ubuntu12.04 安装netcdf ncl WRF HWRF等软件步骤个人总结

youngaesu

开始使用ubuntu12.04，安装软件遇到很多问题，在网上找了很多帖子，学习了很多东西。现做一总结，以后随着工作增多会不断添加。
一、安装ifort和gfortran编译器
1、ifort编译器是：http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=33151提供的网址下载的，感谢！（那个许可证文件：intel_parallel_license.zip是linux平台下使用的）按照网上安装ifort的步骤进行安装，一共7步，其中有一步要输入.lic文件的绝对路径，其他基本都是默认选项即可。
2、安装gfortran（貌似必须安装，因为我在只安装了ifort没装gfortran的情况下装了netcdf4.1.3后没有netcdf.inc文件生成，网上查了很多资料，也换了netcdf.3.6.3版本还是没有inc文件，但是装上gfortran后再装4.1.3就有了inc文件）
因为有自带安装包，只要输入命令：sudo apt-get install gfortran
通过命令“gfortran -v”，可以查看gfortran是否安装成功。
二、安装NETCDF 和NCL
1、主要参考：http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=13161的帖子，感谢！
前面也说了，装netcdf的时候遇到点麻烦，由于不想太折腾所以就装了4.1.3版本，没有装4.2以上版本，具体情况参考：http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=15197
2、安装ifort编译器后的netcdf的安装主要参考：https://software.intel.com/en-us/articles/performance-tools-for-software-developers-building-netcdf-with-the-intel-compilers 按照说明在.bashrc文件中做了相应export的声明虽然最后安装成功了，不过对于building netcdf的这部分声明是否起了作用我也不是很清楚，望高手指点。
3、建立NCL配置文件（http://www2.mmm.ucar.edu/wrf/OnLineTutorial/Graphics/NCL/NCL_basics.htm）：在$home下新建.hluresfile文件，并将以下语句拷入

*wkColorMap : rainbow+gray
*wkBackgroundColor : (/1.,1.,1./)
*wkForegroundColor : (/0.,0.,0./)
*FuncCode : ~
*TextFuncCode : ~
*Font : helvetica
*wkWidth : 900
*wkHeight : 900
可以用“ng4ex gsun01n”命令对比配置前后的ncl命令效果（注意：会在当前文件夹下生成一个gsun01n.ncl的文件）。
4、安装NCL后用vim打开高亮显示问题参考：http://www.blogbus.com/huangw10-logs/222710254.html，感谢！
具体步骤是：

在Ubuntu12.04下：

1、下载NCL高亮文件，下载地址：http://www.ncl.ucar.edu/Applications/editor.shtml#vim。 只要下载ncl1（2）.vim其中一个就行了，改名为ncl.vim并存放在/usr/share/vim/vim73/syntax/ 目录下。

2、从上一步的地址下载ncl.dic文件，把它放在/usr/share/vim/vim73/dictionary/（/dictionary/文件自己建）。

注意：以上两个文件放入后要更改权限：chmod 755 ncl.vim (ncl.dic)

（不过我没有修改也成功了）

3、执行命令：cp/usr/share/vim/vim73/vimrc_example.vim ~/.vimrc。这是把vimrc文件复制到自己的home目录下，只有在这里它才能起作用。（注意：.vimrc文件在安装了vim以后也不会自动生成，网上说的运行一次vim就生成的是.viminfo文件，所以这里复制过来就行）

4、在~/目录下编辑.vimrc 文件，命令为sudo gedit .vimrc，添加如下内容：
au BufRead,BufNewFile *.ncl set filetype=ncl

au! Syntax newlang source $VIM/ncl.vim

"Show autocomplete menus.

set complete-=k complete+=k

set wildmode=list:full

set wildmenu

set dictionary-=/usr/share/vim/vim73/dictionary/ncl.dic dictionary+=/usr/share/vim/vim73/dictionary/ncl.dic

