PNETCDF 和 NETCDF安装分享

杰杰的任

## 标题PNETCDF 和NETCDF安装
PNETCDF 和NETCDF安装经验分享（亲测）
第一次分享，不足支出请多包涵。
编译器 ： Intel    Intelmpi
我分享的版本：
zlib         1.2.11
szip        2.1
hdf5       1.10.5
pnetcdf  1.12.1
netcdf-c  4.7.3
netcdf-f   4.4.5

首先定义几个路径：
MPIPATH             mpi所在路径（which mpiifort）
NETCDFPATH     NETCDF自定义安装路径
整套库安装包：
链接：https://pan.baidu.com/s/1k54TBJU7EjdF0dHLSEVHsA
提取码：6plx  (当然也可去官网自行下载所需)
1、zlib
env CC="mpiicc" CFLAGS="-O2 -fPIC" CXX="mpiicpc" CXXFLAGS="-O2 -fPIC" \
./configure --prefix=/NETCDFPATH/zlib1.2.11
make
make check
make install

2、szip
env CC="mpiicc" CFLAGS="-O2 -fPIC" CXX="mpiicpc" CXXFLAGS="-O2 -fPIC" \
./configure --prefix=/NETCDFPATH/szip2.1
make
make check
make install

3、hdf5
env CC="mpiicc" CFLAGS="-O3 -fPIC" FC="mpiifort" FCFLAGS="-O3 -fPIC" CXX="mpicpc" CXXFLAGS="-O3 -fPIC"  CPPFLAGS=-I/MPIPATH/include LDFLAGS="-L/MPIPATH/lib" ./configure --with-zlib=/NETCDFPATH/zlib1.2.11 --with-szlib=/NETCDFPATH/szip2.1 --prefix=/NETCDFPATH/hdf5 --enable-fortran --enable-parallel
make
make check
make install

4、pnetcdf
env CC="mpiicc" CFLAGS="-O2 -fPIC" FC="mpiifort" FCFLAGS="-O2 -fPIC" CXX="mpiicpc" CXXFLAGS="-O2 -fPIC" CPPFLAGS=-I/NETCDFPATH/hdf5/include LDFLAGS= "-L/NETCDFPATH/hdf5/lib -lhdf5_hl -lhdf5 -lz -lm " ./configure --prefix=/NETCDFPATH/pnetcdf1.12.0 --with-mpi=/MPIPATH  --enable-subfiling --enable-shared --enable-large-file-test --enable-null-byte-header-padding --enable-burst-buffering --enable-profiling
make
make check
make install

5、netcdf-c-4.7.3
env CC="mpiicc" FC="mpiifort" CXX="mpiicpc" CPPFLAGS="-I/NETCDFPATH/hdf5/include -I/NETCDFPATH/pnetcdf1.12.0/include" LDFLAGS="-L/NETCDFPATH/hdf5/lib -lhdf5_hl -lhdf5 -lz -lm -L/NETCDFPATH/pnetcdf1.12.0/lib -lpnetcdf" ./configure --prefix=/NETCDFPATH/netcdf4.7.3 --enable-shared --enable-pnetcdf --enable-parallel-tests
make
make check
make install

此处把netcdf-c的环境变量添加到.bashrc文件中
export NETCDF=NETCDFPATH
export PATH=  $ PATH: $ NETCDF/bin: $ NETCDF/include: $ NETCDF/lib: $ NETCDF/man
export LD_LIBRARY_PATH=  $ LD_LIBRARY_PATH: $NETCDF/lib
export MANPATH= $MANPATH: $ NETCDF/share/man
source  ~/.bashrc

6、netcdf-c-4.4.5
env CC="mpiicc" FC="mpiifort" CXX="mpiicpc" CPPFLAGS="-I/NETCDFPATH/hdf5/include -I/NETCDFPATH/pnetcdf1.12.0/include -I/NETCDFPATH/netcdf4.7.3/include" LDFLAGS="-L/NETCDFPATH/hdf5/lib -lhdf5_hl -lhdf5 -lz -lm -L/NETCDFPATH/pnetcdf1.12.0/lib -lpnetcdf -L/NETCDFPATH/netcdf4.7.3/lib" ./configure --prefix=/NETCDFPATH/netcdf4.7.3 --enable-shared --enable-pnetcdf --enable-parallel-tests
make
make check
make install

都安装完成之后
source  ~/.bashrc

nc-config --all    查看netcdf-c
nf-config --all    查看netcdf-f


好了，到此完成整个安装过程。
当然，我也用openmpi安装过，过程类似，注意编译器的不同表达，其他都一样。
有问题欢迎提出，旨在帮助大家共同进步。

ljchen1989

tst_h_par.c用改嘛？

杰杰的任

ljchen1989 发表于 2019-12-25 08:41
tst_h_par.c用改嘛？

不太清楚，你说的修改具体是指什么？

zzs960125

请问楼主，安完PnetCDF后需要对环境变量进行修改吗？除了修改环境变量，我在论坛翻帖子发现还有的说要改compile.wrf文件里的东西的，还有就是请教下楼主在改用PnetCDF后速度有明显改变吗？

杰杰的任

zzs960125 发表于 2020-9-22 11:12
请问楼主，安完PnetCDF后需要对环境变量进行修改吗？除了修改环境变量，我在论坛翻帖子发现还有的说要改com ...

安装完pnetcdf之后添加环境变量，我没有测试过效果，你可以试一试

zzs960125

杰杰的任 发表于 2020-9-23 16:59
安装完pnetcdf之后添加环境变量，我没有测试过效果，你可以试一试

我在添加完环境变量后，重新装了一次WRF和WPS，但是试了一下感觉速度没有多大变化。不知道是不是我安装出了问题。因为听说用PnetCDF后速度会快很多

杰杰的任

这个我也不是很清楚，我没有测试过

mulu

你好，打扰了。我想问一下你还记得你当时跑hdf5的make check有什么比较特殊的地方吗？是必须要使用计算节点还是登录节点就可以？

杰杰的任

我是在登陆节点做的

sunshinenone

请教一下，楼主都是用的mpi的编译器装这些库吗？装pnetcdf的话可以不同mpi的编译器吗？比如用cc,icpc以及ifort，这个应该没啥区别吧？