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经验分享:CESM2.1(CLM5.0)流程和运行

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新浪微博达人勋

发表于 2019-3-26 18:08:43 | 显示全部楼层 |阅读模式

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     大家好,第一次写这么长的帖子,如有不合适的地方请见谅!     我一个外行(不是大气专业),刚刚接触CLM没多久,一路走来,从什么是CESM,和CLM有啥关系,什么是为啥要在linux上安装,啥是移植?的一个彻彻底底的小白,现在稀里糊涂,在各位师兄师妹师弟师姐,以及群里的大神和网上的帖子的帮助下,总算测试成功了。从未断过想放弃的想法,但是又没办法,所以一直坚持到现在。这里主要分享给那些和我一样的小白们,太知道什么都不懂问人的那种窘迫,我现在把认识和不认识我的人都问了个遍,问的大家都烦了,所以,在这里首先对刘老师、师兄苏某等、师妹邓某等和李师弟说声谢谢和抱歉,给我这么大的帮助,各种白痴的问题问了又问,打扰你们这么久,原谅我一直缠着你们不放,没办法其他人我真的不认识,而且你们真的很优秀很厉害!同时感谢博主@lhaikun@163.com http://bbs.06climate.com/forum.p ... 4&highlight=CLM@zpxie的经验分享http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=33764,下面分享一下我的经验,如果有不对的地方请指出,因为自己也在尝试中:

如果你从来没接触过,那么请你很认真的阅读官网的手册,5.0的不是很全,可以参考4.5的,不要问为什么,因为要先学会走,我就是最大的反面教材
一、移植(因为我是别人帮移植的,所以这块我不太懂)
1. 下载CESM2.1或者CLM5.0(如果不需要其他模块,CLM5.0可以单独下载)具体下载见官网,由于CESM2.1比较大,不让上传,所以大家可以自己下载
2.软件库的安装,下面是官网对版本的要求(有人建议利用starman一键安装,我自己尝试了一下,失败了,大家可以试试)
1.png 2.png

starman:https://github.com/dongli/starman/tree/master/packages, 其他博主也有推荐,可以搜一下
3. 如果是单点,需要自己做地表数据的话,还需要安装ESMF4. 修改三个文件,主要是config_machines.xml文件,其他好像是用于优化的
路径在:/public3/home/interior/cas/cuser004/cesm/cesm2_1_0/cime/config/cesm/machines
3.JPG 4.png
5. 测试,由于之前没有用过4.5,看他们测试都是用I测试,但是5.0没有I,大家可以用X测试,或者还有一个BHIST
[size=12.6667px]如:./create_newcase--case bhist_ysh --compset BHIST --res f19_g17 --run-unsupported --compilerintel --mach ysh
运行的步骤简单说4步:
1)create—newcase
2) case.setup
3) case.build (这里经常有错误)
4) case.submit (我的机器不能提交任务,所以我把结果目录:work/bld/cesm.exe拷贝在work/run/,然后执行cesm.exe)
如果你测试完,在work/run/下有很多log.gz文件生成,或者有.nc文件,那就代表成功了
二. 单点地表制作(我用的是别人的脚本,不方便透露,这里可以参考http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=33764
但是有一点是,clm4.5默认的pfts是16,CLM5.0默认是78,最后我运行的时候会弹错误,所以我手动把./mksurfdata.pl中的78改成16了,具体这是什么我也不清楚
三、大气驱动数据制备(必须提醒外行的是,所要的数据是世界时间,而不是北京时间,我被卡了好久
主要用的是@lhaikun@163.com http://bbs.06climate.com/forum.p ... 4&highlight=CLM分享的matlab代码,稍加修改,学长的代码中有一处错误,被同学发现了,就是第二个48那一行代码要注释掉,并且把前面的那个稍加修改才可以官网的例子一样(time以0开头),我把我修改的附上 writenc_ysh.m (11.47 KB, 下载次数: 43)

