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Run陆面模式NCAR CLM3.5 offline only 的一点经验

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新浪微博达人勋

发表于 2017-10-2 18:51:37 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 andrewsoong 于 2019-1-7 21:40 编辑

        很久没写东西了,国庆节闲着写写以前run models的一点经验吧。年纪大了,不记录,很快就忘了。。。。。。               
        CLM包括最多五层雪层和十层不等间距的土壤层。为了表示气候模式网格内的陆表复杂性,CLM采用次网格技术来考虑下垫面的不均匀性。每个CLM网格内包含四种可能的陆表覆盖类型:冰川、湿地、湖和植被,而植被类型又可以进一步划分为17种植被功能型(PFTs)。每种PFT分别对其水文、能量平衡关系进行求解,再整合至每一网格内。CLM3.5模拟的生物物理过程包括短波、长波辐射与植被冠层、土壤间的相互作用,土壤、植被冠层的动量、湍流通量,土壤与雪层的热量传输,冠层、土壤、雪层的水文过程,植物叶片气孔的生理变化与光合作用等等。NCAR/CLM3.5的主要参数化方案包括:地表反照率,辐射通量,动量与感热与潜热通量,土壤与雪的温度,水文过程,气孔阻抗与光合作用,湖泊模型,河流传输模型(RTM),可挥发性有机物(VOC),全球动态植被(DGVM)。
1.平台与环境:CentOS 6.6 Final
PGI10.6,netCDF3.6.3,MPICH1(安装方法见http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=42809
2.NCAR/CLM3.5包含两个压缩包:
      clm3.5_rel3.code.c070524.tar.gz
      clm3.5_inputdata.c070517.tar.gz详见:http://www.cgd.ucar.edu/tss/clm/distribution/clm3.5/index.html
3.Offline运行需要的数据:
    1) 大气驱动数据:温、压、湿、风、降水、辐射
    2) Surface data :与NCAR/CLM3.0不同的是需要用户手动生成
4.解压两个压缩包后
在/clm3.5/tools/mkgriddata目录下:使用命令chmod +x *赋予权限
在/clm3.5/tools/mksurfdata目录下:使用命令chmod +x *赋予权限
在/clm3.5/bld目录下:使用命令chmod +x *赋予权限
1. 在文件“Makefile”中修改netcdf的路径:NETCDF=/opt/netcdf3.6.3-pgi
2.>gmake: 输入gmake命令,该命令产生计算文件“mkgriddata”
3.修改namelist中的参数:区域的用文件“mkgriddata.regional”,单点用“mkgriddata. Singlept”。
    如:在mkgriddata.regional文件中修改参数
mksrf_fnavyoro="/inputdata/lnd/clm2/rawdata/mksrf_navyoro_20min.c010129.nc"
mksrf_lsmlon = 300
mksrf_lsmlat = 200
mksrf_edgee = 135
mksrf_edgew =75
mksrf_edges = 15
mksrf_edgen = 55
4. > ./mkgriddata < mkgriddata.regional >&! mkgriddata.out   (注意“.”前面有个空格)
    这一步产生3个文件: griddata_0200x0300.nc, fracdata_0200x0300.nc, topodata_0200x0300.nc
需要注意的是,下一次要重新生成griddata时,必须删除“!”文件,make clean,并把文件夹设置好权限(chmod)使之可以读、写、执行。
在/clm3.5/tools/mksurfdata目录下(与生成griddata步骤类似)
1.修改文件“Makefile”中的netcdf路径
2.>gmake
3.修改mksurfdata.regional文件:设置好各文件的路径,其中mksrf_fgrid用上一步生成的griddata。
4.如果编译器用PGI-fortran(目前intel编译不通过),需要修改文件“clm3.5/tools/mksurfdata/areaMod.F90”,
游客,如果您要查看本帖隐藏内容请回复

5.> ./mksurfdata < mksurfdata.regional >&! mksurfdat.out
        这一步生成两个文件surfdata_0200x0300.nc,surfdata_0200x0300.log




