Community Land Model 5.0 环境配置

大漠汪洋

配置环境

• 软件安装
  

1. (1)安装基础软件包
   
2. apt-get -y --no-install-recommends --assume-yes install gcc gfortran make m4 libtool libxml2-utils python libxml-libxml-perl libcurl4-openssl-dev liblapack-dev libblas-dev mpich libmpich-dev sudo cmake git
   
3. 
   
4. apt-get clean
   
5. 
   
6. (2)安装zlib
   
7. ZDIR=/usr/local/zlib                        %定义环境变量
   
8. cd /usr/local/src/zlib-1.2.11                 
   
9. ./configure --prefix=${ZDIR}
   
10. make
    
11. make check
    
12. make install
    
13. rm -rf /usr/local/src/zlib-1.2.11               
    
14. 
    
15. (2)安装HDF5
    
16. H5DIR=/usr/local/hdf5
    
17. cd /usr/local/src/hdf5-1.10.4
    
18. CC=mpicc CFLAGS=-w ./configure --prefix=${H5DIR} --with-zlib=${ZDIR} --enable-parallel --enable-hl
    
19. make
    
20. make check
    
21. make install
    
22. rm -rf /usr/local/src/hdf5-1.10.4
    
23. 
    
24. (3)安装pnetcdf
    
25. PNDIR=/usr/local/pnetcdf
    
26. cd /usr/local/src/pnetcdf-1.11.0
    
27. MPICC=mpicc CFLAGS="-fPIC -g -O2" ./configure --prefix=${PNDIR} --enable-shared --enable-profiling
    
28. make
    
29. make tests
    
30. make check
    
31. make ptests
    
32. make install
    
33. rm -rf /usr/local/src/pnetcdf-1.11.0
    
34. 
    
35. (4)安装netcdf
    
36. NCDIR=/usr/local/netcdf4
    
37. cd /usr/local/src/netcdf-c-4.6.2
    
38. CC=mpicc CPPFLAGS="-I${PNDIR}/include -I${H5DIR}/include -I${ZDIR}/include" LDFLAGS="-L${PNDIR}/lib -L${H5DIR}/lib -L${ZDIR}/lib" ./configure --prefix=${NCDIR} --enable-parallel-tests --enable-parallel
    
39. make
    
40. make check
    
41. make install
    
42. rm -rf /usr/local/src/netcdf-c-4.6.2
    
43. 
    
44. (5) 安装netcdf-fortran
    
45. NFDIR=/usr/local/netcdff4
    
46. cd /usr/local/src/netcdf-fortran-4.4.5
    
47. CPPFLAGS=-I${NCDIR}/include LDFLAGS=-L${NCDIR}/lib ./configure --prefix=${NFDIR}
    
48. make
    
49. make check
    
50. make install
    
51. rm -rf /usr/local/src/netcdf-fortran-4.4.5
    
52. 
    
53. (6)建立动态链接库
    
54. echo ${NCDIR}/lib > /etc/ld.so.conf.d/netcdf.conf
    
55. echo ${NFDIR}/lib >> /etc/ld.so.conf.d/netcdf.conf
    
56. echo ${ZDIR}/lib >> /etc/ld.so.conf.d/netcdf.conf
    
57. echo ${H5DIR}/lib >> /etc/ld.so.conf.d/netcdf.conf
    
58. echo ${PNDIR}/lib >> /etc/ld.so.conf.d/netcdf.conf
    
59. ldconfig
    
60. 
    

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• 修改模型配置文件
  

（1）config_machines.xml

1. cd ~/cesm2.1.0/cime/config/cesm/machines
   
2. vi config_machines.xml
   
3. 对该文件进行修改，主要修改机器名称，编译器名称，输入输出路径等信息。如图1

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（2）config_compilers.xml

1. vi config_compilers.xml

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(3)将修改好的config_machines.xml和config_compilers.xml以配置文件(.cime)的方式放在用户家目录下

1. mkdir ~/.cime         （创建.cime配置文件夹）
   
2. cd ~/.cime   

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将上面修改好的config_machines.xml和config_compilers.xml放进该目录。放置成功后

1. ls
   
2. config_compilers.xml  config_machines.xml

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