其中，前两行是使步骤1的文件ncl.vim发挥作用，后面几行是使步骤2的文件ncl.dic发挥作用。至此，可以说是大功告成了。

三、安装WRF和WPS等

1、这一步主要参考气象家园里的几个帖子：http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=19021 和http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3202  和http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=32817 十分感谢！

我在安装WRF中遇到的问题主要是安装WRF之前没有安装csh，运行./compile时提示找不到csh。由于我安装的是ifort（intel）编译器，因此./configure时，选择的是Linux x86_64 i486 i586 i686, ifort compiler with icc  (serial) 选项。

WRF比较顺利

2、安装WPS

      首先第一个问题是：ungrib、metgrid和geogrid三个exe文件编译失败，我就按照网站里相关帖子把configure.wps文件里的COMPRESSION_LIBS和COMPRESSION_INC两项进行编辑，主要是将zlib、libpng和jasper的lib库文件和include文件进行整合，拷贝到/usr/local下的一个文件夹里，并按照说明修改.bashrc文件，但是这样还是失败，ungrib.exe没有生成。configure.wps文件的错误信息是undefined reference to `nf_inq_varid_'，很多nf_有关的错误，查找了半天应该是nf链接的应该是-lnetcdff库，nc对应的是-lnetcdf库，因此在configure.wps文件中对WRF_LIB进行修改，把-L$(NETCDF)/lib -lnetcdf改成了-lnetcdff，问题解决一部分。由于我在configure的时候选的是grib2格式的（PC Linux i486 i586 i686, Intel compiler serial），所以我觉得可能是我没有安装grib2的相关程序有关，因此我下载了wgrib2.tgz文件，并按照说明将压缩包放在了/usr/local下，进行了make，然后把COMPRESSION_LIBS和COMPRESSION_INC两项进行了修改，就是分别改成了/usr/local/grib2/lib(include)，然后重新compile，就出现了主要的三个exe文件。

      第二个问题是：虽然我在修改COMPRESSION两项的时候也顺便按照网上说的根据-lX11的路径修改了configure.wps文件里的NCARG_LIBS选项（改成/usr/lib/x86_64-linux-gnu/4.6 -lX11），但是编译后还是没有plotfmt.exe和plotgrid.exe生成。log文件里的错误信息就是cpcldr.f:(.text+0x530): undefined reference to `_gfortran_concat_string'，在网上查了下，很多人说是NCARG库文件的问题，而且官网上也说了可能是应该用pgi编译的ncl而用ifort编译了（我刚好也安装了ifort，也装了gfortran），所以就纠结半天到底怎么判断，后来不断试验，根据网上很少的信息自己判断可能还是gfortran没有装好，然后就在我的文件堆里找gfortran的库文件，并把configure文件里的NCARG_LIBS选项里加了一条（-L/usr/lib/gcc.x86_64-linux-gnu/4.6 -lgfortran），结果undefined reference to `_gfortran_concat_string'的所有提示都没有了，但是还没有生成那两个exe，查看configure文件，还有很多cro.c:(.text+0x5427): undefined reference to `cairo_set_source_rgba'的提示，根据以往经验，那就是缺少cairo的库文件，可是怎么解决，查了好久，参考了http://bbs.06climate.com/forum.p ... 11169&extra=&page=1上面的成功经验，就尝试着找一个低版本的ncl（我装的6.1.2），本想找个5.几的，可是没有，然后就下了个6.0的，重新解压到新建的一个/usr/local/ncarg文件夹下，并修改.bashrc文件，source后先看了下里面的lib文件夹，和之前的6.1.2里的lib库进行对比，发现刚解压安装的比之前的多了个文件，就是和cairo有关的libncarg_gks_cairo.a，觉得有戏，就赶快进行编译，之后果然出现了折磨我很久的plotfmt.exe和plotgrid.exe文件。不知道是6.1.2版本的ncl没有这个库文件还是我当时安装的时候出的问题，等下次在安装的时候关注一下吧。