在/clm3.5/bld目录下
1.在“configure”文件中修改netcdf的路径
2. >./configure
3.修改run-ibm.csh文件中的相关参数和路径,之后输入命令>csh run-ibm.csh
需要修改的有:
setenv INC_NETCDF =/opt/netcdf3.6.3-pgi/include
setenv NETCDF=/opt/netcdf3.6.3-pgi/lib
set clmroot   = /home/username/clm3.5
setenv CSMDATA     /inputdata35/inputdata/lnd/clm2
set spmd     = off      
set case    = test4   
set wrkdir  = /home/username/clm3.5output
set fsurdat="surfdata_0200x0300.nc"
&clm_inparm
caseid         = '$case'
ctitle         = '$case'
finidat        = ‘ ‘
fsurdat        = '/home/username/clm3.5/tools/mksurfdata/surfdata_0200x0300.nc'
fatmgrid       = '/home/username/clm3.5/tools/mkgriddata/griddata_0200x0300.nc'
fatmlndfrc     = '/home/username/clm3.5/tools/mkgriddata/fracdata_0200x0300.nc'
fpftcon        = ‘$CSMDATA/pftdata/pft-physiology.c070207‘  
offline_atmdir = “$CSMDATA/FYDATA“
frivinp_rtm    = '$CSMDATA/rtmdata/rdirc.05.061026'
nsrest         =  0     需要restart时,设置为1
nelapse        =  48
dtime          =  1800
start_ymd      =  20090904
start_tod      =  0
irad           = -1
wrtdia         = .true.
mss_irt        =  0
hist_dov2xy    = .true.
hist_nhtfrq    =  -24
hist_mfilt     =  1
hist_crtinic   = 'MONTHLY'
/
&prof_inparm








运行结果如下:
clmrun.clm2.h0.2009-01-01-00000.nc
clmrun.clm2.i.2009-01-01-00000.nc
clmrun.clm2.r.2009-01-01-00000.nc
clm.log.*clmrun.clm2.h0.2009-01-01-00000.nc为历史结果存储文件,内容包含很多,
诸如土壤温度(10层)土壤湿度(10层),积雪,径流,蒸散发,冻土,雪深等等上百个变量。

可实现对无观测区域相关变量的获取(需要事先评估检验哈)。

接下来可对结果进行处理。



评分

参与人数 3金钱 +100 贡献 +13 体力 +120 收起 理由
syl136 + 60 很给力!
topmad + 10 + 2 你们去双飞吧
尽头的尽头 + 30 + 11 + 120 宋首席带我飞

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新浪微博达人勋

 楼主| 发表于 2019-1-7 21:31:42 | 显示全部楼层
半月儿 发表于 2019-1-7 20:57
楼主好赞,一直在找这样的帖子,简直是及时雨,这两天正在按照楼主的帖子从头开始。想请问一下CLM3.5和4.5 ...

从CLM4.0开始,CLM就不发布单独的offline版本,所以CLM4及以上版本都要在cesm或者ctsm下运行,相当麻烦(相对于CLM3.x系列来说)。CLM3系列普通台式机无压力。CLM4及其以上版本最好是高性能HPC了。
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新浪微博达人勋

 楼主| 发表于 2017-10-10 06:59:09 | 显示全部楼层
smart_abell 发表于 2017-10-9 20:05
赞一个!一直以为只能在地球系统框架下运行呢

4.0及其以后的CLM4.5版本都必须在地球系统模式下运行了
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新浪微博达人勋

发表于 2017-10-3 06:16:22 | 显示全部楼层
虽然看不懂,但是很牛逼的样子
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新浪微博达人勋

 楼主| 发表于 2017-10-3 07:49:35 | 显示全部楼层
尽头的尽头 发表于 2017-10-3 06:16
虽然看不懂,但是很牛逼的样子

刘局带我飞
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新浪微博达人勋

发表于 2017-10-3 08:32:39 | 显示全部楼层
谢谢分享!!!
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新浪微博达人勋

发表于 2017-10-8 07:48:04 | 显示全部楼层
谢谢分享~~~
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新浪微博达人勋

发表于 2017-10-9 20:05:31 | 显示全部楼层
赞一个!一直以为只能在地球系统框架下运行呢
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新浪微博达人勋

 楼主| 发表于 2017-10-10 06:59:04 | 显示全部楼层
smart_abell 发表于 2017-10-9 20:05
赞一个!一直以为只能在地球系统框架下运行呢

4.0及其以后的CLM4.5版本都必须在地球系统模式下运行了
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新浪微博达人勋

发表于 2017-12-26 11:17:05 | 显示全部楼层
厉害了!!不愧是宋首席!!
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 楼主| 发表于 2017-12-26 11:31:48 | 显示全部楼层
syl136 发表于 2017-12-26 11:17
厉害了!!不愧是宋首席!!

申首席过誉了
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