安装pynio遇到的libgdal.so.20错误--已解决

呆若木马

Try this:  conda create --name pyn_env --channel conda-forge/label/cf201901 pynio pyngl
看了NCL的important letter，赶快按主页的说明尝试了下pygnl和pynio的安装，结果被这个错误折磨了两天：

import Nio
Traceback (most recent call last):
File "", line 1, in
File "/home/havenerk/miniconda3/envs/pyn_env/lib/python3.6/site-packages/PyNIO/Nio.py", line 83, in
from _nio import *
ImportError: /home/havenerk/miniconda3/envs/pyn_env/lib/python3.6/site-packages/PyNIO/../../../libgdal.so.20: undefined symbol: _ZN6libdap3DDSC1EPNS_15BaseTypeFactoryERKSs

搜索解决办法的过程中发现应该有蛮多人都遇到了这个问题。我尝试过win10自带的Ubuntu 16.04.2 LTS（启用方法百度上有），试过VM下装centOS6.10和6.8版本，一直都是这个错误。

今天搜到了另一个帖子，才解决的问题：
https://github.com/NCAR/pynio/issues/30
The current workaround is to use the "cf201901" label on the conda-forge channel:

conda create --name pyn_env --channel conda-forge/label/cf201901 pynio pyngl


The conda-forge project migrated to new compilers recently, and PyNIO/PyNGL are holdover packages that have not been built with the new compiler yet (the issue is actually with `hdfeos2` and `hdfeos5`, which are dependencies of PyNIO).
See [conda-forge/pynio-feedstock#58](https://github.com/conda-forge/pynio-feedstock/issues/58) for more info.

貌似是指定channel上老一点的label，就可以了。用这个命令我在win10下的ubuntu已经装好了这两个包，应该VM下的centOS也没问题了，不过我自己就没再折腾了。
也许过一段时间，按官网上给的命令就可以顺利完成安装，只要他们把conda和pynio匹配好就行了。

哈，居然深夜不能发帖，毛毛雨果然不懂事。

Lancelot

说白了Nio组自己都没做好适配，还要去git上提issue
不过py上读nc的包有很多，并不需要用Nio
所以他们自己也把它打回重练了

呆若木马

Lancelot 发表于 2019-2-18 15:11
说白了Nio组自己都没做好适配，还要去git上提issue
不过py上读nc的包有很多，并不需要用Nio
所以他们自己 ...

我之前没用过python，对ncl还有点心理依赖，就还是跟着ncl的指示在走。看来该学好好下python了。

Pilgrim

你这个帖子有意义，我还有一种方法，在环境变量中加入export LD_PRELOAD=~/anaconda3/lib/libgdal.so.20也是可以的

astiny

我这里是直接用necCDF4读数据的。grib的话就先ncl_convert2nc。不非得pynio。

呆若木马

Pilgrim 发表于 2019-2-19 20:40
你这个帖子有意义，我还有一种方法，在环境变量中加入export LD_PRELOAD=~/anaconda3/lib/libgdal.so.20也 ...

这样也可以啊？我都不知道。
谢谢高手，学习了！

LaLaLaAllie

{:eb502:}{:eb502:}

navy.blue

看着网名莫非是赵老师

Pilgrim

呆若木马 发表于 2019-2-20 15:19
这样也可以啊？我都不知道。
谢谢高手，学习了！

是赵老师吗，我是刘胜胜，嘿嘿

呆若木马

原来是你，厉害厉害！
惭愧啦，用Python我是小学生。