WRF-Chem 运行出错，真诚求指教

hehe029

WRF-Chem按Tutorial exercise运行过程如下：
1）使用prep-emiss-source 工具生成2010-07-14的排放源*.bin数据， OK
2）使用convert_emiss.exe 生成 wrfchem***等数据，OK
3）运行real.exe ，SUCCESS COMPLETE
4）运行wrf.exe，出错, log如下：

请问有可能是什么造成到段访问错误？？   你们在（2）生成数据时，有什么要注意修改的吗，比如 时间步长，垂直层数等等？

***********************************************
./wrf.exe
--- WARNING: traj_opt is zero, but num_traj is not zero; setting num_traj to zero.
--- NOTE: sst_update is 0, setting io_form_auxinput4 = 0 and auxinput4_interval = 0 for all domains
--- NOTE: grid_fdda is 0 for domain      1, setting gfdda interval and ending time to 0 for that domain.
--- NOTE: both grid_sfdda and pxlsm_soil_nudge are 0 for domain      1, setting sgfdda interval and ending time to 0 for that domain.
--- NOTE: obs_nudge_opt is 0 for domain      1, setting obs nudging interval and ending time to 0 for that domain.
bl_pbl_physics /= 4, implies mfshconv must be 0, resetting
--- WARNING: Turning on cu_rad_feedback also requires setting cu_diag== 1
--- NOTE: num_soil_layers has been set to      4
WRF V3.6.1 MODEL
*************************************
Parent domain
ids,ide,jds,jde            1          41           1          41
ims,ime,jms,jme           -4          46          -4          46
ips,ipe,jps,jpe            1          41           1          41
*************************************
DYNAMICS OPTION: Eulerian Mass Coordinate
alloc_space_field: domain            1 ,             307004108  bytes allocated
med_initialdata_input: calling input_input
Timing for processing wrfinput file (stream 0) for domain        1:    0.03227 elapsed seconds
INPUT LandUse = "USGS"
LANDUSE TYPE = "USGS" FOUND          33  CATEGORIES           2  SEASONS WATER CATEGORY =           16  SNOW CATEGORY =           24
INITIALIZE THREE Noah LSM RELATED TABLES
LANDUSE TYPE = USGS FOUND          27  CATEGORIES
INPUT SOIL TEXTURE CLASSIFICATION = STAS
SOIL TEXTURE CLASSIFICATION = STAS FOUND          19  CATEGORIES
*********************************************************************
*             PROGRAM:WRF/CHEM V3.6.1 MODEL
*                                                                   *
*    PLEASE REPORT ANY BUGS TO WRF/CHEM HELP at                     *
*                                                                   *
*              wrfchemhelp.gsd@noaa.gov                             *
*                                                                   *
*********************************************************************
WARNING: dust option 1 currently works only with the GOCART aerosol option.
WARNING: sea salt option 1 currently works only with the GOCART aerosol option.
Timing for Writing wrfout_d01_2010-07-14_00:00:00 for domain        1:    0.18707 elapsed seconds
mediation_integrate: med_read_wrf_chem_emissions: Open file wrfchemi_00z_d01
HOURLY EMISSIONS UPDATE TIME        0.0       0.0
mediation_integrate: med_read_wrf_chem_emissions: Read emissions for time 2010-07-14_00:00:00
**WARNING** Time in input file not being checked **WARNING**
**WARNING** Time in input file not being checked **WARNING**
**WARNING** Time in input file not being checked **WARNING**
Input data processed for aux input   8 for domain   1
mediation_integrate: med_read_wrf_volc_emiss: Open file wrfchemv_d01
mediation_integrate: med_read_wrf_volc_emiss: Read volcanic ash emissions2010-07-14_00:00:00
Timing for processing lateral boundary for domain        1:    0.01870 elapsed seconds
WRF NUMBER OF TILES FROM OMP_GET_MAX_THREADS =   4
Tile Strategy is not specified. Assuming 1D-Y
WRF TILE   1 IS      1 IE     41 JS      1 JE     11
WRF TILE   2 IS      1 IE     41 JS     12 JE     21
WRF TILE   3 IS      1 IE     41 JS     22 JE     31
WRF TILE   4 IS      1 IE     41 JS     32 JE     41
WRF NUMBER OF TILES =   4
           1          12
           1          12
           1          12
           1          12
Timing for main: time 2010-07-14_00:10:00 on domain   1:    5.08489 elapsed seconds
Timing for main: time 2010-07-14_00:20:00 on domain   1:    2.52873 elapsed seconds
Timing for main: time 2010-07-14_00:30:00 on domain   1:    2.61175 elapsed seconds
Timing for main: time 2010-07-14_00:40:00 on domain   1:    8.93359 elapsed seconds
Timing for main: time 2010-07-14_00:50:00 on domain   1:    2.61585 elapsed seconds
Timing for main: time 2010-07-14_01:00:00 on domain   1:    2.61672 elapsed seconds
Timing for Writing wrfout_d01_2010-07-14_01:00:00 for domain        1:    0.03898 elapsed seconds
Timing for main: time 2010-07-14_01:10:00 on domain   1:    8.66252 elapsed seconds
Timing for main: time 2010-07-14_01:20:00 on domain   1:    2.57540 elapsed seconds
Timing for main: time 2010-07-14_01:30:00 on domain   1:    2.36470 elapsed seconds

Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory reference.

Backtrace for this error:

Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory reference.

Backtrace for this error:

Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory reference.

Backtrace for this error:
#0  0x7F8B8D6E9777
#1  0x7F8B8D6E9D7E
#2  0x7F8B8C9F7D3F
#3  0x280E2C0 in __module_ra_rrtm_MOD_taugb3
#4  0x281018A in __module_ra_rrtm_MOD_gasabs
#5  #0  0x7F8B8D6E9777
#1  0x7F8B8D6E9D7E
#2  0x7F8B8C9F7D3F
#3  0x280E2C0 in __module_ra_rrtm_MOD_taugb3
#4  0x281018A in __module_ra_rrtm_MOD_gasabs
#5  0x282432B in __module_ra_rrtm_MOD_rrtm
#6  0x2829478 in __module_ra_rrtm_MOD_rrtmlwrad
0x282432B in __module_ra_rrtm_MOD_rrtm
#7  0x1FDEB25 in __module_radiation_driver_MOD_radiation_driver._omp_fn.3 at module_radiation_driver.f90:?
#8  0x7F8B8D1C3349
#9  0x7F8B8CD8F181
#10  0x7F8B8CABC00C
#11  0xFFFFFFFFFFFFFFFF
#6  0x2829478 in __module_ra_rrtm_MOD_rrtmlwrad
#7  0x1FDEB25 in __module_radiation_driver_MOD_radiation_driver._omp_fn.3 at module_radiation_driver.f90:?
#8  0x7F8B8D1C3349
#9  0x7F8B8CD8F181
#10  0x7F8B8CABC00C
#11  0xFFFFFFFFFFFFFFFF

Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory reference.

Backtrace for this error:
#0  0x7F8B8D6E9777
#1  0x7F8B8D6E9D7E
#2  0x7F8B8C9F7D3F
#3  0x280E2C0 in __module_ra_rrtm_MOD_taugb3
#4  0x281018A in __module_ra_rrtm_MOD_gasabs
#5  0x282432B in __module_ra_rrtm_MOD_rrtm
#6  0x2829478 in __module_ra_rrtm_MOD_rrtmlwrad
#7  0x1FDEB25 in __module_radiation_driver_MOD_radiation_driver._omp_fn.3 at module_radiation_driver.f90:?
#8  0x7F8B8D1C3349
#9  0x7F8B8CD8F181
#10  0x7F8B8CABC00C
#11  0xFFFFFFFFFFFFFFFF
#0  0x7F8B8D6E9777
#1  0x7F8B8D6E9D7E
#2  0x7F8B8C9F7D3F
#3  0x280E2C0 in __module_ra_rrtm_MOD_taugb3
#4  0x281018A in __module_ra_rrtm_MOD_gasabs
#5  0x282432B in __module_ra_rrtm_MOD_rrtm
#6  0x2829478 in __module_ra_rrtm_MOD_rrtmlwrad
#7  0x1FDEB25 in __module_radiation_driver_MOD_radiation_driver._omp_fn.3 at module_radiation_driver.f90:?
#8  0x1FEEAEB in __module_radiation_driver_MOD_radiation_driver
#9  0x245FFE5 in __module_first_rk_step_part1_MOD_first_rk_step_part1
#10  0x1AA9602 in solve_em_
#11  0x18FA1DE in solve_interface_
#12  0x4792EF in __module_integrate_MOD_integrate
#13  0x405353 in __module_wrf_top_MOD_wrf_run
Segmentation fault (core dumped)


