运行metgrid出现Program received signal SIGSEGV

liuym

运行metgrid之后出现错误，值得一提的是geogrid和ungrib并没有报错：./metgrid.exe
Processing domain 1 of 3

Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory reference.

Backtrace for this error:
#0  0x2B81052F6697
#1  0x2B81052F6CDE
#2  0x2B8105D892EF
#3  0x2B81092D00FA
#4  0x2B8107BBC785
#5  0x2B81001C87E5
#6  0x4A924F in ext_ncd_read_field_
Segmentation fault
下面是我完整的namelist.wps
  1 &share
  2  wrf_core = 'ARW',
  3  max_dom = 3,
  4  start_date = '2020-07-01_06:00:00','2020-07-01_06:00:00','2020-07-01_06:00:00',
  5  end_date   = '2020-07-03_18:00:00','2020-07-03_18:00:00','2020-07-03_18:00:00',
  6  interval_seconds = 21600
  7 /
  8
  9 &geogrid
10  parent_id         =   1,   1,   2,
11  parent_grid_ratio =   1,   3,   3,
12  i_parent_start    =   1,  65,  80,
13  j_parent_start    =   1,  65,  80,
14  e_we              =  250, 379, 652,
15  e_sn              =  250, 349, 499,
16  geog_data_res = 'default','default',
17  dx = 6000,
18  dy = 6000,
19  map_proj = 'lambert',
20  ref_lat   =  43.88,
21  ref_lon   = 125.33,
22  truelat1  =  43.88,
23  truelat2  =  43.88,
24  stand_lon = 125.33,
25  geog_data_path = '/public1/home/cmip6c/liuyiming/WRF/Build_WRF/WPS_GEOG'
26 /
27
28 &ungrib
29  out_format = 'WPS',
30  prefix = 'SFC',
31
32
33
34 /
35
36 &metgrid
37  fg_name ='3d','SFC'
38 /


尝试 ulimit -a发现不是内存的问题
core file size          (blocks, -c) 0
data seg size           (kbytes, -d) unlimited
scheduling priority             (-e) 0
file size               (blocks, -f) unlimited
pending signals                 (-i) 766992
max locked memory       (kbytes, -l) unlimited
max memory size         (kbytes, -m) unlimited
open files                      (-n) 10240
pipe size            (512 bytes, -p) 8
POSIX message queues     (bytes, -q) 819200
real-time priority              (-r) 0
stack size              (kbytes, -s) unlimited
cpu time               (seconds, -t) unlimited
max user processes              (-u) 4096
virtual memory          (kbytes, -v) unlimited
file locks                      (-x) unlimited
之前我在compile WPS的时候只出现的ungrib和geogrid.exe 没有出现metgrid.exe 随后我用这个网页的方法解决了，forum.mmm.ucar.edu/threads/resolved-metgrid-not-compiled-file-%E2%80%98netcdf-mod%E2%80%99-opened-at-1-is-not-a-gnu-fortran-module-file.9540/ ，（注：前面加上https）    就是configure之后覆盖scan_input.f之后compile成功出现三个exe， 我不知道这是否有影响

ayzqs

试一下ulimit -s unlimited，我用oneapi重新编译WRF和WPS时，运行的时候也出现过类似的问题

liuym

ayzqs 发表于 2024-7-14 23:36
试一下ulimit -s unlimited，我用oneapi重新编译WRF和WPS时，运行的时候也出现过类似的问题

谢谢你的回复，不过我已经尝试过了，上面的ulimit-a可以看到我的stack size是unlimited也就是已经设置为无限制了

liuym

已经解决，虽然不是什么好方法。。。重新换个版本的wrf和WPS，重装一遍。首先第一个问题compile没有出现metgrid.exe，是因为我在装wrf的时候选择的netcdf是intel的，但后来在WPS中./configure时候选择的3也就是gnu，这里冲突了所以没有出现metgrid.exe。重装的时候顺便把库也重新安装了一下，安装gnu的netcdf，就完美解决了这个问题，出现了metgrid.exe。后续测试./metgrid.exe没有再出现Program received signal SIGSEGV,希望给大家一点启发