CMAQ运行时CCTM步骤出错，出现SIGSEGV, segmentation fault occurred

757084134

采用并行计算，转官网的案例是成功的，换成自己的就出现，部分运行过程文件如下：

     Value for CTM_MAXSYNC not defined; returning default:  720
     Maximum Synchronization Time Step (sec)
     Value for CTM_MINSYNC not defined; returning default:  60
     Minimum Synchronization Time Step (sec)
     Value for CTM_ADV_CFL not defined; returning default :  0.75
     Maximum CFL number allowed
     Value for SIGMA_SYNC_TOP not defined; returning default :  0.7
     Minimum layer limit for which adv = sync
     Value for ADV_HDIV_LIM not defined; returning default :  0.9
     Maximum horiz. div. limit for adv step adjustment
     Top layer thru which sync step determined: 11

     From ADVSTEP - date/time:  2016306/000000

     Synchronization step adjusted up to mimimum (SEC):     60
                                              (HHMMSS): 000100
     Number of Synchronization steps:   60


     Layer   Advection   per Sync
           Step (HHMMSS)  Step
       29      000030       2
       28      000030       2
       27      000020       3
       26      000020       3
       25      000020       3
       24      000015       4
       23      000015       4
       22      000015       4
       21      000015       4
       20      000015       4
       19      000015       4
       18      000015       4
       17      000020       3
       16      000020       3
       15      000020       3
       14      000020       3
       13      000030       2
       12      000030       2
       11      000030       2
       10      000030       2
        9      000030       2
        8      000030       2
        7      000030       2
        6      000030       2
        5      000030       2
        4      000030       2
        3      000030       2
        2      000030       2
        1      000030       2
     Value for CTM_CKSUM not defined;returning default:   TRUE
     Cksum on flag
     Environment variable not set ... Using default:                                         0
     Value for CTM_ILDEPV:  Y returning TRUE
     Value for CTM_ABFLUX:  N returning FALSE
     Value for CTM_SFC_HONO:  Y returning TRUE
     Value for CTM_MOSAIC:  N returning FALSE
     Value for CTM_DEPV_FILE:  N returning FALSE
     Flag for writing the DEPV diagnostic file
     DEPV_INIT: writes GAS DEPV values to CTM_DEPV_FILE
     DEPV_INIT: completed INIT_GAS_DV block

     CTM_DRY_DEP_1   :/home/16xienh/cmaq/CMAQv5.0.1/data/cctm/CCTM_V5g_Linux2_x86_64ifort.DRYDEP.CN1NC_74X53_20161101

     >>--->> WARNING in subroutine OPEN3
     File not available.

     Could not open CTM_DRY_DEP_1    file for update - try to open new

     "CTM_DRY_DEP_1" opened as NEW(READ-WRITE )
     File name "/home/16xienh/cmaq/CMAQv5.0.1/data/cctm/CCTM_V5g_Linux2_x86_64ifort.DRYDEP.CN1NC_74X53_20161101"
     File type GRDDED3
     Execution ID "CCTM_V5g_Linux2_x86_64ifort"
     Grid name "CN1NC_74X53"
     Dimensions: 53 rows, 74 cols, 1 lays, 79 vbles
     NetCDF ID:        40  opened as VOLATILE READWRITE
     Starting date and time  2016306:010000 (1:00:00   Nov  1, 2016)
     Timestep                          010000 (1:00:00 hh:mm:ss)
     Maximum current record number         0
     Value for CTM_BIOGEMIS not defined;returning default:   FALSE
     Flag for in-line biogenic emissions
     Environment variable not set ... Using default:                                                                                 0

     >>--->> WARNING in subroutine OPEMIS on PE 000
     Emissions species CL2 not found on EMIS_1
     M3WARN:  DTBUF 0:00:00   Nov  1, 2016  (2016306:000000)

     >>--->> WARNING in subroutine OPEMIS on PE 000
     Emissions species HCL not found on EMIS_1
     M3WARN:  DTBUF 0:00:00   Nov  1, 2016  (2016306:000000)

     >>--->> WARNING in subroutine OPEMIS on PE 000
     Emissions species SESQ not found on EMIS_1
     M3WARN:  DTBUF 0:00:00   Nov  1, 2016  (2016306:000000)

          Gas Chemistry Emissions Processing in Vertical diffusion ...

          Non-reactives Emissions Processing in Vertical diffusion ...
     Value for CTM_EMLAYS not defined; returning default:  29
     Number of emission layers
     Environment variable not set or empty ... Using default:                                                                        0

          Number of Emissions Layers:          29
          out of total Number of Model Layers: 29
     Value for CTM_STDATE:  2016306
     Value for CTM_STTIME:  0
     Value for CTM_RUNLEN:  240000
     Value for CTM_LTNG_NO:  F returning FALSE

     Aerosol Emissions Processing in Vertical diffusion ...
      --- Aero Species Mapped ---
      --- PM Emis Species Mapped ---

     >>--->> WARNING in subroutine xtract_precursor on PE 000
     Species ALK5RXN in precursor name is not in GC_G2AE or NR_N2AE tables