***********************************************

hehe029

./convert_emiss.exe 使用到的namelist如下：
**********************

&time_control
run_days                            = 2,
run_hours                           = 0,
run_minutes                         = 0,
run_seconds                         = 0,
start_year                          = 2010, 2010, 2000,
start_month                         = 07,   07,   01,
start_day                           = 14,   14,   24,
start_hour                          = 00,   00,   12,
start_minute                        = 00,   00,   00,
start_second                        = 00,   00,   00,
end_year                            = 2010, 2010, 2000,
end_month                           = 07,   07,   01,
end_day                             = 16,   16,   25,
end_hour                            = 00,   00,   12,
end_minute                          = 00,   00,   00,
end_second                          = 00,   00,   00,
interval_seconds                    = 21600,
input_from_file                     = .true.,.true.,.false.,
history_interval                    = 60,  60,   60,
frames_per_outfile                  = 72, 1000, 1000,
restart                             = .false.,
restart_interval                    =    0,

io_form_auxinput5                   = 2,
io_form_auxinput6                   = 2,
io_form_auxinput7                   = 2,
io_form_auxinput8                   = 2,
io_form_auxinput12                  = 2,
io_form_auxinput13                  = 2,
auxinput6_inname                    = 'wrfbiochemi_d01',
auxinput7_inname                    = 'wrffirechemi_d<domain>',
auxinput8_inname                    = 'wrfchemi_gocart_bg_d<domain>',
auxinput12_inname                   = 'wrf_chem_input',
auxinput13_inname                   = 'wrfchemv_d<domain>',
auxinput5_interval_m                = 1440, 1440,
auxinput7_interval_m                = 1440, 1440,
auxinput8_interval_m                = 1440, 1440,
auxinput13_interval_m               = 1440, 1440,
frames_per_auxinput6                = 1,1,
frames_per_auxinput7                = 1,1,
frames_per_auxinput8                = 1,1,
frames_per_auxinput13                = 1,1,
debug_level                         = 0,

/

&dfi_control
/

&domains
time_step                           = 600,
time_step_fract_num                 = 0,
time_step_fract_den                 = 1,
max_dom                             = 1,
s_we                                =   1,    1,     1,
e_we                                = 41,    41,    94,
s_sn                                =   1,    1,     1,
e_sn                                = 41,    41,    91,
e_vert                              = 31,    31,    28,
num_metgrid_levels                  = 27,
num_metgrid_soil_levels             = 4,
dx                                  = 100000, 4000,  3333.33,
dy                                  = 100000, 4000,  3333.33,
grid_id                             = 1,     2,     3,
parent_id                           = 0,     1,     2,
i_parent_start                      = 1,     6,    30,
j_parent_start                      = 1,     65,    30,
parent_grid_ratio                   = 1,     5,     3,
parent_time_step_ratio              = 1,     5,     3,
p_top_requested                     = 5000,
feedback                            = 1,
smooth_option                       = 0
p_top_requested                     = 5000
zap_close_levels                    = 50
interp_type                         = 1
t_extrap_type                       = 2
force_sfc_in_vinterp                = 0
use_levels_below_ground             = .true.
use_surface                         = .true.
lagrange_order                      = 1
/
sfcp_to_sfcp                        = .true.

&physics
mp_physics                          = 4,     2,     2,
progn                               = 0,
ra_lw_physics                       = 1,     1,     1,
ra_sw_physics                       = 2,     1,     1,
radt                                = 30,    30,    30,
sf_sfclay_physics                   = 1,     1,     1,
sf_surface_physics                  = 2,     2,     1,
bl_pbl_physics                      = 1,     1,     1,
bldt                                = 0,     0,     0,
cu_physics                          = 5,     5,     0,
cu_diag                             = 1,     0,     0,
cudt                                = 0,     0,     0,
ishallow                            = 0,
isfflx                              = 1,
ifsnow                              = 1,
icloud                              = 1,
surface_input_source                = 1,
num_soil_layers                     = 4,
sf_urban_physics                    = 0,     0,     0,
mp_zero_out                         = 2,
mp_zero_out_thresh                  = 1.e-12
maxiens                             = 1,
maxens                              = 3,
maxens2                             = 3,
maxens3                             = 16,
ensdim                              = 144,
cu_rad_feedback                     = .true.,
/

