【CESM】1.2.0环境搭建扩充版

lolilukia · 发表于 2015-12-8 15:25:30

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本帖最后由 lolilukia 于 2016-9-12 22:18 编辑

   之前删去了一部分细节内容，原因是在后期运行模式的时候出现了不明原因的错误，有可能是前期环境配置导致的，有论坛网友提出，现将帖子恢复，仅供参考，并不能保证全部正确。
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－更新说明－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
   上周的时候，CESM的环境基本算是搭建完成了，得益于论坛中很多朋友的帮助，希望写一个尽量完整的搭建指南，供新同学参考。
当然欢迎高手们批评指正。
   参考帖：http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2847
      http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=15197
      http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=35950
   本人的运行环境为linux centos 7 64位,编译器为pgi，并行用的是mpich。
   第一步安装pgi,zlib,hdf5,netcdf,netcdf-c,netcdf-fortran（按顺序安装）

   首先是pgi，先解压，按照破解包说明把破解文件复制过去，然后就可以安装了（例子安装到了/opt/pgi中）
   在命令行中输入 cd /opt
            mkdir pgi
            cd 你解压后的目录(观察下有没有install文件）
             ./install
            然后填accept,single system install,其他问y或n的填n就行，然后安装位置写/opt/pgi

   安装好后配置环境变量
   在命令行中输入 vi ~/.bashrc
   在后面添加

export PGI=/opt/pgi/linux86-64/10.6/
export MANPATH=$MANPATH:$PGI/man
export LM_LICENSE_FILE=/opt/pgi/license.dat
export PATH=$PATH:$PGI/bin

   最后退回到命令行，输入source ./bashrc使文件生效
   检测pgi是否安装成功，输入$pgf90,如果出现$pgf90-Warning-No files to process即为成功。

   然后安装zlib，下载传送门 http://download.csdn.net/detail/u011510965/9335797
   解压，cd到解压后目录  ./configure --prefix=/home/ed/local

make check install

configure的时候会报No shared library support的错，需要指定编译器，具体命令./configure --prefix=/home/ed/local --sharedlibdir=/opt/pgi/linux86-64/15.10/lib

   再安装hdf5，下载传送门 http://download.csdn.net/detail/u011510965/9335833
   解压，cd到解压后目录 ./configure --with-zlib=/home/ed/local --prefix=/home/ed/local
                                          make check install （make和make check分开写）

   然后就是netcdf系列的安装了，4.2以后netcdf的c和fortran就分开了，为了能够正常使用，一定要装在一起！而且要用同一个编译器！不然后果很严重！踩过坑的人表示真的很头痛...
   然后安装netcdf，下载传送门 http://download.csdn.net/detail/u011510965/9335765
   cd到解压目录
   CPPFLAGS=-I/home/ed/local/include LDFLAGS=-L/home/ed/local/lib ./configure --prefix=/home/ed/local CC=pgcc FC=pgf90(建议选pgi，不然后面挺麻烦的，用intel的写ifort）
   然后make
         make check
         make install
   然后安装netcdf-c库，下载传送门： http://download.csdn.net/detail/u011510965/9336007
         CPPFLAGS=-I/home/ed/local/include LDFLAGS=-L/home/ed/local/lib ./configure --prefix=/home/ed/local CC=pgcc FC=pgf90
         make
         make check
         make install

   好哒，然后我们要安装netcdf-fortran了，先打开bashrc文件，加入
      export LD_LIBRARY_PATH=/home/ed/local/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
      source ~/.bashrc生效
      CPPFLAGS=-I/home/ed/local/include LDFLAGS=-L/home/ed/local/lib ./configure --prefix=/home/ed/local CC=pgcc FC=pgf90
      make
      make check
      make install

PS: make 或者make check不过的时候，重新弄的话要先运行“make clean”

然后配置netcdf的环境变量
export NETCDF=/home/ed/local
export PATH=$PATH:$NETCDF/bin:$NETCDF/include:$NETCDF/lib

export MANPATH=$MANPATH:$NETCDF/share/man

source ~/.bashrc

检测netcdf是否安装成功： ncdump
最后安装mpich，建议版本为3.1.1（太高最后会出现语法错误）
安装到/home/ed/local/mpich下