      --- Precursor Species Mapped ---
     Value for CTM_SSEMDIAG not defined;returning default:   FALSE
     Flag for writing the sea-salt-emission diagnostic file
     Environment variable not set ... Using default:                                                         0
     Value for CTM_WB_DUST:  F returning FALSE
=== aerospc em_map
             1           2 ASO4J                      1
             2           2 ANO3J                      4
             3           2 ACLJ                      34
             4           2 ANH4J                      3
             5           2 ANAJ                      32
             6           2 AMGJ                      19
             7           2 AKJ                       20
             8           2 ACAJ                      18
             9           1 APOCI                      7
             9           2 APOCJ                      6
            10           1 APNCOMI                    9
            10           2 APNCOMJ                    8
            11           1 AECI                      11
            11           2 AECJ                      10
            12           2 AFEJ                      14
            13           2 AALJ                      15
            14           2 ASIJ                      16
            15           2 ATIJ                      17
            16           2 AMNJ                      21
            17           2 AH2OJ                     30
            18           2 AOTHRJ                    12
            39           3 ACORS                     22
modified aerospc em_fac
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000043F43B  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  0000000000462AC3  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  0000000000487892  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  0000000000513B82  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000049EE74  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000049770E  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000040D78C  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003D6AE1ED1D  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000040D689  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000043F43B  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  0000000000462AC3  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  0000000000487892  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  0000000000513B82  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000049EE74  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000049770E  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000040D78C  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003D6AE1ED1D  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000040D689  Unknown               Unknown  Unknown
     Value for CTM_PT3DEMIS:  Y returning TRUE
     Using in-line 3d point source emissions option
     Value for IPVERT not defined; returning default:  0
     Value for NPTGRPS:  0
     Value for PT3DDIAG not defined;returning default:   FALSE
     Value for PT3DFRAC not defined;returning default:   FALSE
     Value for REP_LAYER_MIN not defined; returning default:  -1
     Value for LAYP_STDATE:  2016306
     Value for LAYP_STTIME:  0
     Value for LAYP_NSTEPS:  240000

     Value for PROMPTFLAG:  F returning FALSE
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000043F43B  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  0000000000462AC3  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  0000000000487892  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  0000000000513B82  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000049EE74  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000049770E  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000040D78C  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003D6AE1ED1D  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000040D689  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000043F43B  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  0000000000462AC3  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  0000000000487892  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  0000000000513B82  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000049EE74  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000049770E  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000040D78C  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003D6AE1ED1D  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000040D689  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000043F43B  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  0000000000462AC3  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  0000000000487892  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  0000000000513B82  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000049EE74  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000049770E  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000040D78C  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003D6AE1ED1D  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000040D689  Unknown               Unknown  Unknown
     NOTE: The number of emission layers is      29 , and the maximum
          possible layers is      29
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000043F43B  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  0000000000462AC3  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  0000000000487892  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  0000000000513B82  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000049EE74  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000049770E  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000040D78C  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003D6AE1ED1D  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000040D689  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000043F43B  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  0000000000462AC3  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  0000000000487892  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  0000000000513B82  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000049EE74  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000049770E  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000040D78C  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003D6AE1ED1D  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000040D689  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000043F43B  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  0000000000462AC3  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  0000000000487892  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  0000000000513B82  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000049EE74  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000049770E  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000040D78C  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003D6AE1ED1D  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000040D689  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000043F43B  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  0000000000462AC3  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  0000000000487892  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  0000000000513B82  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000049EE74  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000049770E  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000040D78C  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003D6AE1ED1D  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000040D689  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000043F43B  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  0000000000462AC3  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  0000000000487892  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  0000000000513B82  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000049EE74  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000049770E  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000040D78C  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003D6AE1ED1D  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000040D689  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000043F43B  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  0000000000462AC3  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  0000000000487892  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  0000000000513B82  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000049EE74  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000049770E  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000040D78C  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003D6AE1ED1D  Unknown               Unknown  Unknown
CCTM_V5g_Linux2_x  000000000040D689  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
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CCTM_V5g_Linux2_x  000000000043F43B  Unknown               Unknown  Unknown
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CCTM_V5g_Linux2_x  000000000040D689  Unknown               Unknown  Unknown

===================================================================================
=   BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES
=   PID 10601 RUNNING AT login
=   EXIT CODE: 174
=   CLEANING UP REMAINING PROCESSES
=   YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES
===================================================================================
5.279u 2.132s 0:00.72 1027.7%   0+0k 0+128232io 0pf+0w


请问有知道的大神帮忙解决吗？不胜感激。

detective12

请问你这个问题解决了吗？谢谢

flower.

楼主，我转测试数据的时候，只有前12小时的模拟结果，您知道怎么回事吗？或者可以看一下您cctm的脚本么？

757084134

flower. 发表于 2020-3-20 17:08
楼主，我转测试数据的时候，只有前12小时的模拟结果，您知道怎么回事吗？或者可以看一下您cctm的脚本么？

你转的是官网的测试数据吗

chenjiao997

请问这个问题解决了吗？我也遇到了同样的问题

757084134

chenjiao997 发表于 2021-11-19 14:50
请问这个问题解决了吗？我也遇到了同样的问题

应该是排放源有问题，排放源重新处理下就好了