大气专业.rar

65.04 KB, 下载次数: 109, 下载积分: 金钱 -5

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新浪微博达人勋

 楼主| 发表于 2019-3-26 18:10:48 | 显示全部楼层
那个附件大家不要下载,是我考博的专业题,之前的一个帖子的附近,不知道怎么上去了,大气数据的脚本传不上去,我再试试

writenc_ysh.m

11.47 KB, 下载次数: 33, 下载积分: 金钱 -5

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新浪微博达人勋

发表于 2019-3-27 00:00:05 | 显示全部楼层
感谢楼主!!马下学习,一个刚接触CLM的纯小白
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新浪微博达人勋

发表于 2019-3-27 13:22:00 | 显示全部楼层
请问一下楼主到哪一步了呀?我也在移植CESM2.1,现在submit之后会自己断掉,我看cesm.log文件的输出有这样的错误。不知道楼主有没有遇到过呀?
submit_error.png
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新浪微博达人勋

 楼主| 发表于 2019-3-27 15:07:50 | 显示全部楼层
cara0229 发表于 2019-3-27 13:22
请问一下楼主到哪一步了呀?我也在移植CESM2.1,现在submit之后会自己断掉,我看cesm.log文件的输出有这样的 ...

这个错误还真没有遇到过,我不能submit,所以只能在run下面执行cesm.exe,你可以把这个错误复制一下,在官网的FAQ上找一下,这样的错误应该也有人问过
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新浪微博达人勋

发表于 2019-3-27 16:48:52 | 显示全部楼层
932686787 发表于 2019-3-27 15:07
这个错误还真没有遇到过,我不能submit,所以只能在run下面执行cesm.exe,你可以把这个错误复制一下,在 ...

我查看了一下,CaseStatus这个文件,看起来是执行bld/cesm.exe时候出错,你是把这个bld下面的cesm.exe复制到run文件夹下面,然后直接mpirun的吗?

2019-03-27 09:44:02: case.setup starting
---------------------------------------------------
2019-03-27 09:44:04: case.setup success
---------------------------------------------------
2019-03-27 09:44:05: case.build starting
---------------------------------------------------
2019-03-27 09:50:19: case.build success
---------------------------------------------------
2019-03-27 09:55:22: case.submit starting
---------------------------------------------------
2019-03-27 09:55:32: case.submit success case.run:57631, case.st_archive:57632
---------------------------------------------------
2019-03-27 09:55:35: case.run starting
---------------------------------------------------
2019-03-27 09:55:41: model execution starting
---------------------------------------------------
2019-03-27 09:55:52: model execution success
---------------------------------------------------
2019-03-27 09:55:52: case.run error
ERROR: RUN FAIL: Command 'mpirun  -n=252 /public1/home/zhoucj/CESM/archive/cesm2.1_190327_module/run/cesm2.1_190327_module/bld/cesm.exe  >> cesm.log.$LID 2>&1 ' failed
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新浪微博达人勋

 楼主| 发表于 2019-3-27 20:17:47 | 显示全部楼层
cara0229 发表于 2019-3-27 16:48
我查看了一下,CaseStatus这个文件,看起来是执行bld/cesm.exe时候出错,你是把这个bld下面的cesm.exe复 ...

我是直接运行的,直接在节点上运行的,如果你时间短的话可以,时间长估计不行,我今天就被管理员骂了。你要是用mpirun的话,好像直接在case下运行就行,不需要在run下运行,
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新浪微博达人勋

发表于 2019-3-29 08:57:30 | 显示全部楼层
呀呀呀!师姐真棒
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新浪微博达人勋

发表于 2019-5-3 22:41:13 | 显示全部楼层
cara0229 发表于 2019-3-27 13:22
请问一下楼主到哪一步了呀?我也在移植CESM2.1,现在submit之后会自己断掉,我看cesm.log文件的输出有这样的 ...

nc文件出问题了吧,重新上传试试
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新浪微博达人勋

发表于 2019-5-3 22:48:16 | 显示全部楼层
cara0229 发表于 2019-3-27 16:48
我查看了一下,CaseStatus这个文件,看起来是执行bld/cesm.exe时候出错,你是把这个bld下面的cesm.exe复 ...

吧日志贴出看看
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