CESM 1.2.2 setup问题

lolilukia · 发表于 2015-12-2 14:03:42

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作为一个新手小白，找了各种资料，可谓山穷水尽
在create_newcase的时候选择的是userdefined,用户手册上说要修改env_mach_pes.xml
我并不知道这个xml在哪里...
用户手册一笔带过，也没说应该如何修改...
然后硬着头皮./cesm_setup
发现报了如下的错误：
ERROR: must set xml variable OS to generate Macros file
ERROR: must set xml variable NTASKS_CPL to build the model
ERROR: must set xml variable NTASKS_ROF to build the model
ERROR: must set xml variable NTASKS_ICE to build the model
ERROR: must set xml variable CESMSCRATCHROOT to build the model
ERROR: must set xml variable NTASKS_WAV to build the model
ERROR: must set xml variable MPILIB to build the model
ERROR: must set xml variable NTASKS_OCN to build the model
ERROR: must set xml variable NTASKS_GLC to build the model
ERROR: must set xml variable RUNDIR to build the model
ERROR: must set xml variable DIN_LOC_ROOT to build the model
ERROR: must set xml variable COMPILER to build the model
ERROR: must set xml variable EXEROOT to build the model
ERROR: must set xml variable MAX_TASKS_PER_NODE to build the model
ERROR: must set xml variable NTASKS_LND to build the model
ERROR: must set xml variable NTASKS_ATM to build the model
Correct above and issue cesm_setup again

应该是要在xml设置的吧，不过并不知道这些都是什么意思，应该设置成什么样的值...
能否有哪位大神指导下这些应该都设置成什么值，或者链个教程啥的（本人cesm1.2.2），感激不尽～

lhaikun@163.com · 发表于 2015-12-2 16:45:49

lolilukia 发表于 2015-12-2 15:34
嗯嗯我之前看了您的这个帖子，对于那个图2有些疑问，恕我是个新手，图2中让填写run和build的路径，是自己 ...

<machine MACH="intel120">
      <DESC>CESM120,os is Linux, 16 pes/node, batch system is PBS</DESC>    随便写
      <OS>LINUX</OS>           写系统提示的之一，大小写跟提示一致
      <COMPILERS>intel</COMPILERS>    
      <MPILIBS>mpich</MPILIBS>              自己查自己用的什么类型的并行
      <RUNDIR>/model/cesm120/case/$CASE/run</RUNDIR>                          自己随便设
      <EXEROOT>/model/cesm120/case/$CASE</EXEROOT>                    自己随便设
      <DIN_LOC_ROOT>/model/indataCESM/120</DIN_LOC_ROOT>           自己随便设
<DIN_LOC_ROOT_CLMFORC>/model/indataCESM/120/atm/datm7</DIN_LOC_ROOT_CLMFORC>   后边的atm/datm7是固定的，前边随意
      <DOUT_S>TRUE</DOUT_S>                
      <DOUT_S_ROOT>/model/cesm120/archive/$CASE</DOUT_S_ROOT>               自己随意
      <DOUT_L_MSROOT>UNSET</DOUT_L_MSROOT>          
      <CCSM_BASELINE>UNSET</CCSM_BASELINE>          
      <CCSM_CPRNC>/model/cesm120/tools/cprnc</CCSM_CPRNC>             
      <BATCHQUERY>qstat</BATCHQUERY> 根据自己的作业提交系统来写
      <BATCHSUBMIT>qsub</BATCHSUBMIT>
      <SUPPORTED_BY>xw</SUPPORTED_BY>    随便写
      <GMAKE_J>2</GMAKE_J>  这个地方是指你编译时候用的核心数，一般写1或2吧
      <PES_PER_NODE>8</PES_PER_NODE> 你用的服务器计算节点上每个CPU的核心数
      <MAX_TASKS_PER_NODE>16</MAX_TASKS_PER_NODE> 每个计算节点上的总核心数（或者线程数？）
</machine>

lhaikun@163.com · 发表于 2015-12-2 14:21:39

http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=35950 看看是否有帮助，注意帖子中链接的其他帖子，也很重要

lolilukia · 发表于 2015-12-2 15:34:14

lhaikun@163.com 发表于 2015-12-2 14:21
http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=35950 看看是否有帮助，注意帖子中链接的其他帖子 ...

