经验分享：CESM2.1(CLM5.0)流程和运行

932686787 · 发表于 2019-3-26 18:08:43

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大家好，第一次写这么长的帖子，如有不合适的地方请见谅！我一个外行（不是大气专业），刚刚接触CLM没多久，一路走来，从什么是CESM，和CLM有啥关系，什么是为啥要在linux上安装，啥是移植？的一个彻彻底底的小白，现在稀里糊涂，在各位师兄师妹师弟师姐，以及群里的大神和网上的帖子的帮助下，总算测试成功了。从未断过想放弃的想法，但是又没办法，所以一直坚持到现在。这里主要分享给那些和我一样的小白们，太知道什么都不懂问人的那种窘迫，我现在把认识和不认识我的人都问了个遍，问的大家都烦了，所以，在这里首先对刘老师、师兄苏某等、师妹邓某等和李师弟说声谢谢和抱歉，给我这么大的帮助，各种白痴的问题问了又问，打扰你们这么久，原谅我一直缠着你们不放，没办法其他人我真的不认识，而且你们真的很优秀很厉害！同时感谢博主@lhaikun@163.com http://bbs.06climate.com/forum.p ... 4&highlight=CLM和@zpxie的经验分享http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=33764，下面分享一下我的经验，如果有不对的地方请指出，因为自己也在尝试中：

如果你从来没接触过，那么请你很认真的阅读官网的手册，5.0的不是很全，可以参考4.5的，不要问为什么，因为要先学会走，我就是最大的反面教材
一、移植（因为我是别人帮移植的，所以这块我不太懂）
1. 下载CESM2.1或者CLM5.0（如果不需要其他模块，CLM5.0可以单独下载）具体下载见官网，由于CESM2.1比较大，不让上传，所以大家可以自己下载
2.软件库的安装，下面是官网对版本的要求(有人建议利用starman一键安装，我自己尝试了一下，失败了，大家可以试试)

starman:https://github.com/dongli/starman/tree/master/packages, 其他博主也有推荐，可以搜一下
3. 如果是单点，需要自己做地表数据的话，还需要安装ESMF4. 修改三个文件，主要是config_machines.xml文件，其他好像是用于优化的
路径在：/public3/home/interior/cas/cuser004/cesm/cesm2_1_0/cime/config/cesm/machines

5. 测试，由于之前没有用过4.5，看他们测试都是用I测试，但是5.0没有I，大家可以用X测试，或者还有一个BHIST
[size=12.6667px]如：./create_newcase--case bhist_ysh --compset BHIST --res f19_g17 --run-unsupported --compilerintel --mach ysh
运行的步骤简单说4步：
1）create—newcase
2) case.setup
3) case.build (这里经常有错误)
4) case.submit （我的机器不能提交任务，所以我把结果目录：work/bld/cesm.exe拷贝在work/run/,然后执行cesm.exe）
如果你测试完，在work/run/下有很多log.gz文件生成，或者有.nc文件，那就代表成功了
二. 单点地表制作（我用的是别人的脚本，不方便透露，这里可以参考http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=33764）
但是有一点是，clm4.5默认的pfts是16,CLM5.0默认是78，最后我运行的时候会弹错误，所以我手动把./mksurfdata.pl中的78改成16了，具体这是什么我也不清楚
三、大气驱动数据制备（必须提醒外行的是，所要的数据是世界时间，而不是北京时间，我被卡了好久）
主要用的是@lhaikun@163.com http://bbs.06climate.com/forum.p ... 4&highlight=CLM分享的matlab代码，稍加修改，学长的代码中有一处错误，被同学发现了，就是第二个48那一行代码要注释掉，并且把前面的那个稍加修改才可以官网的例子一样（time以0开头），我把我修改的附上

writenc_ysh.m (11.47 KB, 下载次数: 46)

932686787 · 发表于 2019-3-26 18:10:48

那个附件大家不要下载，是我考博的专业题，之前的一个帖子的附近，不知道怎么上去了，大气数据的脚本传不上去，我再试试

粉嘟考拉 · 发表于 2019-3-27 00:00:05

感谢楼主！！马下学习，一个刚接触CLM的纯小白

cara0229 · 发表于 2019-3-27 13:22:00

请问一下楼主到哪一步了呀？我也在移植CESM2.1,现在submit之后会自己断掉，我看cesm.log文件的输出有这样的错误。不知道楼主有没有遇到过呀？

932686787 · 发表于 2019-3-27 15:07:50

cara0229 发表于 2019-3-27 13:22
请问一下楼主到哪一步了呀？我也在移植CESM2.1,现在submit之后会自己断掉，我看cesm.log文件的输出有这样的 ...

这个错误还真没有遇到过，我不能submit，所以只能在run下面执行cesm.exe，你可以把这个错误复制一下，在官网的FAQ上找一下，这样的错误应该也有人问过

cara0229 · 发表于 2019-3-27 16:48:52

932686787 发表于 2019-3-27 15:07
这个错误还真没有遇到过，我不能submit，所以只能在run下面执行cesm.exe，你可以把这个错误复制一下，在 ...

我查看了一下，CaseStatus这个文件，看起来是执行bld/cesm.exe时候出错，你是把这个bld下面的cesm.exe复制到run文件夹下面，然后直接mpirun的吗？

2019-03-27 09:44:02: case.setup starting
---------------------------------------------------
2019-03-27 09:44:04: case.setup success
---------------------------------------------------
2019-03-27 09:44:05: case.build starting
---------------------------------------------------
2019-03-27 09:50:19: case.build success
---------------------------------------------------
2019-03-27 09:55:22: case.submit starting
---------------------------------------------------
2019-03-27 09:55:32: case.submit success case.run:57631, case.st_archive:57632
---------------------------------------------------
2019-03-27 09:55:35: case.run starting
---------------------------------------------------
2019-03-27 09:55:41: model execution starting
---------------------------------------------------
2019-03-27 09:55:52: model execution success
---------------------------------------------------
2019-03-27 09:55:52: case.run error
ERROR: RUN FAIL: Command 'mpirun -n=252 /public1/home/zhoucj/CESM/archive/cesm2.1_190327_module/run/cesm2.1_190327_module/bld/cesm.exe >> cesm.log.$LID 2>&1 ' failed

932686787 · 发表于 2019-3-27 20:17:47

cara0229 发表于 2019-3-27 16:48
我查看了一下，CaseStatus这个文件，看起来是执行bld/cesm.exe时候出错，你是把这个bld下面的cesm.exe复 ...

我是直接运行的，直接在节点上运行的，如果你时间短的话可以，时间长估计不行，我今天就被管理员骂了。你要是用mpirun的话，好像直接在case下运行就行，不需要在run下运行，

18408251130 · 发表于 2019-3-29 08:57:30

呀呀呀！师姐真棒

大懒猫 · 发表于 2019-5-3 22:41:13

cara0229 发表于 2019-3-27 13:22
请问一下楼主到哪一步了呀？我也在移植CESM2.1,现在submit之后会自己断掉，我看cesm.log文件的输出有这样的 ...

nc文件出问题了吧，重新上传试试

大懒猫 · 发表于 2019-5-3 22:48:16

cara0229 发表于 2019-3-27 16:48
我查看了一下，CaseStatus这个文件，看起来是执行bld/cesm.exe时候出错，你是把这个bld下面的cesm.exe复 ...

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