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CESM在天河上运行速度极慢

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新浪微博达人勋

发表于 2019-9-2 12:47:56 | 显示全部楼层 |阅读模式

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在天河上跑CESM1.2.2 速度非常慢,请大家帮我找找原因
10个核  9小时跑出一个月   
96个核  6小时跑出一个月
120个核  5小时跑出一个月
240个核  5小时跑出一个月
这种令人窒息的速度让我仿佛看到我要延毕好几年的悲惨命运


我的环境配置是:
intel-compilers/14.0.2  MPI/Intel/MPICH/2.1.5  pnetcdf/1.6.1/01-icc13
模式配置是:
./create_newcase -case $SHDIR/../newtest/$EXP -res f19_g16 -compset FC5 -mach Tianhe2
-phys cam5 -chem trop_strat_mam3 -nlev 56 -offline_dyn

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新浪微博达人勋

发表于 2019-9-2 13:18:16 | 显示全部楼层
只能祝你好运
要不试试其他版本
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新浪微博达人勋

发表于 2019-9-2 13:36:35 | 显示全部楼层
天河几号呢?
广州的话,用超算自带的cesm,库应该是酱紫滴
Currently Loaded Modulefiles:
  1) intel-compilers/13.0.0          4) hdf5/1.8.13/03-CF-13            7) cesm/1.2.2
  2) MPI/Intel/MPICH/3.1-icc13-dyn   5) netcdf/4.3.2/02-CF-13
  3) zlib/1.2.8-icc13                6) cmake/3.5.1
要不你试一下module load cesm/1.2.2加载环境变量?

另外,是不是考虑一下io的问题?
我们转wrf的时候大网格会独立一个节点做io
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新浪微博达人勋

发表于 2019-9-2 13:42:55 | 显示全部楼层
ljchen1989 发表于 2019-9-2 13:36
天河几号呢?
广州的话,用超算自带的cesm,库应该是酱紫滴
Currently Loaded Modulefiles:

请问下独立节点做io是怎么操作的?
学习一下
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新浪微博达人勋

 楼主| 发表于 2019-9-2 15:14:23 | 显示全部楼层
ljchen1989 发表于 2019-9-2 13:36
天河几号呢?
广州的话,用超算自带的cesm,库应该是酱紫滴
Currently Loaded Modulefiles:

非常感谢,我用的是天河二号的自带cesm.最开始编译的时候出现了mpi的报错,无法跑通,才换了上面的配置. 我现在再尝试一下你给的库看看。
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新浪微博达人勋

发表于 2019-9-5 13:33:50 | 显示全部楼层
ljchen1989 发表于 2019-9-2 13:36
天河几号呢?
广州的话,用超算自带的cesm,库应该是酱紫滴
Currently Loaded Modulefiles:

io_quilting ???
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新浪微博达人勋

发表于 2019-9-5 13:41:58 | 显示全部楼层

是呀
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新浪微博达人勋

发表于 2019-9-9 09:59:23 | 显示全部楼层
地球系统模式本来就耗资源,不过你都没有跑耦合的。。。你输出是逐日的数据?输出的变量有没有修改?
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新浪微博达人勋

 楼主| 发表于 2019-9-9 15:44:18 | 显示全部楼层
loftydongshi 发表于 2019-9-9 09:59
地球系统模式本来就耗资源,不过你都没有跑耦合的。。。你输出是逐日的数据?输出的变量有没有修改?

逐日的initial file  和逐月的h0数据,输出的变量加了一些气溶胶的垂直浓度和干湿沉降。
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新浪微博达人勋

发表于 2019-9-10 09:39:51 | 显示全部楼层
打怪兽的小队长 发表于 2019-9-9 15:44
逐日的initial file  和逐月的h0数据,输出的变量加了一些气溶胶的垂直浓度和干湿沉降。

120个核  5小时跑出一个月;240个核  5小时跑出一个月,说明你再加计算资源也提高不了速度,看看是不是超线程了,或者到达上限了。要不输出的变量建议控制一下,能一定程度加快IO。逐日如果不需要最好就不要输出了。
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