装的时候,如果是英特尔编译器的话,15之前为openmp,16之后最好是qopenmp,否则可能报错
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 楼主| 发表于 2021-11-15 16:07:01 | 显示全部楼层
weilin421 发表于 2021-11-15 12:34
很明显是libnetcdf这个库编译的有问题,或者没ln过来。导致编译时候没找到so。
这个目录/home/test/CMAQ5/ ...

image-20211115160421121.png
哥,这个是apps下面的那个lib文件夹下,有编译好的so文件
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发表于 2021-11-15 23:47:00 | 显示全部楼层
有个类似问题的解决方案是编译ncf加参数
NCO 4.8.1 has no problem finding nc_set_log_level() and the rest when pointing to netCDF 4.6.2, 4.7.0, 4.7.1 on my systems. You may need to build netCDF with the --enable-logging option, though I do not think so. It seems more likely to me that your NCO compilation is finding a different netCDF than 4.7.1.

我个人也觉得应该不需要加,我自己编译5.3也没加,正常编译的。
ncf好像不需要c++的库吧,不知道是否因为那个影响了c的库。
最笨的办法就是你单独编译一套ncf fortran和c的库到另一个相同目录下,配置里ncf指向那个目录看看
密码修改失败请联系微信:mofangbao
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