【已解决】服务器上运行WRF并行的问题

Quincy

直接用mpirun提交：


qsub查询节点状态：


求指教，谢谢！

问题出现的原因是ib驱动有问题，联系了服务器工程师和管理员解决的，目前运行正常~
因为服务器是组里新买的，所以很多东西都要自己装~小白一枚，在这一过程中学到了很多~感谢大家的热心回复。

贴上自己提交作业的脚本和网上整理的qsub的用法~
#! /bin/bash
#PBS -q batch
#PBS -N mytestcase
#PBS -o /home/Quincy/qxwork/Mywork/wrf/mytestcase.out
#PBS -e /home/Quincy/qxwork/Mywork/wrf/mytestcase.err
#PBS -l nodes=4:ppn=8
#PBS -l walltime=1000:00:00

nodecpu=`cat /proc/cpuinfo|grep processor|wc -l`
id=`echo $PBS_JOBID | awk -F. '{print $1}'`
NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`
echo "The Jobbed is $id"
echo "Worker dir is $PBS_O_WORKDIR"
cat $PBS_NODEFILE
echo "begin time is `date`"
cd  $PBS_O_WORKDIR
#mpirun -np $NP -hostfile $PBS_NODEFILE  /home/Quincy/usr/wrftry/Build_WRF/WRFV3/run/wrf.exe
mpirun -np $NP -machinefile $PBS_NODEFILE  /home/Quincy/usr/wrftry/Build_WRF/WRFV3/run/wrf.exe
echo "End time is `date`"

andrewsoong

unlimited 试试

Lighting

从图1看，你是直接在前台运行的，qsub作业管理系统应该都是一样的，我们这边提交作业是qsub script.sh，查询作业是使用 qstat -u username。不知你们的是什么情况，如果有提供使用手册的话，建议先阅读一下手册。

Quincy

andrewsoong 发表于 2016-10-19 21:42
unlimited 试试

您好~这是用ulimit -a 查询的结果，请问该将什么改为unlimited呢？
刚接触linux系统不久~对并行这一块不太熟悉，谢谢你~！

Quincy

Lighting 发表于 2016-10-19 21:49
从图1看，你是直接在前台运行的，qsub作业管理系统应该都是一样的，我们这边提交作业是qsub script.sh，查 ...

你好~是的，我是直接在前台运行的mpirun。qsub也用了，下面是qstat的结果：


那个表示任务状态的一栏显示的是“C”，不知道是什么意思。。。

谢谢回答~！

Lighting

状态栏是R才表示运行，S表示睡眠，Q表示等待，H表示挂起，C不知道是不是表示crash。能否把作业脚本贴出来看看？

andrewsoong

Quincy 发表于 2016-10-19 21:54
您好~这是用ulimit -a 查询的结果，请问该将什么改为unlimited呢？
刚接触linux系统不久~对并行这一 ...

ulimit -s unlimited

8828

这个问题看到别人遇到过，可以百度Google一下，mpich的问题感觉不是很好搞

8828

好像是什么内存权限之类的问题吧，有点忘记了，可以Google到mpich的论坛的，那里应该有

astiny

c应该是cancel的意思。你这个显然是内存不够。积分步长缩缩缩，模拟范围缩缩缩。