用hdfview画全球水色分布图

Aires

介绍hdfview软件基本使用方法，以及用它绘制全球水色的例子。
一、HDFView软件介绍
HDFView软件与ncview是一样的，都可以很快的查看hdf和nc格式的数据，以及方便的绘图。但是缺点也是很明显的，就是对一些图形的细微修饰是做不到的。所以这两款软件都可以和matlab一同使用，三者互补。
HDFView软件下载：http://www.hdfgroup.org/hdf-java-html/hdfview/
二、HDFView软件的简单使用
以绘制全球水色分布图为例，简要介绍HDFView这款软件的用法，详细用法参见安装时自带的help。
水色数据官网：http://oceancolor.gsfc.nasa.gov/
下载SeaWiFS传感器月平均叶绿素浓度数据，如：http://oceandata.sci.gsfc.nasa.gov/SeaWiFS/Mapped/Monthly/9km/chlor/
以上为Level 3数据产品。如下载网页的第一个数据，下载后解压缩文件名为S19972441997273.L3m_MO_CHL_chlor_a_9km。发现文件名的后缀不是.hdf，而是很长的一串字符。这时如果在matlab中打开，可以用hdftool或双击数据打开查看。但如果不改变文件名，直接用hdfview是打不开的，所以我的方法是将.L3m的‘点’改为其他字符，如：‘-’。后缀加上.hdf，就可以被hdfview打开处理了。
打开hdfview软件，open你想要加载的文件，结果在左边窗口如下图：

在这里简要介绍这种结构。这种结构类似于资源管理器的结构，文件夹下有文件等等。称为tree structure——树形结构。图中的文件夹里面有个数字4，表示hdf4，下面的l3m_data是整个数据。双击可查看数据，显示为excel表格形式，与matlab相同。
右键单击l3m_data，popup出菜单选择show properties 或者show properties as，可查看数据信息，大家自行查看即可。
了解了数据信息后，接下来就是画图了。但我们发现在界面内没有画图的命令，其实还需要我们右键单击l3m_data，选择open as,弹出如下图：

简要介绍弹出的内容：最明显的是已经看到全球的缩略图了！在display as 下，第一个table view就是我们双击数据打开的表格，我们选择下一个image，palette调色盘的可选择rainbow。最下面是子数据集的选择，可以手动输入start，end，stride。height是数据的行，width是数据的列，这里没有第三维，如果有是depth。如果不想计算你想要选取的范围，可用鼠标直接在缩略图上选取你想要画的图形范围，如下图：

单击ok，就可出图了，如全球图：

我们会发现全球的叶绿素浓度都很低，这时我们可以采取取对数的方法，将其范围大致变成-2~2.这样画出的图就比较适中了。
在打开数据后，选择tabel，select all，math conversion，可将其去10为底的对数，选择log(a,x),将a=10。确定后数据处理完毕，选择tabel，save changes to file。最后再重复上面的步骤画图，可出现比较满意的图，如下：

能看到靠近陆地边界值相对较高，大洋叶绿素浓度低。最后存图可存成jpeg,png等格式。这里就不说了。
hdfview几乎不能对palette做出你想要的处理，所以有局限性，不过出图很快。
PS：大家可尝试用matlab画图，如出现out of memory，可缩小范围，或者及时减少workspace中的变量，再或者合并网格。希望大家尝试，分享自己的成果。

有人问如何用Matlab处理hdf数据，以水色数据为例，给出一个示例程序供大家学习：

letsdo8

好像RAMS（或ARPS）是用HDF5作输出的。

letsdo8

只用过ncview，跟LZ学了一招。

ShaG

Aires 发表于 2012-11-17 22:34

                               
登录/注册后可看大图

处理一遍也是一样的，全球叶绿素浓度基本都是低值

嗯嗯，画出来的图应该是一样的，我自己原来用的是HDF Explorer，HDF和NC都能看，但只能看不能画图，这几个画图的小工具看起来也不错

mofangbao

原创的经验帖一定要支持啊

Aires

mofangbao 发表于 2012-10-14 17:14

                               
登录/注册后可看大图

原创的经验帖一定要支持啊

谢清风

xueyanhou

谢谢楼主！原来hdfview还可以处理数据和画图。。请问楼主有没有用matlab进一步处理数据？比如合并网格、去除异常值、空值。。另外，楼主可否发一下ncview的安装文件阿？谢谢啦~

xueyanhou

谢谢楼主！原来hdfview还可以处理数据和画图。。请问楼主有没有用matlab进一步处理数据？比如合并网格、去除异常值、空值。。另外，楼主可否发一下ncview的安装文件阿？谢谢啦~

Aires

xueyanhou 发表于 2012-10-15 22:50

                               
登录/注册后可看大图

谢谢楼主！原来hdfview还可以处理数据和画图。。请问楼主有没有用matlab进一步处理数据？比如合并网格、去除 ...

ncview的没有，你去网站上下吧，但没有windows平台的。这种matlab的数据处理我知道，但还没做，过两天做完发帖及时关注。

wlzhongouc

{:soso_e179:}

Aires

wlzhongouc 发表于 2012-10-15 23:02

                               
登录/注册后可看大图

谢谢学长原先的帮助~

anyun2012

            我是看牛人的。。。。

ShaG

取对数？我记得HDF都是有Scale_Factor的，数据是不是应该先处理一遍再画图呀