PyNio 文件读取问题file format not supported or file is corrupted

mozhiting

    ncl 转到python平台已经有一段时间了，从安装到读文件，真的是步步艰辛哪！摸索许久，也终于有了点心得，以前在这个平台得到许多帮助，现在作为第一批吃螃蟹的人（不是第一批也算比较早吧！），我也来贡献一下自己小小的力量吧！
1、就目前来说，PyNIOn ，PyNGL这两个包只能安装在linux系统下，与python能不能安装在windows下无关，即使是VS下的powershell即使有着类似linux的外壳，也是不可以滴。


2、对于windows系统来说，可以安装在Ubuntu子系统中（子系统怎么装的就不用我废话了吧），安装命令是：
conda create -n pyn_env -c conda-forge pynio pyngl
其中conda是一个包管理器，可以创建一个python的虚拟环境，然后将各个工具包打包进去，create就是创建（当你已经有了一个python虚拟环境，需要往里面安装的时候，只需把create换为install即可），-n也可以写成--name，意思是指明虚拟环境的名字，pyn_env就是我给这个虚拟环境起的名字，-c也可以写成--channel，是指从anaconda的各个通道里下载所需的包，conda-forge是anaconda下其中一个通道，pynio和pyngl是需要安装的包，同样你还可以在后面空格添加python，netcdf，scipy，xarray等可能用到的包，可以通过python=3的方式来指明安装的版本。注意：可以看到，conda命令的特点，-n 是--name的简写方法，其他如-c --channel -h --help亦是同理；另外，-n 是声明需要个名字，pyn_env是具体的名字，-c是声明从通道下载, conda-forge则是具体的通道，后面没有再加带-的声明，因此它就认为是需要安装的包了。


3、安装成功以后，可以通过conda env list来看一下虚拟环境的情况，如果你这是第一次用conda创建环境的话，应该只有两个，一个是base这个是一有conda就默认自带的，另外一个是新建的pyn_env（具体看你给它起什么名字了），如果你之前用conda装过ncl应该还会有一个类似于ncl_table的环境。


4、如果在list中有pyn_env这个环境了，就可以通过conda activate pyn_env（或source activate pyn_env，如果是windows系统就去掉source），来激活pyn_env这个环境（默认的环境是base），可以用conda deactivate env_name来退出当前环境。
进入某个环境后，你会看到在路径前面多了个（pyn_env）。


5、将包安装进某个环境，可以通过conda install -n pyn_env -c conda-forge netcdf4的方式，但是也可以先激活该环境，再用conda install netcdf4安装。


6、在某个环境下，使用conda list来查看该环境的包的列表，如果pynio和pyngl在列表中，说明安装成功了


7、输入python就可以进入python命令行模式（如果有多个python版本，可以通过python2来指明版本）


8、导入包，import Nio,Ngl


9、读取数据 f = Nio.open_file("Jsst.nc", "r")      
（Jsst.nc是我提前放在家目录下的文件，可以在没进入python之前通过ls命令来检查一下是否已在家目录下，文件是在这下的，因此绝对没问题http://www.ncl.ucar.edu/Applications/Data/）。
结果出现报错信息： file format not supported or file is corrupted
解决办法是用exit()退出python，然后输入chmod 777 Jsst.nc来修改文件的权限
再次进入python
import Nio
f = Nio.open_file("Jsst.nc", "r")
问题解决。

不要问我为什么文件损毁要去修改文件的权限，也不要问我是怎么发现的，（你要真想知道我也可以告诉你，当我尝试用netCDF4来读文件的时候，发现提示pemission denied，根据以往的经验可知，是文件权限问题，于是就用chmod 777修改了文件权限，进入python后发现netCDF4就可以正常读取这个文件了，于是我就想干嘛不再用Nio试一试呢，然后就成功了。由此可见ncl转到python的尿性，明明是权限问题，非得告诉我文件损毁了。）

预祝大家，在学习这个工具时，一切顺利！也欢迎大家前来交流~

lb369

不错  不错

清宵逝水

请问当变量是short类型时，如何用转成float呢？有没有NCL中short2flt这种函数

mozhiting

清宵逝水 发表于 2020-5-16 17:55
请问当变量是short类型时，如何用转成float呢？有没有NCL中short2flt这种函数

有的，http://www.ncl.ucar.edu/Document/Functions/list_alpha.shtml，可以在这个网页上查找。

清宵逝水

mozhiting 发表于 2020-5-16 20:08
有的，http://www.ncl.ucar.edu/Document/Functions/list_alpha.shtml，可以在这个网页上查找。

谢谢回复！short2flt这个函数好像只在NCL里可以用，在Nio和Ngl里没看到类似地函数。。我最后还是手动用offset和scale_factor转化的

mozhiting

清宵逝水 发表于 2020-5-17 08:42
谢谢回复！short2flt这个函数好像只在NCL里可以用，在Nio和Ngl里没看到类似地函数。。我最后还是手动用of ...

奥奥，我之前看错了，解决了就好，哈哈哈哈

katelyawu

你好，我在用cdo merge了nc文件后，发现用ncl读取这个新文件会出现file format not supported or file is corrupted这个问题，修改了文件权限也没用，但是ncl可以正常读取其他没有经过cdo处理的文件，想请教楼主知道是什么原因吗？