&fdda
/

&dynamics
rk_ord                              = 3,
w_damping                           = 1,
diff_opt                            = 1,
km_opt                              = 4,
diff_6th_opt                        = 0,
diff_6th_factor                     = 0.12,
base_temp                           = 290.
damp_opt                            = 0,
zdamp                               = 5000.,  5000.,  5000.,
dampcoef                            = 0.01,   0.01,   0.01
khdif                               = 0,      0,      0,
kvdif                               = 0,      0,      0,
non_hydrostatic                     = .true., .true., .true.,
moist_adv_opt                       = 2,      0,      0,
scalar_adv_opt                      = 2,      0,      0,
chem_adv_opt                        = 2,      0,      0,
tke_adv_opt                         = 2,      0,      0,
time_step_sound                     = 4,      4,      4,
h_mom_adv_order                     = 5,      5,      5,
v_mom_adv_order                     = 3,      3,      3,
h_sca_adv_order                     = 5,      5,      5,
v_sca_adv_order                     = 3,      3,      3,
/

&bdy_control
spec_bdy_width                      = 5,
spec_zone                           = 1,
relax_zone                          = 4,
specified                           = .true., .false.,.false.,
nested                              = .false.,.false.,.false.,
/

&grib2
/

&namelist_quilt
nio_tasks_per_group = 0,
nio_groups = 1,
/

&chem
kemit                               = 31,
chem_opt                            = 301,
io_style_emissions                  = 2,  
emiss_inpt_opt                             = 1,          0,
emiss_opt                           = 5,          0,
emiss_opt_vol                       = 1,          0,
dust_opt                            = 1,
dmsemis_opt                         = 1,
seas_opt                            = 1,
biomass_burn_opt                    = 1,          0,
plumerisefire_frq                   = 120,         0,

bio_emiss_opt                       = 0,
/
**********************

real.exe和wrf.exe使用的namelist如下：
*************************
&time_control
run_days                            = 2,
run_hours                           = 0,
run_minutes                         = 0,
run_seconds                         = 0,
start_year                          = 2010, 2010, 2000,
start_month                         = 07,   07,   01,
start_day                           = 14,   14,   24,
start_hour                          = 00,   00,   12,
start_minute                        = 00,   00,   00,
start_second                        = 00,   00,   00,
end_year                            = 2010, 2010, 2000,
end_month                           = 07,   07,   01,
end_day                             = 16,   16,   25,
end_hour                            = 00,   00,   12,
end_minute                          = 00,   00,   00,
end_second                          = 00,   00,   00,
interval_seconds                    = 21600,
input_from_file                     = .true.,.true.,.false.,
history_interval                    = 60,  60,   60,
frames_per_outfile                  = 72, 1000, 1000,
restart                             = .false.,
restart_interval                    =    0,

io_form_auxinput5                   = 2,
io_form_auxinput6                   = 2,
io_form_auxinput7                   = 2,
io_form_auxinput8                   = 2,
io_form_auxinput12                  = 2,
io_form_auxinput13                  = 2,
auxinput6_inname                    = 'wrfbiochemi_d01',
auxinput7_inname                    = 'wrffirechemi_d<domain>',
auxinput8_inname                    = 'wrfchemi_gocart_bg_d<domain>',
auxinput12_inname                   = 'wrf_chem_input',
auxinput13_inname                   = 'wrfchemv_d<domain>',
auxinput5_interval_m                = 1440, 1440,
auxinput7_interval_m                = 1440, 1440,
auxinput8_interval_m                = 1440, 1440,
auxinput13_interval_m               = 1440, 1440,
frames_per_auxinput6                = 1,1,
frames_per_auxinput7                = 1,1,
frames_per_auxinput8                = 1,1,
frames_per_auxinput13                = 1,1,
debug_level                         = 0,

/

&dfi_control
/

&domains
time_step                           = 600,
time_step_fract_num                 = 0,
time_step_fract_den                 = 1,
max_dom                             = 1,
s_we                                =   1,    1,     1,
e_we                                = 41,    41,    94,
s_sn                                =   1,    1,     1,
e_sn                                = 41,    41,    91,
e_vert                              = 31,    31,    28,
num_metgrid_levels                  = 27,
num_metgrid_soil_levels             = 4,
dx                                  = 100000, 4000,  3333.33,
dy                                  = 100000, 4000,  3333.33,
grid_id                             = 1,     2,     3,
parent_id                           = 0,     1,     2,
i_parent_start                      = 1,     6,    30,
j_parent_start                      = 1,     65,    30,
parent_grid_ratio                   = 1,     5,     3,
parent_time_step_ratio              = 1,     5,     3,
p_top_requested                     = 5000,
feedback                            = 1,
smooth_option                       = 0
p_top_requested                     = 5000
zap_close_levels                    = 50
interp_type                         = 1
t_extrap_type                       = 2
force_sfc_in_vinterp                = 0
use_levels_below_ground             = .true.
use_surface                         = .true.
lagrange_order                      = 1
/
sfcp_to_sfcp                        = .true.