嗯嗯我之前看了您的这个帖子，对于那个图2有些疑问，恕我是个新手，图2中让填写run和build的路径，是自己定义的吗还是系统中有特定目录？（后面的路径我也有类似的疑问），还有每个节点的核心数目，不知推荐填几？

抱歉不知您方便把这一部分的参数贴上来参考一下吗

lolilukia · 发表于 2015-12-2 19:02:33

lhaikun@163.com 发表于 2015-12-2 16:45
CESM120,os is Linux, 16 pes/node, batch system is PBS 随便写
LINUX ...

太感谢了！！！虽然还有些问题，但是你帮了大忙了！！！感激不尽！

weiguang1233 · 发表于 2015-12-2 19:05:58

lhaikun@163.com 发表于 2015-12-2 16:45
CESM120,os is Linux, 16 pes/node, batch system is PBS 随便写
LINUX ...

请问是在哪个单位上的机器上编译成功的呀

lolilukia · 发表于 2015-12-4 21:00:02

lhaikun@163.com 发表于 2015-12-2 16:45
CESM120,os is Linux, 16 pes/node, batch system is PBS 随便写
LINUX ...

感谢您的帮助，终于到了run的时候了，我现在用的是单机，没有集群
我执行case.run之后，得到的结果是这样的：
[root@localhost case]# ./case.run
PBS: Command not found.
PBS: Command not found.
PBS: Command not found.
PBS: Command not found.
PBS: Command not found.
PBS: Command not found.
PBS: Command not found.
BSUB: Command not found.
BSUB: Command not found.
BSUB: Command not found.
BSUB: Command not found.
BSUB: Command not found.
-------------------------------------------------------------------------
CESM BUILDNML SCRIPT STARTING
- To prestage restarts, untar a restart.tar file into /cesm/cesm1_2_0/case/run
infile is /cesm/cesm1_2_0/case/Buildconf/cplconf/cesm_namelist
CESM BUILDNML SCRIPT HAS FINISHED SUCCESSFULLY
-------------------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------------------
CESM PRESTAGE SCRIPT STARTING
- Case input data directory, DIN_LOC_ROOT, is /cesm/cesm1_2_0/inputdata
- Checking the existence of input datasets in DIN_LOC_ROOT
CESM PRESTAGE SCRIPT HAS FINISHED SUCCESSFULLY
-------------------------------------------------------------------------
2015年 12月 04日星期五 20:50:37 CST -- CSM EXECUTION BEGINS HERE
2015年 12月 04日星期五 20:54:14 CST -- CSM EXECUTION HAS FINISHED
(seq_mct_drv): =============== SUCCESSFUL TERMINATION OF CPL7-CCSM ===============
cp: No match.
Archiving ccsm output to /cesm/cesm1_2_0/archive/case
Calling the short-term archiving script st_archive.sh

st_archive.sh: start of short-term archiving
mv: 无法获取"/cesm/cesm1_2_0/archive/case/*" 的文件状态(stat): 没有那个文件或目录
st_archive.sh: restart files from end of run will be saved,
interim restart files will be deleted
st_archive.sh: short-term archiving completed successfully
[root@localhost case]#

请问一下这是算是运行成功了吗？

lhaikun@163.com · 发表于 2015-12-4 22:45:29

lolilukia 发表于 2015-12-4 21:00
感谢您的帮助，终于到了run的时候了，我现在用的是单机，没有集群
我执行case.run之后，得到的结果是这 ...

应该是成功了

lolilukia · 发表于 2015-12-5 18:54:08

lhaikun@163.com 发表于 2015-12-4 22:45
应该是成功了

好哒～谢谢噜～

painter · 发表于 2016-6-2 15:58:31

lhaikun@163.com 发表于 2015-12-2 16:45
CESM120,os is Linux, 16 pes/node, batch system is PBS 随便写
LINUX ...

你好，在config_machines.xml文件里面，有一个<CESMSCRATCHROOT>的目录设置，请问这个是用来干什么的？我在自己机器上应该怎么设呢？

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CESM 1.2.2 setup问题

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