———————————————————接下来是配置篇—————————————————————————打开scripts/ccsm_utils/Machines,里面有个config_machines.xml打开在后面添加，按自己目录酌情修改
<machine MACH="newmach">                //machine name自己取的，newmach
      <DESC>os is Linux</DESC>
      <OS>LINUX</OS>
      <COMPILERS>pgi</COMPILERS>
      <MPILIBS>mpich</MPILIBS>
      <RUNDIR>/cesm/cesm1_2_0/$CASE/run</RUNDIR>       //自己定的
      <EXEROOT>/cesm/cesm1_2_0/$CASE/bld</EXEROOT>
      <DIN_LOC_ROOT>/cesm/cesm1_2_0/inputdata</DIN_LOC_ROOT>    //文件夹事先要创建出来
      <DIN_LOC_ROOT_CLMFORC>/cesm/cesm1_2_0/lmwg</DIN_LOC_ROOT_CLMFORC>
      <DOUT_S_ROOT>/cesm/cesm1_2_0/archive/$CASE</DOUT_S_ROOT>
      <DOUT_L_MSROOT>/cesm/cesm1_2_0/$CASE</DOUT_L_MSROOT>
      <CCSM_BASELINE>/cesm/cesm1_2_0/ccsm_baselines</CCSM_BASELINE>
      <CCSM_CPRNC>/cesm/cesm1_2_0/tools/cprnc</CCSM_CPRNC>
      <SUPPORTED_BY>srinathv -at- ucar.edu</SUPPORTED_BY>
      <GMAKE_J>2</GMAKE_J>          //建议填1或2
      <MAX_TASKS_PER_NODE>8</MAX_TASKS_PER_NODE>
      <PES_PER_NODE>16</PES_PER_NODE>
</machine>

打开scripts/ccsm_utils/Machines,里面有个config_machines.xml打开在后面添加，按自己目录酌情修改

然后打开config_compiler.xml打开在后面添加
<compiler MACH="newmach">
<NETCDF_PATH>/home/ed/local</NETCDF_PATH>
<ADD_SLIBS>-L/home/ed/local/lib -lnetcdf -lnetcdff</ADD_SLIBS>
<MPI_PATH>/home/ed/local/mpich</MPI_PATH>
</compiler>

然后执行cp env_mach_specific.userdefined env_mach_specific.newmach,在后面添加
set NETCDF_PATH = /home/ed/local
set MPI_PATH = /home/ed/local/mpich
setenv INC_NETCDF ${NETCDF_PATH}/include
setenv LIB_NETCDF ${NETCDF_PATH}/lib
setenv INC_MPI ${MPI_PATH}/include
setenv LIB_MPI ${MPI_PATH}/lib

然后执行cp mkbatch.userdefined mkbatch.newmach,按照自己机器的情况修改

———————————————————接下来是运行篇—————————————————————————
先到models/utils/pio下./configure
然后cd到models/utils/mct下./configure CC=pgcc FC=pgf90
如果出现C编译器的相关问题，就重装PGI
到scripts目录
./create_newcase -case /cesm/cesm1_2_0/case -mach newmach -compset X -res f19_g16
然后进入case那个目录
./cesm_setup
./case.clean_build
./case.build
./case.run

lhaikun@163.com · 发表于 2015-12-8 15:35:15

看楼主安装Netcdf的时候为什么CC用gcc，FC用pgf90，为什么不统一用PGI编译呢，这样不会影响速度？

麦田_smile · 发表于 2015-12-8 21:38:18

感谢楼主楼主棒棒哒

lolilukia · 发表于 2015-12-9 09:33:56

lhaikun@163.com 发表于 2015-12-8 15:35
看楼主安装Netcdf的时候为什么CC用gcc，FC用pgf90，为什么不统一用PGI编译呢，这样不会影响速度？

前面一个参考帖用的是不同编译器，实话说我也不知道会不会影响速度

lhaikun@163.com · 发表于 2015-12-9 09:37:18

lolilukia 发表于 2015-12-9 09:33
前面一个参考帖用的是不同编译器，实话说我也不知道会不会影响速度

建议还是用同一编译器编译，免得后续出问题

lolilukia · 发表于 2015-12-9 09:50:27

lhaikun@163.com 发表于 2015-12-9 09:37
建议还是用同一编译器编译，免得后续出问题

好哒感谢指正~

a1333888 · 发表于 2015-12-21 11:00:27

李博好厉害

a1333888 · 发表于 2015-12-22 12:47:12

敬爱的李博，验证PGI是否安装成功的命令是 $pgf90 ,不是PDF90.。。。。。。。。。。。。。
搞这个花了我好久，我的天。。。。。。。。。

a1333888 · 发表于 2015-12-22 19:06:22

好帖啊，楼主人也nice

lolilukia · 发表于 2015-12-22 20:14:25

a1333888 发表于 2015-12-22 12:47
敬爱的李博，验证PGI是否安装成功的命令是 $pgf90 ,不是PDF90.。。。。。。。。。。。。。
搞这个花了我 ...

马上去改...好尴尬哟

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