&physics
mp_physics                          = 4,     2,     2,
progn                               = 0,
ra_lw_physics                       = 1,     1,     1,
ra_sw_physics                       = 2,     1,     1,
radt                                = 30,    30,    30,
sf_sfclay_physics                   = 1,     1,     1,
sf_surface_physics                  = 2,     2,     1,
bl_pbl_physics                      = 1,     1,     1,
bldt                                = 0,     0,     0,
cu_physics                          = 5,     5,     0,
cu_diag                             = 1,     0,     0,
cudt                                = 0,     0,     0,
ishallow                            = 0,
isfflx                              = 1,
ifsnow                              = 1,
icloud                              = 1,
surface_input_source                = 1,
num_soil_layers                     = 4,
sf_urban_physics                    = 0,     0,     0,
mp_zero_out                         = 2,
mp_zero_out_thresh                  = 1.e-12
maxiens                             = 1,
maxens                              = 3,
maxens2                             = 3,
maxens3                             = 16,
ensdim                              = 144,
cu_rad_feedback                     = .true.,
/

&fdda
/

&dynamics
rk_ord                              = 3,
w_damping                           = 1,
diff_opt                            = 1,
km_opt                              = 4,
diff_6th_opt                        = 0,
diff_6th_factor                     = 0.12,
base_temp                           = 290.
damp_opt                            = 0,
zdamp                               = 5000.,  5000.,  5000.,
dampcoef                            = 0.01,   0.01,   0.01
khdif                               = 0,      0,      0,
kvdif                               = 0,      0,      0,
non_hydrostatic                     = .true., .true., .true.,
moist_adv_opt                       = 2,      0,      0,
scalar_adv_opt                      = 2,      0,      0,
chem_adv_opt                        = 2,      0,      0,
tke_adv_opt                         = 2,      0,      0,
time_step_sound                     = 4,      4,      4,
h_mom_adv_order                     = 5,      5,      5,
v_mom_adv_order                     = 3,      3,      3,
h_sca_adv_order                     = 5,      5,      5,
v_sca_adv_order                     = 3,      3,      3,
/

&bdy_control
spec_bdy_width                      = 5,
spec_zone                           = 1,
relax_zone                          = 4,
specified                           = .true., .false.,.false.,
nested                              = .false.,.false.,.false.,
/

&grib2
/

&namelist_quilt
nio_tasks_per_group = 0,
nio_groups = 1,
/

&chem
kemit                               = 31,
chem_opt                            = 301,
io_style_emissions                  = 2,  
emiss_inpt_opt                             = 1,          0,
emiss_opt                           = 5,          0,
emiss_opt_vol                       = 1,          0,
dust_opt                            = 1,
dmsemis_opt                         = 1,
seas_opt                            = 1,
biomass_burn_opt                    = 1,          0,
plumerisefire_frq                   = 120,         0,

bio_emiss_opt                       = 0,
/

*************************

haozl07

在机器任务较少的情况下重新运行模式试试，目测是内存不够了。

hehe029

hehe029 发表于 2015-10-21 18:31
./convert_emiss.exe 使用到的namelist如下：
**********************

机器是thinkpad T450， 8G内存，系统监视还有60%空余，硬盘空间剩余4G，应该空间还是够的吧，不知道是不是像其他帖子说的，某些模式参数不能同时开启。

haozl07

hehe029 发表于 2015-10-22 09:22
机器是thinkpad T450， 8G内存，系统监视还有60%空余，硬盘空间剩余4G，应该空间还是够的吧，不知道是不 ...

重新提交看是不是在同样的地方停下来。

hehe029

haozl07 发表于 2015-10-22 18:07
重新提交看是不是在同样的地方停下来。

如果不使用 ulimit -s unlimited 的话，都是在同一个地方停下，使用之后会停在不同的时间，基本都只计算了1到2小时的时长

haozl07

hehe029 发表于 2015-10-23 17:34
如果不使用 ulimit -s unlimited 的话，都是在同一个地方停下，使用之后会停在不同的时间，基本都只计算 ...

应该是硬件的问题，到服务器上运行吧

hehe029

haozl07 发表于 2015-10-24 06:47
应该是硬件的问题，到服务器上运行吧

好的，谢谢，再想办法

hehe029

已经解决，chem部分的参数默认到全不去掉，只添加自己对应使用到，并把auxinput部分对应好现有的排放数据，就通过了

zhaoxj

您好！我在测试wrfchemv3.7嵌套的时候，也是出现了类似错误，但是没能解决，能单独联系交流一下吗？我的qq：2985602088