安装3.8版本的时候，重新编译一遍util才出现这两个exe文件：./compile util >& util.log

安装3.2版本的时候出了一些问题，在网上找到答案，现将网址贴出：1，无法生成ungrid.exe，提示cannot find lg2_4的问题：http://www.itdadao.com/articles/c15a147043p0.html  (Jasper下缺少libgrib2c.a文件)2，运行metgrid.exe提示指针问题forrtl: severe (153): allocatable array or pointer is not allocated:http://bbs.06climate.com/forum.p ... =6297&extra=&page=1

安装WRFDA

      开始安装的是WRFDAV3.1.1，./configure wrfda之后选择跟WRF一样的选项，然后./compile all_wrfvar >& compile.log，查看log文件，里面好多关于MAX这MAX那的error，查了网上很多资料也没有结果，貌似大家装的都很顺利。我就直接把3.1.1删了，用3.6版本的wrfda，结果执行了以上两步一点错也没有就通过了，不知是不是老版本缺了什么设置，但是我的WRF和WPS都是3.1版本的。

安装RIP4

      解压RIP4压缩包，先make一下，在显示的列表中选择合适的编译器，我的是intel，我就make intel，结果还是很多错误，主要还是之前编译WPS时出现的undefined reference to `nf_inq_varid_'，和undefined reference to `cairo_set_source_rgba'错误，根据经验，也看了网上的帖子，打开Makefile，修改intel条目下的netcdf库链接：NETCDFLIB       = -L/usr/local/lib  -lnetcdff,检查其他库链接（NCARG）下的内容是否正确，然后又按照之前改WPS时的-lX11链接改了-L/usr/lib/x86_64-linux-gnu/4.6 -lX11，删了个里面跟我的设置没有关系的redhat的库链接，然后编译还是少了个名为RIP的执行文件没有生成，其他的ripdp的都生成了，错误还是关于`cairo_set_source_rgba'的。经过反复检查发现NCARG的库链接没有问题，因为WPS时已经验证了，最后就索性在Makefile的NACRG的库链接-lncarg_c后面加了一个-lcairo选项，然后编译，结果顺利通过。然后在.bashrc中配置环境变量：

export RIP_ROOT=/home/**/RIP4

export PATH=$RIP_ROOT:$PATH

不过还是奇怪为什么编译WPS的时候没用写这项链接就能解决这个错误，而这里不行。

安装ARWpost

      解压缩文件，然后放到WRFV3一层的目录下，先configure，选择intel编译器（no vis5d），生成configure.arwp，这个文件没有修改项，主要是修改src文件夹下的Makefile，在All：ARWpost.exe后面的好几排链接中添加netcdff库：

-L$(NETCDF)/lib -I$(NETCDF)/include  -lnetcdff，否者还会出现很多‘nf_’开头的错误。最后直接./compile就行。

安装Grads

     官网网上下载了个grads-bin-2.0.a5-ubuntu-x86_64.tar.gz的压缩包和data2.tar.gz

     在和WRF同一层的目录下解压缩，生成grads-2.0.a5的文件夹，下面只有bin文件夹且里面都是执行程序，然后把data2文件解压到和bin同一层即可，然后设置环境变量：

export PATH=$PATH:/home/**/grads-2.0.a5/bin/

export GADDIR=/home/**/grads-2.0.a5

export GASCRP=/home/**/grads-2.0.a5

export GAUDFT=/home/**/grads-2.0.a5/table

      测试安装情况：用给的example.tar.gz，解压，在当前目录下输入grads，出现几行运行信息Landscape mode? ('n' for portrait):，然后回车，出现一个小显示框，然后输入open model.ct；d ps；图就画出来了，然后quit退出即可。

安装WRFDomainWizard

      先要安装java。终端输入：

sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/java  有个安装JAVA8的确认，敲回车继续，OK后，继续输入

sudo add-apt install oracle-java8-installer 进行安装，出现一个图形界面，敲回车确认，然后选择accept后继续，等待安装完成。

      把WRFDomainWizard.zip解压拷到WRF同层目录下，进入WRFDomainWizard，看run_DomainWizard.bat文件是否有执行权限，如果没有就chmod一下chmod +x run_DomainWizard；这样就出来一个图形界面

