集群非root用户源码安装GCC-5.4.0&MPICH-3.2记录

poiuy420

       最近在安装模式的时候发现有些模式要求到GNU版本已经高于4.4.6了，而且需求的MPI版本也相应提升到了MPICH2以上，但集群也不会为了我一个人就升级GCC及MPICH。所以，作为一个非root用户，只能在自己的目录下面源码安装GCC和MPICH了（羡慕一波中科的天河用户），折腾许久，写些心得分享给各位。
第一步. 获取GCC源码
         linux下源码安装的最好方法就是官网，网上的各种攻略也永远赶不上官网的document来的准确。
         GCC安装的官网：https://gcc.gnu.org/install/
         GCC安装的wiki：https://gcc.gnu.org/wiki/InstallingGCC
         获取GCC源码的地址：http://ftp.gnu.org/gnu/gcc/

1. wget http://ftp.gnu.org/gnu/gcc/gcc-5.4.0/gcc-5.4.0.tar.bz2

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         另外一提，很多源码安装的帖子发的比较早，都是通过centos的网站获取的，打开链接一看最高版本就到4.8，附上网址：http://vault.centos.org/7.0.1406/os/x86_64/Packages/

第二步. 安装GCC
          安装GCC需要依赖三个库：GMP, MPFR 和 MPC，只需要在GCC目录下运行命令

1. ./contrib/download_prerequisites

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         就可以自动下载这三个组件，这里最好是按照官方文档来进行安装，而且需要深入检查的话有官方提供的test代码。好多的教程攻略都是一顿wget获取依赖库的源码，手动进行各种配置和添加环境变量，纯粹是走冤枉路，官网告诉你其实只是一个命令的事情。
          下面进行编译配置选项，配置之前有一点很重要！安装GCC不能在它的源码目录下直接配置，需要在它的目录下新建一个文件夹，然后进入这个文件夹配置并编译安装，官网给这个文件夹命名为objdir，不知道其他名字行不行。其实不知道不能在源码目录下直接配置也没事，在你配置的过程中会报错，提醒你需要在其他位置配置

1. mkdir objdir
   
2. cd objdir
   
3. ../configure --disable-checking --enable-languages=c,c++,fortran --disable-multilib --prefix=/path/to/install/gcc-5.4 --enable-threads=posix
   
4. make -j && make install           

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           这里/path/to/install/gcc-5.4是你自己定义要安装GCC的目录。
            其中make -j是无限制并行make的意思，加速你编译的速度，毕竟有的教程上说能make上一天（没有考证过，不过确实很慢），如果想限制使用核心数可使用

1. make -j8          #8核

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           在languages下需要什么语言添加什么语言即可，常见的气象模式应该用到上面这3个就可以了，官网有详细的列表，如下

--enable-languages=lang1,lang2,…

Specify that only a particular subset of compilers and their runtime libraries should be built. For a list of valid values for langN you can issue the following command in the gcc directory of your GCC source tree:

grep ^language= */config-lang.in

Currently, you can use any of the following: all, default, ada, c, c++, d, fortran, go, jit, lto, objc, obj-c++. Building the Ada compiler has special requirements, see below. If you do not pass this flag, or specify the option default, then the default languages available in the gcc sub-tree will be configured. Ada, D, Go, Jit, and Objective-C++ are not default languages. LTO is not a default language, but is built by default because --enable-lto is enabled by default. The other languages are default languages. If all is specified, then all available languages are built. An exception is jit language, which requires --enable-host-shared to be included with all.

        而--disable-multilib如果不添加我这里会报错，并且也提示你需要添加这个命令，具体详见官网。

            最后添加一下环境变量

1. export PATH=/path/to/install/gcc-5.4/bin:$PATH
   
2. export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/install/gcc-5.4/lib/:/path/to/install/gcc-5.4/lib64:$LD_LIBRARY_PATH

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Tips：如果在configure的时候报上数十行（没数，也可能上百行）的error，向上翻到最开始的报错内容为

1. error: Unable to find a suitable type for HOST_WIDE_INT

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          说明你所在的集群可能会有宏定义的冲突，需要重置下相关环境变量（感谢http://www.funcwj.cn/2017/05/28/gcc-update/的解释及解决方案）

1. unset LIBRARY_PATH CPATH C_INCLUDE_PATH PKG_CONFIG_PATH CPLUS_INCLUDE_PATH INCLUDE

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第三步. 获取MPICH及安装
              MPI支持并不仅限于MPICH，而且可能现在用OpenMPI的更多一点，获取源码的途径还是建议官网https://www.mpich.org/.
              安装过程以MPICH-3.2举例

1. tar xzvf /path/to/your/mpich_package/mpich-3.2.tar.gz
   
2. cd mpich-3.2
   
3. export CC=gcc
   
4. export CXX=g++
   
5. export F77=gfortran
   
6. export FC=gfortran
   
7. unset F90  # 很多集群有这个问题，在此标注
   
8. unset F90FLAGS
   
9. ./configure --prefix=/path/to/your/mpich --disable-shared
   
10. make
    
11. make check
    
12. make install
    
13. export PATH=/path/to/your/mpich/bin:$PATH

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             其中 /path/to/your/mpich_package是安装包的路径，/path/to/your/mpich/是MPICH安装到的目录。

             另外有一个小tips，在第二步中设定LD_LIBRARY_PATH时，如果没有/path/to/install/gcc-5.4/lib64的路径，下面安装MPICH时会报错，

1. Unable to configure with Fortran support because configure could not determine the size of a Fortran INTEGER. Consider setting CROSS_F77_SIZEOF_INTEGER to the length in bytes of a Fortran INTEGER]

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          谷歌之基本告诉你如果不用fortran请禁用它或者CPP=cpp之类的答案，其实是缺少了这个路径会导致gfortran无法工作，写个最简单的hello world程序用个gfortran能运行出来a.out，但是运行./a.out时会报错

1. ./a.out: error while loading shared libraries: libquadmath.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory

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           （感谢mpich-discuss让我注意到了这个问题，它困扰了我将近2星期！）

poiuy420

另外吐槽一下集群上的低版本git命令，在

1. git clone https://github.com/XXXXX.git

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时会报错，只能改成

1. git clone git://github.com/XXXXX.git

复制代码

，很多别人写好的cmake的Makefile要手动改。在自己的目录下升级git命令仍然没能解决这个问题，希望大家提点建议。

对方的凤飞飞

楼主，为什么我编译的时候，必须把gfortran删掉，加上fortran才可以

poiuy420

对方的凤飞飞 发表于 2019-7-16 16:32
楼主，为什么我编译的时候，必须把gfortran删掉，加上fortran才可以

能详细点么？如果可以的话，能把编译过程也写出来么？
不是很清楚你需要把哪里的gfortran删掉，又是在哪里加上了Fortran

poiuy420

对方的凤飞飞 发表于 2019-7-16 16:32
楼主，为什么我编译的时候，必须把gfortran删掉，加上fortran才可以

又检查了一遍帖子，如果是在安装gcc的时候安装gfortran的那里，我貌似是是笔误将fortran写成了gfortran，现已修改为

1. ../configure --disable-checking --enable-languages=c,c++,fortran --disable-multilib --prefix=/path/to/install/gcc-5.4 --enable-threads=posix
   

复制代码

如果在安装过程中有什么其他问题的话，可以参考文中附上的官网原文

对方的凤飞飞

谢谢楼主，按照你这样我还是有报错。