在WPS Programs下选择/home/**/WPS

在Geography下选择/home/**/geog

在Domains下选择/home/**/WPS

（注意：由于geog实在太大，软件包里面不含有，现在给出地址自行下载，下载好后解压到/home下，www2.mmm.ucar.edu/wrf/src/wps_files/geog.tar.gz）

安装MPICH3

      MPICH3的安装需要在超级用户权限下完成，在安装前登录超级用户：
      $ sudo su

      # cd /usr
      # tar -zxvf /home/user/.../mpich...（解压缩文件后可在/usr下新建mpich3文件夹）

     编译

     # cd /usr/mpich...（刚才解压的文件夹）
     # ./configure --prefix=/usr/mpich3 ）（设置/usr/mpich3为安装路径）

     安装
     # make
     # make instal（mpich3文件夹下生成bin等4个文件夹）
     # exit（退出超级用户）
    设置环境变量
     export PATH=$PATH:/usr/mpich3/bin
    source一下
     命令行下键入mpi+Tab键可查看mpi命令

安装完以后编译WRF的nmm_real出现错误，主要由于之前的mpich是用gfortran编译的（用mpiexec --version命令可以查看），而gfortran不支持并行，因此compile nmm_real的时候就出现关于gfortran错误：文件目录不存在或者undefine之类的。从网上查如何改成用ifort编译mpich，在ifort手册里有：./configure CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort ...不过运行的时候总出现configure: error: F90 and F90FLAGS are replaced by FC and FCFLAGS respectively in this configure, please unset F90/F90FLAGS and set FC/FCFLAGS instead and rerun configure again.或者The selected Fortran 90 compiler ifort does not work with the selected Fortran 77 compiler ifort.的错误。

由于之前在安装netcdf的时候在环境变量里已经有了export CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort的设置，按理说不应该出现gfortran编译mpich的情况，但是我当时是用超级用户装的mpi，所以这个环境变量没有起作用。回到普通用户下安装的时候就会出现上述两个error。后来经过多次查找尝试，得出以下经验：1、mpich3或者mpich2，超级用户或普通用户下在configure之前运行一下环境变量中设置的Intel编译器的source /opt/intel/Compiler/bin/ifortvars.sh intel64 命令（普通用户如果环境变量中有这条可以不用运行）；
2、运行./configure --prefix=... --enable-g=all --enable-f77 --enable-fc --enable-cxx或者是./configure --prefix=... CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort命令即可;
3、然后make && make install就一路畅通了。

安装Parallel-NetCDF(pnetcdf)

      下载地址：http://trac.mcs.anl.gov/projects/parallel-netcdf

       安装说明地址：http://trac.mcs.anl.gov/projects/parallel-netcdf/browser/trunk/INSTALL

       （具体安装步骤与安装MPICH3相似）

安装HWRF      按照User Guide或者Online Tutorial指导安装即可http://www.dtcenter.org/HurrWRF/users/tutorial/2016_NCWCP_tutorial/practical_def/
    1.安装hwrf-utilities时，没有hwrf_bdy_upgrade.exe文件生成，解决方法是根据错误信息在configure.hwrf的LIB链接中添加pnetcdf的库文件链接L$(WRF_DIR)/external/io_pnetcdf -lwrfio_pnf  -L/usr/your pnetcdf path/lib -lpnetcdf 即可。

N、一些小问题：1、ubuntu12.04貌似已经有acrobat reader了，不过我又安装了一遍，使得ubuntu终端输入tab自动补全后，多一个空格，解决方法是：

删除/etc/bash_completion.d/acroread.sh即可，重新打开终端后，恢复正常2、ssh连接成功后，如果想要显示图形界面，需要做一些配置。

客户端配置，在/etc/ssh/ssh_config配置文件中，找到ForwardAgent yes，ForwardX11 yes，ForwardX11Trusted yes这3个确保是yes（注意这个配置文件中的#是注释，确保你修改的行没有被注释掉）

ningking1986

好帖，多谢分享啊！

藕茭白空心菜

看到这些，我想说学无止境！谢谢楼主